An empirical study of choosing efficient discriminative seeds for oligonucleotide design

BMC Genomics

Table 1 Evaluation results for pmoA data set

	Efficient Discriminability			Discriminability			Efficiency
Weight	Cont	Spaced	Trans	Cont	Spaced	Trans	Cont	Spaced	Trans
7	0.09071	0.1027	0.1025	0.5341	0.5826	0.5848	0.06188	0.07246	0.07246
8	0.1067	0.1184	0.1167	0.6011	0.6443	0.6382	0.07627	0.08734	0.08568
9	0.122	0.1318	0.1295	0.659	0.6806	0.6728	0.09095	0.0999	0.09755
10	0.1335	0.1437	0.1439	0.6949	0.7161	0.7189	0.1023	0.112	0.1124
11	0.1447	0.1517	0.1532	0.7245	0.7317	0.7378	0.1135	0.1196	0.1214
12	0.1538	0.1611	0.1561	0.7447	0.756	0.738	0.1245	0.1295	0.1244
13	0.1638	0.1788	0.1752	0.7657	0.7997	0.7893	0.135	0.1503	0.146
14	0.174	0.1845	0.1875	0.7839	0.8129	0.8186	0.146	0.1591	0.1606
15	0.1597	0.2016	0.2016	0.7323	0.8374	0.8343	0.1496	0.1797	0.1791
16	0.1633	0.2043	0.2045	0.7356	0.8383	0.8392	0.1584	0.1887	0.1879
17	0.1679	0.2187	0.2161	0.7412	0.8697	0.8605	0.1676	0.2046	0.1998
18	0.1561	0.2259	0.229	0.6971	0.878	0.8857	0.1713	0.2144	0.2125
19	0.1562	0.2323	0.2269	0.6895	0.8697	0.8546	0.1794	0.2285	0.221
20	0.1622	0.2134	0.2148	0.6977	0.796	0.8044	0.1892	0.2349	0.2308
21	0.1575	0.2249	0.2223	0.6741	0.8119	0.8099	0.1955	0.2494	0.2444
22	0.1411	0.2085	0.208	0.6153	0.7535	0.7527	0.1976	0.2514	0.2486
23	0.1414	0.1998	0.2004	0.6087	0.7056	0.7085	0.2071	0.259	0.2616
24	0.1421	0.2209	0.2168	0.6028	0.7285	0.7119	0.2163	0.2855	0.2936
25	0.1318	0.2313	0.2216	0.5627	0.7386	0.7069	0.2188	0.3029	0.2995

Cont indicates the continuous seed type, Spaced indicates the spaced seed type, and Trans indicates the transition-constrained seed type.

ISSN: 1471-2164