Enumerating the gene sets in breast cancer, a

Mefford, Dwain; Mefford, Joel A

doi:10.1186/1471-2164-11-482

BMC Genomics

Table 3 Gene sets and survival results for the Uppsala data.

From: Enumerating the gene sets in breast cancer, a "direct" alternative to hierarchical clustering

	all samples				ER positive				ER negative
	median		quartiles		median		quartiles		median
	χ ²	p	χ ²	p	χ ²	p	χ ²	p	χ ²	p
stromal(0)	6.51	0.01	6.54	0.01	4.07	0.04	5.3	0.02	3.95	0.04
stromal(2)	13.94	0.0001	10.76	0.001	10.17	0.001	10.74	0.001	1.16	0.28
stromal(3)	6.43	0.01	8.05	0.004	7.59	0.005	7.72	0.005	4.32	0.03
stromal(5)	7.62	0.005	15.62	7E-05	6.66	0.009	12.4	0.0004	3.22	0.07
adipose	6.96	0.008	12.72	0.0003	5	0.02	8.96	0.002	0.99	0.31
immune(5)	4.48	0.034	5.06	0.02	2.84	0.09	2.95	0.08	2.64	0.1
immune(6)	9.63	0.001	7.19	0.007	5.78	0.01	4.29	0.03	3.41	0.06
immune(0)	1.85	0.17	0.07	0.79	0.9	0.34	0.02	0.89	4.26	0.03
TPSAB1	2.92	0.08	4.44	0.03	5.39	0.02	2.81	0.09	0.95	0.32
estrogen	4.36	0.03	0.65	0.42	2.36	0.12	1.15	0.28	0.5	0.48
AFFX-BioC-5	0	0.95	0.4	0.52	0.16	0.68	0.49	0.48	0.59	0.44
ACTG1	0.12	0.72	0	0.96	0.7	0.4	0.06	0.8	0.74	0.38
basal	0.94	0.33	1.13	0.28	0.98	0.32	2.32	0.12	0.37	0.54
ERBB2	2.83	0.09	3	0.08	2.27	0.13	2.4	0.12	0	0.97
GGT1	0	0.99	0	0.96	0.05	0.81	0.1	0.74	0	0.99
hemoglobin	0.03	0.86	0.06	0.81	0.32	0.56	0.55	0.45	0	0.94
immune(1)	1.54	0.21	0.05	0.82	1.07	0.3	0.38	0.53	3.32	0.06
immune(2)	0.06	0.8	0.44	0.5	0.18	0.67	0.24	0.62	0.46	0.49
immune(3)	1.71	0.19	1.98	0.15	1.61	0.2	1.26	0.26	1.15	0.28
immune(4)	2.21	0.13	0.68	0.4	1.76	0.18	1.27	0.25	0	0.99
immune(7)	0.5	0.47	0.1	0.74	0.93	0.33	0.01	0.93	0.79	0.37
LST1	3.25	0.07	0.82	0.36	1.69	0.19	0.25	0.61	1.04	0.3
NFIB	0.55	0.45	0.03	0.85	0.02	0.87	0.01	0.91	0.22	0.63
PPP1R12A	0.01	0.94	1.19	0.27	0	0.95	1.34	0.24	0.08	0.77
ribosomal(0)	0.35	0.55	1.7	0.19	0.36	0.55	0.53	0.46	0	0.96
ribosomal(1)	0.63	0.42	0.07	0.79	0.14	0.7	0.03	0.87	0.03	0.86
ribosomal(5)	0.19	0.66	0.51	0.47	0.22	0.64	0.12	0.73	0.97	0.32
UBE2D2	0	0.99	0.43	0.51	0	0.99	0.78	0.37	0.13	0.72
histone	4.65	0.03	0.78	0.37	3.44	0.06	1.22	0.27	3.11	0.07
GAPDH	3.07	0.07	4.73	0.02	2.35	0.12	2.09	0.14	3.7	0.05
CD24	0.45	0.5	5.25	0.02	0.82	0.36	4.47	0.03	0.51	0.47
AFFX-M27830_5	1.68	0.19	4.3	0.03	1.72	0.19	6.27	0.01	0.01	0.92
GNAS	3.34	0.06	6.15	0.01	2.07	0.15	3.04	0.08	1.36	0.24
16q13	2.58	0.1	5.33	0.02	2.49	0.11	8.07	0.0004	2.4	0.12
proliferation	10.36	0.001	14.59	0.0001	6.78	0.009	13.22	0.0002	0.71	0.39

Back to article page

ISSN: 1471-2164

Contact us

Submission enquiries: bmcgenomics@biomedcentral.com
General enquiries: ORSupport@springernature.com