Enumerating the gene sets in breast cancer, a

Mefford, Dwain; Mefford, Joel A

doi:10.1186/1471-2164-11-482

BMC Genomics

Table 5 Gene sets and survival results for the TRANSBIG data.

From: Enumerating the gene sets in breast cancer, a "direct" alternative to hierarchical clustering

	all 198 samples				ER positive				ER negative
	median		quartiles		median		quartiles		median
	χ ²	p	χ ²	p	χ ²	p	χ ²	p	χ ²	p
ribosomal(0)	4.04	0.04	8.21	0.004	9.07	0.002	10.38	0.001	0.06	0.8
ribosomal(3)	3.38	0.06	5.51	0.01	8.93	0.002	12.91	0.0003	0.46	0.49
ribosomal(4)	1.94	0.16	4.08	0.04	3.18	0.07	3.67	0.05	0.02	0.88
stromal(2)	3.57	0.05	1.54	0.21	2.45	0.11	0.44	0.5	0.22	0.63
AFFX-BioC-5	1.64	0.2	0.47	0.49	3.56	0.05	0.1	0.75	2.75	0.09
adipose	1.67	0.19	1.1	0.29	3.31	0.06	1.17	0.27	0	0.96
ACTG1	2.53	0.11	0.43	0.51	0.31	0.57	0	0.98	0.49	0.48
CD24	0.17	0.67	2.84	0.09	0.45	0.5	0.81	0.36	0.13	0.72
CD44	0.31	0.57	0.05	0.81	0.41	0.52	0.05	0.86	0.01	0.92
CFLAR	1.66	0.19	0	0.99	0.82	0.36	2.84	0.09	1.04	0.3
ERBB2	0.75	0.38	0.01	0.93	0.94	0.33	2.75	0.09	0.77	0.38
estrogen	0.24	0.62	0.57	0.44	0.28	0.59	2.11	0.14	0.54	0.46
FOXA1	1.1	0.29	0.27	0.6	0.29	0.58	0.19	0.66	0.58	0.44
GAPDH	0.35	0.55	2.03	0.15	2.05	0.15	0.18	0.67	0.01	0.9
GGT1	0.87	0.35	0	0.99	0.03	0.86	0.04	0.84	1.52	0.21
hemoglobin	0.24	0.62	0.53	0.46	0.31	0.57	0.11	0.73	0.74	0.38
immune(0)	0.05	0.81	0.57	0.44	0.22	0.64	0	0.96	1.35	0.24
immune(1)	1.01	0.31	0.56	0.45	0.87	0.34	0.94	0.33	2.2	0.13
immune(2)	0.31	0.57	0.17	0.68	0.49	0.48	0.1	0.74	0.01	0.94
immune(4)	0.04	0.83	0.01	0.92	0.05	0.81	0	0.98	2.11	0.14
immune(5)	1.26	0.26	0.04	0.84	0.68	0.4	1.27	0.26	0.23	0.63
immune(6)	0.08	0.77	0.1	0.75	0.19	0.66	0.67	0.41	0.97	0.32
immune(10)	1.81	0.17	0.47	0.49	1.71	0.19	1.97	0.16	0.97	0.32
myo	0.22	0.63	0.39	0.53	0.11	0.73	0	0.94	3.01	0.08
NFIB	0.56	0.45	0.12	0.73	0.41	0.52	2.12	0.14	0	0.98
PPP1R12A	1.47	0.22	0.26	0.61	0.51	0.47	1.26	0.26	0.63	0.42
SMARCA4	0.08	0.77	0.43	0.51	1.04	0.3	2.79	0.09	1.99	0.15
stromal(0)	0.29	0.59	2.37	0.12	0.41	0.52	1.6	0.2	0.01	0.92
stromal(1)	2.51	0.11	1.46	0.22	2.21	0.13	0.08	0.77	2.36	0.12
stromal(5)	0.58	0.44	0.25	0.61	0.03	0.85	0.8	0.37	1.69	0.19
TCF4	0.87	0.35	0.13	0.71	0.94	0.33	0.55	0.45	0.92	0.33
TPSAB1	0.21	0.64	0.03	0.86	0.23	0.63	0.29	0.59	0.03	0.86
UBE2D2	0.05	0.81	0	0.95	1.07	0.3	2.82	0.09	0.42	0.51
basal	0.13	0.71	2.48	0.11	4.52	0.03	2.32	0.12	0.35	0.55
histone	1.54	0.21	4.04	0.04	0.26	0.61	2.21	0.13	0.33	0.56
NKTR	1.29	0.25	0.03	0.85	4.41	0.03	1.55	0.21	1.54	0.21
16q13	0.86	0.35	0.23	0.63	0.4	0.52	0.27	0.6	5.28	0.02
proliferation	5.27	0.02	3.69	0.05	9.36	0.002	5.8	0.01	3.89	0.04

Back to article page

ISSN: 1471-2164

Contact us

Submission enquiries: bmcgenomics@biomedcentral.com
General enquiries: ORSupport@springernature.com