Identification of microRNAs from Amur grape (vitis amurensis Rupr.) by deep sequencing and analysis of microRNA variations with bioinformatics

Table 5 Analysis of orthologs of conserved miRNAs in 28 plant species

Plant name	miR156	miR159	miR160	miR162	miR164	miR166	miR167	miR168	miR169	miR171	miR172	miR319	miR390	miR393	miR394	miR395	miR396	miR397	miR398	miR399	miR403	miR408	miR477	miR479	miR482	miR535	miR828	miR845	miR 2111
P01	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	-
P02	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+
P03	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	-	-	-	+	-	+
P04	+	+	+	-	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	+	-	-	-	+	-	-	-
P05	+	+	+	-	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	-	+	-	+	-	-	+	-	-	-	-
P06	+	+	+	-	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	+	-	+	-	-	-	-	-	-	-
P07	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	+	+	-	+	+	-	-	-	-	-	-	-	-	+
P08	+	+	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-
P09	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	-	+	-	+	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-
P10	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	-	-	-
P11	+	-	+	-	-	+	-	-	-	+	-	+	+	-	-	-	-	-	-	-	-	-	+	-	-	+	-	-	-
P12	+	-	-	+	+	+	+	-	-	-	+	-	+	+	+	-	+	-	+	+	-	-	-	+	+	-	-	-	-
P13	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
P14	+	+	+	-	+	+	+	+	+	+	+	-	+	+	-	-	+	+	+	+	-	-	-	-	-	-	-	-	+
P15	+	+	-	-	-	+	-	-	-	-	-	+	+	-	-	-	+	-	+	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-
P16	+	+	+	-	-	+	-	-	-	+	-	+	-	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
P17	+	+	+	-	+	-	+	-	-	+	-	+	-	-	-	-	-	-	-	+	-	+	-	-	-	-	-	-	-
P18	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
P19	+	+	+	+	-	+	+	-	+	+	+	+	-	-	-	+	-	+	-	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-
P20	-	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	+
P21	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
P22	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-
P23	-	+	-	-	-	+	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-	+	-	-	-	-
P24	+	-	-	-	-	+	+	-	+	+	-	+	-	-	-	-	-	+	-	+	-	-	-	-	-	-	-	-	-
P25	+	+	+	-	-	+	-	-	+	+	+	+	-	-	-	+	+	-	+	+	-	-	+	-	+	+	-	-	-
P26	+	+	+	+	+	+	+	+	-	+	+	+	+	-	-	-	+	-	+	-	-	-	-	+	+	-	-	-	-
P27	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	+	+	+	+	+	+	+	-	-	-	+	-	-	-
P28	+	+	+	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	+	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-

Notes: P01, Vitis amurensis Rupr.; P02, Vitis vinifera; P03, Arabidopsis thaliana; P04, Oryza sativa; P05, Zea mays; P06, Sorghum bicolor; P07, Medicago truncatula; P08, Saccharum spp.; P10, Glycine max; P10, Populus trichocarpa; P11, Physcomitrella patens; P12, Gossypium hirsutum; P13, Chlamydomonas reinhardtii; P14, Brassica napus; P15, Pinus taeda; P16, Selaginella moellendorffii; P17, Triticum aestivum; P18, Carica papaya; P19, Solanum lycopersicum; P20, Lotus japonicus; P21, Vigna unguiculata; P22, Malus domestica; P23, Phaseolus vulgaris; P24, Brachypodium distachyon; P25, Aquilegia caerulea; P26, Citrus sinensis; P27, Ricinus communis; P28, Arachis hypogaea; + with orthologs, - without orthologs.

ISSN: 1471-2164

Plant name	miR156	miR159	miR160	miR162	miR164	miR166	miR167	miR168	miR169	miR171	miR172	miR319	miR390	miR393	miR394	miR395	miR396	miR397	miR398	miR399	miR403	miR408	miR477	miR479	miR482	miR535	miR828	miR845	miR 2111
P01	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	-
P02	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+
P03	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	-	-	-	+	-	+
P04	+	+	+	-	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	+	-	-	-	+	-	-	-
P05	+	+	+	-	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	-	+	-	+	-	-	+	-	-	-	-
P06	+	+	+	-	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	+	-	+	-	-	-	-	-	-	-
P07	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	+	+	-	+	+	-	-	-	-	-	-	-	-	+
P08	+	+	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-
P09	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	-	+	-	+	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-
P10	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	-	-	-
P11	+	-	+	-	-	+	-	-	-	+	-	+	+	-	-	-	-	-	-	-	-	-	+	-	-	+	-	-	-
P12	+	-	-	+	+	+	+	-	-	-	+	-	+	+	+	-	+	-	+	+	-	-	-	+	+	-	-	-	-
P13	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
P14	+	+	+	-	+	+	+	+	+	+	+	-	+	+	-	-	+	+	+	+	-	-	-	-	-	-	-	-	+
P15	+	+	-	-	-	+	-	-	-	-	-	+	+	-	-	-	+	-	+	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-
P16	+	+	+	-	-	+	-	-	-	+	-	+	-	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
P17	+	+	+	-	+	-	+	-	-	+	-	+	-	-	-	-	-	-	-	+	-	+	-	-	-	-	-	-	-
P18	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
P19	+	+	+	+	-	+	+	-	+	+	+	+	-	-	-	+	-	+	-	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-
P20	-	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	+
P21	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
P22	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-
P23	-	+	-	-	-	+	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-	+	-	-	-	-
P24	+	-	-	-	-	+	+	-	+	+	-	+	-	-	-	-	-	+	-	+	-	-	-	-	-	-	-	-	-
P25	+	+	+	-	-	+	-	-	+	+	+	+	-	-	-	+	+	-	+	+	-	-	+	-	+	+	-	-	-
P26	+	+	+	+	+	+	+	+	-	+	+	+	+	-	-	-	+	-	+	-	-	-	-	+	+	-	-	-	-
P27	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	+	+	+	+	+	+	+	-	-	-	+	-	-	-
P28	+	+	+	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	+	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-

Plant name	miR156	miR159	miR160	miR162	miR164	miR166	miR167	miR168	miR169	miR171	miR172	miR319	miR390	miR393	miR394	miR395	miR396	miR397	miR398	miR399	miR403	miR408	miR477	miR479	miR482	miR535	miR828	miR845	miR 2111
P01	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	-
P02	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+
P03	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	-	-	-	+	-	+
P04	+	+	+	-	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	+	-	-	-	+	-	-	-
P05	+	+	+	-	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	-	+	-	+	-	-	+	-	-	-	-
P06	+	+	+	-	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	+	-	+	-	-	-	-	-	-	-
P07	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	+	+	-	+	+	-	-	-	-	-	-	-	-	+
P08	+	+	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-
P09	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	-	+	-	+	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-
P10	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	-	-	-
P11	+	-	+	-	-	+	-	-	-	+	-	+	+	-	-	-	-	-	-	-	-	-	+	-	-	+	-	-	-
P12	+	-	-	+	+	+	+	-	-	-	+	-	+	+	+	-	+	-	+	+	-	-	-	+	+	-	-	-	-
P13	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
P14	+	+	+	-	+	+	+	+	+	+	+	-	+	+	-	-	+	+	+	+	-	-	-	-	-	-	-	-	+
P15	+	+	-	-	-	+	-	-	-	-	-	+	+	-	-	-	+	-	+	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-
P16	+	+	+	-	-	+	-	-	-	+	-	+	-	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
P17	+	+	+	-	+	-	+	-	-	+	-	+	-	-	-	-	-	-	-	+	-	+	-	-	-	-	-	-	-
P18	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
P19	+	+	+	+	-	+	+	-	+	+	+	+	-	-	-	+	-	+	-	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-
P20	-	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	+
P21	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
P22	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-
P23	-	+	-	-	-	+	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-	+	-	-	-	-
P24	+	-	-	-	-	+	+	-	+	+	-	+	-	-	-	-	-	+	-	+	-	-	-	-	-	-	-	-	-
P25	+	+	+	-	-	+	-	-	+	+	+	+	-	-	-	+	+	-	+	+	-	-	+	-	+	+	-	-	-
P26	+	+	+	+	+	+	+	+	-	+	+	+	+	-	-	-	+	-	+	-	-	-	-	+	+	-	-	-	-
P27	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	+	+	+	+	+	+	+	-	-	-	+	-	-	-
P28	+	+	+	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	+	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-

Plant name	miR156	miR159	miR160	miR162	miR164	miR166	miR167	miR168	miR169	miR171	miR172	miR319	miR390	miR393	miR394	miR395	miR396	miR397	miR398	miR399	miR403	miR408	miR477	miR479	miR482	miR535	miR828	miR845	miR 2111
P01	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	-
P02	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+
P03	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	-	-	-	+	-	+
P04	+	+	+	-	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	+	-	-	-	+	-	-	-
P05	+	+	+	-	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	-	+	-	+	-	-	+	-	-	-	-
P06	+	+	+	-	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	+	-	+	-	-	-	-	-	-	-
P07	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	+	+	-	+	+	-	-	-	-	-	-	-	-	+
P08	+	+	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-
P09	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	-	+	-	+	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-
P10	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	-	-	-
P11	+	-	+	-	-	+	-	-	-	+	-	+	+	-	-	-	-	-	-	-	-	-	+	-	-	+	-	-	-
P12	+	-	-	+	+	+	+	-	-	-	+	-	+	+	+	-	+	-	+	+	-	-	-	+	+	-	-	-	-
P13	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
P14	+	+	+	-	+	+	+	+	+	+	+	-	+	+	-	-	+	+	+	+	-	-	-	-	-	-	-	-	+
P15	+	+	-	-	-	+	-	-	-	-	-	+	+	-	-	-	+	-	+	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-
P16	+	+	+	-	-	+	-	-	-	+	-	+	-	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
P17	+	+	+	-	+	-	+	-	-	+	-	+	-	-	-	-	-	-	-	+	-	+	-	-	-	-	-	-	-
P18	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
P19	+	+	+	+	-	+	+	-	+	+	+	+	-	-	-	+	-	+	-	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-
P20	-	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	+
P21	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
P22	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-
P23	-	+	-	-	-	+	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-	+	-	-	-	-	+	-	-	-	-
P24	+	-	-	-	-	+	+	-	+	+	-	+	-	-	-	-	-	+	-	+	-	-	-	-	-	-	-	-	-
P25	+	+	+	-	-	+	-	-	+	+	+	+	-	-	-	+	+	-	+	+	-	-	+	-	+	+	-	-	-
P26	+	+	+	+	+	+	+	+	-	+	+	+	+	-	-	-	+	-	+	-	-	-	-	+	+	-	-	-	-
P27	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	-	+	+	+	+	+	+	+	-	-	-	+	-	-	-
P28	+	+	+	-	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	+	-	-	+	-	-	-	-	-	-	-