Table 1 Primate specific miRNA family expansions

SF00001

mir-1186,mir-1186b,mir-130,mir-1303,mir-130a,mir-130b,mir-130c, mir-1972,mir-301,mir-301a,mir-301b,mir-301c,mir-3090,mir-3590, mir-4452,mir-5095,mir-5096,mir-544,mir-544a,mir-544b,mir-619

ES Cell Expressed

SF00003

mir-1283,mir-1283a,mir-1283b,mir-290,mir-291a,mir-291b, mir-292,mir-293,mir-294,mir-371,mir-371b,mir-373,mir-512, mir-515,mir-516,mir-516a,mir-516b,mir-517,mir-517a,mir-517b, mir-517c,mir-518a,mir-518b,mir-518c,mir-518d,mir-518e,mir-518f, mir-519a,mir-519b,mir-519c,mir-519d,mir-519e,mir-519f,mir-520a, mir-520b,mir-520c,mir-520d,mir-520e,mir-520f,mir-520g,mir-520h, mir-521,mir-522,mir-523,mir-523a,mir-523b,mir-524, mir-525,mir-526a,mir-526b,mir-527

ES Cell Expressed Maternal Zygotic transition

SF00022

mir-1254,mir-1268,mir-1273,mir-1273c,mir-1273d,mir-1273e, mir-1273f,mir-1273g,mir-1304,mir-297,mir-297a,mir-297b,mir-297c, mir-4419b,mir-4459,mir-4478,mir-466,mir-466a,mir-466b,mir-466c, mir-466d,mir-466e,mir-466f,mir-466g,mir-466h,mir-466i,mir-466j, mir-466k,mir-466l,mir-466m,mir-466n,mir-466o,mir-466p,mir-467a,mir-467b,mir-467c,mir-467d,mir-467e,mir-467g,mir-467h,mir-566,mir-669a,mir-669b,mir-669c,mir-669d,mir-669e,mir-669f,mir-669g,mir-669h,mir-669i,mir-669j,mir-669k,mir-669l,mir-669m,mir-669o,mir-669p

Repeat Associated miRNAs (simple repeats, SINE, LTR)

SF00030

mir-2284a,mir-2284b,mir-2284c,mir-2284d,mir-2284e,mir-2284f,mir-2284g,mir-2284h,mir-2284i,mir-2284k,mir-2284l,mir-2284m,mir-2284n,mir-2284o,mir-2284p,mir-2284q,mir-2284r,mir-2284s,mir-2284t,mir-2284v,mir-2284w,mir-2284x,mir-2285a,mir-2285b,mir-2285c,mir-2285d,mir-2312,mir-2435,mir-548a,mir-548ab,mir-548ac,mir-548ad,mir-548ae,mir-548ag,mir-548ah,mir-548ai,mir-548aj,mir-548ak,mir-548al,mir-548am,mir-548an,mir-548b,mir-548c,mir-548d,mir-548e,mir-548f,mir-548g,mir-548h,mir-548i,mir-548j,mir-548k,mir-548l,mir-548m,mir-548n,mir-548o,mir-548p,mir-548q,mir-548t,mir-548u,mir-548v,mir-548w,mir-548x,mir-548y,mir-570,mir-603

Repeat Associated miRNAs (MADE1 elements)

SF00037

mir-3586

SF00069

mir-1261,mir-1302,mir-1302b,mir-1302c,mir-1302d,mir-1302e

MER 63 Repeat Associated miRNAs

SF00090

mir-1587

Unknown

SF00099

mir-3585,mir-463,mir-465,mir-465a,mir-465b,mir-465c,mir-470, mir-506,mir-507,mir-508,mir-509,mir-509a,mir-509b,mir-510, mir-513a,mir-513b,mir-513c,mir-514,mir-514b,mir-547,mir-652, mir-742,mir-743a,mir-743b,mir-871,mir-878,mir-880,mir-881, mir-883,mir-883a,mir-883b,mir-888,mir-890,mir-892,mir-892a,mir-892b

X-linked miRNA cluster

SF00160

mir-378b,mir-378d,mir-378f,mir-378g

Unknown

SF00227

mir-4426

Unknown

SF00280

mir-703

Unknown

SF00332

mir-1233

Unknown

SF00335

mir-4310

Unknown

SF00379

mir-1244

Unknown

SF00386

mir-4646

Unknown

SF00447

mir-1236

Unknown

SF00481

mir-1973,mir-4485

Unknown

SF00485

mir-4640

Unknown

SF00731

mir-3118

Unknown

SF00807

mir-4509

Unknown

SF00912

mir-663,mir-663a,mir-663b

Tumor Suppressor

SF00954

mir-3689a,mir-3689c,mir-3689d,mir-3689e,mir-3689f

Unknown

SF01055

mir-877

miRtron, Unknown

SF01979

mir-3675

Unknown

SF01987

mir-3180

Unknown