From: Optimizing multiplex SNP-based data analysis for genotyping of Mycobacterium tuberculosis isolates
 | Lineage type by spoligotyping | |||||||||||||||||||
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Lineage type by MLPA | Beijing | H1 | H3 | LAM1 | LAM5 | LAM9 | T5-RUS1 (LAM)a | T5-RUS1 | MANU2 | T1 | T1-RUS2 | T2 | T3 | T4 | T5 | Ural-1b | Unknown | Unknown (LAM)a | Not reported before | Not-interpretable |
Beijing K1 (n = 28) | 28 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
Beijing V+/CHIN + (n = 5) | 5 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
Beijing SA-/CHIN- (n = 1) | 1 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
Beijing V- (n = 1) |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | 1 |  |  |  |
MTB4 other than LAM or Haarlem (n = 40) |  |  | 1 |  |  |  |  |  | 1 | 8 | 1 |  | 1 | 1 | 1 | 9 | 13 |  | 4 |  |
LAM (n = 16) |  |  |  | 3 | 1 | 1 | 2 | 3 |  |  |  | 1 |  |  |  |  | 3 | 1 | 1 |  |
Haarlem (n = 8) |  | 2 | 6 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
Non-interpretable (n = 1) |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | 1 |
Total (100 isolates) | 34 | 2 | 7 | 3 | 1 | 1 | 2 | 3 | 1 | 8 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 9 | 17 | 1 | 5 | 1 |