Dataset | SSRLength | > = 12 | > = 14 | > = 15 | > = 16 | > = 18 | > = 20 | > = 24 | > = 30 | > = 40 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 | SSR type | n | f | n | f | n | f | n | f | n | f | n | f | n | f | n | f | n | f |
Osgi | dinucleotide | 1751 | 0.07 | 1206 | 0.09 | 950 | 0.07 | 950 | 0.14 | 673 | 0.12 | 507 | 0.16 | 366 | 0.25 | 237 | 0.45 | 136 | 0.67 |
 | trinucleotide | 17342 | 0.67 | 8921 | 0.63 | 8921 | 0.65 | 4272 | 0.62 | 4272 | 0.75 | 1993 | 0.62 | 912 | 0.61 | 242 | 0.46 | 56 | 0.28 |
 | tetranucleotide | 4039 | 0.16 | 1242 | 0.09 | 1242 | 0.09 | 1242 | 0.18 | 275 | 0.05 | 275 | 0.09 | 84 | 0.06 | 18 | 0.03 | 9 | 0.04 |
 | pentanucleotide | 2706 | 0.10 | 2706 | 0.19 | 2706 | 0.20 | 458 | 0.07 | 458 | 0.08 | 458 | 0.14 | 124 | 0.08 | 33 | 0.06 | 2 | 0.01 |
 | Total SSR | 25838 |  | 14075 |  | 13819 |  | 6922 |  | 5678 |  | 3233 |  | 1486 |  | 530 |  | 203 |  |
 | U.f |  | 50% |  | 27% |  | 27% |  | 13% |  | 11% |  | 6% |  | 3% |  | 1% |  | 0.4% |
Hvgi | dinucleotide | 1304 | 0.07 | 916 | 0.10 | 706 | 0.08 | 706 | 0.15 | 508 | 0.15 | 387 | 0.17 | 237 | 0.25 | 162 | 0.48 | 96 | 0.67 |
 | trinucleotide | 9176 | 0.52 | 4326 | 0.45 | 4326 | 0.46 | 1990 | 0.43 | 1990 | 0.57 | 971 | 0.42 | 464 | 0.48 | 115 | 0.34 | 34 | 0.24 |
 | tetranucleotide | 4122 | 0.23 | 1359 | 0.14 | 1359 | 0.15 | 1359 | 0.29 | 379 | 0.11 | 379 | 0.16 | 103 | 0.11 | 10 | 0.03 | 4 | 0.03 |
 | pentanucleotide | 2976 | 0.17 | 2976 | 0.31 | 2976 | 0.32 | 594 | 0.13 | 594 | 0.17 | 594 | 0.25 | 157 | 0.16 | 53 | 0.16 | 10 | 0.07 |
 | Total SSR | 17578 |  | 9577 |  | 9367 |  | 4649 |  | 3471 |  | 2331 |  | 961 |  | 340 |  | 144 |  |
 | U.f |  | 36% |  | 20% |  | 19% |  | 10% |  | 7% |  | 5% |  | 2% |  | 1% |  | 0.3% |
Tagi | dinucleotide | 2606 | 0.08 | 1890 | 0.11 | 1526 | 0.09 | 1526 | 0.18 | 1122 | 0.18 | 890 | 0.22 | 668 | 0.32 | 478 | 0.54 | 317 | 0.70 |
 | trinucleotide | 18650 | 0.55 | 8671 | 0.50 | 8671 | 0.51 | 3847 | 0.46 | 3847 | 0.61 | 1840 | 0.45 | 989 | 0.48 | 343 | 0.39 | 124 | 0.27 |
 | tetranucleotide | 8189 | 0.24 | 2253 | 0.13 | 2253 | 0.13 | 2253 | 0.27 | 572 | 0.09 | 572 | 0.14 | 181 | 0.09 | 26 | 0.03 | 8 | 0.02 |
 | pentanucleotide | 4570 | 0.13 | 4570 | 0.26 | 4570 | 0.27 | 773 | 0.09 | 773 | 0.12 | 773 | 0.19 | 243 | 0.12 | 33 | 0.04 | 5 | 0.01 |
 | Total SSR | 34015 |  | 17384 |  | 17020 |  | 8399 |  | 6314 |  | 4075 |  | 2081 |  | 880 |  | 454 |  |
 | U.f |  | 31% |  | 16% |  | 16% |  | 8% |  | 6% |  | 4% |  | 2% |  | 1% |  | 0.4% |
IRGSPnr | dinucleotide | 32202 | 0.17 | 23056 | 0.21 | 18541 | 0.17 | 18541 | 0.33 | 14081 | 0.34 | 11286 | 0.39 | 8516 | 0.53 | 6307 | 0.72 | 4284 | 0.81 |
 | trinucleotide | 78832 | 0.41 | 38759 | 0.35 | 38759 | 0.36 | 17615 | 0.31 | 17615 | 0.43 | 8392 | 0.29 | 4431 | 0.28 | 1400 | 0.16 | 582 | 0.11 |
 | tetranucleotide | 48836 | 0.25 | 15030 | 0.14 | 15030 | 0.14 | 15030 | 0.26 | 3789 | 0.09 | 3789 | 0.13 | 1636 | 0.10 | 625 | 0.07 | 378 | 0.07 |
 | pentanucleotide | 34102 | 0.18 | 34102 | 0.31 | 34102 | 0.32 | 5591 | 0.10 | 5591 | 0.14 | 5591 | 0.19 | 1401 | 0.09 | 385 | 0.04 | 54 | 0.01 |
 | Total SSR | 193972 |  | 110947 |  | 106432 |  | 56777 |  | 41076 |  | 29058 |  | 15984 |  | 8717 |  | 5298 |  |