Skip to main content

Table 2 Nucleotide frequencies, AT content, AT- and GC-skew for mitochondrial genes of L. oceanica.

From: The complete mitochondrial genome of the common sea slater, Ligia oceanica (Crustacea, Isopoda) bears a novel gene order and unusual control region features

Gene (strand)

Nucleotide frequency

%AT

AT skew

GC skew

GC skew

 

A

C

G

T

  

L. oceanica

I. baltica

atp6 (+)

0.244

0.205

0.222

0.329

57.3

-0.148

0.038

0,012

atp8 (+)

0.288

0.157

0.157

0.399

68.6

-0.162

0.000

0,100

cox1 (+)

0.236

0.190

0.224

0.350

58.6

-0.195

0.083

0,122

cox2 (+)

0.253

0.183

0.228

0.336

58.9

-0.142

0.111

0,169

cox3 (+)

0.219

0.212

0.234

0.336

55.4

-0.211

0.048

0,029

cob (-)

0.250

0.248

0.153

0.348

59.9

-0.164

-0.235

-0,212

nad1 (-)

0.236

0.205

0.213

0.346

58.3

-0.188

0.020

-0,090

nad2 (+)

0.269

0.149

0.236

0.347

61.6

-0.127

0.226

0,299

nad3 (+)

0.219

0.194

0.268

0.319

53.9

-0.185

0.161

0,320

nad4 (-)

0.273

0.229

0.142

0.357

63.0

-0.134

-0.235

-0,247

nad4L (-)

0.261

0.196

0.155

0.388

65.0

-0.196

-0.118

-0,204

nad5 (+)

0.275

0.127

0.255

0.343

61.7

-0.111

0.335

0,246

nad6 (+)

0.268

0.125

0.233

0.374

64.2

-0.166

0.303

0,240

rrnL (-)

0.345

0.186

0.163

0.306

65.2

0.060

-0.065

-0,103

rrnS (+)

0.324

0.187

0.212

0.278

60.1

0.076

0.062

0,098

CR

0.240

0.231

0.212

0.318

55.8

-0.139

-0.043

n.d.

total (+)

0.292

0.169

0.222

0.317

60.9

-0.041

0.136

n.d.

  1. GC-skew from Idotea baltica genes for comparison. GC-skews from genes coding on (-)strand are shown in bold numbers.