Skip to main content

Table 4 Mean frequency, repeat count, and polymorphism by motif length and GC content in microsatellites with one allowed mismatched repeat position

From: Patterned sequence in the transcriptome of vascular plants

Length

GC content

simpfreq

compfreq

totfreq

fracsimp

simprepe

comprepe

simppoly

comppoly

3

0

4.578

17.571

22.148

0.197

5.912

4.614

0.151

0.123

 

0.333

7.923

27.527

35.45

0.211

5.789

4.508

0.156

0.157

 

0.667

7.718

25.59

33.307

0.236

5.705

4.553

0.167

0.166

 

1

11.949

38.208

50.157

0.246

5.698

4.472

0.144

0.158

4

0

1.466

11.444

12.91

0.121

4.224

3.156

0.122

0.11

 

0.25

0.773

7.478

8.251

0.091

4.277

3.152

0.168

0.127

 

0.5

0.366

3.009

3.375

0.105

4.25

3.13

0.19

0.13

 

0.75

0.303

2.466

2.768

0.103

4.24

3.136

0.141

0.117

 

1

0.217

2.475

2.692

0.067

4.179

3.064

0.13

0.132

5

0

1.364

71.877

73.241

0.016

3.11

2.015

0.117

0.113

 

0.2

0.627

47.195

47.822

0.01

3.094

2.009

0.14

0.12

 

0.4

0.295

31.143

31.438

0.008

3.123

2.007

0.15

0.129

 

0.6

0.201

21.117

21.317

0.008

3.145

2.007

0.158

0.133

 

0.8

0.173

17.65

17.823

0.008

3.115

2.007

0.138

0.13

 

1

0.248

25.358

25.607

0.007

3.065

2.008

0.12

0.125

6

0

0.019

6.452

6.471

0.003

3.096

2.009

0.141

0.11

 

0.167

0.039

6.483

6.523

0.005

3.136

2.01

0.155

0.118

 

0.333

0.045

4.697

4.741

0.008

3.121

2.011

0.176

0.13

 

0.5

0.061

4.169

4.231

0.012

3.18

2.017

0.194

0.142

 

0.667

0.055

2.999

3.054

0.015

3.158

2.025

0.196

0.147

 

0.833

0.094

3.778

3.871

0.019

3.199

2.031

0.191

0.146

 

1

0.089

3.137

3.226

0.015

2.58

2.019

0.193

0.137