GATE: an efficient procedure in study of pleiotropic genetic associations

BMC Genomics

Table 1 The empirical type I errors of TATES, MANOVA, MultiPhen, mCPC, and GATE when the correlated phenotypes are sampled from indirect association model

	Scenario	MAF	TATES	MANOVA	MultiPhen	mCPC	GATE
m=20	S1	0.05	0.046	0.044	0.048	0.046	0.043
		0.15	0.048	0.045	0.043	0.044	0.041
		0.30	0.058	0.054	0.064	0.052	0.053
		0.50	0.047	0.047	0.058	0.050	0.045
	S2	0.05	0.062	0.053	0.049	0.043	0.053
		0.15	0.059	0.058	0.060	0.057	0.054
		0.30	0.061	0.046	0.047	0.047	0.047
		0.50	0.054	0.053	0.054	0.055	0.059
	S3	0.05	0.053	0.047	0.047	0.041	0.043
		0.15	0.051	0.051	0.049	0.051	0.052
		0.30	0.064	0.053	0.057	0.061	0.065
		0.50	0.050	0.061	0.065	0.066	0.062
	S4	0.05	0.062	0.042	0.047	0.046	0.042
		0.15	0.051	0.045	0.045	0.049	0.045
		0.30	0.045	0.042	0.045	0.047	0.047
		0.50	0.052	0.044	0.049	0.060	0.057
m=100	S5	0.05	0.055	0.059	0.111	0.057	0.059
		0.15	0.053	0.049	0.087	0.046	0.053
		0.30	0.056	0.037	0.096	0.030	0.032
		0.50	0.060	0.051	0.114	0.038	0.051
	S6	0.05	0.058	0.049	0.103	0.046	0.051
		0.15	0.056	0.056	0.093	0.063	0.058
		0.30	0.062	0.043	0.098	0.040	0.049
		0.50	0.076	0.046	0.116	0.037	0.050
	S7	0.05	0.057	0.052	0.104	0.051	0.048
		0.15	0.045	0.045	0.086	0.058	0.056
		0.30	0.052	0.045	0.103	0.040	0.041
		0.50	0.049	0.062	0.114	0.054	0.053
	S8	0.05	0.066	0.063	0.113	0.063	0.062
		0.15	0.063	0.046	0.085	0.051	0.055
		0.30	0.039	0.052	0.116	0.041	0.038
		0.50	0.066	0.071	0.126	0.066	0.054

The number of correlated phenotypes is 20 and 100. Scenario S1-S4 correspond to four correlation structures for m=20 and Scenario S5-S8 are for m=100. For each scenario, four MAFs including 0.05, 0.15, 0.30, and 0.50 are considered. The nominal significance level is 0.05 and 1000 simulations are conducted

ISSN: 1471-2164