GATE: an efficient procedure in study of pleiotropic genetic associations

BMC Genomics

Table 2 The empirical type I errors of TATES, MANOVA, MultiPhen, mCPC, and GATE when the correlated phenotypes are sampled from direct association model

	Scenario	MAF	TATES	MANOVA	MultiPhen	mCPC	GATE
m=20	S9	0.05	0.045	0.048	0.050	0.045	0.047
		0.15	0.054	0.049	0.058	0.050	0.048
		0.30	0.051	0.047	0.054	0.043	0.045
		0.50	0.050	0.054	0.056	0.053	0.052
	S10	0.05	0.037	0.054	0.059	0.048	0.052
		0.15	0.035	0.055	0.050	0.046	0.045
		0.30	0.038	0.049	0.055	0.052	0.043
		0.50	0.031	0.043	0.049	0.047	0.047
	S11	0.05	0.041	0.050	0.050	0.052	0.050
		0.15	0.049	0.047	0.054	0.048	0.053
		0.30	0.049	0.054	0.055	0.052	0.054
		0.50	0.060	0.053	0.060	0.052	0.055
	S12	0.05	0.042	0.051	0.057	0.062	0.064
		0.15	0.040	0.047	0.045	0.044	0.048
		0.30	0.041	0.043	0.048	0.045	0.046
		0.50	0.045	0.048	0.052	0.048	0.051
m=100	S13	0.05	0.049	0.044	0.086	0.042	0.044
		0.15	0.060	0.047	0.089	0.046	0.040
		0.30	0.060	0.063	0.119	0.052	0.056
		0.50	0.053	0.041	0.094	0.039	0.051
	S14	0.05	0.031	0.053	0.100	0.059	0.048
		0.15	0.024	0.059	0.092	0.046	0.054
		0.30	0.030	0.051	0.114	0.051	0.058
		0.50	0.030	0.050	0.122	0.046	0.042
	S15	0.05	0.058	0.055	0.106	0.056	0.050
		0.15	0.047	0.051	0.102	0.059	0.043
		0.30	0.042	0.066	0.118	0.061	0.051
		0.50	0.048	0.039	0.103	0.045	0.043
	S16	0.05	0.036	0.055	0.099	0.059	0.053
		0.15	0.041	0.050	0.087	0.055	0.049
		0.30	0.041	0.047	0.110	0.057	0.065
		0.50	0.042	0.065	0.130	0.059	0.052

The number of correlated phenotypes is 20 and 100. Scenario S9-S12 correspond to four correlation structures for m=20 and Scenario S13-S16 are for m=100. For each scenario, four MAFs including 0.05, 0.15, 0.30, and 0.50 are considered. The nominal significance level is 0.05 and 1000 simulation replicates are conducted

ISSN: 1471-2164