Table 2 The transition probability matrix of the second order Markov chain
From: Optimal choice of word length when comparing two Markov sequences using a χ 2-statistic
A | C | G | T | |
|---|---|---|---|---|
AA | 0.1+ α 1 | 0.2- α 1 | 0.3+ α 2 | 0.4- α 2 |
AC | 0.2+ α 1 | 0.3- α 1 | 0.4+ α 2 | 0.1- α 2 |
AG | 0.3+ α 1 | 0.4- α 1 | 0.1+ α 2 | 0.2- α 2 |
AT | 0.4+ α 1 | 0.1- α 1 | 0.2+ α 2 | 0.3- α 2 |
CA | 0.1+ β 1 | 0.2- β 1 | 0.3+ β 2 | 0.4- β 2 |
CC | 0.2+ β 1 | 0.3- β 1 | 0.4+ β 2 | 0.1- β 2 |
CG | 0.3+ β 1 | 0.4- β 1 | 0.1+ β 2 | 0.2- β 2 |
CT | 0.4+ β 1 | 0.1- β 1 | 0.2+ β 2 | 0.3- β 2 |
GA | 0.1+ γ 1 | 0.2- γ 1 | 0.3+ γ 2 | 0.4- γ 2 |
GC | 0.2+ γ 1 | 0.3- γ 1 | 0.4+ γ 2 | 0.1- γ 2 |
GG | 0.3+ γ 1 | 0.4- γ 1 | 0.1+ γ 2 | 0.2- γ 2 |
GT | 0.4+ γ 1 | 0.1- γ 1 | 0.2+ γ 2 | 0.3- γ 2 |
TA | 0.1+ δ 1 | 0.2- δ 1 | 0.3+ δ 2 | 0.4- δ 2 |
TC | 0.2+ δ 1 | 0.3- δ 1 | 0.4+ δ 2 | 0.1- δ 2 |
TG | 0.3+ δ 1 | 0.4- δ 1 | 0.1+ δ 2 | 0.2- δ 2 |
TT | 0.4+ δ 1 | 0.1- δ 1 | 0.2+ δ 2 | 0.3- δ 2 |