Table 1 Sample of rice motifs detected by network-level conservation.
From: Discovery of cis-elements between sorghum and rice using co-expression and evolutionary conservation
Motif | #rice | #sorghum | Exp. | Obs. | Z-score | Known sites | Motif Name |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
G:A:C:C:G:T:T:A:C | 20 | 26 | 0.04 | 5 | 20.1384 | Â | Â |
G:A:G:T:A:A:C:G:C | 20 | 16 | 0.03 | 3 | 19.6146 | Â | Â |
C:C:C:C:G:A:T:A | 55 | 63 | 0.29 | 4 | 13.4851 | Â | Â |
G:C:G:G:G:A:A:A | 177 | 196 | 2.86 | 22 | 6.5334 | G:C:G:G:G:A:A:A | re2f-1 element |
C:C:T:T:A:T:C:C | 390 | 315 | 10.13 | 75 | 6.2174 | C:T:T:A:T:C:C | GATA/SBX element |
C:C:G:G:G:T:AG:A:T | 48 | 26 | 0.1 | 3 | 6.1608 | Â | Â |
C:T:A:C:G:C:G | 434 | 457 | 16.35 | 42 | 6.1212 | Â | Â |
A:C:G:C:G:T:G:T:C | 37 | 31 | 0.09 | 3 | 4.8835 | A:A:C:G:C:G:T:G:T:C | CE3 (Coupling element) |
C:A:C:G:T:G:A | 950 | 873 | 68.38 | 156 | 4.7977 | C:A:C:G:T:G | G-box |
G:G:A:C:G:T:C:A | 116 | 104 | 0.99 | 6 | 4.7054 | A:C:G:T:C:A | hexamer motif |
T:T:A:A:T:G:CG:C:G | 95 | 53 | 0.42 | 9 | 4.2548 | T:T:A:A:T:G:G | Target of WUS |
C:C:A:C:G:T:G | 1577 | 1099 | 142.89 | 308 | 4.2168 | C:C:A:C:G:T:G:G | G-box |
G:T:A:C:G:T | 2788 | 2859 | 657.18 | 874 | 3.9756 | G:T:A:C:G:T:G | ACGT motif |
A:C:C:G:A:C:G | 880 | 800 | 58.04 | 117 | 3.5723 | A:C:C:G:A:C | DRE |
C:G:C:A:T:A:T:C | 129 | 96 | 1.02 | 5 | 3.4547 | C:A:T:A:T:C | I-Box |
A:C:G:T:G:G:C | 1408 | 1006 | 116.78 | 231 | 3.3984 | A:C:G:T:G:G:C:G | ABRE |
G:C:A:A:C:G:T:G:A | 49 | 44 | 0.18 | 4 | 3.2268 | C:A:A:C:G:T:G | OsBP-5 binding site |
A:C:C:G:A:C:A:T:T | 45 | 48 | 0.18 | 4 | 3.2193 | Â | Â |
A:A:C:C:G:A:C | 714 | 715 | 42.09 | 79 | 2.9321 | A:C:C:G:A:C | DRE |
T:T:T:C:C:C:G:C | 248 | 244 | 4.99 | 33 | 2.9232 | T:T:T:C:C:C:G:C | E2F binding site |
G:G:G:C:C:C | 3813 | 3394 | 1066 | 1472 | 2.8948 | G:G:G:C:C:C | ERE |
T:A:G:C:C:G:C:C:T | 56 | 55 | 0.25 | 5 | 2.7213 | A:G:C:C:G:C:C | AGC box |
G:C:G:G:T:AT:A:T:T | 53 | 44 | 0.19 | 3 | 2.7055 | G:C:G:G:T:A:A:T:T | GT2 binding site |
G:C:A:C:G:T:G:G | 258 | 219 | 4.66 | 19 | 2.5531 | C:A:C:G:T:G:G | G-box plus G |
T:A:A:C:C:C:T:A | 432 | 337 | 12 | 48 | 2.4654 | A:A:C:C:C:T:A | Telo-box |
A:C:T:T:T:G:C:G | 114 | 134 | 1.26 | 5 | 2.4333 | A:C:T:T:T:G | T-box |
T:A:C:G:T:A:C | 1119 | 1210 | 111.63 | 194 | 2.2906 | T:A:C:G:T:A | A-box |
T:A:G:C:C:G:C:C:A | 68 | 62 | 0.35 | 6 | 2.285 | A:G:C:C:G:C:C | AGC box |
C:A:A:C:G:T:G:G | 249 | 178 | 3.65 | 14 | 2.2805 | C:A:A:C:G:T:G | OsBP-5 binding site |
G:G:G:T:A:A:T:CT:G | 62 | 44 | 0.22 | 3 | 2.128 | G:G:T:A:A:T:T | GT2 binding site |