Table 2 Sample of rice long specific motifs detected by network-level conservation.
From: Discovery of cis-elements between sorghum and rice using co-expression and evolutionary conservation
Motif | #rice | #sorghum | #common | Zscore |
|---|---|---|---|---|
T:A:G:C:G:C:G:T:C:T:G:A:C:T:T:C:A:G:A:T:C:A:G:A:A | 5 | 3 | 3 | 18.51 |
G:G:A:C:C:A:G:A:N:C:N:T:N:A:N:T:C:T:G:G:C:G:C:C:T:T:A:G:A:C:C:A | 4 | 3 | 3 | 16.27 |
A:C:G:C:G:G:C:G:A:A:G:C:A | 3 | 3 | 3 | 16.04 |
G:G:A:A:T:G:C:N:G:A:A:A:G:A:T:G:T:G | 3 | 3 | 3 | 14.41 |
T:T:C:T:N:N:G:N:N:G:N:N:T:T:C:C:T:C:T:A:C:T:G:G:T:T:N:T:A:N:G:T:C:T:T:C:T:C:A | 4 | 4 | 4 | 11.11 |
C:A:T:G:T:G:C:N:N:G:C:A:C:G:T | 4 | 4 | 3 | 8.3 |
G:T:G:G:G:A:T:T:T:G:A:A:C:C:C:A:C:G:C:C:C:T | 4 | 4 | 3 | 8.02 |
C:C:C:T:T:T:N:G:G:A:C:C:A | 5 | 5 | 3 | 7.73 |
G:A:A:T:C:C:C:C:N:C:C:A:A:A:A | 5 | 4 | 3 | 6.09 |
A:A:C:C:C:T:A:G:A:T:C:T:C | 4 | 6 | 3 | 5.93 |
A:G:A:T:C:C:A:G:A:T:C:C | 7 | 8 | 4 | 4.54 |
C:A:C:G:T:C:A:N:C:G:A:T:C:C:G | 9 | 7 | 6 | 4.16 |
C:C:A:C:G:T:N:A:N:N:G:A:T:C:C:G:C | 7 | 6 | 5 | 4.11 |
C:C:G:A:G:C:C:A:A:A:A | 10 | 12 | 3 | 2.15 |