Skip to main content

Table 3 The Pearson's correlations and standard deviations for intra-method and inter-method comparisons for the unfiltered gene set (17,001 genes).

From: A comparison of RNA amplification techniques at sub-nanogram input concentration

Unamp A Unamp A                
Unamp B 0.59 Unamp B               
Unamp C 0.56 0.73 Unam p C              
Mod T7 D 0.36 0.30 0.30 Mod T7 D*             
Mod T7 E 0.25 0.17 0.14 0.46 Mod T7 E            
Mod T7 F 0.36 0.30 0.29 0.60 0.41 Mod T7 F           
Mod T7 G 0.37 0.30 0.28 0.60 0.40 0.65 Mod T7 G          
Mod T7 H 0.30 0.21 0.21 0.50 0.37 0.51 0.54 Mod T7 H         
Mod T7 I 0.38 0.32 0.28 0.58 0.38 0.63 0.66 0.50 Mod T7 I        
Arcturus J 0.32 0.30 0.26 0.60 0.40 0.57 0.58 0.46 0.60 Arcturus J       
Arcturus K 0.30 0.24 0.21 0.52 0.37 0.48 0.47 0.40 0.48 0.56 Arcturus K      
Arcturus L 0.24 0.16 0.14 0.39 0.33 0.40 0.39 0.35 0.37 0.40 0.38 Arcturus L     
Arcturus M 0.36 0.27 0.26 0.67 0.46 0.60 0.60 0.50 0.57 0.61 0.57 0.49 Arcturus M    
Bal PCR N 0.29 0.20 0.19 0.42 0.29 0.35 0.37 0.31 0.38 0.37 0.37 0.41 0.36 Bal PCR N   
Bal PCR O 0.27 0.18 0.17 0.37 0.26 0.30 0.30 0.30 0.31 0.30 0.29 0.28 0.38 0.49 Bal PCR O  
Bal PCR P 0.33 0.25 0.22 0.48 0.31 0.39 0.38 0.34 0.38 0.36 0.39 0.34 0.50 0.56 0.49 Bal PCR P
Bal PCR Q 0.25 0.11 0.10 0.36 0.27 0.27 0.28 0.28 0.27 0.27 0.29 0.31 0.40 0.49 0.50 0.53
  Intramethod    Intermethod Mean R2         
  Mean R 2 SD Range Unamp SD Mod T7 SD Arcturus SD Bal PCR SD      
Unamp 0.63 0.07 0.56–0.73    0.28 0.07 0. 26 0.06 0.21 0.07      
Mod T7 0.52 0.10 0.14–0.66 0.28 0.07    0.48 0.10 0.33 0.05      
Arcturus 0.50 0.09 0.14–0.61 0.26 0.06 0.48 0.10    0.35 0.06      
Bal PCR 0.51 0.03 0.10–0.56 0.21 0.07 0.33 0.05 0.35 0.06