TY - JOUR AU - Lapidot, M. AU - Pilpel, Y. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genome-wide natural antisense transcription: coupling its regulation to its different regulatory mechanisms JO - EMBO Rep VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/sj.embor.7400857 DO - 10.1038/sj.embor.7400857 ID - Lapidot2006 ER - TY - JOUR AU - Lavorgna, G. AU - Dahary, D. AU - Lehner, B. AU - Sorek, R. AU - Sanderson, C. M. AU - Casari, G. PY - 2004 DA - 2004// TI - In search of antisense JO - Trends Biochem Sci VL - 29 UR - https://doi.org/10.1016/j.tibs.2003.12.002 DO - 10.1016/j.tibs.2003.12.002 ID - Lavorgna2004 ER - TY - JOUR AU - Shibata, S. AU - Lee, J. T. PY - 2004 DA - 2004// TI - Tsix transcription- versus RNA-based mechanisms in Xist repression and epigenetic choice JO - Curr Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1016/j.cub.2004.09.053 DO - 10.1016/j.cub.2004.09.053 ID - Shibata2004 ER - TY - JOUR AU - Sleutels, F. AU - Zwart, R. AU - Barlow, D. P. PY - 2002 DA - 2002// TI - The non-coding Air RNA is required for silencing autosomal imprinted genes JO - Nature VL - 415 UR - https://doi.org/10.1038/415810a DO - 10.1038/415810a ID - Sleutels2002 ER - TY - JOUR AU - O'Neill, M. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - The influence of non-coding RNAs on allele-specific gene expression in mammals JO - Hum Mol Genet VL - 14 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/ddi108 DO - 10.1093/hmg/ddi108 ID - O'Neill2005 ER - TY - JOUR AU - Pandey, R. R. AU - Mondal, T. AU - Mohammad, F. AU - Enroth, S. AU - Redrup, L. AU - Komorowski, J. AU - Nagano, T. AU - Mancini-Dinardo, D. AU - Kanduri, C. PY - 2008 DA - 2008// TI - Kcnq1ot1 antisense noncoding RNA mediates lineage-specific transcriptional silencing through chromatin-level regulation JO - Mol Cell VL - 32 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2008.08.022 DO - 10.1016/j.molcel.2008.08.022 ID - Pandey2008 ER - TY - JOUR AU - Babak, T. AU - Deveale, B. AU - Armour, C. AU - Raymond, C. AU - Cleary, M. A. AU - Kooy, D. v. a. n. d. e. r. AU - Johnson, J. M. AU - Lim, L. P. PY - 2008 DA - 2008// TI - Global survey of genomic imprinting by transcriptome sequencing JO - Curr Biol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1016/j.cub.2008.09.044 DO - 10.1016/j.cub.2008.09.044 ID - Babak2008 ER - TY - JOUR AU - Tufarelli, C. AU - Stanley, J. A. AU - Garrick, D. AU - Sharpe, J. A. AU - Ayyub, H. AU - Wood, W. G. AU - Higgs, D. R. PY - 2003 DA - 2003// TI - Transcription of antisense RNA leading to gene silencing and methylation as a novel cause of human genetic disease JO - Nat Genet VL - 34 UR - https://doi.org/10.1038/ng1157 DO - 10.1038/ng1157 ID - Tufarelli2003 ER - TY - JOUR AU - Yu, W. AU - Gius, D. AU - Onyango, P. AU - Muldoon-Jacobs, K. AU - Karp, J. AU - Feinberg, A. P. AU - Cui, H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Epigenetic silencing of tumour suppressor gene p15 by its antisense RNA JO - Nature VL - 451 UR - https://doi.org/10.1038/nature06468 DO - 10.1038/nature06468 ID - Yu2008 ER - TY - JOUR AU - Borsani, O. AU - Zhu, J. AU - Verslues, P. E. AU - Sunkar, R. AU - Zhu, J. K. PY - 2005 DA - 2005// TI - Endogenous siRNAs derived from a pair of natural cis- antisense transcripts regulate salt tolerance in Arabidopsis JO - Cell VL - 123 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2005.11.035 DO - 10.1016/j.cell.2005.11.035 ID - Borsani2005 ER - TY - JOUR AU - Jin, H. AU - Vacic, V. AU - Girke, T. AU - Lonardi, S. AU - Zhu, J. K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Small RNAs and the regulation of cis-natural antisense transcripts in Arabidopsis JO - BMC Mol Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2199-9-6 DO - 10.1186/1471-2199-9-6 ID - Jin2008 ER - TY - JOUR AU - Katiyar-Agarwal, S. AU - Gao, S. AU - Vivian-Smith, A. AU - Jin, H. PY - 2007 DA - 2007// TI - A novel class of bacteria-induced small RNAs in Arabidopsis JO - Genes Dev VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gad.1595107 DO - 10.1101/gad.1595107 ID - Katiyar-Agarwal2007 ER - TY - JOUR AU - Katiyar-Agarwal, S. AU - Morgan, R. AU - Dahlbeck, D. AU - Borsani, O. AU - Villegas, A. AU - Zhu, J. K. AU - Staskawicz, B. J. AU - Jin, H. PY - 2006 DA - 2006// TI - A pathogen-inducible endogenous siRNA in plant immunity JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0608258103 DO - 10.1073/pnas.0608258103 ID - Katiyar-Agarwal2006 ER - TY - JOUR AU - Lu, C. AU - Jeong, D. H. AU - Kulkarni, K. AU - Pillay, M. AU - Nobuta, K. AU - German, R. AU - Thatcher, S. R. AU - Maher, C. AU - Zhang, L. AU - Ware, D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genome-wide analysis for discovery of rice microRNAs reveals natural antisense microRNAs (nat-miRNAs) JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0708743105 DO - 10.1073/pnas.0708743105 ID - Lu2008 ER - TY - JOUR AU - Zhou, X. AU - Sunkar, R. AU - Jin, H. AU - Zhu, J. K. AU - Zhang, W. PY - 2009 DA - 2009// TI - Genome-wide identification and analysis of small RNAs originated from natural antisense transcripts in Oryza sativa JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.084806.108 DO - 10.1101/gr.084806.108 ID - Zhou2009 ER - TY - JOUR AU - Carlile, M. AU - Swan, D. AU - Jackson, K. AU - Preston-Fayers, K. AU - Ballester, B. AU - Flicek, P. AU - Werner, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Strand selective generation of endo-siRNAs from the Na/phosphate transporter gene Slc34a1 in murine tissues JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp088 DO - 10.1093/nar/gkp088 ID - Carlile2009 ER - TY - JOUR AU - Okamura, K. AU - Balla, S. AU - Martin, R. AU - Liu, N. AU - Lai, E. C. PY - 2008 DA - 2008// TI - Two distinctmechanisms generate endogenous siRNAs from bidirectional transcription in Drosophila melanogaster JO - Nat Struct Mol Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb.1438 DO - 10.1038/nsmb.1438 ID - Okamura2008 ER - TY - JOUR AU - Watanabe, T. AU - Totoki, Y. AU - Toyoda, A. AU - Kaneda, M. AU - Kuramochi-Miyagawa, S. AU - Obata, Y. AU - Chiba, H. AU - Kohara, Y. AU - Kono, T. AU - Nakano, T. PY - 2008 DA - 2008// TI - Endogenous siRNAs from naturally formed dsRNAs regulate transcripts in mouse oocytes JO - Nature VL - 453 UR - https://doi.org/10.1038/nature06908 DO - 10.1038/nature06908 ID - Watanabe2008 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Y. AU - Liu, X. S. AU - Liu, Q. R. AU - Wei, L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genome-wide in silico identification and analysis of cis natural antisense transcripts (cis-NATs) in ten species JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl473 DO - 10.1093/nar/gkl473 ID - Zhang2006 ER - TY - JOUR AU - Cheng, J. AU - Kapranov, P. AU - Drenkow, J. AU - Dike, S. AU - Brubaker, S. AU - Patel, S. AU - Long, J. AU - Stern, D. AU - Tammana, H. AU - Helt, G. PY - 2005 DA - 2005// TI - Transcriptional maps of 10 human chromosomes at 5-nucleotide resolution JO - Science VL - 308 UR - https://doi.org/10.1126/science.1108625 DO - 10.1126/science.1108625 ID - Cheng2005 ER - TY - JOUR AU - Steinhoff, C. AU - Vingron, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Normalization and quantification of differential expression in gene expression microarrays JO - Brief Bioinform VL - 7 UR - https://doi.org/10.1093/bib/bbl002 DO - 10.1093/bib/bbl002 ID - Steinhoff2006 ER - TY - JOUR AU - Nepveu, A. AU - Marcu, K. B. PY - 1986 DA - 1986// TI - Intragenic pausing and anti-sense transcription within the murine c-myc locus JO - EMBO J VL - 5 ID - Nepveu1986 ER - TY - JOUR AU - Coker, R. K. AU - Laurent, G. J. AU - Dabbagh, K. AU - Dawson, J. AU - McAnulty, R. J. PY - 1998 DA - 1998// TI - A novel transforming growth factor beta2 antisense transcript in mammalian lung JO - Biochem J VL - 332 UR - https://doi.org/10.1042/bj3320297 DO - 10.1042/bj3320297 ID - Coker1998 ER - TY - JOUR AU - Kiyosawa, H. AU - Mise, N. AU - Iwase, S. AU - Hayashizaki, Y. AU - Abe, K. PY - 2005 DA - 2005// TI - Disclosing hidden transcripts: mouse natural sense-antisense transcripts tend to be poly(A) negative and nuclear localized JO - Genome Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1101/gr.3155905 DO - 10.1101/gr.3155905 ID - Kiyosawa2005 ER - TY - JOUR AU - David, L. AU - Huber, W. AU - Granovskaia, M. AU - Toedling, J. AU - Palm, C. J. AU - Bofkin, L. AU - Jones, T. AU - Davis, R. W. AU - Steinmetz, L. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - A high-resolution map of transcription in the yeast genome JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0601091103 DO - 10.1073/pnas.0601091103 ID - David2006 ER - TY - JOUR AU - Numata, K. AU - Okada, Y. AU - Saito, R. AU - Kiyosawa, H. AU - Kanai, A. AU - Tomita, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Comparative analysis of cis- encoded antisense RNAs in eukaryotes JO - Gene VL - 392 UR - https://doi.org/10.1016/j.gene.2006.12.005 DO - 10.1016/j.gene.2006.12.005 ID - Numata2007 ER - TY - JOUR AU - Sun, M. AU - Hurst, L. D. AU - Carmichael, G. G. AU - Chen, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Evidence for a preferential targeting of 3'-UTRs by cis- encoded natural antisense transcripts JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki852 DO - 10.1093/nar/gki852 ID - Sun2005 ER - TY - JOUR AU - Imamura, T. AU - Yamamoto, S. AU - Ohgane, J. AU - Hattori, N. AU - Tanaka, S. AU - Shiota, K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Non-coding RNA directed DNA demethylation of Sphk1 CpG island JO - Biochem Biophys Res Commun VL - 322 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2004.07.159 DO - 10.1016/j.bbrc.2004.07.159 ID - Imamura2004 ER - TY - JOUR AU - Dallosso, A. R. AU - Hancock, A. L. AU - Malik, S. AU - Salpekar, A. AU - King-Underwood, L. AU - Pritchard-Jones, K. AU - Peters, J. AU - Moorwood, K. AU - Ward, A. AU - Malik, K. T. PY - 2007 DA - 2007// TI - Alternately spliced WT1 antisense transcripts interact with WT1 sense RNA and show epigenetic and splicing defects in cancer JO - RNA VL - 13 UR - https://doi.org/10.1261/rna.562907 DO - 10.1261/rna.562907 ID - Dallosso2007 ER - TY - JOUR AU - Ohhata, T. AU - Hoki, Y. AU - Sasaki, H. AU - Sado, T. PY - 2008 DA - 2008// TI - Crucial role ofantisense transcription across the Xist promoter in Tsix-mediated Xist chromatin modification JO - Development VL - 135 UR - https://doi.org/10.1242/dev.008490 DO - 10.1242/dev.008490 ID - Ohhata2008 ER - TY - JOUR AU - Engstrom, P. G. AU - Suzuki, H. AU - Ninomiya, N. AU - Akalin, A. AU - Sessa, L. AU - Lavorgna, G. AU - Brozzi, A. AU - Luzi, L. AU - Tan, S. L. AU - Yang, L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Complex loci in human and mouse genomes JO - PLoS Genet VL - 2 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.0020047 DO - 10.1371/journal.pgen.0020047 ID - Engstrom2006 ER - TY - JOUR AU - Galante, P. A. AU - Vidal, D. O. AU - de Souza, J. E. AU - Camargo, A. A. AU - de Souza, S. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Sense-antisense pairs in mammals: functional and evolutionary considerations JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-3-r40 DO - 10.1186/gb-2007-8-3-r40 ID - Galante2007 ER - TY - JOUR AU - Carninci, P. AU - Kasukawa, T. AU - Katayama, S. AU - Gough, J. AU - Frith, M. C. AU - Maeda, N. AU - Oyama, R. AU - Ravasi, T. AU - Lenhard, B. AU - Wells, C. PY - 2005 DA - 2005// TI - The transcriptional landscape of the mammalian genome JO - Science VL - 309 UR - https://doi.org/10.1126/science.1112014 DO - 10.1126/science.1112014 ID - Carninci2005 ER - TY - JOUR AU - Birney, E. AU - Stamatoyannopoulos, J. A. AU - Dutta, A. AU - Guigo, R. AU - Gingeras, T. R. AU - Margulies, E. H. AU - Weng, Z. AU - Snyder, M. AU - Dermitzakis, E. T. AU - Thurman, R. E. PY - 2007 DA - 2007// TI - Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project JO - Nature VL - 447 UR - https://doi.org/10.1038/nature05874 DO - 10.1038/nature05874 ID - Birney2007 ER - TY - JOUR AU - Svingen, T. AU - Beverdam, A. AU - Verma, P. AU - Wilhelm, D. AU - Koopman, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Aard is specifically up-regulated in Sertoli cells during mouse testis differentiation JO - Int J Dev Biol VL - 51 UR - https://doi.org/10.1387/ijdb.062219ts DO - 10.1387/ijdb.062219ts ID - Svingen2007 ER - TY - JOUR AU - van Nie, R. AU - Hilgers, J. PY - 1976 DA - 1976// TI - Genetic analysis of mammary tumor induction and expression of mammary tumor virus antigen in hormone-treated ovariectomized GR mice JO - J Natl Cancer Inst VL - 56 ID - van Nie1976 ER - TY - JOUR AU - Werner, A. AU - Schmutzler, G. AU - Carlile, M. AU - Miles, C. G. AU - Peters, H. PY - 2007 DA - 2007// TI - Expression profiling of antisense transcripts on DNA arrays JO - Physiol Genomics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1152/physiolgenomics.00127.2006 DO - 10.1152/physiolgenomics.00127.2006 ID - Werner2007 ER - TY - JOUR AU - Oeder, S. AU - Mages, J. AU - Flicek, P. AU - Lang, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Uncovering information on expression of natural antisense transcripts in Affymetrix MOE430 datasets JO - BMC Genomics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-8-200 DO - 10.1186/1471-2164-8-200 ID - Oeder2007 ER - TY - JOUR AU - Vallon-Christersson, J. AU - Staaf, J. AU - Kvist, A. AU - Medstrand, P. AU - Borg, A. AU - Rovira, C. PY - 2007 DA - 2007// TI - Non-coding antisense transcription detected by conventional and single-stranded cDNA microarray JO - BMC Genomics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-8-295 DO - 10.1186/1471-2164-8-295 ID - Vallon-Christersson2007 ER - TY - JOUR AU - Gyorffy, A. AU - Surowiak, P. AU - Tulassay, Z. AU - Gyorffy, B. PY - 2007 DA - 2007// TI - Highly expressed genes are associated with inverse antisense transcription in mouse JO - J Genet VL - 86 UR - https://doi.org/10.1007/s12041-007-0015-x DO - 10.1007/s12041-007-0015-x ID - Gyorffy2007 ER - TY - JOUR AU - Ge, X. AU - Rubinstein, W. S. AU - Jung, Y. C. AU - Wu, Q. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genome-wide analysis of antisense transcription with Affymetrix exon array JO - BMC Genomics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-9-27 DO - 10.1186/1471-2164-9-27 ID - Ge2008 ER - TY - JOUR AU - Wang, Z. AU - Gerstein, M. AU - Snyder, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics JO - Nat Rev Genet VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2484 DO - 10.1038/nrg2484 ID - Wang2009 ER - TY - STD TI - Wernersson R, Nielsen HB: OligoWiz 2.0-integrating sequence feature annotation into the design of microarray probes. Nucleic Acids Res. 2005, W611-615. 10.1093/nar/gki399. 33 Web Server ID - ref43 ER - TY - JOUR AU - Yanai, I. AU - Benjamin, H. AU - Shmoish, M. AU - Chalifa-Caspi, V. AU - Shklar, M. AU - Ophir, R. AU - Bar-Even, A. AU - Horn-Saban, S. AU - Safran, M. AU - Domany, E. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genome-wide midrange transcription profiles reveal expression level relationships in human tissue specification JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti042 DO - 10.1093/bioinformatics/bti042 ID - Yanai2005 ER - TY - STD TI - National Center for Biotechnology Information Gene Expression Omnibus. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/] UR - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ ID - ref45 ER - TY - STD TI - Antisense Viewer. [http://www.brc.riken.jp/archives/Kiyosawa/BMC_Genomics09/] UR - http://www.brc.riken.jp/archives/Kiyosawa/BMC_Genomics09/ ID - ref46 ER - TY - JOUR AU - Okada, Y. AU - Tashiro, C. AU - Numata, K. AU - Watanabe, K. AU - Nakaoka, H. AU - Yamamoto, N. AU - Okubo, K. AU - Ikeda, R. AU - Saito, R. AU - Kanai, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Comparative expression analysis uncovers novel features of endogenous antisense transcription JO - Hum Mol Genet VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/ddn051 DO - 10.1093/hmg/ddn051 ID - Okada2008 ER - TY - JOUR AU - Ota, T. AU - Suzuki, Y. AU - Nishikawa, T. AU - Otsuki, T. AU - Sugiyama, T. AU - Irie, R. AU - Wakamatsu, A. AU - Hayashi, K. AU - Sato, H. AU - Nagai, K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs JO - Nat Genet VL - 36 UR - https://doi.org/10.1038/ng1285 DO - 10.1038/ng1285 ID - Ota2004 ER - TY - STD TI - Pruitt KD, Tatusova T, Maglott DR: NCBI reference sequences (RefSeq): a curated non-redundant sequence database of genomes, transcripts and proteins. Nucleic Acids Res. 2007, D61-65. 10.1093/nar/gkl842. 35 Database ID - ref49 ER - TY - JOUR AU - Wheeler, D. L. AU - Church, D. M. AU - Federhen, S. AU - Lash, A. E. AU - Madden, T. L. AU - Pontius, J. U. AU - Schuler, G. D. AU - Schriml, L. M. AU - Sequeira, E. AU - Tatusova, T. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Database resources of the National Center for Biotechnology JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg033 DO - 10.1093/nar/gkg033 ID - Wheeler2003 ER - TY - JOUR AU - Schwartz, S. AU - Kent, W. J. AU - Smit, A. AU - Zhang, Z. AU - Baertsch, R. AU - Hardison, R. C. AU - Haussler, D. AU - Miller, W. PY - 2003 DA - 2003// TI - Human-mouse alignments with BLASTZ JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.809403 DO - 10.1101/gr.809403 ID - Schwartz2003 ER - TY - STD TI - BioMart Project. [http://www.biomart.org/] UR - http://www.biomart.org/ ID - ref52 ER - TY - JOUR AU - Bellve, A. R. AU - Cavicchia, J. C. AU - Millette, C. F. AU - O'Brien, D. A. AU - Bhatnagar, Y. M. AU - Dym, M. PY - 1977 DA - 1977// TI - Spermatogenic cells of the prepuberal mouse. Isolation and morphological characterization JO - J Cell Biol VL - 74 UR - https://doi.org/10.1083/jcb.74.1.68 DO - 10.1083/jcb.74.1.68 ID - Bellve1977 ER - TY - JOUR AU - Romrell, L. J. AU - Bellve, A. R. AU - Fawcett, D. W. PY - 1976 DA - 1976// TI - Separation of mouse spermatogenic cells by sedimentation velocity. A morphological characterization JO - Dev Biol VL - 49 UR - https://doi.org/10.1016/0012-1606(76)90262-1 DO - 10.1016/0012-1606(76)90262-1 ID - Romrell1976 ER -