TY - JOUR AU - Rhoades, M. W. AU - Reinhart, B. J. AU - Lim, L. P. AU - Burge, C. B. AU - Bartel, B. AU - Bartel, D. P. PY - 2002 DA - 2002// TI - Prediction of plant microRNA targets JO - Cell VL - 110 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(02)00863-2 DO - 10.1016/S0092-8674(02)00863-2 ID - Rhoades2002 ER - TY - JOUR AU - He, L. AU - Hannon, G. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Small RNAs with a big role in gene regulation JO - Nat Rev Genet VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nrg1379 DO - 10.1038/nrg1379 ID - He2004 ER - TY - JOUR AU - Griffiths-Jones, S. AU - Saini, H. K. AU - van Dongen, S. AU - Enright, A. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - miRBase: tools for microRNA genomics JO - Nucleic Acids Res VL - 36 ID - Griffiths-Jones2008 ER - TY - JOUR AU - Chapman, E. J. AU - Carrington, J. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - Specialization and evolution of endogenous small RNA pathways JO - Nat Rev Genet VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2179 DO - 10.1038/nrg2179 ID - Chapman2007 ER - TY - JOUR AU - Kapranov, P. AU - Cheng, J. AU - Dike, S. AU - Nix, D. A. AU - Duttagupta, R. AU - Willingham, A. T. AU - Stadler, P. F. AU - Hertel, J. AU - Hackermuller, J. AU - Hofacker, I. L. PY - 2007 DA - 2007// TI - RNA maps reveal new RNA classes and a possible function for pervasive transcription JO - Science VL - 316 UR - https://doi.org/10.1126/science.1138341 DO - 10.1126/science.1138341 ID - Kapranov2007 ER - TY - JOUR AU - Hovav, R. AU - Udall, J. A. AU - Hovav, E. AU - Rapp, R. AU - Flagel, L. AU - Wendel, J. F. PY - 2008 DA - 2008// TI - A majority of cotton genes are expressed in single-celled fiber JO - Planta VL - 227 UR - https://doi.org/10.1007/s00425-007-0619-7 DO - 10.1007/s00425-007-0619-7 ID - Hovav2008 ER - TY - JOUR AU - Kim, H. J. AU - Triplett, B. A. PY - 2001 DA - 2001// TI - Cotton fiber growth in planta and in vitro: models for plant cell elongation and cell wall biogenesis JO - Plant Physiol VL - 127 UR - https://doi.org/10.1104/pp.010724 DO - 10.1104/pp.010724 ID - Kim2001 ER - TY - JOUR AU - Suo, J. AU - Liang, X. AU - Pu, L. AU - Zhang, Y. AU - Xue, Y. PY - 2003 DA - 2003// TI - Identification of GhMYB109 encoding a R2R3 MYB transcription factor that is expressed specifically in fiber initials and elongating fibers of cotton (Gossypium hirsutum L.) JO - Biochim Biophys Acta VL - 1630 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbaexp.2003.08.009 DO - 10.1016/j.bbaexp.2003.08.009 ID - Suo2003 ER - TY - JOUR AU - Wang, S. AU - Wang, J. W. AU - Yu, N. AU - Li, C. H. AU - Luo, B. AU - Gou, J. Y. AU - Wang, L. J. AU - Chen, X. Y. PY - 2004 DA - 2004// TI - Control of plant trichome development by a cotton fiber MYB gene JO - Plant Cell VL - 16 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.104.024844 DO - 10.1105/tpc.104.024844 ID - Wang2004 ER - TY - JOUR AU - Humphries, J. A. AU - Walker, A. R. AU - Timmis, J. N. AU - Orford, S. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Two WD-repeat genes from cotton are functional homologues of the Arabidopsis thaliana TRANSPARENT TESTA GLABRA1 (TTG1) gene JO - Plant Mol Biol VL - 57 UR - https://doi.org/10.1007/s11103-004-6768-1 DO - 10.1007/s11103-004-6768-1 ID - Humphries2005 ER - TY - JOUR AU - Ji, S. J. AU - Lu, Y. C. AU - Feng, J. X. AU - Wei, G. AU - Li, J. AU - Shi, Y. H. AU - Fu, Q. AU - Liu, D. AU - Luo, J. C. AU - Zhu, Y. X. PY - 2003 DA - 2003// TI - Isolation and analyses of genes preferentially expressed during early cotton fiber development by subtractive PCR and cDNA array JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg358 DO - 10.1093/nar/gkg358 ID - Ji2003 ER - TY - JOUR AU - Yang, S. S. AU - Cheung, F. AU - Lee, J. J. AU - Ha, M. AU - Wei, N. E. AU - Sze, S. H. AU - Stelly, D. M. AU - Thaxton, P. AU - Triplett, B. AU - Town, C. D. AU - Chen, Z. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Accumulation of genome-specific transcripts, transcription factors and phytohormonal regulators during early stages of fiber cell development in allotetraploid cotton JO - Plant J VL - 47 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2006.02829.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2006.02829.x ID - Yang2006 ER - TY - JOUR AU - Taliercio, E. W. AU - Boykin, D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Analysis of gene expression in cotton fiber initials JO - BMC Plant Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2229-7-22 DO - 10.1186/1471-2229-7-22 ID - Taliercio2007 ER - TY - JOUR AU - Lee, J. J. AU - Hassan, O. S. AU - Gao, W. AU - Wei, N. E. AU - Kohel, R. J. AU - Chen, X. Y. AU - Payton, P. AU - Sze, S. H. AU - Stelly, D. M. AU - Chen, Z. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Developmental and gene expression analyses of a cotton naked seed mutant JO - Planta VL - 223 UR - https://doi.org/10.1007/s00425-005-0098-7 DO - 10.1007/s00425-005-0098-7 ID - Lee2006 ER - TY - JOUR AU - Shi, Y. H. AU - Zhu, S. W. AU - Mao, X. Z. AU - Feng, J. X. AU - Qin, Y. M. AU - Zhang, L. AU - Cheng, J. AU - Wei, L. P. AU - Wang, Z. Y. AU - Zhu, Y. X. PY - 2006 DA - 2006// TI - Transcriptome profiling, molecular biological, and physiological studies reveal a major role for ethylene in cotton fiber cell elongation JO - Plant Cell VL - 18 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.105.040303 DO - 10.1105/tpc.105.040303 ID - Shi2006 ER - TY - JOUR AU - Shangguan, X. X. AU - Xu, B. AU - Yu, Z. X. AU - Wang, L. J. AU - Chen, X. Y. PY - 2008 DA - 2008// TI - Promoter of a cotton fiber MYB gene functional in trichomes of Arabidopsis and glandular trichomes of tobacco JO - J Exp Bot VL - 59 UR - https://doi.org/10.1093/jxb/ern204 DO - 10.1093/jxb/ern204 ID - Shangguan2008 ER - TY - JOUR AU - Qiu, C. X. AU - Xie, F. L. AU - Zhu, Y. Y. AU - Guo, K. AU - Huang, S. Q. AU - Nie, L. AU - Yang, Z. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Computational identification of microRNAs and their targets in Gossypium hirsutum expressed sequence tags JO - Gene VL - 395 UR - https://doi.org/10.1016/j.gene.2007.01.034 DO - 10.1016/j.gene.2007.01.034 ID - Qiu2007 ER - TY - JOUR AU - Zhang, B. AU - Wang, Q. AU - Wang, K. AU - Pan, X. AU - Liu, F. AU - Guo, T. AU - Cobb, G. P. AU - Anderson, T. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Identification of cotton microRNAs and their targets JO - Gene VL - 397 UR - https://doi.org/10.1016/j.gene.2007.03.020 DO - 10.1016/j.gene.2007.03.020 ID - Zhang2007 ER - TY - JOUR AU - Sunkar, R. AU - Jagadeeswaran, G. PY - 2008 DA - 2008// TI - In silico identification of conserved microRNAs in large number of diverse plant species JO - BMC Plant Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2229-8-37 DO - 10.1186/1471-2229-8-37 ID - Sunkar2008 ER - TY - JOUR AU - Zhang, B. H. AU - Pan, X. AU - Cannon, C. H. AU - Cobb, G. P. AU - Anderson, T. A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Conservation and divergence of plant microRNA genes JO - Plant J VL - 46 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2006.02697.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2006.02697.x ID - Zhang2006 ER - TY - JOUR AU - Abdurakhmonov, I. Y. AU - Devor, E. J. AU - Buriev, Z. T. AU - Huang, L. AU - Makamov, A. AU - Shermatov, S. E. AU - Bozorov, T. AU - Kushanov, F. N. AU - Mavlonov, G. T. AU - Abdukarimov, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Small RNA regulation of ovule development in the cotton plant, G. hirsutum L JO - BMC Plant Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2229-8-93 DO - 10.1186/1471-2229-8-93 ID - Abdurakhmonov2008 ER - TY - JOUR AU - Morin, R. D. AU - Aksay, G. AU - Dolgosheina, E. AU - Ebhardt, H. A. AU - Magrini, V. AU - Mardis, E. R. AU - Sahinalp, S. C. AU - Unrau, P. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Comparative analysis of the small RNA transcriptomes of Pinus contorta and Oryza sativa JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.6897308 DO - 10.1101/gr.6897308 ID - Morin2008 ER - TY - JOUR AU - Nakano, M. AU - Nobuta, K. AU - Vemaraju, K. AU - Tej, S. S. AU - Skogen, J. W. AU - Meyers, B. C. PY - 2006 DA - 2006// TI - Plant MPSS databases: signature-based transcriptional resources for analyses of mRNA and small RNA JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkj077 DO - 10.1093/nar/gkj077 ID - Nakano2006 ER - TY - JOUR AU - Glazov, E. A. AU - Cottee, P. A. AU - Barris, W. C. AU - Moore, R. J. AU - Dalrymple, B. P. AU - Tizard, M. L. PY - 2008 DA - 2008// TI - A microRNA catalog of the developing chicken embryo identified by a deep sequencing approach JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.074740.107 DO - 10.1101/gr.074740.107 ID - Glazov2008 ER - TY - JOUR AU - Meyers, B. C. AU - Axtell, M. J. AU - Bartel, B. AU - Bartel, D. P. AU - Baulcombe, D. AU - Bowman, J. L. AU - Cao, X. AU - Carrington, J. C. AU - Chen, X. AU - Green, P. J. AU - Griffiths-Jones, S. AU - Jacobsen, S. E. AU - Mallory, A. C. AU - Martienssen, R. A. AU - Poethig, R. S. AU - Qi, Y. AU - Vaucheret, H. AU - Voinnet, O. AU - Watanabe, Y. AU - Weigel, D. AU - Zhu, J. K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Criteria for annotation of plant microRNAs JO - Plant Cell VL - 20 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.108.064311 DO - 10.1105/tpc.108.064311 ID - Meyers2008 ER - TY - JOUR AU - Gialvalis, S. AU - Seagull, R. W. PY - 2001 DA - 2001// TI - Plant hormones alter fiber initiation in unfertilized cultured ovules of Gossypium hirsutum JO - J Cotton Sci VL - 5 ID - Gialvalis2001 ER - TY - JOUR AU - Zhang, T. T. AU - Pan, J. J. PY - 1991 DA - 1991// TI - Genetic analysis fuzzless-lintless mutant in Gossypium hirsutum L JO - JianSu J Agri Sci VL - 7 ID - Zhang1991 ER - TY - JOUR AU - Sunkar, R. AU - Zhu, J. K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Novel and stress-regulated microRNAs and other small RNAs from Arabidopsis JO - Plant Cell VL - 16 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.104.022830 DO - 10.1105/tpc.104.022830 ID - Sunkar2004 ER - TY - JOUR AU - Lu, S. AU - Sun, Y. H. AU - Shi, R. AU - Clark, C. AU - Li, L. AU - Chiang, V. L. PY - 2005 DA - 2005// TI - Novel and mechanical stress-responsive microRNAs in Populus trichocarpa that are absent from Arabidopsis JO - Plant Cell VL - 17 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.105.033456 DO - 10.1105/tpc.105.033456 ID - Lu2005 ER - TY - JOUR AU - Mi, S. AU - Cai, T. AU - Hu, Y. AU - Chen, Y. AU - Hodges, E. AU - Ni, F. AU - Wu, L. AU - Li, S. AU - Zhou, H. AU - Long, C. AU - Chen, S. AU - Hannon, G. J. AU - Qi, Y. PY - 2008 DA - 2008// TI - Sorting of small RNAs into Arabidopsis argonaute complexes is directed by the 5' terminal nucleotide JO - Cell VL - 133 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2008.02.034 DO - 10.1016/j.cell.2008.02.034 ID - Mi2008 ER - TY - JOUR AU - Li, R. AU - Li, Y. AU - Kristiansen, K. AU - Wang, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - SOAP: short oligonucleotide alignment program JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn025 DO - 10.1093/bioinformatics/btn025 ID - Li2008 ER - TY - JOUR AU - Barozai, M. Y. K. AU - Irfan, M. AU - Yousaf, R. AU - Ali, I. AU - Qaisar, U. AU - Maqbool, A. AU - Zahoor, M. AU - Rashid, B. AU - Hussnain, T. AU - Riazuddin, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Identification of micro-RNAs in cotton JO - Plant Physiol Biochem VL - 46 UR - https://doi.org/10.1016/j.plaphy.2008.05.009 DO - 10.1016/j.plaphy.2008.05.009 ID - Barozai2008 ER - TY - JOUR AU - Yao, Y. AU - Guo, G. AU - Ni, Z. AU - Sunkar, R. AU - Du, J. AU - Zhu, J. K. AU - Sun, Q. PY - 2007 DA - 2007// TI - Cloning and characterization of microRNAs from wheat (Triticum aestivum. L.) JO - Genome Biology VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-6-r96 DO - 10.1186/gb-2007-8-6-r96 ID - Yao2007 ER - TY - JOUR AU - Lu, C. AU - Kulkarni, K. AU - Souret, F. F. AU - Valliappan, R. M. AU - Tej, S. S. AU - Poethig, R. S. AU - Henderson, R. I. AU - Jacobsen, S. E. AU - Wang, W. AU - Green, P. J. AU - Meyers, B. C. PY - 2006 DA - 2006// TI - RNA-dependent RNA polymerase-2 mutant microRNAs and other small RNAs enriched in the Arabidopsis JO - Genome Res VL - 16 UR - https://doi.org/10.1101/gr.5530106 DO - 10.1101/gr.5530106 ID - Lu2006 ER - TY - JOUR AU - Reyes, J. L. AU - Chua, N. H. PY - 2007 DA - 2007// TI - ABA induction of miR159 controls transcript levels of two MYB factors during Arabidopsis seed germination JO - Plant J VL - 49 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2006.02980.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2006.02980.x ID - Reyes2007 ER - TY - JOUR AU - Achard, P. AU - Herr, A. AU - Baulcombe, D. C. AU - Harberd, N. P. PY - 2004 DA - 2004// TI - Modulation of floral development by a gibberellin-regulated microRNA JO - Development VL - 131 UR - https://doi.org/10.1242/dev.01206 DO - 10.1242/dev.01206 ID - Achard2004 ER - TY - JOUR AU - Palatnik, J. F. AU - Wollmann, H. AU - Schommer, C. AU - Schwab, R. AU - Boisbouvier, J. AU - Rodriguez, R. AU - Warthmann, N. AU - Allen, E. AU - Dezulian, T. AU - Huson, D. AU - Carrington, J. C. AU - Weigel, D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Sequence and expression differences underlie functional specialization of Arabidopsis microRNAs miR159 and miR319 JO - Dev Cell VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/j.devcel.2007.04.012 DO - 10.1016/j.devcel.2007.04.012 ID - Palatnik2007 ER - TY - JOUR AU - Hsu, C. AU - An, C. AU - Saha, S. AU - Ma, D. AU - Jenkins, J. N. AU - Scheffler, B. AU - Stelly, D. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Molecular and SNP characterization of two genome specific transcription factor genes GhMyb8 and GhMyb10 in cotton species JO - Euphytica VL - 159 UR - https://doi.org/10.1007/s10681-007-9485-4 DO - 10.1007/s10681-007-9485-4 ID - Hsu2008 ER - TY - JOUR AU - Kepinski, S. AU - Leyser, O. PY - 2005 DA - 2005// TI - The Arabidopsis F-box protein TIR1 is an auxin receptor JO - Nature VL - 435 UR - https://doi.org/10.1038/nature03542 DO - 10.1038/nature03542 ID - Kepinski2005 ER - TY - JOUR AU - Fujii, H. AU - Chiou, T. J. AU - Lin, S. I. AU - Aung, K. AU - Zhu, J. K. PY - 2005 DA - 2005// TI - A miRNA involved in phosphate-starvation response in Arabidopsis JO - Curr Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1016/j.cub.2005.10.016 DO - 10.1016/j.cub.2005.10.016 ID - Fujii2005 ER - TY - JOUR AU - Chiou, T. J. AU - Aung, K. AU - Lin, S. I. AU - Wu, C. C. AU - Chiang, S. F. AU - Su, C. PY - 2006 DA - 2006// TI - Regulation of phosphate homeostasis by microRNA in Arabidopsis JO - Plant Cell VL - 18 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.105.038943 DO - 10.1105/tpc.105.038943 ID - Chiou2006 ER - TY - JOUR AU - Jones-Rhoades, M. W. AU - Bartel, D. P. PY - 2004 DA - 2004// TI - Computational identification of plant microRNAs and their targets, including a stress-induced miRNA JO - Mol Cell VL - 14 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2004.05.027 DO - 10.1016/j.molcel.2004.05.027 ID - Jones-Rhoades2004 ER - TY - JOUR AU - Joshi, P. A. AU - Stewart, J. M. c. D. AU - Graham, E. T. PY - 1988 DA - 1988// TI - Ultrastructural localization of ATPase activity in cotton fiber development during elongation JO - Protoplasma VL - 143 UR - https://doi.org/10.1007/BF01282953 DO - 10.1007/BF01282953 ID - Joshi1988 ER - TY - JOUR AU - Xiao, Z. AU - Tan, K. AU - Hu, M. AU - Liao, P. AU - Chen, K. AU - Luo, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Cloning and expression analysis of GhDET3, a vacuolar H+-ATPase subunit C gene, from cotton JO - J Genet Genomics VL - 35 UR - https://doi.org/10.1016/S1673-8527(08)60044-2 DO - 10.1016/S1673-8527(08)60044-2 ID - Xiao2008 ER - TY - JOUR AU - Sunkar, R. AU - Kapoor, A. AU - Zhu, J. K. PY - 2006 DA - 2006// TI - Posttranscriptional induction of two Cu/Zn superoxide dismutase genes in Arabidopsis is mediated by downregulation of miR398 and important for oxidative stress tolerance JO - Plant Cell VL - 18 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.106.041673 DO - 10.1105/tpc.106.041673 ID - Sunkar2006 ER - TY - JOUR AU - Kim, H. J. AU - Kato, N. AU - Kim, S. AU - Triplett, B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Cu/Zn superoxide dismutases in developing cotton fibers: evidence for an extracellular form JO - Planta VL - 228 UR - https://doi.org/10.1007/s00425-008-0734-0 DO - 10.1007/s00425-008-0734-0 ID - Kim2008 ER - TY - JOUR AU - Mathews, D. H. AU - Sabina, J. AU - Zuker, M. AU - Turner, D. H. PY - 1999 DA - 1999// TI - Expanded sequence dependence of thermodynamic parameters improves prediction of RNA secondary structure JO - J Mol Biol VL - 288 UR - https://doi.org/10.1006/jmbi.1999.2700 DO - 10.1006/jmbi.1999.2700 ID - Mathews1999 ER - TY - JOUR AU - Schwab, R. AU - Palatnik, J. F. AU - Riester, M. AU - Schommer, C. AU - Schmid, M. AU - Weigel, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Specific effects of microRNAs on the plant transcriptome JO - Dev Cell VL - 8 UR - https://doi.org/10.1016/j.devcel.2005.01.018 DO - 10.1016/j.devcel.2005.01.018 ID - Schwab2005 ER -