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Table 3 The Lineage Specific Expansion (LSE) block duplications in the representative Vibrionaceae genomes. Block size describes the number of genes in a chromosomal region that has been duplicated together

From: Genomic and systems evolution in Vibrionaceae species

Strains with LSE

Block size

Blocks

V. cholerae

N16961

2

(VCA0393-0394)|(VCA0437-0438)

 

5

(VC1466-1470)|(VC1472-1476)

 

3

(VCA0347-0349)|(VCA0503, VCA0504, VCA0506)

V. cholerae O395

3

(VC0395_A0693, VC0395_A0695-0696)|(VC0395_A0744, VC0395_A0742-0741)

 

3

(VC0395_0509-0511)|(VC0395_A1063-1061)

 

38

(VC0395_A0649-0692)|(VC0395_A0788-0745)

V. parahaemolyticus RIMD 2210633

2

(NT01VP1132-1133)|(NT01VP1873-1874)

 

2

(NT01VP1333, NT01VP1335)|(NT01VPA0972, NT01VPA0968)

 

2

(NT01VP1536-1537)|(NT01VP1539-1540)

 

2

(NT01VP1626-1627)|(NT01VP1769-1770)

 

3

(NT01VP0604-0606)|(NT01VPA0408-0410)

 

18

(NT01VP1478-1485, NT01VP1487-1497)|(NT01VPA0838-0855)

V. vulnificus CMCP6

4

(NT01VV0474-0477)|(NT01VV0913-0915, NT01VV0917)|(NT01VV0920-0923)|(NT01VV0964-0966, NT01VV0968)|(NT01VV1054-1051)|(NT01VV1158-1155)|(NT01VV1365-1362)|(NT01VV1440-1437)|(NT01VVA1444-1442, NT01VVA1440)

 

4

(NT01VV3112-3114, NT01VV3119)|(NT01VVA0694-0697)

 

4

(NT01VV0002-0003, NT01VV0005-0006)|(NT01VVA0687, NT01VVA0689, NT01VVA0691-0692)

 

2

(NT01VV2332-2333)|(NT01VV2357-2358)

V. vulnificus YJ016

5

(NT02VVA0759-0763)|(NT02VVA2090-2094)

 

4

(NT02VV0780-0781, NT02VV0783-0784)|(NT02VV0785-0786, NT02VV0788-0789)

 

2

(NT02VVA0147-0148)|(NT02VVA2234-2235)

V. harveyi ATCC BAA-1116

2

(ABU69553-69554)|(ABU73794-73795)

 

2

(ABU71950-71951)|(ABU75062-75061)

 

2

(ABU70467-70468)|(ABU71543-71542)

 

3

(ABU71780-71782)|(ABU74683-74685)

 

5

(ABU72633-72637)|(ABU73725-73721)

V. splendidus LGP32

2

(CAV17464-17465)|(CAV17502-17503)|(CAV17514-17515)|(CAV19152-19153)|(CAV19489-19488)|(CAV19545-19546)|(CAV20149-20150)|(CAV20289-20288)|(CAV25337-25336)

A. fischeri ES114

2

(NT01VF1641-1642)|(NT01VF1779-1780)

 

7

(NT01VF0551-0553, NT01VF 0555-0558)|(NT01VFA0221-0223, NT01VFA0225-0228)

 

2

(NT01VF0957-0958)|(NT01VFA1114-1115)

 

7

(NT01VFA0159, NT01VFA0193-0198)|(NT01VFA0792, NT01VFA0789-0784)

A. salmonicida LFI1238

2

(CAQ77717-77718)|(CAQ81906-81907)

 

2

(CAQ78457-78458)|(CAQ78712-78711)

 

3

(CAQ77862, CAQ77864-77865)|(CAQ77931, CAQ77929-77928)

P. profundum SS9

2

(CAG23174-23175)|(CAG23550-23551)

 

2

(CAG22334-22335)|(CAG22350-22351)

 

2

(CAG19995-19996)|(CAG20004-20005)

 

2

(CAG19407-19408)|(CAG20138-20139)

 

3

(CAG19719-19721)|(CAG23185-23183)

 

4

(CAG21144-21147)|(CAG21156-21160)

 

7

(CAG19764-19770)|(CAG23161-23154)

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BMC Genomics

ISSN: 1471-2164

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