TY - JOUR AU - Lippincott-Schwartz, J. AU - Roberts, T. H. AU - Hirschberg, K. PY - 2000 DA - 2000// TI - Secretory protein trafficking and organelle dynamics in living cells JO - Annu Rev Cell Dev Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.cellbio.16.1.557 DO - 10.1146/annurev.cellbio.16.1.557 ID - Lippincott-Schwartz2000 ER - TY - BOOK AU - Abbas, K. A. AU - Lichtman, H. A. AU - Pillai, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Cellular and Molecular Immunilogy ID - Abbas2006 ER - TY - JOUR AU - Cho, W. J. AU - Jeremic, A. AU - Rognlien, K. T. AU - Zhvania, M. G. AU - Lazrishvili, I. AU - Tamar, B. AU - Jena, B. P. PY - 2004 DA - 2004// TI - Structure, isolation, composition and reconstitution of the neuronal fusion pore JO - Cell Biol Int VL - 28 UR - https://doi.org/10.1016/j.cellbi.2004.07.004 DO - 10.1016/j.cellbi.2004.07.004 ID - Cho2004 ER - TY - JOUR AU - Cho, S. J. AU - Jeftinija, K. AU - Glavaski, A. AU - Jeftinija, S. AU - Jena, B. P. AU - Anderson, L. L. PY - 2002 DA - 2002// TI - Structure and dynamics of the fusion pores in live GH-secreting cells revealed using atomic force microscopy JO - Endocrinology VL - 143 UR - https://doi.org/10.1210/endo.143.3.8773 DO - 10.1210/endo.143.3.8773 ID - Cho2002 ER - TY - JOUR AU - Suarez, M. B. AU - Sanz, L. AU - Chamorro, M. I. AU - Rey, M. AU - Gonzalez, F. J. AU - Llobell, A. AU - Monte, E. PY - 2005 DA - 2005// TI - Proteomic analysis of secreted proteins from Trichoderma harzianum: Identification of a fungal cell wall-induced aspartic protease JO - Fungal Genet Biol VL - 42 UR - https://doi.org/10.1016/j.fgb.2005.08.002 DO - 10.1016/j.fgb.2005.08.002 ID - Suarez2005 ER - TY - JOUR AU - Van den Wymelenberg, A. AU - Minges, P. AU - Sabat, G. AU - Martinez, D. AU - Aerts, A. AU - Salamov, A. AU - Grigoriev, I. AU - Shapiro, H. AU - Putnam, N. AU - Belinky, P. AU - Dosoretz, C. AU - Gaskell, J. AU - Kersten, P. AU - Cullen, D. PY - 2006 DA - 2006// TI - Computational analysis of the Phanerochaete chrysosporium v2.0 genome database and mass spectrometry identification of peptides in ligninolytic cultures reveal complex mixtures of secreted proteins JO - Fungal Genet Biol VL - 43 UR - https://doi.org/10.1016/j.fgb.2006.01.003 DO - 10.1016/j.fgb.2006.01.003 ID - Van den Wymelenberg2006 ER - TY - JOUR AU - Vinzant, T. B. AU - Adney, W. S. AU - Decker, S. R. AU - Baker, J. O. AU - Kinter, M. T. AU - Sherman, N. E. AU - Fox, J. W. AU - Himmel, M. E. PY - 2001 DA - 2001// TI - Fingerprinting Trichoderma reesei hydrolases in a commercial cellulase preparation JO - Appl Biochem Biotechnol VL - 91-93 UR - https://doi.org/10.1385/ABAB:91-93:1-9:99 DO - 10.1385/ABAB:91-93:1-9:99 ID - Vinzant2001 ER - TY - JOUR AU - Lesage, G. AU - Bussey, H. PY - 2006 DA - 2006// TI - Cell wall assembly in Saccharomyces cerevisiae JO - Microbiol Mol Biol Rev VL - 70 UR - https://doi.org/10.1128/MMBR.00038-05 DO - 10.1128/MMBR.00038-05 ID - Lesage2006 ER - TY - JOUR AU - Waters, C. M. AU - Bassler, B. L. PY - 2005 DA - 2005// TI - Quorum sensing: cell-to-cell communication in bacteria JO - Annu Rev Cell Dev Biol VL - 21 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.cellbio.21.012704.131001 DO - 10.1146/annurev.cellbio.21.012704.131001 ID - Waters2005 ER - TY - JOUR AU - Cornelis, G. R. AU - Van Gijsegem, F. PY - 2000 DA - 2000// TI - Assembly and function of type III secretory systems JO - Annu Rev Microbiol VL - 54 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.micro.54.1.735 DO - 10.1146/annurev.micro.54.1.735 ID - Cornelis2000 ER - TY - JOUR AU - Kamoun, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - A catalogue of the effector secretome of plant pathogenic oomycetes JO - Annu Rev Phytopathol VL - 44 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.phyto.44.070505.143436 DO - 10.1146/annurev.phyto.44.070505.143436 ID - Kamoun2006 ER - TY - JOUR AU - Hiller, N. L. AU - Bhattacharjee, S. AU - van Ooij, C. AU - Liolios, K. AU - Harrison, T. AU - Lopez-Estrano, C. AU - Haldar, K. PY - 2004 DA - 2004// TI - A host-targeting signal in virulence proteins reveals a secretome in malarial infection JO - Science VL - 306 UR - https://doi.org/10.1126/science.1102737 DO - 10.1126/science.1102737 ID - Hiller2004 ER - TY - JOUR AU - Marti, M. AU - Good, R. T. AU - Rug, M. AU - Knuepfer, E. AU - Cowman, A. F. PY - 2004 DA - 2004// TI - Targeting malaria virulence and remodeling proteins to the host erythrocyte JO - Science VL - 306 UR - https://doi.org/10.1126/science.1102452 DO - 10.1126/science.1102452 ID - Marti2004 ER - TY - JOUR AU - Bouws, H. AU - Wattenberg, A. AU - Zorn, H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Fungal secretomes--nature's toolbox for white biotechnology JO - Appl Microbiol Biotechnol VL - 80 UR - https://doi.org/10.1007/s00253-008-1572-5 DO - 10.1007/s00253-008-1572-5 ID - Bouws2008 ER - TY - JOUR AU - Jung, K. AU - Park, J. AU - Choi, J. AU - Park, B. AU - Kim, S. AU - Ahn, K. AU - Choi, J. AU - Choi, D. AU - Kang, S. AU - Lee, Y. -. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - SNUGB: a versatile genome browser supporting comparative and functional fungal genomics JO - BMC Genomics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-9-586 DO - 10.1186/1471-2164-9-586 ID - Jung2008 ER - TY - JOUR AU - Park, J. AU - Park, B. AU - Jung, K. AU - Jang, S. AU - Yu, K. AU - Choi, J. AU - Kong, S. AU - Kim, S. AU - Kim, H. AU - Kim, J. F. AU - Blair, J. E. AU - Lee, K. AU - Kang, S. AU - Lee, Y. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - CFGP: a web-based, comparative fungal genomics platform JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm758 DO - 10.1093/nar/gkm758 ID - Park2008 ER - TY - JOUR AU - Bendtsen, J. D. AU - Nielsen, H. AU - von Heijne, G. AU - Brunak, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Improved prediction of signal peptides: SignalP 3.0 JO - J Mol Biol VL - 340 UR - https://doi.org/10.1016/j.jmb.2004.05.028 DO - 10.1016/j.jmb.2004.05.028 ID - Bendtsen2004 ER - TY - JOUR AU - Choo, K. H. AU - Tan, T. W. AU - Ranganathan, S. PY - 2005 DA - 2005// TI - SPdb--a signal peptide database JO - BMC Bioinformatics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-6-249 DO - 10.1186/1471-2105-6-249 ID - Choo2005 ER - TY - JOUR AU - Rice, P. AU - Longden, I. AU - Bleasby, A. PY - 2000 DA - 2000// TI - EMBOSS: the European Molecular Biology Open Software Suite JO - Trends Genet VL - 16 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-9525(00)02024-2 DO - 10.1016/S0168-9525(00)02024-2 ID - Rice2000 ER - TY - CHAP AU - Bradford, J. R. PY - 2001 DA - 2001// TI - Protein Design for Biopharmaceutical Development at GlaxoSmithKline: In silico Methods for Prediction of Signal Peptides and their Cleavage Sites, and Linear Epitopes BT - MRes thesis, The University of Leeds, Department of Biological Sciences ID - Bradford2001 ER - TY - JOUR AU - Plewczynski, D. AU - Slabinski, L. AU - Ginalski, K. AU - Rychlewski, L. PY - 2008 DA - 2008// TI - Prediction of signal peptides in protein sequences by neural networks JO - Acta Biochim Pol VL - 55 ID - Plewczynski2008 ER - TY - JOUR AU - Horton, P. AU - Park, K. J. AU - Obayashi, T. AU - Fujita, N. AU - Harada, H. AU - Adams-Collier, C. J. AU - Nakai, K. PY - 2007 DA - 2007// TI - WoLF PSORT: protein localization predictor JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm259 DO - 10.1093/nar/gkm259 ID - Horton2007 ER - TY - JOUR AU - Emanuelsson, O. AU - Nielsen, H. AU - Brunak, S. AU - von Heijne, G. PY - 2000 DA - 2000// TI - Predicting subcellular localization of proteins based on their N-terminal amino acid sequence JO - J Mol Biol VL - 300 UR - https://doi.org/10.1006/jmbi.2000.3903 DO - 10.1006/jmbi.2000.3903 ID - Emanuelsson2000 ER - TY - JOUR AU - Kumar, A. AU - Agarwal, S. AU - Heyman, J. A. AU - Matson, S. AU - Heidtman, M. AU - Piccirillo, S. AU - Umansky, L. AU - Drawid, A. AU - Jansen, R. AU - Liu, Y. AU - Cheung, K. H. AU - Miller, P. AU - Gerstein, M. AU - Roeder, G. S. AU - Snyder, M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Subcellular localization of the yeast proteome JO - Genes Dev VL - 16 UR - https://doi.org/10.1101/gad.970902 DO - 10.1101/gad.970902 ID - Kumar2002 ER - TY - JOUR AU - Bendtsen, J. D. AU - Jensen, L. J. AU - Blom, N. AU - Von Heijne, G. AU - Brunak, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Feature-based prediction of non-classical and leaderless protein secretion JO - Protein Eng Des Sel VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/protein/gzh037 DO - 10.1093/protein/gzh037 ID - Bendtsen2004 ER - TY - JOUR AU - Sonnhammer, E. L. AU - von Heijne, G. AU - Krogh, A. PY - 1998 DA - 1998// TI - A hidden Markov model for predicting transmembrane helices in protein sequences JO - Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol VL - 6 ID - Sonnhammer1998 ER - TY - JOUR AU - Raykhel, I. AU - Alanen, H. AU - Salo, K. AU - Jurvansuu, J. AU - Nguyen, V. D. AU - Latva-Ranta, M. AU - Ruddock, L. PY - 2007 DA - 2007// TI - A molecular specificity code for the three mammalian KDEL receptors JO - J Cell Biol VL - 179 UR - https://doi.org/10.1083/jcb.200705180 DO - 10.1083/jcb.200705180 ID - Raykhel2007 ER - TY - JOUR AU - Cokol, M. AU - Nair, R. AU - Rost, B. PY - 2000 DA - 2000// TI - Finding nuclear localization signals JO - EMBO Rep VL - 1 UR - https://doi.org/10.1093/embo-reports/kvd092 DO - 10.1093/embo-reports/kvd092 ID - Cokol2000 ER - TY - JOUR AU - Park, J. AU - Park, J. AU - Jang, S. AU - Kim, S. AU - Kong, S. AU - Choi, J. AU - Ahn, K. AU - Kim, J. AU - Lee, S. AU - Kim, S. AU - Park, B. AU - Jung, K. AU - Kim, S. AU - Kang, S. AU - Lee, Y. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - FTFD: an informatics pipeline supporting phylogenomic analysis of fungal transcription factors JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn058 DO - 10.1093/bioinformatics/btn058 ID - Park2008 ER - TY - JOUR AU - Jeon, J. AU - Park, S. Y. AU - Chi, M. H. AU - Choi, J. AU - Park, J. AU - Rho, H. S. AU - Kim, S. AU - Goh, J. AU - Yoo, S. AU - Choi, J. AU - Park, J. Y. AU - Yi, M. AU - Yang, S. AU - Kwon, M. J. AU - Han, S. S. AU - Kim, B. R. AU - Khang, C. H. AU - Park, B. AU - Lim, S. E. AU - Jung, K. AU - Kong, S. AU - Karunakaran, M. AU - Oh, H. S. AU - Kim, H. AU - Kim, S. AU - Park, J. AU - Kang, S. AU - Choi, W. B. AU - Kang, S. AU - Lee, Y. H. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome-wide functional analysis of pathogenicity genes in the rice blast fungus JO - Nat Genet VL - 39 UR - https://doi.org/10.1038/ng2002 DO - 10.1038/ng2002 ID - Jeon2007 ER - TY - JOUR AU - Park, J. AU - Lee, S. AU - Choi, J. AU - Ahn, K. AU - Park, B. AU - Park, J. AU - Kang, S. AU - Lee, Y. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Fungal Cytochrome P450 Database JO - BMC Genomics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-9-402 DO - 10.1186/1471-2164-9-402 ID - Park2008 ER - TY - JOUR AU - Choi, J. AU - Park, J. AU - Jeon, J. AU - Chi, M. H. AU - Goh, J. AU - Yoo, S. Y. AU - Park, J. AU - Jung, K. AU - Kim, H. AU - Park, S. Y. AU - Rho, H. S. AU - Kim, S. AU - Kim, B. R. AU - Han, S. S. AU - Kang, S. AU - Lee, Y. H. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome-wide analysis of T-DNA integration into the chromosomes of Magnaporthe oryzae JO - Mol Microbiol VL - 66 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2007.05918.x DO - 10.1111/j.1365-2958.2007.05918.x ID - Choi2007 ER - TY - JOUR AU - Lee, W. AU - Park, J. AU - Choi, J. AU - Jung, K. AU - Park, B. AU - Kim, D. AU - Lee, J. AU - Ahn, K. AU - Song, W. AU - Kang, S. AU - Lee, Y. H. AU - Lee, S. PY - 2009 DA - 2009// TI - IMGD: an Integrated Platform Supporting Comparative Genomics and Phylogenetics of Insect Mitochondrial Genomes JO - BMC Genomics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-10-148 DO - 10.1186/1471-2164-10-148 ID - Lee2009 ER - TY - JOUR AU - Park, J. AU - Park, B. AU - Veeraraghavan, N. AU - Jung, K. AU - Lee, Y. H. AU - Blair, J. AU - Geiser, D. M. AU - Isard, S. AU - Mansfield, M. A. AU - Nikolaeva, E. AU - Park, S. Y. AU - Russo, J. AU - Kim, S. H. AU - Greene, M. AU - Ivors, K. L. AU - Balci, Y. AU - Peiman, M. AU - Erwin, D. C. AU - Coffey, M. D. AU - Rossman, A. AU - Farr, D. AU - Cline, E. AU - Crünwald, N. J. AU - Luster, D. G. AU - Schrandt, J. AU - Martin, F. AU - Ribeiro, O. K. AU - Makalowska, I. AU - Kang, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Phytophthora Database: A Forensic Database Supporting the Identification and Monitoring of Phytophthora JO - Plant disease VL - 92 UR - https://doi.org/10.1094/PDIS-92-6-0966 DO - 10.1094/PDIS-92-6-0966 ID - Park2008 ER - TY - JOUR AU - Xi, H. AU - Park, J. AU - Ding, G. AU - Lee, Y. H. AU - Li, Y. PY - 2009 DA - 2009// TI - SysPIMP: the web-based systematical platform for identifying human disease-related mutated sequences from mass spectrometry JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn848 DO - 10.1093/nar/gkn848 ID - Xi2009 ER - TY - JOUR AU - Kyte, J. AU - Doolittle, R. F. PY - 1982 DA - 1982// TI - A simple method for displaying the hydropathic character of a protein JO - J Mol Biol VL - 157 UR - https://doi.org/10.1016/0022-2836(82)90515-0 DO - 10.1016/0022-2836(82)90515-0 ID - Kyte1982 ER - TY - JOUR AU - Fitzpatrick, D. A. AU - Logue, M. E. AU - Stajich, J. E. AU - Butler, G. PY - 2006 DA - 2006// TI - A fungal phylogeny based on 42 complete genomes derived from supertree and combined gene analysis JO - BMC Evol Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-6-99 DO - 10.1186/1471-2148-6-99 ID - Fitzpatrick2006 ER - TY - JOUR AU - Wang, H. AU - Xu, Z. AU - Gao, L. AU - Hao, B. PY - 2009 DA - 2009// TI - A fungal phylogeny based on 82 complete genomes using the composition vector method JO - BMC Evol Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-9-195 DO - 10.1186/1471-2148-9-195 ID - Wang2009 ER - TY - JOUR AU - Soanes, D. M. AU - Alam, I. AU - Cornell, M. AU - Wong, H. M. AU - Hedeler, C. AU - Paton, N. W. AU - Rattray, M. AU - Hubbard, S. J. AU - Oliver, S. G. AU - Talbot, N. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Comparative genome analysis of filamentous fungi reveals gene family expansions associated with fungal pathogenesis JO - PLoS One VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0002300 DO - 10.1371/journal.pone.0002300 ID - Soanes2008 ER - TY - JOUR AU - Whisson, S. C. AU - Boevink, P. C. AU - Moleleki, L. AU - Avrova, A. O. AU - Morales, J. G. AU - Gilroy, E. M. AU - Armstrong, M. R. AU - Grouffaud, S. AU - van West, P. AU - Chapman, S. AU - Hein, I. AU - Toth, I. K. AU - Pritchard, L. AU - Birch, P. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - A translocation signal for delivery of oomycete effector proteins into host plant cells JO - Nature VL - 450 UR - https://doi.org/10.1038/nature06203 DO - 10.1038/nature06203 ID - Whisson2007 ER - TY - JOUR AU - Win, J. AU - Morgan, W. AU - Bos, J. AU - Krasileva, K. V. AU - Cano, L. M. AU - Chaparro-Garcia, A. AU - Ammar, R. AU - Staskawicz, B. J. AU - Kamoun, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Adaptive evolution has targeted the C-terminal domain of the RXLR effectors of plant pathogenic oomycetes JO - Plant Cell VL - 19 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.107.051037 DO - 10.1105/tpc.107.051037 ID - Win2007 ER - TY - JOUR AU - Jiang, R. H. AU - Tripathy, S. AU - Govers, F. AU - Tyler, B. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - RXLR effector reservoir in two Phytophthora species is dominated by a single rapidly evolving superfamily with more than 700 members JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0709303105 DO - 10.1073/pnas.0709303105 ID - Jiang2008 ER - TY - JOUR AU - Qin, G. AU - Tian, S. AU - Chan, Z. AU - Li, B. PY - 2007 DA - 2007// TI - Crucial role of antioxidant proteins and hydrolytic enzymes in pathogenicity of Penicillium expansum: analysis based on proteomics approach JO - Mol Cell Proteomics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1074/mcp.M600179-MCP200 DO - 10.1074/mcp.M600179-MCP200 ID - Qin2007 ER - TY - JOUR AU - Wymelenberg, A. V. AU - Sabat, G. AU - Martinez, D. AU - Rajangam, A. S. AU - Teeri, T. T. AU - Gaskell, J. AU - Kersten, P. J. AU - Cullen, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - The Phanerochaete chrysosporium secretome: database predictions and initial mass spectrometry peptide identifications in cellulose-grown medium JO - J Biotechnol VL - 118 UR - https://doi.org/10.1016/j.jbiotec.2005.03.010 DO - 10.1016/j.jbiotec.2005.03.010 ID - Wymelenberg2005 ER - TY - JOUR AU - Lee, S. A. AU - Wormsley, S. AU - Kamoun, S. AU - Lee, A. F. AU - Joiner, K. AU - Wong, B. PY - 2003 DA - 2003// TI - An analysis of the Candida albicans genome database for soluble secreted proteins using computer-based prediction algorithms JO - Yeast VL - 20 UR - https://doi.org/10.1002/yea.988 DO - 10.1002/yea.988 ID - Lee2003 ER - TY - JOUR AU - Mueller, O. AU - Kahmann, R. AU - Aguilar, G. AU - Trejo-Aguilar, B. AU - Wu, A. AU - de Vries, R. P. PY - 2008 DA - 2008// TI - The secretome of the maize pathogen Ustilago maydis JO - Fungal Genet Biol VL - 45 UR - https://doi.org/10.1016/j.fgb.2008.03.012 DO - 10.1016/j.fgb.2008.03.012 ID - Mueller2008 ER - TY - JOUR AU - Abbas, A. AU - Koc, H. AU - Liu, F. AU - Tien, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Fungal degradation of wood: initial proteomic analysis of extracellular proteins of Phanerochaete chrysosporium grown on oak substrate JO - Curr Genet VL - 47 UR - https://doi.org/10.1007/s00294-004-0550-4 DO - 10.1007/s00294-004-0550-4 ID - Abbas2005 ER - TY - JOUR AU - Paper, J. M. AU - Scott-Craig, J. S. AU - Adhikari, N. D. AU - Cuomo, C. A. AU - Walton, J. D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Comparative proteomics of extracellular proteins in vitro and in planta from the pathogenic fungus Fusarium graminearum JO - Proteomics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1002/pmic.200700184 DO - 10.1002/pmic.200700184 ID - Paper2007 ER - TY - JOUR AU - Sato, S. AU - Liu, F. AU - Koc, H. AU - Tien, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Expression analysis of extracellular proteins from Phanerochaete chrysosporium grown on different liquid and solid substrates JO - Microbiology VL - 153 UR - https://doi.org/10.1099/mic.0.2006/000513-0 DO - 10.1099/mic.0.2006/000513-0 ID - Sato2007 ER - TY - JOUR AU - Xu, J. AU - Saunders, C. W. AU - Hu, P. AU - Grant, R. A. AU - Boekhout, T. AU - Kuramae, E. E. AU - Kronstad, J. W. AU - Deangelis, Y. M. AU - Reeder, N. L. AU - Johnstone, K. R. AU - Leland, M. AU - Fieno, A. M. AU - Begley, W. M. AU - Sun, Y. AU - Lacey, M. P. AU - Chaudhary, T. AU - Keough, T. AU - Chu, L. AU - Sears, R. AU - Yuan, B. AU - Dawson, T. L. PY - 2007 DA - 2007// TI - Dandruff-associated Malassezia genomes reveal convergent and divergent virulence traits shared with plant and human fungal pathogens JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0706756104 DO - 10.1073/pnas.0706756104 ID - Xu2007 ER - TY - JOUR AU - Martinez, D. AU - Challacombe, J. AU - Morgenstern, I. AU - Hibbett, D. AU - Schmoll, M. AU - Kubicek, C. P. AU - Ferreira, P. AU - Ruiz-Duenas, F. J. AU - Martinez, A. T. AU - Kersten, P. AU - Hammel, K. E. AU - Vanden Wymelenberg, A. AU - Gaskell, J. AU - Lindquist, E. AU - Sabat, G. AU - Bondurant, S. S. AU - Larrondo, L. F. AU - Canessa, P. AU - Vicuna, R. AU - Yadav, J. AU - Doddapaneni, H. AU - Subramanian, V. AU - Pisabarro, A. G. AU - Lavin, J. L. AU - Oguiza, J. A. AU - Master, E. AU - Henrissat, B. AU - Coutinho, P. M. AU - Harris, P. AU - Magnuson, J. K. PY - 2009 DA - 2009// TI - Genome, transcriptome, and secretome analysis of wood decay fungus Postia placenta supports unique mechanisms of lignocellulose conversion JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 106 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0809575106 DO - 10.1073/pnas.0809575106 ID - Martinez2009 ER - TY - JOUR AU - Chisholm, S. T. AU - Coaker, G. AU - Day, B. AU - Staskawicz, B. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Host-microbe interactions: shaping the evolution of the plant immune response JO - Cell VL - 124 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2006.02.008 DO - 10.1016/j.cell.2006.02.008 ID - Chisholm2006 ER - TY - JOUR AU - Wortman, J. R. AU - Fedorova, N. AU - Crabtree, J. AU - Joardar, V. AU - Maiti, R. AU - Haas, B. J. AU - Amedeo, P. AU - Lee, E. AU - Angiuoli, S. V. AU - Jiang, B. AU - Anderson, M. J. AU - Denning, D. W. AU - White, O. R. AU - Nierman, W. C. PY - 2006 DA - 2006// TI - Whole genome comparison of the A. fumigatus family JO - Med Mycol VL - 44 UR - https://doi.org/10.1080/13693780600835799 DO - 10.1080/13693780600835799 ID - Wortman2006 ER - TY - JOUR AU - Fedorova, N. D. AU - Khaldi, N. AU - Joardar, V. S. AU - Maiti, R. AU - Amedeo, P. AU - Anderson, M. J. AU - Crabtree, J. AU - Silva, J. C. AU - Badger, J. H. AU - Albarraq, A. AU - Angiuoli, S. AU - Bussey, H. AU - Bowyer, P. AU - Cotty, P. J. AU - Dyer, P. S. AU - Egan, A. AU - Galens, K. AU - Fraser-Liggett, C. M. AU - Haas, B. J. AU - Inman, J. M. AU - Kent, R. AU - Lemieux, S. AU - Malavazi, I. AU - Orvis, J. AU - Roemer, T. AU - Ronning, C. M. AU - Sundaram, J. P. AU - Sutton, G. AU - Turner, G. AU - Venter, J. C. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genomic islands in the pathogenic filamentous fungus Aspergillus fumigatus JO - PLoS Genet VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1000046 DO - 10.1371/journal.pgen.1000046 ID - Fedorova2008 ER - TY - JOUR AU - Payne, G. A. AU - Nierman, W. C. AU - Wortman, J. R. AU - Pritchard, B. L. AU - Brown, D. AU - Dean, R. A. AU - Bhatnagar, D. AU - Cleveland, T. E. AU - Machida, M. AU - Yu, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Whole genome comparision of A. flavus and A. oryzae JO - Med Mycol VL - 44 UR - https://doi.org/10.1080/13693780600835716 DO - 10.1080/13693780600835716 ID - Payne2006 ER - TY - JOUR AU - Nierman, W. C. AU - Pain, A. AU - Anderson, M. J. AU - Wortman, J. R. AU - Kim, H. S. AU - Arroyo, J. AU - Berriman, M. AU - Abe, K. AU - Archer, D. B. AU - Bermejo, C. AU - Bennett, J. AU - Bowyer, P. AU - Chen, D. AU - Collins, M. AU - Coulsen, R. AU - Davies, R. AU - Dyer, P. S. AU - Farman, M. AU - Fedorova, N. AU - Fedorova, N. AU - Feldblyum, T. V. AU - Fischer, R. AU - Fosker, N. AU - Fraser, A. AU - Garcia, J. L. AU - Garcia, M. J. AU - Goble, A. AU - Goldman, G. H. AU - Gomi, K. AU - Griffith-Jones, S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genomic sequence of the pathogenic and allergenic filamentous fungus Aspergillus fumigatus JO - Nature VL - 438 UR - https://doi.org/10.1038/nature04332 DO - 10.1038/nature04332 ID - Nierman2005 ER - TY - JOUR AU - Galagan, J. E. AU - Calvo, S. E. AU - Cuomo, C. AU - Ma, L. J. AU - Wortman, J. R. AU - Batzoglou, S. AU - Lee, S. I. AU - Basturkmen, M. AU - Spevak, C. C. AU - Clutterbuck, J. AU - Kapitonov, V. AU - Jurka, J. AU - Scazzocchio, C. AU - Farman, M. AU - Butler, J. AU - Purcell, S. AU - Harris, S. AU - Braus, G. H. AU - Draht, O. AU - Busch, S. AU - D'Enfert, C. AU - Bouchier, C. AU - Goldman, G. H. AU - Bell-Pedersen, D. AU - Griffiths-Jones, S. AU - Doonan, J. H. AU - Yu, J. AU - Vienken, K. AU - Pain, A. AU - Freitag, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Sequencing of Aspergillus nidulans and comparative analysis with A. fumigatus and A. oryzae JO - Nature VL - 438 UR - https://doi.org/10.1038/nature04341 DO - 10.1038/nature04341 ID - Galagan2005 ER - TY - JOUR AU - Pel, H. J. AU - de Winde, J. H. AU - Archer, D. B. AU - Dyer, P. S. AU - Hofmann, G. AU - Schaap, P. J. AU - Turner, G. AU - de Vries, R. P. AU - Albang, R. AU - Albermann, K. AU - Andersen, M. R. AU - Bendtsen, J. D. AU - Benen, J. A. AU - van den Berg, M. AU - Breestraat, S. AU - Caddick, M. X. AU - Contreras, R. AU - Cornell, M. AU - Coutinho, P. M. AU - Danchin, E. G. AU - Debets, A. J. AU - Dekker, P. AU - van Dijck, P. W. AU - van Dijk, A. AU - Dijkhuizen, L. AU - Driessen, A. J. AU - d'Enfert, C. AU - Geysens, S. AU - Goosen, C. AU - Groot, G. S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome sequencing and analysis of the versatile cell factory Aspergillus niger CBS 513.88 JO - Nat Biotechnol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1282 DO - 10.1038/nbt1282 ID - Pel2007 ER - TY - JOUR AU - Machida, M. AU - Asai, K. AU - Sano, M. AU - Tanaka, T. AU - Kumagai, T. AU - Terai, G. AU - Kusumoto, K. AU - Arima, T. AU - Akita, O. AU - Kashiwagi, Y. AU - Abe, K. AU - Gomi, K. AU - Horiuchi, H. AU - Kitamoto, K. AU - Kobayashi, T. AU - Takeuchi, M. AU - Denning, D. W. AU - Galagan, J. E. AU - Nierman, W. C. AU - Yu, J. AU - Archer, D. B. AU - Bennett, J. W. AU - Bhatnagar, D. AU - Cleveland, T. E. AU - Fedorova, N. D. AU - Gotoh, O. AU - Horikawa, H. AU - Hosoyama, A. AU - Ichinomiya, M. AU - Igarashi, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genome sequencing and analysis of Aspergillus oryzae JO - Nature VL - 438 UR - https://doi.org/10.1038/nature04300 DO - 10.1038/nature04300 ID - Machida2005 ER - TY - JOUR AU - Sharpton, T. J. AU - Stajich, J. E. AU - Rounsley, S. D. AU - Gardner, M. J. AU - Wortman, J. R. AU - Jordar, V. S. AU - Maiti, R. AU - Kodira, C. D. AU - Neafsey, D. E. AU - Zeng, Q. AU - Hung, C. Y. AU - McMahan, C. AU - Muszewska, A. AU - Grynberg, M. AU - Mandel, M. A. AU - Kellner, E. M. AU - Barker, B. M. AU - Galgiani, J. N. AU - Orbach, M. J. AU - Kirkland, T. N. AU - Cole, G. T. AU - Henn, M. R. AU - Birren, B. W. AU - Taylor, J. W. PY - 2009 DA - 2009// TI - Comparative genomic analyses of the human fungal pathogens Coccidioides and their relatives JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.087551.108 DO - 10.1101/gr.087551.108 ID - Sharpton2009 ER - TY - JOUR AU - Cuomo, C. A. AU - Guldener, U. AU - Xu, J. R. AU - Trail, F. AU - Turgeon, B. G. AU - Di Pietro, A. AU - Walton, J. D. AU - Ma, L. J. AU - Baker, S. E. AU - Rep, M. AU - Adam, G. AU - Antoniw, J. AU - Baldwin, T. AU - Calvo, S. AU - Chang, Y. L. AU - Decaprio, D. AU - Gale, L. R. AU - Gnerre, S. AU - Goswami, R. S. AU - Hammond-Kosack, K. AU - Harris, L. J. AU - Hilburn, K. AU - Kennell, J. C. AU - Kroken, S. AU - Magnuson, J. K. AU - Mannhaupt, G. AU - Mauceli, E. AU - Mewes, H. W. AU - Mitterbauer, R. AU - Muehlbauer, G. PY - 2007 DA - 2007// TI - The Fusarium graminearum genome reveals a link between localized polymorphism and pathogen specialization JO - Science VL - 317 UR - https://doi.org/10.1126/science.1143708 DO - 10.1126/science.1143708 ID - Cuomo2007 ER - TY - JOUR AU - Coleman, J. J. AU - Rounsley, S. D. AU - Rodriguez-Carres, M. AU - Kuo, A. AU - Wasmann, C. C. AU - Grimwood, J. AU - Schmutz, J. AU - Taga, M. AU - White, G. J. AU - Zhou, S. AU - Schwartz, D. C. AU - Freitag, M. AU - Ma, L. J. AU - Danchin, E. G. AU - Henrissat, B. AU - Coutinho, P. M. AU - Nelson, D. R. AU - Straney, D. AU - Napoli, C. A. AU - Barker, B. M. AU - Gribskov, M. AU - Rep, M. AU - Kroken, S. AU - Molnar, I. AU - Rensing, C. AU - Kennell, J. C. AU - Zamora, J. AU - Farman, M. L. AU - Selker, E. U. AU - Salamov, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - The genome of Nectria haematococca: contribution of supernumerary chromosomes to gene expansion JO - PLoS Genet VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1000618 DO - 10.1371/journal.pgen.1000618 ID - Coleman2009 ER - TY - JOUR AU - Dean, R. A. AU - Talbot, N. J. AU - Ebbole, D. J. AU - Farman, M. L. AU - Mitchell, T. K. AU - Orbach, M. J. AU - Thon, M. AU - Kulkarni, R. AU - Xu, J. R. AU - Pan, H. AU - Read, N. D. AU - Lee, Y. H. AU - Carbone, I. AU - Brown, D. AU - Oh, Y. Y. AU - Donofrio, N. AU - Jeong, J. S. AU - Soanes, D. M. AU - Djonovic, S. AU - Kolomiets, E. AU - Rehmeyer, C. AU - Li, W. AU - Harding, M. AU - Kim, S. AU - Lebrun, M. H. AU - Bohnert, H. AU - Coughlan, S. AU - Butler, J. AU - Calvo, S. AU - Ma, L. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - The genome sequence of the rice blast fungus Magnaporthe grisea JO - Nature VL - 434 UR - https://doi.org/10.1038/nature03449 DO - 10.1038/nature03449 ID - Dean2005 ER - TY - JOUR AU - Galagan, J. E. AU - Calvo, S. E. AU - Borkovich, K. A. AU - Selker, E. U. AU - Read, N. D. AU - Jaffe, D. AU - FitzHugh, W. AU - Ma, L. J. AU - Smirnov, S. AU - Purcell, S. AU - Rehman, B. AU - Elkins, T. AU - Engels, R. AU - Wang, S. AU - Nielsen, C. B. AU - Butler, J. AU - Endrizzi, M. AU - Qui, D. AU - Ianakiev, P. AU - Bell-Pedersen, D. AU - Nelson, M. A. AU - Werner-Washburne, M. AU - Selitrennikoff, C. P. AU - Kinsey, J. A. AU - Braun, E. L. AU - Zelter, A. AU - Schulte, U. AU - Kothe, G. O. AU - Jedd, G. AU - Mewes, W. PY - 2003 DA - 2003// TI - The genome sequence of the filamentous fungus Neurospora crassa JO - Nature VL - 422 UR - https://doi.org/10.1038/nature01554 DO - 10.1038/nature01554 ID - Galagan2003 ER - TY - JOUR AU - van den Berg, M. A. AU - Albang, R. AU - Albermann, K. AU - Badger, J. H. AU - Daran, J. M. AU - Driessen, A. J. AU - Garcia-Estrada, C. AU - Fedorova, N. D. AU - Harris, D. M. AU - Heijne, W. H. AU - Joardar, V. AU - Kiel, J. A. AU - Kovalchuk, A. AU - Martin, J. F. AU - Nierman, W. C. AU - Nijland, J. G. AU - Pronk, J. T. AU - Roubos, J. A. AU - van der Klei, I. J. AU - van Peij, N. N. AU - Veenhuis, M. AU - von Dohren, H. AU - Wagner, C. AU - Wortman, J. AU - Bovenberg, R. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genome sequencing and analysis of the filamentous fungus Penicillium chrysogenum JO - Nat Biotechnol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1498 DO - 10.1038/nbt.1498 ID - van den Berg2008 ER - TY - JOUR AU - Espagne, E. AU - Lespinet, O. AU - Malagnac, F. AU - Da Silva, C. AU - Jaillon, O. AU - Porcel, B. M. AU - Couloux, A. AU - Aury, J. M. AU - Segurens, B. AU - Poulain, J. AU - Anthouard, V. AU - Grossetete, S. AU - Khalili, H. AU - Coppin, E. AU - Dequard-Chablat, M. AU - Picard, M. AU - Contamine, V. AU - Arnaise, S. AU - Bourdais, A. AU - Berteaux-Lecellier, V. AU - Gautheret, D. AU - de Vries, R. P. AU - Battaglia, E. AU - Coutinho, P. M. AU - Danchin, E. G. AU - Henrissat, B. AU - Khoury, R. E. AU - Sainsard-Chanet, A. AU - Boivin, A. AU - Pinan-Lucarre, B. PY - 2008 DA - 2008// TI - The genome sequence of the model ascomycete fungus Podospora anserina JO - Genome Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2008-9-5-r77 DO - 10.1186/gb-2008-9-5-r77 ID - Espagne2008 ER - TY - JOUR AU - Hane, J. K. AU - Lowe, R. G. AU - Solomon, P. S. AU - Tan, K. C. AU - Schoch, C. L. AU - Spatafora, J. W. AU - Crous, P. W. AU - Kodira, C. AU - Birren, B. W. AU - Galagan, J. E. AU - Torriani, S. F. AU - McDonald, B. A. AU - Oliver, R. P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Dothideomycete Plant Interactions Illuminated by Genome Sequencing and EST Analysis of the Wheat Pathogen Stagonospora nodorum JO - Plant Cell VL - 19 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.107.052829 DO - 10.1105/tpc.107.052829 ID - Hane2007 ER - TY - JOUR AU - Martinez, D. AU - Berka, R. M. AU - Henrissat, B. AU - Saloheimo, M. AU - Arvas, M. AU - Baker, S. E. AU - Chapman, J. AU - Chertkov, O. AU - Coutinho, P. M. AU - Cullen, D. AU - Danchin, E. G. AU - Grigoriev, I. V. AU - Harris, P. AU - Jackson, M. AU - Kubicek, C. P. AU - Han, C. S. AU - Ho, I. AU - Larrondo, L. F. AU - de Leon, A. L. AU - Magnuson, J. K. AU - Merino, S. AU - Misra, M. AU - Nelson, B. AU - Putnam, N. AU - Robbertse, B. AU - Salamov, A. A. AU - Schmoll, M. AU - Terry, A. AU - Thayer, N. AU - Westerholm-Parvinen, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genome sequencing and analysis of the biomass-degrading fungus Trichoderma reesei (syn. Hypocrea jecorina) JO - Nat Biotechnol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1403 DO - 10.1038/nbt1403 ID - Martinez2008 ER - TY - JOUR AU - Hibbett, D. S. AU - Binder, M. AU - Bischoff, J. F. AU - Blackwell, M. AU - Cannon, P. F. AU - Eriksson, O. E. AU - Huhndorf, S. AU - James, T. AU - Kirk, P. M. AU - Lucking, R. AU - Thorsten Lumbsch, H. AU - Lutzoni, F. AU - Matheny, P. B. AU - McLaughlin, D. J. AU - Powell, M. J. AU - Redhead, S. AU - Schoch, C. L. AU - Spatafora, J. W. AU - Stalpers, J. A. AU - Vilgalys, R. AU - Aime, M. C. AU - Aptroot, A. AU - Bauer, R. AU - Begerow, D. AU - Benny, G. L. AU - Castlebury, L. A. AU - Crous, P. W. AU - Dai, Y. C. AU - Gams, W. AU - Geiser, D. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - A higher-level phylogenetic classification of the Fungi JO - Mycol Res VL - 111 UR - https://doi.org/10.1016/j.mycres.2007.03.004 DO - 10.1016/j.mycres.2007.03.004 ID - Hibbett2007 ER - TY - JOUR AU - Jones, T. AU - Federspiel, N. A. AU - Chibana, H. AU - Dungan, J. AU - Kalman, S. AU - Magee, B. B. AU - Newport, G. AU - Thorstenson, Y. R. AU - Agabian, N. AU - Magee, P. T. AU - Davis, R. W. AU - Scherer, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - The diploid genome sequence of Candida albicans JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0401648101 DO - 10.1073/pnas.0401648101 ID - Jones2004 ER - TY - JOUR AU - van het Hoog, M. AU - Rast, T. J. AU - Martchenko, M. AU - Grindle, S. AU - Dignard, D. AU - Hogues, H. AU - Cuomo, C. AU - Berriman, M. AU - Scherer, S. AU - Magee, B. B. AU - Whiteway, M. AU - Chibana, H. AU - Nantel, A. AU - Magee, P. T. PY - 2007 DA - 2007// TI - Assembly of the Candida albicans genome into sixteen supercontigs aligned on the eight chromosomes JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-4-r52 DO - 10.1186/gb-2007-8-4-r52 ID - van het Hoog2007 ER - TY - JOUR AU - Butler, G. AU - Rasmussen, M. D. AU - Lin, M. F. AU - Santos, M. A. AU - Sakthikumar, S. AU - Munro, C. A. AU - Rheinbay, E. AU - Grabherr, M. AU - Forche, A. AU - Reedy, J. L. AU - Agrafioti, I. AU - Arnaud, M. B. AU - Bates, S. AU - Brown, A. J. AU - Brunke, S. AU - Costanzo, M. C. AU - Fitzpatrick, D. A. AU - de Groot, P. W. AU - Harris, D. AU - Hoyer, L. L. AU - Hube, B. AU - Klis, F. M. AU - Kodira, C. AU - Lennard, N. AU - Logue, M. E. AU - Martin, R. AU - Neiman, A. M. AU - Nikolaou, E. AU - Quail, M. A. AU - Quinn, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Evolution of pathogenicity and sexual reproduction in eight Candida genomes JO - Nature VL - 459 UR - https://doi.org/10.1038/nature08064 DO - 10.1038/nature08064 ID - Butler2009 ER - TY - JOUR AU - Dujon, B. AU - Sherman, D. AU - Fischer, G. AU - Durrens, P. AU - Casaregola, S. AU - Lafontaine, I. AU - De Montigny, J. AU - Marck, C. AU - Neuveglise, C. AU - Talla, E. AU - Goffard, N. AU - Frangeul, L. AU - Aigle, M. AU - Anthouard, V. AU - Babour, A. AU - Barbe, V. AU - Barnay, S. AU - Blanchin, S. AU - Beckerich, J. M. AU - Beyne, E. AU - Bleykasten, C. AU - Boisrame, A. AU - Boyer, J. AU - Cattolico, L. AU - Confanioleri, F. AU - De Daruvar, A. AU - Despons, L. AU - Fabre, E. AU - Fairhead, C. AU - Ferry-Dumazet, H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Genome evolution in yeasts JO - Nature VL - 430 UR - https://doi.org/10.1038/nature02579 DO - 10.1038/nature02579 ID - Dujon2004 ER - TY - JOUR AU - Blandin, G. AU - Ozier-Kalogeropoulos, O. AU - Wincker, P. AU - Artiguenave, F. AU - Dujon, B. PY - 2000 DA - 2000// TI - Genomic exploration of the hemiascomycetous yeasts: 16. Candida tropicalis JO - FEBS Lett VL - 487 UR - https://doi.org/10.1016/S0014-5793(00)02287-0 DO - 10.1016/S0014-5793(00)02287-0 ID - Blandin2000 ER - TY - JOUR AU - Dietrich, F. S. AU - Voegeli, S. AU - Brachat, S. AU - Lerch, A. AU - Gates, K. AU - Steiner, S. AU - Mohr, C. AU - Pohlmann, R. AU - Luedi, P. AU - Choi, S. AU - Wing, R. A. AU - Flavier, A. AU - Gaffney, T. D. AU - Philippsen, P. PY - 2004 DA - 2004// TI - The Ashbya gossypii genome as a tool for mapping the ancient Saccharomyces cerevisiae genome JO - Science VL - 304 UR - https://doi.org/10.1126/science.1095781 DO - 10.1126/science.1095781 ID - Dietrich2004 ER - TY - JOUR AU - Scannell, D. R. AU - Frank, A. C. AU - Conant, G. C. AU - Byrne, K. P. AU - Woolfit, M. AU - Wolfe, K. H. PY - 2007 DA - 2007// TI - Independent sorting-out of thousands of duplicated gene pairs in two yeast species descended from a whole-genome duplication JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0608218104 DO - 10.1073/pnas.0608218104 ID - Scannell2007 ER - TY - JOUR AU - Kellis, M. AU - Birren, B. W. AU - Lander, E. S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Proof and evolutionary analysis of ancient genome duplication in the yeast Saccharomyces cerevisiae JO - Nature VL - 428 UR - https://doi.org/10.1038/nature02424 DO - 10.1038/nature02424 ID - Kellis2004 ER - TY - JOUR AU - Jeffries, T. W. AU - Grigoriev, I. V. AU - Grimwood, J. AU - Laplaza, J. M. AU - Aerts, A. AU - Salamov, A. AU - Schmutz, J. AU - Lindquist, E. AU - Dehal, P. AU - Shapiro, H. AU - Jin, Y. S. AU - Passoth, V. AU - Richardson, P. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome sequence of the lignocellulose-bioconverting and xylose-fermenting yeast Pichia stipitis JO - Nat Biotechnol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1290 DO - 10.1038/nbt1290 ID - Jeffries2007 ER - TY - JOUR AU - Cliften, P. AU - Sudarsanam, P. AU - Desikan, A. AU - Fulton, L. AU - Fulton, B. AU - Majors, J. AU - Waterston, R. AU - Cohen, B. A. AU - Johnston, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Finding functional features in Saccharomyces genomes by phylogenetic footprinting JO - Science VL - 301 UR - https://doi.org/10.1126/science.1084337 DO - 10.1126/science.1084337 ID - Cliften2003 ER - TY - JOUR AU - Kellis, M. AU - Patterson, N. AU - Endrizzi, M. AU - Birren, B. AU - Lander, E. S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Sequencing and comparison of yeast species to identify genes and regulatory elements JO - Nature VL - 423 UR - https://doi.org/10.1038/nature01644 DO - 10.1038/nature01644 ID - Kellis2003 ER - TY - JOUR AU - Liti, G. AU - Carter, D. M. AU - Moses, A. M. AU - Warringer, J. AU - Parts, L. AU - James, S. A. AU - Davey, R. P. AU - Roberts, I. N. AU - Burt, A. AU - Koufopanou, V. AU - Tsai, I. J. AU - Bergman, C. M. AU - Bensasson, D. AU - O'Kelly, M. J. AU - van Oudenaarden, A. AU - Barton, D. B. AU - Bailes, E. AU - Nguyen, A. N. AU - Jones, M. AU - Quail, M. A. AU - Goodhead, I. AU - Sims, S. AU - Smith, F. AU - Blomberg, A. AU - Durbin, R. AU - Louis, E. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Population genomics of domestic and wild yeasts JO - Nature VL - 458 UR - https://doi.org/10.1038/nature07743 DO - 10.1038/nature07743 ID - Liti2009 ER - TY - JOUR AU - Doniger, S. W. AU - Kim, H. S. AU - Swain, D. AU - Corcuera, D. AU - Williams, M. AU - Yang, S. P. AU - Fay, J. C. PY - 2008 DA - 2008// TI - A catalog of neutral and deleterious polymorphism in yeast JO - PLoS Genet VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1000183 DO - 10.1371/journal.pgen.1000183 ID - Doniger2008 ER - TY - JOUR AU - Goffeau, A. AU - Barrell, B. G. AU - Bussey, H. AU - Davis, R. W. AU - Dujon, B. AU - Feldmann, H. AU - Galibert, F. AU - Hoheisel, J. D. AU - Jacq, C. AU - Johnston, M. AU - Louis, E. J. AU - Mewes, H. W. AU - Murakami, Y. AU - Philippsen, P. AU - Tettelin, H. AU - Oliver, S. G. PY - 1996 DA - 1996// TI - Life with 6000 genes JO - Science VL - 274 UR - https://doi.org/10.1126/science.274.5287.546 DO - 10.1126/science.274.5287.546 ID - Goffeau1996 ER - TY - JOUR AU - Gu, Z. AU - David, L. AU - Petrov, D. AU - Jones, T. AU - Davis, R. W. AU - Steinmetz, L. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Elevated evolutionary rates in the laboratory strain of Saccharomyces cerevisiae JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0409159102 DO - 10.1073/pnas.0409159102 ID - Gu2005 ER - TY - JOUR AU - Wood, V. AU - Gwilliam, R. AU - Rajandream, M. A. AU - Lyne, M. AU - Lyne, R. AU - Stewart, A. AU - Sgouros, J. AU - Peat, N. AU - Hayles, J. AU - Baker, S. AU - Basham, D. AU - Bowman, S. AU - Brooks, K. AU - Brown, D. AU - Brown, S. AU - Chillingworth, T. AU - Churcher, C. AU - Collins, M. AU - Connor, R. AU - Cronin, A. AU - Davis, P. AU - Feltwell, T. AU - Fraser, A. AU - Gentles, S. AU - Goble, A. AU - Hamlin, N. AU - Harris, D. AU - Hidalgo, J. AU - Hodgson, G. AU - Holroyd, S. PY - 2002 DA - 2002// TI - The genome sequence of Schizosaccharomyces pombe JO - Nature VL - 415 UR - https://doi.org/10.1038/nature724 DO - 10.1038/nature724 ID - Wood2002 ER - TY - JOUR AU - Loftus, B. J. AU - Fung, E. AU - Roncaglia, P. AU - Rowley, D. AU - Amedeo, P. AU - Bruno, D. AU - Vamathevan, J. AU - Miranda, M. AU - Anderson, I. J. AU - Fraser, J. A. AU - Allen, J. E. AU - Bosdet, I. E. AU - Brent, M. R. AU - Chiu, R. AU - Doering, T. L. AU - Donlin, M. J. AU - D'Souza, C. A. AU - Fox, D. S. AU - Grinberg, V. AU - Fu, J. AU - Fukushima, M. AU - Haas, B. J. AU - Huang, J. C. AU - Janbon, G. AU - Jones, S. J. AU - Koo, H. L. AU - Krzywinski, M. I. AU - Kwon-Chung, J. K. AU - Lengeler, K. B. AU - Maiti, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - The genome of the basidiomycetous yeast and human pathogen Cryptococcus neoformans JO - Science VL - 307 UR - https://doi.org/10.1126/science.1103773 DO - 10.1126/science.1103773 ID - Loftus2005 ER - TY - JOUR AU - Martin, F. AU - Aerts, A. AU - Ahren, D. AU - Brun, A. AU - Danchin, E. G. AU - Duchaussoy, F. AU - Gibon, J. AU - Kohler, A. AU - Lindquist, E. AU - Pereda, V. AU - Salamov, A. AU - Shapiro, H. J. AU - Wuyts, J. AU - Blaudez, D. AU - Buee, M. AU - Brokstein, P. AU - Canback, B. AU - Cohen, D. AU - Courty, P. E. AU - Coutinho, P. M. AU - Delaruelle, C. AU - Detter, J. C. AU - Deveau, A. AU - DiFazio, S. AU - Duplessis, S. AU - Fraissinet-Tachet, L. AU - Lucic, E. AU - Frey-Klett, P. AU - Fourrey, C. AU - Feussner, I. PY - 2008 DA - 2008// TI - The genome of Laccaria bicolor provides insights into mycorrhizal symbiosis JO - Nature VL - 452 UR - https://doi.org/10.1038/nature06556 DO - 10.1038/nature06556 ID - Martin2008 ER - TY - JOUR AU - Martinez, D. AU - Larrondo, L. F. AU - Putnam, N. AU - Gelpke, M. D. AU - Huang, K. AU - Chapman, J. AU - Helfenbein, K. G. AU - Ramaiya, P. AU - Detter, J. C. AU - Larimer, F. AU - Coutinho, P. M. AU - Henrissat, B. AU - Berka, R. AU - Cullen, D. AU - Rokhsar, D. PY - 2004 DA - 2004// TI - Genome sequence of the lignocellulose degrading fungus Phanerochaete chrysosporium strain RP78 JO - Nat Biotechnol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1038/nbt967 DO - 10.1038/nbt967 ID - Martinez2004 ER - TY - JOUR AU - Kamper, J. AU - Kahmann, R. AU - Bolker, M. AU - Ma, L. J. AU - Brefort, T. AU - Saville, B. J. AU - Banuett, F. AU - Kronstad, J. W. AU - Gold, S. E. AU - Muller, O. AU - Perlin, M. H. AU - Wosten, H. A. AU - de Vries, R. AU - Ruiz-Herrera, J. AU - Reynaga-Pena, C. G. AU - Snetselaar, K. AU - McCann, M. AU - Perez-Martin, J. AU - Feldbrugge, M. AU - Basse, C. W. AU - Steinberg, G. AU - Ibeas, J. I. AU - Holloman, W. AU - Guzman, P. AU - Farman, M. AU - Stajich, J. E. AU - Sentandreu, R. AU - Gonzalez-Prieto, J. M. AU - Kennell, J. C. AU - Molina, L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Insights from the genome of the biotrophic fungal plant pathogen Ustilago maydis JO - Nature VL - 444 UR - https://doi.org/10.1038/nature05248 DO - 10.1038/nature05248 ID - Kamper2006 ER - TY - JOUR AU - Ma, L. J. AU - Ibrahim, A. S. AU - Skory, C. AU - Grabherr, M. G. AU - Burger, G. AU - Butler, M. AU - Elias, M. AU - Idnurm, A. AU - Lang, B. F. AU - Sone, T. AU - Abe, A. AU - Calvo, S. E. AU - Corrochano, L. M. AU - Engels, R. AU - Fu, J. AU - Hansberg, W. AU - Kim, J. M. AU - Kodira, C. D. AU - Koehrsen, M. J. AU - Liu, B. AU - Miranda-Saavedra, D. AU - O'Leary, S. AU - Ortiz-Castellanos, L. AU - Poulter, R. AU - Rodriguez-Romero, J. AU - Ruiz-Herrera, J. AU - Shen, Y. Q. AU - Zeng, Q. AU - Galagan, J. AU - Birren, B. W. PY - 2009 DA - 2009// TI - Genomic analysis of the basal lineage fungus Rhizopus oryzae reveals a whole-genome duplication JO - PLoS Genet VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1000549 DO - 10.1371/journal.pgen.1000549 ID - Ma2009 ER - TY - JOUR AU - Katinka, M. D. AU - Duprat, S. AU - Cornillot, E. AU - Metenier, G. AU - Thomarat, F. AU - Prensier, G. AU - Barbe, V. AU - Peyretaillade, E. AU - Brottier, P. AU - Wincker, P. AU - Delbac, F. AU - El Alaoui, H. AU - Peyret, P. AU - Saurin, W. AU - Gouy, M. AU - Weissenbach, J. AU - Vivares, C. P. PY - 2001 DA - 2001// TI - Genome sequence and gene compaction of the eukaryote parasite Encephalitozoon cuniculi JO - Nature VL - 414 UR - https://doi.org/10.1038/35106579 DO - 10.1038/35106579 ID - Katinka2001 ER - TY - JOUR AU - Gardner, M. J. AU - Hall, N. AU - Fung, E. AU - White, O. AU - Berriman, M. AU - Hyman, R. W. AU - Carlton, J. M. AU - Pain, A. AU - Nelson, K. E. AU - Bowman, S. AU - Paulsen, I. T. AU - James, K. AU - Eisen, J. A. AU - Rutherford, K. AU - Salzberg, S. L. AU - Craig, A. AU - Kyes, S. AU - Chan, M. S. AU - Nene, V. AU - Shallom, S. J. AU - Suh, B. AU - Peterson, J. AU - Angiuoli, S. AU - Pertea, M. AU - Allen, J. AU - Selengut, J. AU - Haft, D. AU - Mather, M. W. AU - Vaidya, A. B. AU - Martin, D. M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genome sequence of the human malaria parasite Plasmodium falciparum JO - Nature VL - 419 UR - https://doi.org/10.1038/nature01097 DO - 10.1038/nature01097 ID - Gardner2002 ER - TY - JOUR AU - Haas, B. J. AU - Kamoun, S. AU - Zody, M. C. AU - Jiang, R. H. AU - Handsaker, R. E. AU - Cano, L. M. AU - Grabherr, M. AU - Kodira, C. D. AU - Raffaele, S. AU - Torto-Alalibo, T. AU - Bozkurt, T. O. AU - Ah-Fong, A. M. AU - Alvarado, L. AU - Anderson, V. L. AU - Armstrong, M. R. AU - Avrova, A. AU - Baxter, L. AU - Beynon, J. AU - Boevink, P. C. AU - Bollmann, S. R. AU - Bos, J. I. AU - Bulone, V. AU - Cai, G. AU - Cakir, C. AU - Carrington, J. C. AU - Chawner, M. AU - Conti, L. AU - Costanzo, S. AU - Ewan, R. AU - Fahlgren, N. PY - 2009 DA - 2009// TI - Genome sequence and analysis of the Irish potato famine pathogen Phytophthora infestans JO - Nature VL - 461 UR - https://doi.org/10.1038/nature08358 DO - 10.1038/nature08358 ID - Haas2009 ER - TY - JOUR AU - Tyler, B. M. AU - Tripathy, S. AU - Zhang, X. AU - Dehal, P. AU - Jiang, R. H. AU - Aerts, A. AU - Arredondo, F. D. AU - Baxter, L. AU - Bensasson, D. AU - Beynon, J. L. AU - Chapman, J. AU - Damasceno, C. M. AU - Dorrance, A. E. AU - Dou, D. AU - Dickerman, A. W. AU - Dubchak, I. L. AU - Garbelotto, M. AU - Gijzen, M. AU - Gordon, S. G. AU - Govers, F. AU - Grunwald, N. J. AU - Huang, W. AU - Ivors, K. L. AU - Jones, R. W. AU - Kamoun, S. AU - Krampis, K. AU - Lamour, K. H. AU - Lee, M. K. AU - McDonald, W. H. AU - Medina, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Phytophthora genome sequences uncover evolutionary origins and mechanisms of pathogenesis JO - Science VL - 313 UR - https://doi.org/10.1126/science.1128796 DO - 10.1126/science.1128796 ID - Tyler2006 ER -