TY - JOUR AU - Bahn, Y. S. AU - Xue, C. AU - Idnurm, A. AU - Rutherford, J. C. AU - Heitman, J. AU - Cardenas, M. E. PY - 2007 DA - 2007// TI - Sensing the environment: lessons from fungi JO - Nat Rev Microbiol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro1578 DO - 10.1038/nrmicro1578 ID - Bahn2007 ER - TY - JOUR AU - Wood, V. AU - Gwilliam, R. AU - Rajandream, M. A. AU - Lyne, M. AU - Lyne, R. AU - Stewart, A. AU - Sgouros, J. AU - Peat, N. AU - Hayles, J. AU - Baker, S. PY - 2002 DA - 2002// TI - The genome sequence of Schizosaccharomyces pombe JO - Nature VL - 415 UR - https://doi.org/10.1038/nature724 DO - 10.1038/nature724 ID - Wood2002 ER - TY - JOUR AU - Hemmings, B. A. AU - Restuccia, D. AU - Tonks, N. PY - 2009 DA - 2009// TI - Targeting the Kinome II JO - Curr Opin Cell Biol VL - 21 UR - https://doi.org/10.1016/j.ceb.2009.03.001 DO - 10.1016/j.ceb.2009.03.001 ID - Hemmings2009 ER - TY - JOUR AU - Caenepeel, S. AU - Charydczak, G. AU - Sudarsanam, S. AU - Hunter, T. AU - Manning, G. PY - 2004 DA - 2004// TI - The mouse kinome: discovery and comparative genomics of all mouse protein kinases JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0306880101 DO - 10.1073/pnas.0306880101 ID - Caenepeel2004 ER - TY - JOUR AU - Manning, G. AU - Plowman, G. D. AU - Hunter, T. AU - Sudarsanam, S. PY - 2002 DA - 2002// TI - Evolution of protein kinase signaling from yeast to man JO - Trends Biochem Sci VL - 27 UR - https://doi.org/10.1016/S0968-0004(02)02179-5 DO - 10.1016/S0968-0004(02)02179-5 ID - Manning2002 ER - TY - JOUR AU - Manning, G. AU - Whyte, D. B. AU - Martinez, R. AU - Hunter, T. AU - Sudarsanam, S. PY - 2002 DA - 2002// TI - The protein kinase complement of the human genome JO - Science VL - 298 UR - https://doi.org/10.1126/science.1075762 DO - 10.1126/science.1075762 ID - Manning2002 ER - TY - JOUR AU - Hanks, S. K. AU - Hunter, T. PY - 1995 DA - 1995// TI - Protein kinases 6. The eukaryotic protein kinase superfamily: kinase (catalytic) domain structure and classification JO - Faseb J VL - 9 ID - Hanks1995 ER - TY - JOUR AU - Miranda-Saavedra, D. AU - Barton, G. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Classification and functional annotation of eukaryotic protein kinases JO - Proteins VL - 68 UR - https://doi.org/10.1002/prot.21444 DO - 10.1002/prot.21444 ID - Miranda-Saavedra2007 ER - TY - JOUR AU - Xu, J. R. AU - Peng, Y. L. AU - Dickman, M. B. AU - Sharon, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - The dawn of fungal pathogen genomics JO - Annu Rev Phytopathol VL - 44 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.phyto.44.070505.143412 DO - 10.1146/annurev.phyto.44.070505.143412 ID - Xu2006 ER - TY - STD TI - Martin DM, Miranda-Saavedra D, Barton GJ: Kinomer v. 1.0: a database of systematically classified eukaryotic protein kinases. Nucleic Acids Res. 2009, D244-250. 10.1093/nar/gkn834. 37 Database ID - ref10 ER - TY - JOUR AU - Cornell, M. J. AU - Alam, I. AU - Soanes, D. M. AU - Wong, H. M. AU - Hedeler, C. AU - Paton, N. W. AU - Rattray, M. AU - Hubbard, S. J. AU - Talbot, N. J. AU - Oliver, S. G. PY - 2007 DA - 2007// TI - Comparative genome analysis across a kingdom of eukaryotic organisms: specialization and diversification in the fungi JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.6531807 DO - 10.1101/gr.6531807 ID - Cornell2007 ER - TY - JOUR AU - Maere, S. AU - De Bodt, S. AU - Raes, J. AU - Casneuf, T. AU - Van Montagu, M. AU - Kuiper, M. AU - Peer, Y. V. a. n. d. e. PY - 2005 DA - 2005// TI - Modeling gene and genome duplications in eukaryotes JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0501102102 DO - 10.1073/pnas.0501102102 ID - Maere2005 ER - TY - JOUR AU - Thomas, B. C. AU - Pedersen, B. AU - Freeling, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Following tetraploidy in an Arabidopsis ancestor, genes were removed preferentially from one homeolog leaving clusters enriched in dose-sensitive genes JO - Genome Res VL - 16 UR - https://doi.org/10.1101/gr.4708406 DO - 10.1101/gr.4708406 ID - Thomas2006 ER - TY - JOUR AU - Ma, L. J. AU - Ibrahim, A. S. AU - Skory, C. AU - Grabherr, M. G. AU - Burger, G. AU - Butler, M. AU - Elias, M. AU - Idnurm, A. AU - Lang, B. F. AU - Sone, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - Genomic analysis of the basal lineage fungus Rhizopus oryzae reveals a whole-genome duplication JO - PLoS Genet VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1000549 DO - 10.1371/journal.pgen.1000549 ID - Ma2009 ER - TY - JOUR AU - Perez, J. AU - Castaneda-Garcia, A. AU - Jenke-Kodama, H. AU - Muller, R. AU - Munoz-Dorado, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Eukaryotic-like protein kinases in the prokaryotes and the myxobacterial kinome JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0806851105 DO - 10.1073/pnas.0806851105 ID - Perez2008 ER - TY - JOUR AU - Colot, H. V. AU - Loros, J. J. AU - Dunlap, J. C. PY - 2005 DA - 2005// TI - Temperature-modulated alternative splicing and promoter use in the Circadian clock gene frequency JO - Mol Biol Cell VL - 16 UR - https://doi.org/10.1091/mbc.E05-08-0756 DO - 10.1091/mbc.E05-08-0756 ID - Colot2005 ER - TY - JOUR AU - Diernfellner, A. AU - Colot, H. V. AU - Dintsis, O. AU - Loros, J. J. AU - Dunlap, J. C. AU - Brunner, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Long and short isoforms of Neurospora clock protein FRQ support temperature-compensated circadian rhythms JO - FEBS Lett VL - 581 UR - https://doi.org/10.1016/j.febslet.2007.11.043 DO - 10.1016/j.febslet.2007.11.043 ID - Diernfellner2007 ER - TY - JOUR AU - James, T. Y. AU - Kauff, F. AU - Schoch, C. L. AU - Matheny, P. B. AU - Hofstetter, V. AU - Cox, C. J. AU - Celio, G. AU - Gueidan, C. AU - Fraker, E. AU - Miadlikowska, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Reconstructing the early evolution of Fungi using a six-gene phylogeny JO - Nature VL - 443 UR - https://doi.org/10.1038/nature05110 DO - 10.1038/nature05110 ID - James2006 ER - TY - JOUR AU - Popov, K. M. AU - Zhao, Y. AU - Shimomura, Y. AU - Kuntz, M. J. AU - Harris, R. A. PY - 1992 DA - 1992// TI - Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase. Molecular cloning, expression, and sequence similarity with histidine protein kinases JO - J Biol Chem VL - 267 ID - Popov1992 ER - TY - CHAP AU - Maddison, D. R. AU - Schulz, K. -. S. AU - Maddison, W. P. ED - Zhang, Z. -. Q. S. ED - W, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - The Tree of Life Web Project BT - Linnaeus Tercentenary: Progress in Invertebrate Taxonomy ID - Maddison2007 ER - TY - JOUR AU - Hibbett, D. S. AU - Binder, M. AU - Bischoff, J. F. AU - Blackwell, M. AU - Cannon, P. F. AU - Eriksson, O. E. AU - Huhndorf, S. AU - James, T. AU - Kirk, P. M. AU - Lucking, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - A higher-level phylogenetic classification of the Fungi JO - Mycol Res VL - 111 UR - https://doi.org/10.1016/j.mycres.2007.03.004 DO - 10.1016/j.mycres.2007.03.004 ID - Hibbett2007 ER - TY - JOUR AU - Rajashekar, B. AU - Kohler, A. AU - Johansson, T. AU - Martin, F. AU - Tunlid, A. AU - Ahren, D. PY - 2009 DA - 2009// TI - Expansion of signal pathways in the ectomycorrhizal fungus Laccaria bicolor- evolution of nucleotide sequences and expression patterns in families of protein kinases and RAS small GTPases JO - New Phytol VL - 183 UR - https://doi.org/10.1111/j.1469-8137.2009.02860.x DO - 10.1111/j.1469-8137.2009.02860.x ID - Rajashekar2009 ER - TY - JOUR AU - Eddy, S. R. PY - 1998 DA - 1998// TI - Profile hidden Markov models JO - Bioinformatics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/14.9.755 DO - 10.1093/bioinformatics/14.9.755 ID - Eddy1998 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Gish, W. AU - Miller, W. AU - Myers, E. W. AU - Lipman, D. J. PY - 1990 DA - 1990// TI - Basic local alignment search tool JO - J Mol Biol VL - 215 UR - https://doi.org/10.1016/S0022-2836(05)80360-2 DO - 10.1016/S0022-2836(05)80360-2 ID - Altschul1990 ER - TY - STD TI - Finn RD, Tate J, Mistry J, Coggill PC, Sammut SJ, Hotz HR, Ceric G, Forslund K, Eddy SR, Sonnhammer EL: The Pfam protein families database. Nucleic Acids Res. 2008, D281-288. 36 Database ID - ref25 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh340 DO - 10.1093/nar/gkh340 ID - Edgar2004 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - MUSCLE: a multiple sequence alignment method with reduced time and space complexity JO - BMC Bioinformatics VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-5-113 DO - 10.1186/1471-2105-5-113 ID - Edgar2004 ER - TY - JOUR AU - Nierman, W. C. AU - Pain, A. AU - Anderson, M. J. AU - Wortman, J. R. AU - Kim, H. S. AU - Arroyo, J. AU - Berriman, M. AU - Abe, K. AU - Archer, D. B. AU - Bermejo, C. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genomic sequence of the pathogenic and allergenic filamentous fungus Aspergillus fumigatus JO - Nature VL - 438 UR - https://doi.org/10.1038/nature04332 DO - 10.1038/nature04332 ID - Nierman2005 ER - TY - JOUR AU - Jones, D. AU - Taylor, W. AU - Thornton, J. PY - 1992 DA - 1992// TI - The rapid generation of mutation data matrices from protein sequences JO - Comput Appl Biosci VL - 8 ID - Jones1992 ER - TY - JOUR AU - Tzahor, S. AU - Man-Aharonovich, D. AU - Kirkup, B. C. AU - Yogev, T. AU - Berman-Frank, I. AU - Polz, M. F. AU - Beja, O. AU - Mandel-Gutfreund, Y. PY - 2009 DA - 2009// TI - A supervised learning approach for taxonomic classification of core-photosystem-II genes and transcripts in the marine environment JO - BMC Genomics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-10-229 DO - 10.1186/1471-2164-10-229 ID - Tzahor2009 ER - TY - JOUR AU - Qin, X. AU - Evans, J. D. AU - Aronstein, K. A. AU - Murray, K. D. AU - Weinstock, G. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genome sequences of the honey bee pathogens Paenibacillus larvae and Ascosphaera apis JO - Insect Mol Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2583.2006.00694.x DO - 10.1111/j.1365-2583.2006.00694.x ID - Qin2006 ER - TY - JOUR AU - Fedorova, N. D. AU - Khaldi, N. AU - Joardar, V. S. AU - Maiti, R. AU - Amedeo, P. AU - Anderson, M. J. AU - Crabtree, J. AU - Silva, J. C. AU - Badger, J. H. AU - Albarraq, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genomic islands in the pathogenic filamentous fungus Aspergillus fumigatus JO - PLoS Genet VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1000046 DO - 10.1371/journal.pgen.1000046 ID - Fedorova2008 ER - TY - JOUR AU - Galagan, J. E. AU - Calvo, S. E. AU - Cuomo, C. AU - Ma, L. J. AU - Wortman, J. R. AU - Batzoglou, S. AU - Lee, S. I. AU - Basturkmen, M. AU - Spevak, C. C. AU - Clutterbuck, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Sequencing of Aspergillus nidulans and comparative analysis with A. fumigatus and A. oryzae JO - Nature VL - 438 UR - https://doi.org/10.1038/nature04341 DO - 10.1038/nature04341 ID - Galagan2005 ER - TY - JOUR AU - Pel, H. J. AU - de Winde, J. H. AU - Archer, D. B. AU - Dyer, P. S. AU - Hofmann, G. AU - Schaap, P. J. AU - Turner, G. AU - de Vries, R. P. AU - Albang, R. AU - Albermann, K. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome sequencing and analysis of the versatile cell factory Aspergillus niger CBS 513.88 JO - Nat Biotechnol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1282 DO - 10.1038/nbt1282 ID - Pel2007 ER - TY - JOUR AU - Sharpton, T. J. AU - Stajich, J. E. AU - Rounsley, S. D. AU - Gardner, M. J. AU - Wortman, J. R. AU - Jordar, V. S. AU - Maiti, R. AU - Kodira, C. D. AU - Neafsey, D. E. AU - Zeng, Q. PY - 2009 DA - 2009// TI - Comparative genomic analyses of the human fungal pathogens Coccidioides and their relatives JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.087551.108 DO - 10.1101/gr.087551.108 ID - Sharpton2009 ER - TY - JOUR AU - Cuomo, C. A. AU - Guldener, U. AU - Xu, J. R. AU - Trail, F. AU - Turgeon, B. G. AU - Di Pietro, A. AU - Walton, J. D. AU - Ma, L. J. AU - Baker, S. E. AU - Rep, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - The Fusarium graminearum genome reveals a link between localized polymorphism and pathogen specialization JO - Science VL - 317 UR - https://doi.org/10.1126/science.1143708 DO - 10.1126/science.1143708 ID - Cuomo2007 ER - TY - JOUR AU - Dean, R. A. AU - Talbot, N. J. AU - Ebbole, D. J. AU - Farman, M. L. AU - Mitchell, T. K. AU - Orbach, M. J. AU - Thon, M. AU - Kulkarni, R. AU - Xu, J. R. AU - Pan, H. PY - 2005 DA - 2005// TI - The genome sequence of the rice blast fungus Magnaporthe grisea JO - Nature VL - 434 UR - https://doi.org/10.1038/nature03449 DO - 10.1038/nature03449 ID - Dean2005 ER - TY - JOUR AU - Galagan, J. E. AU - Calvo, S. E. AU - Borkovich, K. A. AU - Selker, E. U. AU - Read, N. D. AU - Jaffe, D. AU - FitzHugh, W. AU - Ma, L. J. AU - Smirnov, S. AU - Purcell, S. PY - 2003 DA - 2003// TI - The genome sequence of the filamentous fungus Neurospora crassa JO - Nature VL - 422 UR - https://doi.org/10.1038/nature01554 DO - 10.1038/nature01554 ID - Galagan2003 ER - TY - JOUR AU - Berg, M. A. v. a. n. d. e. n. AU - Albang, R. AU - Albermann, K. AU - Badger, J. H. AU - Daran, J. M. AU - Driessen, A. J. AU - Garcia-Estrada, C. AU - Fedorova, N. D. AU - Harris, D. M. AU - Heijne, W. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genome sequencing and analysis of the filamentous fungus Penicillium chrysogenum JO - Nat Biotechnol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1498 DO - 10.1038/nbt.1498 ID - Berg2008 ER - TY - JOUR AU - Hane, J. K. AU - Lowe, R. G. AU - Solomon, P. S. AU - Tan, K. C. AU - Schoch, C. L. AU - Spatafora, J. W. AU - Crous, P. W. AU - Kodira, C. AU - Birren, B. W. AU - Galagan, J. E. PY - 2007 DA - 2007// TI - Dothideomycete plant interactions illuminated by genome sequencing and EST analysis of the wheat pathogen Stagonospora nodorum JO - Plant Cell VL - 19 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.107.052829 DO - 10.1105/tpc.107.052829 ID - Hane2007 ER - TY - JOUR AU - Martinez, D. AU - Berka, R. M. AU - Henrissat, B. AU - Saloheimo, M. AU - Arvas, M. AU - Baker, S. E. AU - Chapman, J. AU - Chertkov, O. AU - Coutinho, P. M. AU - Cullen, D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genome sequencing and analysis of the biomass-degrading fungus Trichoderma reesei (syn. Hypocrea jecorina) JO - Nat Biotechnol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1403 DO - 10.1038/nbt1403 ID - Martinez2008 ER - TY - JOUR AU - Loftus, B. J. AU - Fung, E. AU - Roncaglia, P. AU - Rowley, D. AU - Amedeo, P. AU - Bruno, D. AU - Vamathevan, J. AU - Miranda, M. AU - Anderson, I. J. AU - Fraser, J. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - The genome of the basidiomycetous yeast and human pathogen Cryptococcus neoformans JO - Science VL - 307 UR - https://doi.org/10.1126/science.1103773 DO - 10.1126/science.1103773 ID - Loftus2005 ER - TY - JOUR AU - Martin, F. AU - Aerts, A. AU - Ahren, D. AU - Brun, A. AU - Danchin, E. G. AU - Duchaussoy, F. AU - Gibon, J. AU - Kohler, A. AU - Lindquist, E. AU - Pereda, V. PY - 2008 DA - 2008// TI - The genome of Laccaria bicolor provides insights into mycorrhizal symbiosis JO - Nature VL - 452 UR - https://doi.org/10.1038/nature06556 DO - 10.1038/nature06556 ID - Martin2008 ER - TY - JOUR AU - Xu, J. AU - Saunders, C. W. AU - Hu, P. AU - Grant, R. A. AU - Boekhout, T. AU - Kuramae, E. E. AU - Kronstad, J. W. AU - Deangelis, Y. M. AU - Reeder, N. L. AU - Johnstone, K. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Dandruff-associated Malassezia genomes reveal convergent and divergent virulence traits shared with plant and human fungal pathogens JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0706756104 DO - 10.1073/pnas.0706756104 ID - Xu2007 ER - TY - JOUR AU - Martinez, D. AU - Larrondo, L. F. AU - Putnam, N. AU - Gelpke, M. D. AU - Huang, K. AU - Chapman, J. AU - Helfenbein, K. G. AU - Ramaiya, P. AU - Detter, J. C. AU - Larimer, F. PY - 2004 DA - 2004// TI - Genome sequence of the lignocellulose degrading fungus Phanerochaete chrysosporium strain RP78 JO - Nat Biotechnol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1038/nbt967 DO - 10.1038/nbt967 ID - Martinez2004 ER - TY - JOUR AU - Kamper, J. AU - Kahmann, R. AU - Bolker, M. AU - Ma, L. J. AU - Brefort, T. AU - Saville, B. J. AU - Banuett, F. AU - Kronstad, J. W. AU - Gold, S. E. AU - Muller, O. PY - 2006 DA - 2006// TI - Insights from the genome of the biotrophic fungal plant pathogen Ustilago maydis JO - Nature VL - 444 UR - https://doi.org/10.1038/nature05248 DO - 10.1038/nature05248 ID - Kamper2006 ER - TY - JOUR AU - Dietrich, F. S. AU - Voegeli, S. AU - Brachat, S. AU - Lerch, A. AU - Gates, K. AU - Steiner, S. AU - Mohr, C. AU - Pohlmann, R. AU - Luedi, P. AU - Choi, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - The Ashbya gossypii genome as a tool for mapping the ancient Saccharomyces cerevisiae genome JO - Science VL - 304 UR - https://doi.org/10.1126/science.1095781 DO - 10.1126/science.1095781 ID - Dietrich2004 ER - TY - JOUR AU - Jones, T. AU - Federspiel, N. A. AU - Chibana, H. AU - Dungan, J. AU - Kalman, S. AU - Magee, B. B. AU - Newport, G. AU - Thorstenson, Y. R. AU - Agabian, N. AU - Magee, P. T. PY - 2004 DA - 2004// TI - The diploid genome sequence of Candida albicans JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0401648101 DO - 10.1073/pnas.0401648101 ID - Jones2004 ER - TY - JOUR AU - Dujon, B. AU - Sherman, D. AU - Fischer, G. AU - Durrens, P. AU - Casaregola, S. AU - Lafontaine, I. AU - De Montigny, J. AU - Marck, C. AU - Neuveglise, C. AU - Talla, E. PY - 2004 DA - 2004// TI - Genome evolution in yeasts JO - Nature VL - 430 UR - https://doi.org/10.1038/nature02579 DO - 10.1038/nature02579 ID - Dujon2004 ER - TY - JOUR AU - Jeffries, T. W. AU - Grigoriev, I. V. AU - Grimwood, J. AU - Laplaza, J. M. AU - Aerts, A. AU - Salamov, A. AU - Schmutz, J. AU - Lindquist, E. AU - Dehal, P. AU - Shapiro, H. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome sequence of the lignocellulose-bioconverting and xylose-fermenting yeast Pichia stipitis JO - Nat Biotechnol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1290 DO - 10.1038/nbt1290 ID - Jeffries2007 ER - TY - JOUR AU - Goffeau, A. AU - Barrell, B. G. AU - Bussey, H. AU - Davis, R. W. AU - Dujon, B. AU - Feldmann, H. AU - Galibert, F. AU - Hoheisel, J. D. AU - Jacq, C. AU - Johnston, M. PY - 1996 DA - 1996// TI - Life with 6000 genes JO - Science VL - 274 UR - https://doi.org/10.1126/science.274.5287.546 DO - 10.1126/science.274.5287.546 ID - Goffeau1996 ER -