TY - JOUR AU - Coward, K. AU - Little, D. C. PY - 2001 DA - 2001// TI - Culture of the 'aquatic chicken': present concerns and future prospects JO - Biologist (London) VL - 48 ID - Coward2001 ER - TY - JOUR AU - Kocher, T. D. PY - 2004 DA - 2004// TI - Adaptive evolution and explosive speciation: the cichlid fish model JO - Nat Rev Genet VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nrg1316 DO - 10.1038/nrg1316 ID - Kocher2004 ER - TY - JOUR AU - Lee, B. Y. AU - Lee, W. J. AU - Streelman, J. T. AU - Carleton, K. L. AU - Howe, A. E. AU - Hulata, G. AU - Slettan, A. AU - Stern, J. E. AU - Terai, Y. AU - Kocher, T. D. PY - 2005 DA - 2005// TI - A second-generation genetic linkage map of tilapia (Oreochromis spp.) JO - Genetics VL - 170 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.104.035022 DO - 10.1534/genetics.104.035022 ID - Lee2005 ER - TY - JOUR AU - Katagiri, T. AU - Kidd, C. AU - Tomasino, E. AU - Davis, J. T. AU - Wishon, C. AU - Stern, J. E. AU - Carleton, K. L. AU - Howe, A. E. AU - Kocher, T. D. PY - 2005 DA - 2005// TI - A BAC-based physical map of the Nile tilapia genome JO - BMC Genomics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-6-89 DO - 10.1186/1471-2164-6-89 ID - Katagiri2005 ER - TY - JOUR AU - Watanabe, M. AU - Kobayashi, N. AU - Shin-i, T. AU - Horiike, T. AU - Tateno, Y. AU - Kohara, Y. AU - Okada, N. PY - 2004 DA - 2004// TI - Extensive analysis of ORF sequences from two different cichlid species in Lake Victoria provides molecular evidence for a recent radiation event of the Victoria species flock: identity of EST sequences between Haplochromis chilotes and Haplochromis sp. "Redtailsheller" JO - Gene VL - 343 UR - https://doi.org/10.1016/j.gene.2004.09.013 DO - 10.1016/j.gene.2004.09.013 ID - Watanabe2004 ER - TY - JOUR AU - Salzburger, W. AU - Renn, S. C. AU - Steinke, D. AU - Braasch, I. AU - Hofmann, H. A. AU - Meyer, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Annotation of expressed sequence tags for the East African cichlid fish Astatotilapia burtoni and evolutionary analyses of cichlid ORFs JO - BMC Genomics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-9-96 DO - 10.1186/1471-2164-9-96 ID - Salzburger2008 ER - TY - JOUR AU - Kobayashi, N. AU - Watanabe, M. AU - Horiike, T. AU - Kohara, Y. AU - Okada, N. PY - 2009 DA - 2009// TI - Extensive analysis of EST sequences reveals that all cichlid species in Lake Victoria share almost identical transcript sets JO - Gene VL - 441 UR - https://doi.org/10.1016/j.gene.2008.11.023 DO - 10.1016/j.gene.2008.11.023 ID - Kobayashi2009 ER - TY - JOUR AU - Shiue, Y. L. AU - Wang, L. H. AU - Chao, T. Y. AU - Lin, C. H. AU - Tsai, C. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - EST-based identification of genes expressed in the hypothalamus of adult tilapia, Oreochromis mossambicus JO - Biochem Biophys Res Commun VL - 316 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2004.02.079 DO - 10.1016/j.bbrc.2004.02.079 ID - Shiue2004 ER - TY - JOUR AU - Tsai, C. L. AU - Wang, L. H. AU - Shiue, Y. L. AU - Chao, T. Y. PY - 2007 DA - 2007// TI - Influence of temperature on the ontogenetic expression of neural development-related genes from developing tilapia brain expressed sequence tags JO - Mar Biotechnol (NY) VL - 9 UR - https://doi.org/10.1007/s10126-006-6089-2 DO - 10.1007/s10126-006-6089-2 ID - Tsai2007 ER - TY - JOUR AU - Tine, M. AU - de Lorgeril, J. AU - D'Cotta, H. AU - Pepey, E. AU - Bonhomme, F. AU - Baroiller, J. F. AU - Durand, J. D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Transcriptional responses of the black-chinned tilapia Sarotherodon melanotheron acclimatised to salinity exremes JO - MarineGenomicsl VL - 1 ID - Tine2008 ER - TY - JOUR AU - Watanabe, M. AU - Kobayashi, N. AU - Shin-i, T. AU - Horiike, T. AU - Tateno, Y. AU - Kohara, Y. AU - Okada, N. PY - 2004 DA - 2004// TI - Extensive analysis of ORF sequences from two different cichlid species in Lake Victoria provides molecular evidence for a recent radiation event of the Victoria species flock: identity of EST sequences between Haplochromis chilotes and Haplochromis sp. "Redtailsheller" JO - Gene VL - 343 UR - https://doi.org/10.1016/j.gene.2004.09.013 DO - 10.1016/j.gene.2004.09.013 ID - Watanabe2004 ER - TY - JOUR AU - Pepels, P. P. AU - Balm, P. H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Ontogeny of corticotropin-releasing factor and of hypothalamic-pituitary-interrenal axis responsiveness to stress in tilapia (Oreochromis mossambicus ; Teleostei) JO - Gen Comp Endocrinol VL - 139 UR - https://doi.org/10.1016/j.ygcen.2004.09.013 DO - 10.1016/j.ygcen.2004.09.013 ID - Pepels2004 ER - TY - JOUR AU - Chen, W. H. AU - Sun, L. T. AU - Tsai, C. L. AU - Song, Y. L. AU - Chang, C. F. PY - 2002 DA - 2002// TI - Cold-stress induced the modulation of catecholamines, cortisol, immunoglobulin M, and leukocyte phagocytosis in tilapia JO - Gen Comp Endocrinol VL - 126 UR - https://doi.org/10.1006/gcen.2001.7772 DO - 10.1006/gcen.2001.7772 ID - Chen2002 ER - TY - JOUR AU - Fiol, D. F. AU - Kultz, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Rapid hyperosmotic coinduction of two tilapia (Oreochromis mossambicus) transcription factors in gill cells JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0408956102 DO - 10.1073/pnas.0408956102 ID - Fiol2005 ER - TY - JOUR AU - Cnaani, A. AU - Zilberman, N. AU - Tinman, S. AU - Hulata, G. AU - Ron, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Genome-scan analysis for quantitative trait loci in an F2 tilapia hybrid JO - Mol Genet Genomics VL - 272 UR - https://doi.org/10.1007/s00438-004-1045-1 DO - 10.1007/s00438-004-1045-1 ID - Cnaani2004 ER - TY - JOUR AU - Pepels, P. P. AU - Bonga, S. E. AU - Balm, P. H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Bacterial lipopolysaccharide (LPS) modulates corticotropin-releasing hormone (CRH) content and release in the brain of juvenile and adult tilapia (Oreochromis mossambicus; Teleostei) JO - J Exp Biol VL - 207 UR - https://doi.org/10.1242/jeb.01316 DO - 10.1242/jeb.01316 ID - Pepels2004 ER - TY - JOUR AU - Almeida, J. A. AU - Diniz, Y. S. AU - Marques, S. F. AU - Faine, L. A. AU - Ribas, B. O. AU - Burneiko, R. C. AU - Novelli, E. L. PY - 2002 DA - 2002// TI - The use of the oxidative stress responses as biomarkers in Nile tilapia (Oreochromis niloticus) exposed to in vivo cadmium contamination JO - Environ Int VL - 27 UR - https://doi.org/10.1016/S0160-4120(01)00127-1 DO - 10.1016/S0160-4120(01)00127-1 ID - Almeida2002 ER - TY - JOUR AU - Oruc, E. O. AU - Uner, N. PY - 2000 DA - 2000// TI - Combined effects of 2,4-D and azinphosmethyl on antioxidant enzymes and lipid peroxidation in liver of Oreochromis niloticus JO - Comp Biochem Physiol C Toxicol Pharmacol VL - 127 ID - Oruc2000 ER - TY - JOUR AU - Wang, Y. C. AU - Chaung, R. H. AU - Tung, L. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - Comparison of the cytotoxicity induced by different exposure to sodium arsenite in two fish cell lines JO - Aquat Toxicol VL - 69 UR - https://doi.org/10.1016/j.aquatox.2004.04.007 DO - 10.1016/j.aquatox.2004.04.007 ID - Wang2004 ER - TY - JOUR AU - Forment, J. AU - Gilabert, F. AU - Robles, A. AU - Conejero, V. AU - Nuez, F. AU - Blanca, J. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - EST2uni: an open, parallel tool for automated EST analysis and database creation, with a data mining web interface and microarray expression data integration JO - BMC Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-5 DO - 10.1186/1471-2105-9-5 ID - Forment2008 ER - TY - JOUR AU - Carninci, P. AU - Shibata, Y. AU - Hayatsu, N. AU - Sugahara, Y. AU - Shibata, K. AU - Itoh, M. AU - Konno, H. AU - Okazaki, Y. AU - Muramatsu, M. AU - Hayashizaki, Y. PY - 2000 DA - 2000// TI - Normalization and subtraction of cap-trapper-selected cDNAs to prepare full-length cDNA libraries for rapid discovery of new genes JO - Genome Res VL - 10 UR - https://doi.org/10.1101/gr.145100 DO - 10.1101/gr.145100 ID - Carninci2000 ER - TY - JOUR AU - Soares, M. B. AU - Bonaldo, M. F. AU - Jelene, P. AU - Su, L. AU - Lawton, L. AU - Efstratiadis, A. PY - 1994 DA - 1994// TI - Construction and characterization of a normalized cDNA library JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 91 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.91.20.9228 DO - 10.1073/pnas.91.20.9228 ID - Soares1994 ER - TY - JOUR AU - Bonaldo, M. F. AU - Lennon, G. AU - Soares, M. B. PY - 1996 DA - 1996// TI - Normalization and subtraction: two approaches to facilitate gene discovery JO - Genome Res VL - 6 UR - https://doi.org/10.1101/gr.6.9.791 DO - 10.1101/gr.6.9.791 ID - Bonaldo1996 ER - TY - JOUR AU - Goldby, P. AU - Stephens, S. K. AU - Rast, J. P. AU - Burke, J. F. PY - 2002 DA - 2002// TI - Identification of low-abundance differentially expressed transcripts using arrayed cDNA clones JO - Comparative Biochemistry and Physiology Part B VL - 133 UR - https://doi.org/10.1016/S1096-4959(02)00146-X DO - 10.1016/S1096-4959(02)00146-X ID - Goldby2002 ER - TY - JOUR AU - Zhulidov, P. A. AU - Bogdanova, E. A. AU - Shcheglov, A. S. AU - Vagner, L. L. AU - Khaspekov, G. L. AU - Kozhemyako, V. B. AU - Matz, M. V. AU - Meleshkevitch, E. AU - Moroz, L. L. AU - Lukyanov, S. A. AU - Shagin, D. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Simple cDNA normalization using Kamchatka crab duplex-specific nuclease JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gnh031 DO - 10.1093/nar/gnh031 ID - Zhulidov2004 ER - TY - BOOK AU - Walls, G. L. PY - 1963 DA - 1963// TI - The vertebrate eye and its adaptive radiation PB - Hafner Publishing CY - New York ID - Walls1963 ER - TY - JOUR AU - Tachibanaki, S. AU - Tsushima, S. AU - Kawamura, S. PY - 2001 DA - 2001// TI - Low amplification and fast visual pigment phosphorylation as mechanisms characterizing cone photoresponses JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.241396898 DO - 10.1073/pnas.241396898 ID - Tachibanaki2001 ER - TY - BOOK AU - Rodieck, R. W. PY - 1998 DA - 1998// TI - The first steps in seeing PB - Sinauer Associates CY - Sunderland ID - Rodieck1998 ER - TY - JOUR AU - Kucuktas, H. AU - Wang, S. AU - Li, P. AU - He, C. AU - Xu, P. AU - Sha, Z. AU - Liu, H. AU - Jiang, Y. AU - Baoprasertkul, P. AU - Somridhivej, B. AU - Wang, Y. AU - Abernathy, J. AU - Guo, X. AU - Liu, L. AU - Muir, W. AU - Liu, Z. PY - 2009 DA - 2009// TI - Construction of genetic linkage maps and comparative genome analysis of catfish using gene-associated markers JO - Genetics VL - 181 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.108.098855 DO - 10.1534/genetics.108.098855 ID - Kucuktas2009 ER - TY - JOUR AU - Serapion, J. AU - Kucuktas, H. AU - Feng, J. AU - Liu, Z. PY - 2004 DA - 2004// TI - Bioinformatic mining of type I microsatellites from expressed sequence tags of channel catfish (Ictalurus punctatus) JO - Mar Biotechnol (NY) VL - 6 UR - https://doi.org/10.1007/s10126-003-0039-z DO - 10.1007/s10126-003-0039-z ID - Serapion2004 ER - TY - JOUR AU - Sarropoulou, E. AU - Nousdili, D. AU - Magoulas, A. AU - Kotoulas, G. PY - 2008 DA - 2008// TI - Linking the genomes of nonmodel teleosts through comparative genomics JO - Mar Biotechnol (NY) VL - 10 UR - https://doi.org/10.1007/s10126-007-9066-5 DO - 10.1007/s10126-007-9066-5 ID - Sarropoulou2008 ER - TY - JOUR AU - Rise, M. L. AU - von Schalburg, K. R. AU - Brown, G. D. AU - Mawer, M. A. AU - Devlin, R. H. AU - Kuipers, N. AU - Busby, M. AU - Beetz-Sargent, M. AU - Alberto, R. AU - Gibbs, A. R. AU - Hunt, P. AU - Shukin, R. AU - Zeznik, J. A. AU - Nelson, C. AU - Jones, S. R. AU - Smailus, D. E. AU - Jones, S. J. AU - Schein, J. E. AU - Marra, M. A. AU - Butterfield, Y. S. AU - Stott, J. M. AU - Ng, S. H. AU - Davidson, W. S. AU - Koop, B. F. PY - 2004 DA - 2004// TI - Development and application of a salmonid EST database and cDNA microarray: data mining and interspecific hybridization characteristics JO - Genome Research VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1687304 DO - 10.1101/gr.1687304 ID - Rise2004 ER - TY - JOUR AU - Li, P. AU - Peatman, E. AU - Wang, S. AU - Feng, J. AU - He, C. AU - Baoprasertkul, P. AU - Xu, P. AU - Kucuktas, H. AU - Nandi, S. AU - Somridhivej, B. AU - Serapion, J. AU - Simmons, M. AU - Turan, C. AU - Liu, L. AU - Muir, W. AU - Dunham, R. AU - Brady, Y. AU - Grizzle, J. AU - Liu, Z. PY - 2007 DA - 2007// TI - Towards the ictalurid catfish transcriptome: generation and analysis of 31,215 catfish ESTs JO - BMC Genomics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-8-177 DO - 10.1186/1471-2164-8-177 ID - Li2007 ER - TY - JOUR AU - Jaillon, O. AU - Aury, J. M. AU - Brunet, F. AU - Petit, J. L. AU - Stange-Thomann, N. AU - Mauceli, E. AU - Bouneau, L. PY - 2004 DA - 2004// TI - Genome duplication in the teleost fish Tetraodon nigroviridis reveals the early vertebrate proto-karyotype JO - Nature VL - 431 UR - https://doi.org/10.1038/nature03025 DO - 10.1038/nature03025 ID - Jaillon2004 ER - TY - JOUR AU - Zhu, Y. Y. AU - Machleder, E. M. AU - Chenchik, A. AU - Li, R. AU - Siebert, P. D. PY - 2001 DA - 2001// TI - Reverse transcriptase template switching: a SMART approach for full-length cDNA library construction JO - Biotechniques VL - 30 ID - Zhu2001 ER - TY - JOUR AU - DeAngelis, M. M. AU - Wang, D. G. AU - Hawkins, T. L. PY - 1995 DA - 1995// TI - Solid-phase reversible immobilization for the isolation of PCR products JO - Nucleic Acids Res VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/nar/23.22.4742 DO - 10.1093/nar/23.22.4742 ID - DeAngelis1995 ER - TY - JOUR AU - Hawkins, T. L. AU - McKernan, K. J. AU - Jacotot, L. B. AU - MacKenzie, J. B. AU - Richardson, P. M. AU - Lander, E. S. PY - 1997 DA - 1997// TI - A magnetic attraction to high-throughput genomics JO - Science VL - 276 UR - https://doi.org/10.1126/science.276.5320.1887 DO - 10.1126/science.276.5320.1887 ID - Hawkins1997 ER - TY - JOUR AU - Ewing, B. AU - Hillier, L. AU - Wendl, M. AU - Green, P. PY - 1998 DA - 1998// TI - Basecalling of automated sequencer traces using phred. I. Accuracy assessment JO - Genome Research VL - 8 UR - https://doi.org/10.1101/gr.8.3.175 DO - 10.1101/gr.8.3.175 ID - Ewing1998 ER - TY - JOUR AU - Chou, H. H. AU - Holmes, M. H. PY - 2001 DA - 2001// TI - DNA sequence quality trimming and vector removal JO - Bioinformatics VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.12.1093 DO - 10.1093/bioinformatics/17.12.1093 ID - Chou2001 ER - TY - JOUR AU - Susko, E. AU - Roger, A. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Estimating and comparing the rates of gene discovery and expressed sequence tag (EST) frequencies in EST surveys JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth239 DO - 10.1093/bioinformatics/bth239 ID - Susko2004 ER - TY - JOUR AU - Huang, X. AU - Madan, A. PY - 1999 DA - 1999// TI - CAP 3: A DNA sequence assembly program JO - Genome Res VL - 9 UR - https://doi.org/10.1101/gr.9.9.868 DO - 10.1101/gr.9.9.868 ID - Huang1999 ER - TY - JOUR AU - Conesa, A. AU - Götz, S. AU - García-Gómez, J. M. AU - Terol, J. AU - Talón, M. AU - Robles, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Blast2GO: A universal tool for annotation, visualization and analysis in functional genomics research JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti610 DO - 10.1093/bioinformatics/bti610 ID - Conesa2005 ER - TY - JOUR AU - Ashburner, M. AU - Ball, C. A. AU - Blake, J. A. AU - Botstein, D. AU - Butler, H. AU - Cherry, J. M. AU - Davis, A. P. AU - Dolinski, K. AU - Dwight, S. S. AU - Eppig, J. T. AU - Harris, M. A. AU - Hill, D. P. AU - Issel-Tarver, L. AU - Kasarskis, A. AU - Lewis, S. AU - Matese, J. C. AU - Richardson, J. E. AU - Ringwald, M. AU - Rubin, G. M. AU - Sherlock, G. PY - 2000 DA - 2000// TI - Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium JO - Nature Genetics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/75556 DO - 10.1038/75556 ID - Ashburner2000 ER - TY - JOUR AU - Moriya, Y. AU - Itoh, M. AU - Okuda, S. AU - Yoshizawa, A. C. AU - Kanehisa, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - an automatic genome annotation and Pathway reconstruction server JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm321 DO - 10.1093/nar/gkm321 ID - Moriya2007 ER - TY - JOUR AU - Kent, J. W. PY - 2002 DA - 2002// TI - BLAT - The BLAST-Like Alignment Tool JO - Genome Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gr.229202. Article published online before March 2002 DO - 10.1101/gr.229202. Article published online before March 2002 ID - Kent2002 ER - TY - JOUR AU - Stein, L. D. AU - Mungall, C. AU - Shu, S. AU - Caudy, M. AU - Mangone, M. AU - Day, A. AU - Nickerson, E. AU - Stajich, J. E. AU - Harris, T. W. AU - Arva, A. AU - Lewis, S. PY - 2002 DA - 2002// TI - The generic genome browser: a building block for a model organism system database JO - Genome Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gr.403602 DO - 10.1101/gr.403602 ID - Stein2002 ER -