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Table 1 S. pneumoniae TIGR4 sRNAs, their genome location, additional features and comparative genomics.

From: Identification of novel non-coding small RNAs from Streptococcus pneumoniae TIGR4 using high-resolution genome tiling arrays

ID Start End Length (nt) Strand Promoter (transcription start site) Rho independent terminator Flanking genes
Left Right
Rfam prediction Conservation across other genomes
SN1 24145 24254 110 + Y Y SP0019(+) SP0020(+)   α β
SN2 40243 40508 266 + Y Y SP0041(+) SP0042(+)   α
SN3 116167 116372 206 + Y - SP0114(-) SP0115(+)   α
SN4 171543 171712 170 - Y Y SP0178(-) SP0179(+) FMN(Cis-reg,riboswitch) α β ¥
SN5 228604 228713 110 + Y Y SP0256(+) SP0257(+)   α β
SN6 230748 230916 171 + Y - SP0257(+) SP0258(-)   α β
SN7 233177 233262 93 + Y Y SP0260(+) SP0261(+)   α β
SN8 350572 351050 479 + Y Y SP0372(+) SP0373(+) RNaseP_bact_b α β ¥
SN9 414094 414215 122 + Y - SP0439(+) SP0440(+)   α
SN10 467128 467294 172 + Y - SP0486(+) SP0487(-) FMN(Cis-reg,riboswitch) α β ¥
SN11 623211 623332 122 + Y Y SP0649(-) SP0650(-)   α
SN12 667995 668092 98 + Y Y SP0700(-) SP0701(+) PyrR(Cis-reg) α β
SN13 681801 681922 122 + Y - SP0715(+) SP0716(+) TPP(Cis-reg,riboswitch) α β ¥
SN14 783289 783434 146 + Y - SP0834(+) SP0835(+)   α β
SN15 821508 821581 74 + Y - SP0873(+) SP0874(-)   α
SN16 821892 822301 410 + Y Y SP0873(+) SP0874(-) tmRNA α β ¥
SN17 853100 853586 487 + Y - SP0897(+) SP0898(-)   α
SN18 854355 854559 205 + Y - SP0898(-) SP0899(+)   α
SN19 855530 855627 100 + Y - SP0899(+) SP0900(-)   α
SN20 869478 869791 318 + Y Y SP0915(-) SP0916(+)   α β
SN21 1005291 1005532 242 + Y Y SP1068(+) SP1069(+) T-box(Cis-reg) α β
SN22 1033894 1034015 125 + Y - SP1100(+) SP1101(-)   α
SN23 1324023 1324276 256 - Y - SP1400(-) SP1401(+)   α
SN24 1529942 1530039 98 + Y - SP1629(+) SP1630(+) T-box(Cis-reg) α
SN25 1592924 1593285 362 - Y - SP1691(-) SP1692(+)   α
SN26 1989967 1990063 97 + - - SP2078(+) SP2079(-)   α
SN27 2086051 2086304 277 + Y Y SP2168(+) SP2169(-)   α
SN28 485360 485540 181 + Y - SP0502(+) SP0503(-)   α
SN29 497140 497360 221 + Y - SP0516(+) SP0517(+)   α
SN30 499750 499970 231 + Y - SP0518(+) SP0519(+)   α β
SN31 2000722 2001113 392 + Y - SP2092(+) SP2093(+)   α
SN32 1022430 1022539 121 + Y - SP1086(+) SP1087(+)   α
SN33 392134 392231 105 - Y - SP0411(-) SP0412(-)   α β
SN34 1706645 1706890 246 + Y - SP1790(+) Spt11(+) 6S α β
SN35 209748 209905 158 + Y Y SP0239(+) SP0240(+)   α β
SN36 423848 423992 145 + Y Y SP0451(+) SP0452(-)   α
SN37 557778 557971 194 + Y Y SP0587(-) SP0588(+)   α β
SN38 485578 485759 182 + Y - SP0502(+) SP0503(-)   α
SN39 721337 721446 110 + Y - SP0761(+) SP0762(+)   α β
SN40 907168 907301 134 + Y Y SP0958(+) SP0959(+) L20_leader(Cis-reg) α β
SN41 1037030 1037185 166 + Y - SP1104(+) SP1105(+) L21_leader(Cis-reg) α β
SN42 1214232 1214365 137 - Y Y SP1278(-) SP1279(-) PyrR(Cis-reg) α
SN43 1275596 1275742 147 - Y Y SP1355(-) SP1356(-) L10_leader(Cis-reg) α β ¥
SN44 1460966 1461207 242 - Y Y SP1551(-) SP1552(+) yybP-ykoY(Cis-reg) α β
SN45 2005540 2005697 181 - Y Y SP2097(-) SP2098(-)   α
SN46 2048539 2048648 112 - Y - SP2136(-) SP2137(+)   α
SN47 56069 56190 122 + - - SP0051(+) SP0052(+)   α β
SN48 1102915 1103083 169 - - - SP1166(-) SP1167(-)   α
SN49 1455217 1455362 146 - Y - SP1547(-) SP1548(-)   α
SN50 1874532 1874844 313 - - - SP1966(-) SP1967(-)   α β
  1. sRNA sequences conserved in; α-different Streptococcus pneumoniae strains like CGSP14, G54, Hungary19A-6, R6, D39. β-different species of Streptococcus like S. mitis, S. gordonii, S. sanguinis SK36. ¥-other species outside Streptococcaceae (for example Lactobacillus, Clostridium, and Bacillus). The start and end represents the boundaries of identified TAR (transcriptionally active region) which is a potential sRNA region.