Table 1 S. pneumoniae TIGR4 sRNAs, their genome location, additional features and comparative genomics.
ID | Start | End | Length (nt) | Strand | Promoter (transcription start site) | Rho independent terminator | Flanking genes Left Right | Rfam prediction | Conservation across other genomes | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SN1 | 24145 | 24254 | 110 | + | Y | Y | SP0019(+) | SP0020(+) |  | α β |
SN2 | 40243 | 40508 | 266 | + | Y | Y | SP0041(+) | SP0042(+) |  | α |
SN3 | 116167 | 116372 | 206 | + | Y | - | SP0114(-) | SP0115(+) |  | α |
SN4 | 171543 | 171712 | 170 | - | Y | Y | SP0178(-) | SP0179(+) | FMN(Cis-reg,riboswitch) | α β ¥ |
SN5 | 228604 | 228713 | 110 | + | Y | Y | SP0256(+) | SP0257(+) |  | α β |
SN6 | 230748 | 230916 | 171 | + | Y | - | SP0257(+) | SP0258(-) |  | α β |
SN7 | 233177 | 233262 | 93 | + | Y | Y | SP0260(+) | SP0261(+) |  | α β |
SN8 | 350572 | 351050 | 479 | + | Y | Y | SP0372(+) | SP0373(+) | RNaseP_bact_b | α β ¥ |
SN9 | 414094 | 414215 | 122 | + | Y | - | SP0439(+) | SP0440(+) |  | α |
SN10 | 467128 | 467294 | 172 | + | Y | - | SP0486(+) | SP0487(-) | FMN(Cis-reg,riboswitch) | α β ¥ |
SN11 | 623211 | 623332 | 122 | + | Y | Y | SP0649(-) | SP0650(-) |  | α |
SN12 | 667995 | 668092 | 98 | + | Y | Y | SP0700(-) | SP0701(+) | PyrR(Cis-reg) | α β |
SN13 | 681801 | 681922 | 122 | + | Y | - | SP0715(+) | SP0716(+) | TPP(Cis-reg,riboswitch) | α β ¥ |
SN14 | 783289 | 783434 | 146 | + | Y | - | SP0834(+) | SP0835(+) |  | α β |
SN15 | 821508 | 821581 | 74 | + | Y | - | SP0873(+) | SP0874(-) |  | α |
SN16 | 821892 | 822301 | 410 | + | Y | Y | SP0873(+) | SP0874(-) | tmRNA | α β ¥ |
SN17 | 853100 | 853586 | 487 | + | Y | - | SP0897(+) | SP0898(-) |  | α |
SN18 | 854355 | 854559 | 205 | + | Y | - | SP0898(-) | SP0899(+) |  | α |
SN19 | 855530 | 855627 | 100 | + | Y | - | SP0899(+) | SP0900(-) |  | α |
SN20 | 869478 | 869791 | 318 | + | Y | Y | SP0915(-) | SP0916(+) |  | α β |
SN21 | 1005291 | 1005532 | 242 | + | Y | Y | SP1068(+) | SP1069(+) | T-box(Cis-reg) | α β |
SN22 | 1033894 | 1034015 | 125 | + | Y | - | SP1100(+) | SP1101(-) |  | α |
SN23 | 1324023 | 1324276 | 256 | - | Y | - | SP1400(-) | SP1401(+) |  | α |
SN24 | 1529942 | 1530039 | 98 | + | Y | - | SP1629(+) | SP1630(+) | T-box(Cis-reg) | α |
SN25 | 1592924 | 1593285 | 362 | - | Y | - | SP1691(-) | SP1692(+) |  | α |
SN26 | 1989967 | 1990063 | 97 | + | - | - | SP2078(+) | SP2079(-) |  | α |
SN27 | 2086051 | 2086304 | 277 | + | Y | Y | SP2168(+) | SP2169(-) |  | α |
SN28 | 485360 | 485540 | 181 | + | Y | - | SP0502(+) | SP0503(-) |  | α |
SN29 | 497140 | 497360 | 221 | + | Y | - | SP0516(+) | SP0517(+) |  | α |
SN30 | 499750 | 499970 | 231 | + | Y | - | SP0518(+) | SP0519(+) |  | α β |
SN31 | 2000722 | 2001113 | 392 | + | Y | - | SP2092(+) | SP2093(+) |  | α |
SN32 | 1022430 | 1022539 | 121 | + | Y | - | SP1086(+) | SP1087(+) |  | α |
SN33 | 392134 | 392231 | 105 | - | Y | - | SP0411(-) | SP0412(-) |  | α β |
SN34 | 1706645 | 1706890 | 246 | + | Y | - | SP1790(+) | Spt11(+) | 6S | α β |
SN35 | 209748 | 209905 | 158 | + | Y | Y | SP0239(+) | SP0240(+) |  | α β |
SN36 | 423848 | 423992 | 145 | + | Y | Y | SP0451(+) | SP0452(-) |  | α |
SN37 | 557778 | 557971 | 194 | + | Y | Y | SP0587(-) | SP0588(+) |  | α β |
SN38 | 485578 | 485759 | 182 | + | Y | - | SP0502(+) | SP0503(-) |  | α |
SN39 | 721337 | 721446 | 110 | + | Y | - | SP0761(+) | SP0762(+) |  | α β |
SN40 | 907168 | 907301 | 134 | + | Y | Y | SP0958(+) | SP0959(+) | L20_leader(Cis-reg) | α β |
SN41 | 1037030 | 1037185 | 166 | + | Y | - | SP1104(+) | SP1105(+) | L21_leader(Cis-reg) | α β |
SN42 | 1214232 | 1214365 | 137 | - | Y | Y | SP1278(-) | SP1279(-) | PyrR(Cis-reg) | α |
SN43 | 1275596 | 1275742 | 147 | - | Y | Y | SP1355(-) | SP1356(-) | L10_leader(Cis-reg) | α β ¥ |
SN44 | 1460966 | 1461207 | 242 | - | Y | Y | SP1551(-) | SP1552(+) | yybP-ykoY(Cis-reg) | α β |
SN45 | 2005540 | 2005697 | 181 | - | Y | Y | SP2097(-) | SP2098(-) |  | α |
SN46 | 2048539 | 2048648 | 112 | - | Y | - | SP2136(-) | SP2137(+) |  | α |
SN47 | 56069 | 56190 | 122 | + | - | - | SP0051(+) | SP0052(+) |  | α β |
SN48 | 1102915 | 1103083 | 169 | - | - | - | SP1166(-) | SP1167(-) |  | α |
SN49 | 1455217 | 1455362 | 146 | - | Y | - | SP1547(-) | SP1548(-) |  | α |
SN50 | 1874532 | 1874844 | 313 | - | - | - | SP1966(-) | SP1967(-) |  | α β |