Skip to main content

Table 4 Adjacent linkage disequilibrium (r2 and |D'|) on 29 autosomes (BTA)

From: Characteristics of linkage disequilibrium in North American Holsteins

Chromosome N Length (Mb) Spacing (kb) Mean r2 SD (r2) Median r2 Mean |D'| SD |D'| Median |D'| MAF
1 2,443 158 64 0.22 0.25 0.11 0.73 0.32 0.90 0.28
2 1,970 136 69 0.22 0.25 0.11 0.70 0.33 0.85 0.29
3 1,859 121 65 0.22 0.25 0.12 0.73 0.33 0.90 0.29
4 1,804 120 66 0.20 0.23 0.10 0.70 0.34 0.86 0.29
5 1,603 121 75 0.20 0.24 0.10 0.71 0.33 0.87 0.29
6 1,848 119 64 0.21 0.25 0.11 0.70 0.33 0.85 0.29
7 1,615 112 69 0.23 0.25 0.13 0.71 0.32 0.86 0.29
8 1,721 113 65 0.21 0.25 0.11 0.73 0.32 0.89 0.28
9 1,487 105 70 0.20 0.23 0.10 0.70 0.33 0.85 0.28
10 1,559 104 66 0.21 0.24 0.12 0.71 0.32 0.84 0.29
11 1,654 107 64 0.20 0.23 0.10 0.70 0.33 0.85 0.29
12 1,260 91 72 0.20 0.24 0.10 0.70 0.33 0.84 0.28
13 1,319 84 63 0.21 0.24 0.12 0.72 0.33 0.90 0.30
14 1,326 84 62 0.23 0.26 0.13 0.72 0.32 0.88 0.30
15 1,267 85 66 0.19 0.23 0.09 0.70 0.33 0.87 0.29
16 1,166 81 69 0.22 0.25 0.12 0.72 0.32 0.88 0.29
17 1,194 74 62 0.19 0.23 0.10 0.72 0.32 0.87 0.29
18 1,013 65 64 0.18 0.22 0.09 0.66 0.34 0.78 0.30
19 1,039 64 61 0.19 0.23 0.10 0.70 0.33 0.85 0.29
20 1,126 71 63 0.21 0.23 0.12 0.72 0.31 0.85 0.29
21 1,031 71 69 0.20 0.24 0.10 0.68 0.33 0.81 0.30
22 965 61 63 0.19 0.25 0.09 0.69 0.33 0.82 0.28
23 818 52 63 0.18 0.22 0.09 0.64 0.35 0.74 0.30
24 922 62 67 0.20 0.24 0.10 0.68 0.33 0.82 0.29
25 770 42 55 0.20 0.23 0.11 0.68 0.33 0.79 0.30
26 804 51 63 0.18 0.24 0.08 0.67 0.34 0.82 0.28
27 745 45 60 0.17 0.22 0.07 0.66 0.34 0.77 0.29
28 731 46 63 0.17 0.20 0.09 0.65 0.34 0.73 0.30
29 811 51 63 0.17 0.22 0.09 0.68 0.33 0.79 0.29
X 690 148 215 0.18 0.23 0.08 0.59 0.33 0.63 0.29
All 38,560 2656 68 0.20 0.24 0.11 0.70 0.33 0.85 0.29