TY - CHAP AU - Buchner, P. PY - 1965 DA - 1965// TI - Symbiosis in animals with suck plant juices BT - Endosymbiosis of animals with plant microorganisms PB - Interscience CY - New York ID - Buchner1965 ER - TY - JOUR AU - Baumann, P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Biology bacteriocyte-associated endosymbionts of plant sap-sucking insects JO - Annu Rev Microbiol VL - 59 ID - Baumann2005 ER - TY - CHAP AU - Silva, F. J. AU - Latorre, A. AU - Gomez-Valero, L. AU - Moya, A. ED - Bastolla, U. ED - Porto, M. ED - Roman, E. ED - Vendruscolo, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genomic changes in bacteria: From free-living to endosymbiotic life BT - Structural approaches to sequence evolution ID - Silva2007 ER - TY - JOUR AU - Shigenobu, S. AU - Watanabe, H. AU - Hattori, M. AU - Sakaki, Y. AU - Ishikawa, H. PY - 2000 DA - 2000// TI - Genome sequence of the endocellular bacterial symbiont of aphids Buchnera sp. APS JO - Nature VL - 407 ID - Shigenobu2000 ER - TY - JOUR AU - Tamas, I. AU - Klasson, L. AU - Canback, B. AU - Naslund, A. K. AU - Eriksson, A. S. AU - Wernegreen, J. J. AU - Sandstrom, J. P. AU - Moran, N. A. AU - Andersson, S. G. PY - 2002 DA - 2002// TI - 50 million years of genomic stasis in endosymbiotic bacteria JO - Science VL - 296 ID - Tamas2002 ER - TY - JOUR AU - van Ham, R. C. AU - Kamerbeek, J. AU - Palacios, C. AU - Rausell, C. AU - Abascal, F. AU - Bastolla, U. AU - Fernandez, J. M. AU - Jimenez, L. AU - Postigo, M. AU - Silva, F. J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Reductive genome evolution in Buchnera aphidicola JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 100 ID - van Ham2003 ER - TY - JOUR AU - Perez-Brocal, V. AU - Gil, R. AU - Ramos, S. AU - Lamelas, A. AU - Postigo, M. AU - Michelena, J. M. AU - Silva, F. J. AU - Moya, A. AU - Latorre, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - A small microbial genome: the end of a long symbiotic relationship? JO - Science VL - 314 ID - Perez-Brocal2006 ER - TY - JOUR AU - Moran, N. A. AU - McLaughlin, H. J. AU - Sorek, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - The dynamics and time scale of ongoing genomic erosion in symbiotic bacteria JO - Science VL - 323 ID - Moran2009 ER - TY - JOUR AU - Gil, R. AU - Silva, F. J. AU - Zientz, E. AU - Delmotte, F. AU - Gonzalez-Candelas, F. AU - Latorre, A. AU - Rausell, C. AU - Kamerbeek, J. AU - Gadau, J. AU - Holldobler, B. PY - 2003 DA - 2003// TI - The genome sequence of Blochmannia floridanus: comparative analysis of reduced genomes JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 100 ID - Gil2003 ER - TY - JOUR AU - Degnan, P. H. AU - Lazarus, A. B. AU - Wernegreen, J. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genome sequence of Blochmannia pennsylvanicus indicates parallel evolutionary trends among bacterial mutualists of insects JO - Genome Res VL - 15 ID - Degnan2005 ER - TY - JOUR AU - Nakabachi, A. AU - Yamashita, A. AU - Toh, H. AU - Ishikawa, H. AU - Dunbar, H. E. AU - Moran, N. A. AU - Hattori, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - The 160-kilobase genome of the bacterial endosymbiont Carsonella JO - Science VL - 314 ID - Nakabachi2006 ER - TY - JOUR AU - Tamames, J. AU - Gil, R. AU - Latorre, A. AU - Pereto, J. AU - Silva, F. J. AU - Moya, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - The frontier between cell and organelle: genome analysis of Candidatus Carsonella ruddii JO - BMC Evol Biol VL - 7 ID - Tamames2007 ER - TY - JOUR AU - Moran, N. A. PY - 1996 DA - 1996// TI - Accelerated evolution and Muller's rachet in endosymbiotic bacteria JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 93 ID - Moran1996 ER - TY - JOUR AU - Herbeck, J. T. AU - Wall, D. P. AU - Wernegreen, J. J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Gene expression level influences amino acid usage, but not codon usage, in the tsetse fly endosymbiont Wigglesworthia JO - Microbiology VL - 149 ID - Herbeck2003 ER - TY - JOUR AU - Schaber, J. AU - Rispe, C. AU - Wernegreen, J. AU - Buness, A. AU - Delmotte, F. AU - Silva, F. J. AU - Moya, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Gene expression levels influence amino acid usage and evolutionary rates in endosymbiotic bacteria JO - Gene VL - 352 ID - Schaber2005 ER - TY - JOUR AU - Silva, F. J. AU - Latorre, A. AU - Moya, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Why are the genomes of endosymbiotic bacteria so stable? JO - Trends Genet VL - 19 ID - Silva2003 ER - TY - JOUR AU - Belda, E. AU - Moya, A. AU - Silva, F. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genome rearrangement distances and gene order phylogeny in gamma-Proteobacteria JO - Mol Biol Evol VL - 22 ID - Belda2005 ER - TY - JOUR AU - Sharples, G. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - For absent friends: life without recombination in mutualistic gamma-proteobacteria JO - Trends Microbiol VL - 17 ID - Sharples2009 ER - TY - JOUR AU - Moran, N. A. AU - Munson, M. A. AU - Baumann, P. AU - Ishikawa, H. PY - 1993 DA - 1993// TI - A molecular clock in endosymbiotic bacteia is calibrated using the insect hosts JO - Proc R Soc Lond B VL - 253 ID - Moran1993 ER - TY - JOUR AU - Andersson, J. O. AU - Andersson, S. G. PY - 1999 DA - 1999// TI - Insights into the evolutionary process of genome degradation JO - Curr Opin Genet Dev VL - 9 ID - Andersson1999 ER - TY - JOUR AU - Funk, D. J. AU - Helbling, L. AU - Wernegreen, J. J. AU - Moran, N. A. PY - 2000 DA - 2000// TI - Intraspecific phylogenetic congruence among multiple symbiont genomes JO - Proc Biol Sci VL - 267 ID - Funk2000 ER - TY - JOUR AU - Moya, A. AU - Latorre, A. AU - Sabater-Munoz, B. AU - Silva, F. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - Comparative molecular evolution of primary (Buchnera) and secondary symbionts of aphids based on two protein-coding genes JO - J Mol Evol VL - 55 ID - Moya2002 ER - TY - JOUR AU - Moya, A. AU - Pereto, J. AU - Gil, R. AU - Latorre, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Learning how to live together: genomic insights into prokaryote-animal symbioses JO - Nat Rev Genet VL - 9 ID - Moya2008 ER - TY - JOUR AU - Dale, C. AU - Maudlin, I. PY - 1999 DA - 1999// TI - Sodalis gen. nov. and Sodalis glossinidius sp. nov., a microaerophilic secondary endosymbiont of the tsetse fly Glossina morsitans morsitans JO - Int J Syst Bacteriol VL - 49 ID - Dale1999 ER - TY - JOUR AU - Rio, R. V. AU - Hu, Y. AU - Aksoy, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Strategies of the home-team: symbioses exploited for vector-borne disease control JO - Trends Microbiol VL - 12 ID - Rio2004 ER - TY - JOUR AU - Attardo, G. M. AU - Lohs, C. AU - Heddi, A. AU - Alam, U. H. AU - Yildirim, S. AU - Aksoy, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Analysis of milk gland structure and function in Glossina morsitans: milk protein production, symbiont populations and fecundity JO - J Insect Physiol VL - 54 ID - Attardo2008 ER - TY - JOUR AU - Aksoy, S. PY - 1995 DA - 1995// TI - Wigglesworthia gen. nov. and Wigglesworthia glossinidia sp. nov., taxa consisting of the mycetocyte-associated, primary endosymbionts of tsetse flies JO - Int J Syst Bacteriol VL - 45 ID - Aksoy1995 ER - TY - JOUR AU - Aksoy, S. AU - Pourhosseini, A. A. AU - Chow, A. PY - 1995 DA - 1995// TI - Mycetome endosymbionts of tsetse flies constitute a distinct lineage related to Enterobacteriaceae JO - Insect Mol Biol VL - 4 ID - Aksoy1995 ER - TY - JOUR AU - Cheng, Q. AU - Ruel, T. D. AU - Zhou, W. AU - Moloo, S. K. AU - Majiwa, P. AU - O'Neill, S. L. AU - Aksoy, S. PY - 2000 DA - 2000// TI - Tissue distribution and prevalence of Wolbachia infections in tsetse flies, Glossina spp JO - Med Vet Entomol VL - 14 ID - Cheng2000 ER - TY - JOUR AU - Akman, L. AU - Yamashita, A. AU - Watanabe, H. AU - Oshima, K. AU - Shiba, T. AU - Hattori, M. AU - Aksoy, S. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genome sequence of the endocellular obligate symbiont of tsetse flies, Wigglesworthia glossinidia JO - Nat Genet VL - 32 ID - Akman2002 ER - TY - JOUR AU - Toh, H. AU - Weiss, B. L. AU - Perkin, S. A. AU - Yamashita, A. AU - Oshima, K. AU - Hattori, M. AU - Aksoy, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Massive genome erosion and functional adaptations provide insights into the symbiotic lifestyle of Sodalis glossinidius in the tsetse host JO - Genome Res VL - 16 ID - Toh2006 ER - TY - JOUR AU - Cole, S. T. AU - Eiglmeier, K. AU - Parkhill, J. AU - James, K. D. AU - Thomson, N. R. AU - Wheeler, P. R. AU - Honore, N. AU - Garnier, T. AU - Churcher, C. AU - Harris, D. PY - 2001 DA - 2001// TI - Massive gene decay in the leprosy bacillus JO - Nature VL - 409 ID - Cole2001 ER - TY - JOUR AU - Gomez-Valero, L. AU - Rocha, E. P. AU - Latorre, A. AU - Silva, F. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Reconstructing the ancestor of Mycobacterium leprae: the dynamics of gene loss and genome reduction JO - Genome Res VL - 17 ID - Gomez-Valero2007 ER - TY - JOUR AU - Welburn, S. C. AU - Maudlin, I. AU - Ellis, D. S. PY - 1987 DA - 1987// TI - In vitro cultivation of rickettsia-like-organisms from Glossina spp JO - Ann Trop Med Parasitol VL - 81 ID - Welburn1987 ER - TY - JOUR AU - Beard, C. B. AU - O'Neill, S. L. AU - Tesh, R. B. AU - Richards, F. F. AU - Aksoy, S. PY - 1993 DA - 1993// TI - Modification of arthropod vector competence via symbiotic bacteria JO - Parasitol Today VL - 9 ID - Beard1993 ER - TY - JOUR AU - Chen, X. AU - Li, S. AU - Aksoy, S. PY - 1999 DA - 1999// TI - Concordant evolution of a symbiont with its host insect species: molecular phylogeny of genus Glossina and its bacteriome-associated endosymbiont, Wigglesworthia glossinidia JO - J Mol Evol VL - 48 ID - Chen1999 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Madden, T. L. AU - Schaffer, A. A. AU - Zhang, J. AU - Zhang, Z. AU - Miller, W. AU - Lipman, D. J. PY - 1997 DA - 1997// TI - Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs JO - Nucleic Acids Res VL - 25 ID - Altschul1997 ER - TY - JOUR AU - Kanehisa, M. AU - Goto, S. AU - Kawashima, S. AU - Okuno, Y. AU - Hattori, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - The KEGG resource for deciphering the genome JO - Nucleic Acids Res VL - 32 ID - Kanehisa2004 ER - TY - JOUR AU - Birney, E. AU - Clamp, M. AU - Durbin, R. PY - 2004 DA - 2004// TI - GeneWise and Genomewise JO - Genome Res VL - 14 ID - Birney2004 ER - TY - JOUR AU - Carver, T. AU - Berriman, M. AU - Tivey, A. AU - Patel, C. AU - Bohme, U. AU - Barrell, B. G. AU - Parkhill, J. AU - Rajandream, M. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Artemis and ACT: viewing, annotating and comparing sequences stored in a relational database JO - Bioinformatics VL - 24 ID - Carver2008 ER - TY - JOUR AU - Kurtz, S. AU - Phillippy, A. AU - Delcher, A. L. AU - Smoot, M. AU - Shumway, M. AU - Antonescu, C. AU - Salzberg, S. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - Versatile and open software for comparing large genomes JO - Genome Biol VL - 5 ID - Kurtz2004 ER - TY - JOUR AU - Larkin, M. A. AU - Blackshields, G. AU - Brown, N. P. AU - Chenna, R. AU - McGettigan, P. A. AU - McWilliam, H. AU - Valentin, F. AU - Wallace, I. M. AU - Wilm, A. AU - Lopez, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Clustal W and Clustal X version 2.0 JO - Bioinformatics VL - 23 ID - Larkin2007 ER - TY - JOUR AU - Rice, P. AU - Longden, I. AU - Bleasby, A. PY - 2000 DA - 2000// TI - EMBOSS: the European Molecular Biology Open Software Suite JO - Trends Genet VL - 16 ID - Rice2000 ER - TY - JOUR AU - Siguier, P. AU - Perochon, J. AU - Lestrade, L. AU - Mahillon, J. AU - Chandler, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - ISfinder: the reference centre for bacterial insertion sequences JO - Nucleic Acids Res VL - 34 ID - Siguier2006 ER - TY - CHAP AU - Benson, D. A. AU - Karsch-Mizrachi, I. AU - Lipman, D. J. AU - Ostell, J. AU - Sayers, E. W. PY - 2009 DA - 2009// TI - GenBank BT - Nucleic Acids Res ID - Benson2009 ER - TY - JOUR AU - Tamura, K. AU - Dudley, J. AU - Nei, M. AU - Kumar, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0 JO - Mol Biol Evol VL - 24 ID - Tamura2007 ER - TY - JOUR AU - Serres, M. H. AU - Riley, M. PY - 2000 DA - 2000// TI - MultiFun, a multifunctional classification scheme for Escherichia coli K-12 gene products JO - Microb Comp Genomics VL - 5 ID - Serres2000 ER - TY - JOUR AU - Riley, M. AU - Abe, T. AU - Arnaud, M. B. AU - Berlyn, M. K. AU - Blattner, F. R. AU - Chaudhuri, R. R. AU - Glasner, J. D. AU - Horiuchi, T. AU - Keseler, I. M. AU - Kosuge, T. PY - 2006 DA - 2006// TI - Escherichia coli K-12: a cooperatively developed annotation snapshot--2005 JO - Nucleic Acids Res VL - 34 ID - Riley2006 ER - TY - JOUR AU - Pearson, W. R. PY - 1990 DA - 1990// TI - Rapid and sensitive sequence comparison with FASTP and FASTA JO - Methods Enzymol VL - 183 ID - Pearson1990 ER - TY - JOUR AU - Lima, T. AU - Auchincloss, A. H. AU - Coudert, E. AU - Keller, G. AU - Michoud, K. AU - Rivoire, C. AU - Bulliard, V. AU - de, C. E. AU - Lachaize, C. AU - Baratin, D. PY - 2009 DA - 2009// TI - HAMAP: a database of completely sequenced microbial proteome sets and manually curated microbial protein families in UniProtKB/Swiss-Prot JO - Nucleic Acids Res VL - 37 ID - Lima2009 ER - TY - STD TI - The Universal Protein Resource (UniProt) 2009. Nucleic Acids Res. 2009, 37: D169-D174. 10.1093/nar/gkn664. ID - ref51 ER - TY - CHAP AU - Finn, R. D. AU - Mistry, J. AU - Tate, J. AU - Coggill, P. AU - Heger, A. AU - Pollington, J. E. AU - Gavin, O. L. AU - Gunasekaran, P. AU - Ceric, G. AU - Forslund, K. PY - 2009 DA - 2009// TI - The Pfam protein families database BT - Nucleic Acids Res ID - Finn2009 ER - TY - JOUR AU - Chen, Y. AU - Yu, P. AU - Luo, J. AU - Jiang, Y. PY - 2003 DA - 2003// TI - Secreted protein prediction system combining CJ-SPHMM, TMHMM, and PSORT JO - Mamm Genome VL - 14 ID - Chen2003 ER - TY - JOUR AU - Emanuelsson, O. AU - Brunak, S. AU - von, H. G. AU - Nielsen, H. PY - 2007 DA - 2007// TI - Locating proteins in the cell using TargetP, SignalP and related tools JO - Nat Protoc VL - 2 ID - Emanuelsson2007 ER - TY - JOUR AU - Gardy, J. L. AU - Spencer, C. AU - Wang, K. AU - Ester, M. AU - Tusnady, G. E. AU - Simon, I. AU - Hua, S. AU - deFays, K. AU - Lambert, C. AU - Nakai, K. PY - 2003 DA - 2003// TI - PSORT-B: Improving protein subcellular localization prediction for Gram-negative bacteria JO - Nucleic Acids Res VL - 31 ID - Gardy2003 ER - TY - JOUR AU - Moriya, Y. AU - Itoh, M. AU - Okuda, S. AU - Yoshizawa, A. C. AU - Kanehisa, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - KAAS: an automatic genome annotation and pathway reconstruction server JO - Nucleic Acids Res VL - 35 ID - Moriya2007 ER - TY - JOUR AU - Gotz, S. AU - Garcia-Gomez, J. M. AU - Terol, J. AU - Williams, T. D. AU - Nagaraj, S. H. AU - Nueda, M. J. AU - Robles, M. AU - Talon, M. AU - Dopazo, J. AU - Conesa, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - High-throughput functional annotation and data mining with the Blast2GO suite JO - Nucleic Acids Res VL - 36 ID - Gotz2008 ER - TY - JOUR AU - Keseler, I. M. AU - Bonavides-Martinez, C. AU - Collado-Vides, J. AU - Gama-Castro, S. AU - Gunsalus, R. P. AU - Johnson, D. A. AU - Krummenacker, M. AU - Nolan, L. M. AU - Paley, S. AU - Paulsen, I. T. PY - 2009 DA - 2009// TI - EcoCyc: a comprehensive view of Escherichia coli biology JO - Nucleic Acids Res VL - 37 ID - Keseler2009 ER - TY - CHAP AU - Caspi, R. AU - Altman, T. AU - Dale, J. M. AU - Dreher, K. AU - Fulcher, C. A. AU - Gilham, F. AU - Kaipa, P. AU - Karthikeyan, A. S. AU - Kothari, A. AU - Krummenacker, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - The MetaCyc database of metabolic pathways and enzymes and the BioCyc collection of pathway/genome databases BT - Nucleic Acids Res ID - Caspi2009 ER - TY - JOUR AU - Morgan, G. J. AU - Hatfull, G. F. AU - Casjens, S. AU - Hendrix, R. W. PY - 2002 DA - 2002// TI - Bacteriophage Mu genome sequence: analysis and comparison with Mu-like prophages in Haemophilus, Neisseria and Deinococcus JO - J Mol Biol VL - 317 ID - Morgan2002 ER - TY - JOUR AU - Casjens, S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Prophages and bacterial genomics: what have we learned so far? JO - Mol Microbiol VL - 49 ID - Casjens2003 ER - TY - JOUR AU - Canchaya, C. AU - Proux, C. AU - Fournous, G. AU - Bruttin, A. AU - Brussow, H. PY - 2003 DA - 2003// TI - Prophage genomics JO - Microbiol Mol Biol Rev VL - 67 ID - Canchaya2003 ER - TY - JOUR AU - Summer, E. J. AU - Gonzalez, C. F. AU - Carlisle, T. AU - Mebane, L. M. AU - Cass, A. M. AU - Savva, C. G. AU - LiPuma, J. AU - Young, R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Burkholderia cenocepacia phage BcepMu and a family of Mu-like phages encoding potential pathogenesis factors JO - J Mol Biol VL - 340 ID - Summer2004 ER - TY - JOUR AU - Xu, M. AU - Struck, D. K. AU - Deaton, J. AU - Wang, I. N. AU - Young, R. PY - 2004 DA - 2004// TI - A signal-arrest-release sequence mediates export and control of the phage P1 endolysin JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 101 ID - Xu2004 ER - TY - JOUR AU - Clark, A. J. AU - Pontes, M. AU - Jones, T. AU - Dale, C. PY - 2007 DA - 2007// TI - A possible heterodimeric prophage-like element in the genome of the insect endosymbiont Sodalis glossinidius JO - J Bacteriol VL - 189 ID - Clark2007 ER - TY - JOUR AU - Touchon, M. AU - Rocha, E. P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Causes of insertion sequences abundance in prokaryotic genomes JO - Mol Biol Evol VL - 24 ID - Touchon2007 ER - TY - JOUR AU - Gil, R. AU - Belda, E. AU - Gosalbes, M. J. AU - Delaye, L. AU - Vallier, A. AU - Vincent-Monegat, C. AU - Heddi, A. AU - Silva, F. J. AU - Moya, A. AU - Latorre, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Massive presence of insertion sequences in the genome of SOPE, the primary endosymbiont of the rice weevil Sitophilus oryzae JO - Int Microbiol VL - 11 ID - Gil2008 ER - TY - JOUR AU - Plague, G. R. AU - Dunbar, H. E. AU - Tran, P. L. AU - Moran, N. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Extensive proliferation of transposable elements in heritable bacterial symbionts JO - J Bacteriol VL - 190 ID - Plague2008 ER - TY - JOUR AU - Mahillon, J. AU - Leonard, C. AU - Chandler, M. PY - 1999 DA - 1999// TI - IS elements as constituents of bacterial genomes JO - Res Microbiol VL - 150 ID - Mahillon1999 ER - TY - JOUR AU - Siguier, P. AU - Filee, J. AU - Chandler, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Insertion sequences in prokaryotic genomes JO - Curr Opin Microbiol VL - 9 ID - Siguier2006 ER - TY - JOUR AU - Cunin, R. AU - Glansdorff, N. AU - Pierard, A. AU - Stalon, V. PY - 1986 DA - 1986// TI - Biosynthesis and metabolism of arginine in bacteria JO - Microbiol Rev VL - 50 ID - Cunin1986 ER - TY - JOUR AU - Morizono, H. AU - Cabrera-Luque, J. AU - Shi, D. AU - Gallegos, R. AU - Yamaguchi, S. AU - Yu, X. AU - Allewell, N. M. AU - Malamy, M. H. AU - Tuchman, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Acetylornithine transcarbamylase: a novel enzyme in arginine biosynthesis JO - J Bacteriol VL - 188 ID - Morizono2006 ER - TY - JOUR AU - Wissenbach, U. AU - Six, S. AU - Bongaerts, J. AU - Ternes, D. AU - Steinwachs, S. AU - Unden, G. PY - 1995 DA - 1995// TI - A third periplasmic transport system for L-arginine in Escherichia coli: molecular characterization of the artPIQMJ genes, arginine binding and transport JO - Mol Microbiol VL - 17 ID - Wissenbach1995 ER - TY - JOUR AU - Ledwidge, R. AU - Blanchard, J. S. PY - 1999 DA - 1999// TI - The dual biosynthetic capability of N-acetylornithine aminotransferase in arginine and lysine biosynthesis JO - Biochemistry VL - 38 ID - Ledwidge1999 ER - TY - JOUR AU - Cox, R. J. AU - Wang, P. S. PY - 2001 DA - 2001// TI - Is N-acetylornithine aminotransferase the real N-succinyl-ll-diaminopimelate aminotransferase in E. coli and M. smegmatis? JO - J Chem Soc Perkin Trans VL - 1 ID - Cox2001 ER - TY - JOUR AU - Mengin-Lecreulx, D. AU - Blanot, D. AU - van, H. J. PY - 1994 DA - 1994// TI - Replacement of diaminopimelic acid by cystathionine or lanthionine in the peptidoglycan of Escherichia coli JO - J Bacteriol VL - 176 ID - Mengin-Lecreulx1994 ER - TY - JOUR AU - Aksoy, S. AU - Rio, R. V. PY - 2005 DA - 2005// TI - Interactions among multiple genomes: tsetse, its symbionts and trypanosomes JO - Insect Biochem Mol Biol VL - 35 ID - Aksoy2005 ER - TY - JOUR AU - Vander Horn, P. B. AU - Backstrom, A. D. AU - Stewart, V. AU - Begley, T. P. PY - 1993 DA - 1993// TI - Structural genes for thiamine biosynthetic enzymes (thiCEFGH) in Escherichia coli K-12 JO - J Bacteriol VL - 175 ID - Vander Horn1993 ER - TY - JOUR AU - Begley, T. P. AU - Downs, D. M. AU - Ealick, S. E. AU - McLafferty, F. W. AU - Van Loon, A. P. AU - Taylor, S. AU - Campobasso, N. AU - Chiu, H. J. AU - Kinsland, C. AU - Reddick, J. J. PY - 1999 DA - 1999// TI - Thiamin biosynthesis in prokaryotes JO - Arch Microbiol VL - 171 ID - Begley1999 ER - TY - JOUR AU - Leonardi, R. AU - Fairhurst, S. A. AU - Kriek, M. AU - Lowe, D. J. AU - Roach, P. L. PY - 2003 DA - 2003// TI - Thiamine biosynthesis in Escherichia coli: isolation and initial characterisation of the ThiGH complex JO - FEBS Lett VL - 539 ID - Leonardi2003 ER - TY - JOUR AU - Jurgenson, C. T. AU - Begley, T. P. AU - Ealick, S. E. PY - 2009 DA - 2009// TI - The structural and biochemical foundations of thiamin biosynthesis JO - Annu Rev Biochem VL - 78 ID - Jurgenson2009 ER - TY - JOUR AU - Xi, J. AU - Ge, Y. AU - Kinsland, C. AU - McLafferty, F. W. AU - Begley, T. P. PY - 2001 DA - 2001// TI - Biosynthesis of the thiazole moiety of thiamin in Escherichia coli: identification of an acyldisulfide-linked protein--protein conjugate that is functionally analogous to the ubiquitin/E1 complex JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 98 ID - Xi2001 ER - TY - JOUR AU - Morett, E. AU - Saab-Rincon, G. AU - Olvera, L. AU - Olvera, M. AU - Flores, H. AU - Grande, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Sensitive genome-wide screen for low secondary enzymatic activities: the YjbQ family shows thiamin phosphate synthase activity JO - J Mol Biol VL - 376 ID - Morett2008 ER - TY - JOUR AU - Andersson, S. G. AU - Kurland, C. G. PY - 1998 DA - 1998// TI - Reductive evolution of resident genomes JO - Trends Microbiol VL - 6 ID - Andersson1998 ER - TY - JOUR AU - Lawrence, J. G. AU - Hendrix, R. W. AU - Casjens, S. PY - 2001 DA - 2001// TI - Where are the pseudogenes in bacterial genomes? JO - Trends Microbiol VL - 9 ID - Lawrence2001 ER - TY - JOUR AU - Mira, A. AU - Ochman, H. AU - Moran, N. A. PY - 2001 DA - 2001// TI - Deletional bias and the evolution of bacterial genomes JO - Trends Genet VL - 17 ID - Mira2001 ER - TY - JOUR AU - Moran, N. A. AU - Mira, A. PY - 2001 DA - 2001// TI - The process of genome shrinkage in the obligate symbiont Buchnera aphidicola JO - Genome Biol VL - 2 ID - Moran2001 ER - TY - JOUR AU - Silva, F. J. AU - Latorre, A. AU - Moya, A. PY - 2001 DA - 2001// TI - Genome size reduction through multiple events of gene disintegration in Buchnera APS JO - Trends Genet VL - 17 ID - Silva2001 ER - TY - JOUR AU - Parkhill, J. AU - Wren, B. W. AU - Thomson, N. R. AU - Titball, R. W. AU - Holden, M. T. AU - Prentice, M. B. AU - Sebaihia, M. AU - James, K. D. AU - Churcher, C. AU - Mungall, K. L. PY - 2001 DA - 2001// TI - Genome sequence of Yersinia pestis, the causative agent of plague JO - Nature VL - 413 ID - Parkhill2001 ER - TY - JOUR AU - Jin, Q. AU - Yuan, Z. AU - Xu, J. AU - Wang, Y. AU - Shen, Y. AU - Lu, W. AU - Wang, J. AU - Liu, H. AU - Yang, J. AU - Yang, F. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genome sequence of Shigella flexneri 2a: insights into pathogenicity through comparison with genomes of Escherichia coli K12 and O157 JO - Nucleic Acids Res VL - 30 ID - Jin2002 ER - TY - JOUR AU - Cole, S. T. PY - 1998 DA - 1998// TI - Comparative mycobacterial genomics JO - Curr Opin Microbiol VL - 1 ID - Cole1998 ER - TY - JOUR AU - Aksoy, S. AU - Chen, X. AU - Hypsa, V. PY - 1997 DA - 1997// TI - Phylogeny and potential transmission routes of midgut-associated endosymbionts of tsetse (Diptera:Glossinidae) JO - Insect Mol Biol VL - 6 ID - Aksoy1997 ER - TY - JOUR AU - Lerat, E. AU - Ochman, H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Psi-Phi: exploring the outer limits of bacterial pseudogenes JO - Genome Res VL - 14 ID - Lerat2004 ER - TY - JOUR AU - Lerat, E. AU - Ochman, H. PY - 2005 DA - 2005// TI - Recognizing the pseudogenes in bacterial genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 33 ID - Lerat2005 ER - TY - JOUR AU - Liu, Y. AU - Harrison, P. M. AU - Kunin, V. AU - Gerstein, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Comprehensive analysis of pseudogenes in prokaryotes: widespread gene decay and failure of putative horizontally transferred genes JO - Genome Biol VL - 5 ID - Liu2004 ER - TY - JOUR AU - Bordenstein, S. R. AU - Reznikoff, W. S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Mobile DNA in obligate intracellular bacteria JO - Nat Rev Microbiol VL - 3 ID - Bordenstein2005 ER - TY - JOUR AU - Dale, C. AU - Moran, N. A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Molecular interactions between bacterial symbionts and their hosts JO - Cell VL - 126 ID - Dale2006 ER - TY - JOUR AU - Moran, N. A. AU - Plague, G. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Genomic changes following host restriction in bacteria JO - Curr Opin Genet Dev VL - 14 ID - Moran2004 ER - TY - JOUR AU - Heddi, A. AU - Charles, H. AU - Khatchadourian, C. AU - Bonnot, G. AU - Nardon, P. PY - 1998 DA - 1998// TI - Molecular characterization of the principal symbiotic bacteria of the weevil Sitophilus oryzae: a peculiar G + C content of an endocytobiotic DNA JO - J Mol Evol VL - 47 ID - Heddi1998 ER - TY - JOUR AU - Dale, C. AU - Plague, G. R. AU - Wang, B. AU - Ochman, H. AU - Moran, N. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Type III secretion systems and the evolution of mutualistic endosymbiosis JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 99 ID - Dale2002 ER - TY - JOUR AU - Andersson, J. O. AU - Andersson, S. G. PY - 1999 DA - 1999// TI - Genome degradation is an ongoing process in Rickettsia JO - Mol Biol Evol VL - 16 ID - Andersson1999 ER - TY - JOUR AU - Degnan, P. H. AU - Moran, N. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Diverse phage-encoded toxins in a protective insect endosymbiont JO - Appl Environ Microbiol VL - 74 ID - Degnan2008 ER - TY - JOUR AU - Moran, N. A. AU - Degnan, P. H. AU - Santos, S. R. AU - Dunbar, H. E. AU - Ochman, H. PY - 2005 DA - 2005// TI - The players in a mutualistic symbiosis: insects, bacteria, viruses, and virulence genes JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 ID - Moran2005 ER - TY - JOUR AU - Oliver, K. M. AU - Russell, J. A. AU - Moran, N. A. AU - Hunter, M. S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Facultative bacterial symbionts in aphids confer resistance to parasitic wasps JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 100 ID - Oliver2003 ER - TY - JOUR AU - Bordenstein, S. R. AU - Wernegreen, J. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Bacteriophage flux in endosymbionts (Wolbachia): infection frequency, lateral transfer, and recombination rates JO - Mol Biol Evol VL - 21 ID - Bordenstein2004 ER - TY - JOUR AU - Bordenstein, S. R. AU - Marshall, M. L. AU - Fry, A. J. AU - Kim, U. AU - Wernegreen, J. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - The tripartite associations between bacteriophage, Wolbachia, and arthropods JO - PLoS Pathog VL - 2 ID - Bordenstein2006 ER - TY - JOUR AU - Darby, A. C. AU - Lagnel, J. AU - Matthew, C. Z. AU - Bourtzis, K. AU - Maudlin, I. AU - Welburn, S. C. PY - 2005 DA - 2005// TI - Extrachromosomal DNA of the symbiont Sodalis glossinidius JO - J Bacteriol VL - 187 ID - Darby2005 ER - TY - JOUR AU - Dale, C. AU - Welburn, S. C. PY - 2001 DA - 2001// TI - The endosymbionts of tsetse flies: manipulating host-parasite interactions JO - Int J Parasitol VL - 31 ID - Dale2001 ER - TY - JOUR AU - Cheng, Q. AU - Aksoy, S. PY - 1999 DA - 1999// TI - Tissue tropism, transmission and expression of foreign genes in vivo in midgut symbionts of tsetse flies JO - Insect Mol Biol VL - 8 ID - Cheng1999 ER - TY - JOUR AU - Rio, R. V. AU - Wu, Y. N. AU - Filardo, G. AU - Aksoy, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Dynamics of multiple symbiont density regulation during host development: tsetse fly and its microbial flora JO - Proc Biol Sci VL - 273 ID - Rio2006 ER - TY - JOUR AU - Snyder, A. K. AU - Deberry, J. W. AU - Runyen-Janecky, L. AU - Rio, R. V. PY - 2010 DA - 2010// TI - Nutrient provisioning facilitates homeostasis between tsetse fly (Diptera: Glossinidae) symbionts JO - Proc Biol Sci VL - 277 ID - Snyder2010 ER - TY - JOUR AU - Wu, D. AU - Daugherty, S. C. AU - Van Aken, S. E. AU - Pai, G. H. AU - Watkins, K. L. AU - Khouri, H. AU - Tallon, L. J. AU - Zaborsky, J. M. AU - Dunbar, H. E. AU - Tran, P. L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Metabolic complementarity and genomics of the dual bacterial symbiosis of sharpshooters JO - PLoS Biol VL - 4 ID - Wu2006 ER - TY - JOUR AU - McCutcheon, J. P. AU - Moran, N. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Parallel genomic evolution and metabolic interdependence in an ancient symbiosis JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 104 ID - McCutcheon2007 ER - TY - JOUR AU - Gosalbes, M. J. AU - Lamelas, A. AU - Moya, A. AU - Latorre, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - The striking case of tryptophan provision in the cedar aphid Cinara cedri JO - J Bacteriol VL - 190 ID - Gosalbes2008 ER -