Enumerating the gene sets in breast cancer, a

Mefford, Dwain; Mefford, Joel A

doi:10.1186/1471-2164-11-482

BMC Genomics

Table 7 Gene sets and survival results for the NKI data.

From: Enumerating the gene sets in breast cancer, a "direct" alternative to hierarchical clustering

35 gene sets	all 295 samples				ER positive				ER negative
	median		quartiles		median		quartiles		median
	χ ²	p	χ ²	p	χ ²	p	χ ²	p	χ ²	p
estrogen	11.33	0.0007	9.29	0.002	7.91	0.004	5	0.02	2.9	0.08
FOXA1	4.4	0.03	3.62	0.05	7.82	0.005	1.72	0.18	0.09	0.76
stromal(5)	2.73	0.09	2.13	0.14	4.03	0.04	3.21	0.07	0.02	0.88
stromal(4)	3.8	0.05	8.63	0.003	7.34	0.006	6.13	0.01	0.01	0.9
MAGEB1	5.77	0.01	0.82	0.36	1.83	0.17	0.19	0.66	0.41	0.52
8p11_12	2.56	0.1	4.2	0.04	5.05	0.02	6.39	0.01	0.4	0.52
immune(0)	0.01	0.92	0.11	0.74	2.8	0.09	1.25	0.26	8.21	0.004
immune(1)	0.81	0.36	0.07	0.78	0.03	0.86	0.82	0.36	4.5	0.03
AANAT	0.8	0.77	0.03	0.85	0.03	0.58	0.72	0.39	2.32	0.12
ACACB	0.03	0.85	0.85	0.35	1.31	0.25	0.67	0.41	1.38	0.24
adipose	0.13	0.71	0.69	0.4	0.66	0.41	0.21	0.64	0.01	0.92
basal	0.16	0.68	0.4	0.52	0.01	0.93	0.11	0.73	0.4	0.52
BCL2L1	0.59	0.44	0.4	0.52	3.97	0.04	1.22	0.26	0.01	0.92
EMX2	0.75	0.38	1	0.31	0.25	0.61	0.04	0.84	0.48	0.48
ERBB2	0.34	0.55	0.55	0.45	0.76	0.38	0.25	0.61	0.08	0.77
H3_histone	0.27	0.6	0.17	0.68	0.27	0.6	0.11	0.74	0.02	0.89
immune(5)	0.8	0.37	0.06	0.8	3.01	0.08	2.23	0.13	0.98	0.32
immune(9)	0.34	0.55	0	0.99	0.85	0.35	0	0.94	0	0.97
JAG2	0.12	0.72	0.14	0.71	0.17	0.68	0.22	0.63	0.01	0.9
KRT1	1.7	0.19	0.81	0.36	2.58	0.1	3.21	0.07	0.71	0.4
MMP17	0.02	0.89	1.42	0.23	0	0.95	0.11	0.74	0.65	0.42
NRGN	0.06	0.8	0.87	0.35	0.09	0.76	0.43	0.51	0.35	0.55
RAB18	0.34	0.55	1.77	0.18	0.57	0.44	0.15	0.69	0.06	0.8
RAPGEF2	1.25	0.26	1.23	0.26	1.46	0.22	0.19	0.66	2.48	0.11
RBM5	0.03	0.85	0.65	0.42	0.24	0.62	0.85	0.35	0.31	0.57
ribosomal(0)	0.01	0.93	0.37	0.54	0.09	0.77	0.14	0.71	0.12	0.73
ribosomal(2)	0.8	0.36	1.48	0.22	0.52	0.47	1.19	0.27	0.21	0.64
SEMG1	2.67	0.1	2.25	0.13	2.3	0.12	2.06	0.15	2.99	0.08
stromal(0)	0.31	0.57	0.62	0.42	2.41	0.12	2.33	0.12	0.28	0.59
PTPRO	0.02	0.89	2.84	0.09	0.22	0.63	4.53	0.03	0	0.97
ATP12A	4.45	0.03	3.04	0.08	1.78	0.18	1.49	0.22	5.35	0.02
immune(2)	4.61	0.03	2.68	0.1	7.76	0.005	6.42	0.01	0.4	0.52
immune(3)	5.71	0.01	3.97	0.04	8.72	0.003	9.78	0.001	1.01	0.31
H2B_histone	6.79	0.009	3.64	0.05	9.96	0.001	6.11	0.01	0.3	0.58
proliferation	24.79	6E-07	29.09	6E-08	22.98	1E-06	25.73	3E-07	4.15	0.04

Back to article page

ISSN: 1471-2164

Contact us

Submission enquiries: bmcgenomics@biomedcentral.com
General enquiries: ORSupport@springernature.com