TY - JOUR AU - Harrow, J. AU - Denoeud, F. AU - Frankish, A. AU - Reymond, A. AU - Chen, C. K. AU - Chrast, J. AU - Lagarde, J. AU - Gilbert, J. G. AU - Storey, R. AU - Swarbreck, D. AU - Rossier, C. AU - Ucla, C. AU - Hubbard, T. AU - Antonarakis, S. E. AU - Guigo, R. PY - 2006 DA - 2006// TI - GENCODE: producing a reference annotation for ENCODE JO - Genome Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2006-7-s1-s4 DO - 10.1186/gb-2006-7-s1-s4 ID - Harrow2006 ER - TY - STD TI - GENCODE project pages. [http://www.gencodegenes.org] UR - http://www.gencodegenes.org ID - ref2 ER - TY - JOUR AU - Pruitt, K. D. AU - Harrow, J. AU - Harte, R. A. AU - Wallin, C. AU - Diekhans, M. AU - Maglott, D. R. AU - Searle, S. AU - Farrell, C. M. AU - Loveland, J. E. AU - Ruef, B. J. AU - Hart, E. AU - Suner, M. M. AU - Landrum, M. J. AU - Aken, B. AU - Ayling, S. AU - Baertsch, R. AU - Fernandez-Banet, J. AU - Cherry, J. L. AU - Curwen, V. AU - Dicuccio, M. AU - Kellis, M. AU - Lee, J. AU - Lin, M. F. AU - Schuster, M. AU - Shkeda, A. AU - Amid, C. AU - Brown, G. AU - Dukhanina, O. AU - Frankish, A. AU - Hart, J. AU - Maidak, B. L. AU - Mudge, J. AU - Murphy, M. R. AU - Murphy, T. AU - Rajan, J. AU - Rajput, B. AU - Riddick, L. D. AU - Snow, C. AU - Steward, C. AU - Webb, D. AU - Weber, J. A. AU - Wilming, L. AU - Wu, W. AU - Birney, E. AU - Haussler, D. AU - Hubbard, T. AU - Ostell, J. AU - Durbin, R. AU - Lipman, D. PY - 2009 DA - 2009// TI - The consensus coding sequence (CCDS) project: Identifying a common protein-coding gene set for the human and mouse genomes JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.080531.108 DO - 10.1101/gr.080531.108 ID - Pruitt2009 ER - TY - JOUR AU - Flicek, P. AU - Aken, B. L. AU - Ballester, B. AU - Beal, K. AU - Bragin, E. AU - Brent, S. AU - Chen, Y. AU - Clapham, P. AU - Coates, G. AU - Fairley, S. AU - Fitzgerald, S. AU - Fernandez-Banet, J. AU - Gordon, L. AU - Gräf, S. AU - Haider, S. AU - Hammond, M. AU - Howe, K. AU - Jenkinson, A. AU - Johnson, N. AU - Kähäri, A. AU - Keefe, D. AU - Keenan, S. AU - Kinsella, R. AU - Kokocinski, F. AU - Koscielny, G. AU - Kulesha, E. AU - Lawson, D. AU - Longden, I. AU - Massingham, T. AU - McLaren, W. AU - Megy, K. AU - Overduin, B. AU - Pritchard, B. AU - Rios, D. AU - Ruffier, M. AU - Schuster, M. AU - Slater, G. AU - Smedley, D. AU - Spudich, G. AU - Tang, Y. A. AU - Trevanion, S. AU - Vilella, A. AU - Vogel, J. AU - White, S. AU - Wilder, S. P. AU - Zadissa, A. AU - Birney, E. AU - Cunningham, F. AU - Dunham, I. AU - Durbin, R. AU - Fernández-Suarez, X. M. AU - Herrero, J. AU - Hubbard, T. J. AU - Parker, A. AU - Proctor, G. AU - Smith, J. AU - Searle, S. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Ensembl's 10th year JO - Nucleic Acids Res VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp972 DO - 10.1093/nar/gkp972 ID - Flicek2010 ER - TY - STD TI - Genome Reference Consortium report system. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/assembly/grc/ReportAnIssue.shtml] UR - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/assembly/grc/ReportAnIssue.shtml ID - ref5 ER - TY - STD TI - Mouse Genome Annotation report system. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/mouse/MGAReport.shtml] UR - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/mouse/MGAReport.shtml ID - ref6 ER - TY - STD TI - Atlassian's Jira software. [http://www.atlassian.com/software/jira/] UR - http://www.atlassian.com/software/jira/ ID - ref7 ER - TY - STD TI - Redmine tracking system. 2006, Jean-Philippe Lang, 2010, [http://www.redmine.org] UR - http://www.redmine.org ID - ref8 ER - TY - STD TI - Best Practical's RT system. [http://bestpractical.com/rt] UR - http://bestpractical.com/rt ID - ref9 ER - TY - STD TI - Bugzilla software. [http://www.bugzilla.org/] UR - http://www.bugzilla.org/ ID - ref10 ER - TY - STD TI - Trac software. [http://trac.edgewall.org/] UR - http://trac.edgewall.org/ ID - ref11 ER - TY - JOUR AU - Jenkinson, A. M. AU - Albrecht, M. AU - Birney, E. AU - Blankenburg, H. AU - Down, T. AU - Finn, R. D. AU - Hermjakob, H. AU - Hubbard, T. J. AU - Jimenez, R. C. AU - Jones, P. AU - Kähäri, A. AU - Kulesha, E. AU - Macías, J. R. AU - Reeves, G. A. AU - Prlić, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Integrating biological data - the Distributed Annotation System JO - BMC Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-S8-S3 DO - 10.1186/1471-2105-9-S8-S3 ID - Jenkinson2008 ER - TY - STD TI - The DAS registry. [http://www.dasregistry.org] UR - http://www.dasregistry.org ID - ref13 ER - TY - STD TI - GENCODE DAS format specifications. [http://www.sanger.ac.uk/resources/databases/encode/gencodedasformats.html] UR - http://www.sanger.ac.uk/resources/databases/encode/gencodedasformats.html ID - ref14 ER - TY - STD TI - AnnoTrack homepage. [http://annotrack.sanger.ac.uk] UR - http://annotrack.sanger.ac.uk ID - ref15 ER -