TY - JOUR AU - Carlson, M. R. AU - Zhang, B. AU - Fang, Z. AU - Mischel, P. S. AU - Horvath, S. AU - Nelson, S. F. PY - 2006 DA - 2006// TI - Gene connectivity, function, and sequence conservation: predictions from modular yeast co-expression networks JO - BMC Genomics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-7-40 DO - 10.1186/1471-2164-7-40 ID - Carlson2006 ER - TY - JOUR AU - Fuller, T. F. AU - Ghazalpour, A. AU - Aten, J. E. AU - Drake, T. A. AU - Lusis, A. J. AU - Horvath, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Weighted gene coexpression network analysis strategies applied to mouse weight JO - Mamm Genome VL - 18 UR - https://doi.org/10.1007/s00335-007-9043-3 DO - 10.1007/s00335-007-9043-3 ID - Fuller2007 ER - TY - JOUR AU - Oldham, M. C. AU - Konopka, G. AU - Iwamoto, K. AU - Langfelder, P. AU - Kato, T. AU - Horvath, S. AU - Geschwind, D. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Functional organization of the transcriptome in human brain JO - Nat Neurosci VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/nn.2207 DO - 10.1038/nn.2207 ID - Oldham2008 ER - TY - JOUR AU - Bergmann, S. AU - Ihmels, J. AU - Barkai, N. PY - 2004 DA - 2004// TI - Similarities and differences in genome-wide expression data of six organisms JO - PLoS Biol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0020009 DO - 10.1371/journal.pbio.0020009 ID - Bergmann2004 ER - TY - JOUR AU - Liao, B. Y. AU - Zhang, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Evolutionary conservation of expression profiles between human and mouse orthologous genes JO - Molecular Biology and Evolution VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msj054 DO - 10.1093/molbev/msj054 ID - Liao2006 ER - TY - JOUR AU - van Noort, V. AU - Snel, B. AU - Huynen, M. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Predicting gene function by conserved co-expression JO - Trends Genet VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-9525(03)00056-8 DO - 10.1016/S0168-9525(03)00056-8 ID - van Noort2003 ER - TY - JOUR AU - Oti, M. AU - van Reeuwijk, J. AU - Huynen, M. A. AU - Brunner, H. G. PY - 2008 DA - 2008// TI - Conserved co-expression for candidate disease gene prioritization JO - BMC Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-208 DO - 10.1186/1471-2105-9-208 ID - Oti2008 ER - TY - JOUR AU - Churchill, G. A. AU - Airey, D. C. AU - Allayee, H. AU - Angel, J. M. AU - Attie, A. D. AU - Beatty, J. AU - Beavis, W. D. AU - Belknap, J. K. AU - Bennett, B. AU - Berrettini, W. PY - 2004 DA - 2004// TI - The Collaborative Cross, a community resource for the genetic analysis of complex traits JO - Nat Genet VL - 36 UR - https://doi.org/10.1038/ng1104-1133 DO - 10.1038/ng1104-1133 ID - Churchill2004 ER - TY - JOUR AU - Malmanger, B. AU - Lawler, M. AU - Coulombe, S. AU - Murray, R. AU - Cooper, S. AU - Polyakov, Y. AU - Belknap, J. AU - Hitzemann, R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Further studies on using multiple-cross mapping (MCM) to map quantitative trait loci JO - Mamm Genome VL - 17 UR - https://doi.org/10.1007/s00335-006-0070-2 DO - 10.1007/s00335-006-0070-2 ID - Malmanger2006 ER - TY - CHAP AU - Hitzemann, R. AU - McWeeney, S. AU - Belknap, J. ED - Jones, B. C. ED - Mormede, P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genetics, behavior and brain dopamine systems BT - Neurobehavioral Genetics: Methods and Applications ID - Hitzemann2006 ER - TY - JOUR AU - Langfelder, P. AU - Horvath, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - WGCNA: an R package for weighted correlation network analysis JO - BMC Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-559 DO - 10.1186/1471-2105-9-559 ID - Langfelder2008 ER - TY - JOUR AU - Horvath, S. AU - Zhang, B. AU - Carlson, M. AU - Lu, K. V. AU - Zhu, S. AU - Felciano, R. M. AU - Laurance, M. F. AU - Zhao, W. AU - Qi, S. AU - Chen, Z. PY - 2006 DA - 2006// TI - Analysis of oncogenic signaling networks in glioblastoma identifies ASPM as a molecular target JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0608396103 DO - 10.1073/pnas.0608396103 ID - Horvath2006 ER - TY - JOUR AU - Ghazalpour, A. AU - Doss, S. AU - Zhang, B. AU - Wang, S. AU - Plaisier, C. AU - Castellanos, R. AU - Brozell, A. AU - Schadt, E. E. AU - Drake, T. A. AU - Lusis, A. J. AU - Horvath, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Integrating genetic and network analysis to characterize genes related to mouse weight JO - PLoS Genet VL - 2 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.0020130 DO - 10.1371/journal.pgen.0020130 ID - Ghazalpour2006 ER - TY - JOUR AU - Oldham, M. C. AU - Horvath, S. AU - Geschwind, D. H. PY - 2006 DA - 2006// TI - Conservation and evolution of gene coexpression networks in human and chimpanzee brains JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0605938103 DO - 10.1073/pnas.0605938103 ID - Oldham2006 ER - TY - JOUR AU - Keller, M. P. AU - Choi, Y. AU - Wang, P. AU - Davis, D. B. AU - Rabaglia, M. E. AU - Oler, A. T. AU - Stapleton, D. S. AU - Argmann, C. AU - Schueler, K. L. AU - Edwards, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - A gene expression network model of type 2 diabetes links cell cycle regulation in islets with diabetes susceptibility JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.074914.107 DO - 10.1101/gr.074914.107 ID - Keller2008 ER - TY - JOUR AU - Presson, A. P. AU - Sobel, E. M. AU - Papp, J. C. AU - Suarez, C. J. AU - Whistler, T. AU - Rajeevan, M. S. AU - Vernon, S. D. AU - Horvath, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Integrated weighted gene co-expression network analysis with an application to chronic fatigue syndrome JO - BMC Syst Biol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/1752-0509-2-95 DO - 10.1186/1752-0509-2-95 ID - Presson2008 ER - TY - JOUR AU - Weston, D. J. AU - Gunter, L. E. AU - Rogers, A. AU - Wullschleger, S. D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Connecting genes, coexpression modules, and molecular signatures to environmental stress phenotypes in plants JO - BMC Syst Biol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/1752-0509-2-16 DO - 10.1186/1752-0509-2-16 ID - Weston2008 ER - TY - JOUR AU - Saris, C. G. AU - Horvath, S. AU - van Vught, P. W. AU - van Es, M. A. AU - Blauw, H. M. AU - Fuller, T. F. AU - Langfelder, P. AU - DeYoung, J. AU - Wokke, J. H. AU - Veldink, J. H. PY - 2009 DA - 2009// TI - Weighted gene co-expression network analysis of the peripheral blood from Amyotrophic Lateral Sclerosis patients JO - BMC Genomics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-10-405 DO - 10.1186/1471-2164-10-405 ID - Saris2009 ER - TY - JOUR AU - Liu, Z. AU - Yan, S. F. AU - Walker, J. R. AU - Zwingman, T. A. AU - Jiang, T. AU - Li, J. AU - Zhou, Y. PY - 2007 DA - 2007// TI - Study of gene function based on spatial co-expression in a high-resolution mouse brain atlas JO - BMC Syst Biol VL - 1 UR - https://doi.org/10.1186/1752-0509-1-19 DO - 10.1186/1752-0509-1-19 ID - Liu2007 ER - TY - JOUR AU - Lein, E. S. AU - Hawrylycz, M. J. AU - Ao, N. AU - Ayres, M. AU - Bensinger, A. AU - Bernard, A. AU - Boe, A. F. AU - Boguski, M. S. AU - Brockway, K. S. AU - Byrnes, E. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain JO - Nature VL - 445 UR - https://doi.org/10.1038/nature05453 DO - 10.1038/nature05453 ID - Lein2007 ER - TY - JOUR AU - Ng, L. AU - Lau, C. AU - Young, R. AU - Pathak, S. AU - Kuan, L. AU - Sodt, A. AU - Sutram, M. AU - Lee, C. K. AU - Dang, C. AU - Hawrylycz, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - NeuroBlast: a 3D spatial homology search tool for gene expression JO - BMC Neuroscience VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2202-8-S2-P11 DO - 10.1186/1471-2202-8-S2-P11 ID - Ng2007 ER - TY - JOUR AU - Ng, L. AU - Bernard, A. AU - Lau, C. AU - Overly, C. C. AU - Dong, H. W. AU - Kuan, C. AU - Pathak, S. AU - Sunkin, S. M. AU - Dang, C. AU - Bohland, J. W. PY - 2009 DA - 2009// TI - An anatomic gene expression atlas of the adult mouse brain JO - Nat Neurosci VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nn.2281 DO - 10.1038/nn.2281 ID - Ng2009 ER - TY - JOUR AU - McClintick, J. N. AU - Edenberg, H. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Effects of filtering by Present call on analysis of microarray experiments JO - BMC Bioinformatics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-49 DO - 10.1186/1471-2105-7-49 ID - McClintick2006 ER - TY - JOUR AU - Archer, K. J. AU - Reese, S. E. PY - 2010 DA - 2010// TI - Detection call algorithms for high-throughput gene expression microarray data JO - Brief Bioinform VL - 11 UR - https://doi.org/10.1093/bib/bbp055 DO - 10.1093/bib/bbp055 ID - Archer2010 ER - TY - JOUR AU - Du, P. AU - Kibbe, W. A. AU - Lin, S. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - lumi: a pipeline for processing Illumina microarray JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn224 DO - 10.1093/bioinformatics/btn224 ID - Du2008 ER - TY - JOUR AU - Yip, A. M. AU - Horvath, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Gene network interconnectedness and the generalized topological overlap measure JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-22 DO - 10.1186/1471-2105-8-22 ID - Yip2007 ER - TY - JOUR AU - Langfelder, P. AU - Zhang, B. AU - Horvath, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Defining clusters from a hierarchical cluster tree: the Dynamic Tree Cut package for R JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm563 DO - 10.1093/bioinformatics/btm563 ID - Langfelder2008 ER - TY - JOUR AU - Mantel, N. PY - 1967 DA - 1967// TI - The detection of disease clustering and a generalized regression approach JO - Cancer Res VL - 27 ID - Mantel1967 ER - TY - JOUR AU - Shannon, W. D. AU - Watson, M. A. AU - Perry, A. AU - Rich, K. PY - 2002 DA - 2002// TI - Mantel statistics to correlate gene expression levels from microarrays with clinical covariates JO - Genet Epidemiol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1002/gepi.1115 DO - 10.1002/gepi.1115 ID - Shannon2002 ER - TY - JOUR AU - Ashburner, M. AU - Ball, C. A. AU - Blake, J. A. AU - Botstein, D. AU - Butler, H. AU - Cherry, J. M. AU - Davis, A. P. AU - Dolinski, K. AU - Dwight, S. S. AU - Eppig, J. T. PY - 2000 DA - 2000// TI - Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium JO - Nat Genet VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/75556 DO - 10.1038/75556 ID - Ashburner2000 ER - TY - JOUR AU - Alexa, A. AU - Rahnenfuhrer, J. AU - Lengauer, T. PY - 2006 DA - 2006// TI - Improved scoring of functional groups from gene expression data by decorrelating GO graph structure JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl140 DO - 10.1093/bioinformatics/btl140 ID - Alexa2006 ER - TY - JOUR AU - Peri, S. AU - Navarro, J. D. AU - Amanchy, R. AU - Kristiansen, T. Z. AU - Jonnalagadda, C. K. AU - Surendranath, V. AU - Niranjan, V. AU - Muthusamy, B. AU - Gandhi, T. K. AU - Gronborg, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Development of human protein reference database as an initial platform for approaching systems biology in humans JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1680803 DO - 10.1101/gr.1680803 ID - Peri2003 ER - TY - JOUR AU - Keshava Prasad, T. S. AU - Goel, R. AU - Kandasamy, K. AU - Keerthikumar, S. AU - Kumar, S. AU - Mathivanan, S. AU - Telikicherla, D. AU - Raju, R. AU - Shafreen, B. AU - Venugopal, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Human Protein Reference Database--2009 update JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn892 DO - 10.1093/nar/gkn892 ID - Keshava Prasad2009 ER - TY - JOUR AU - Ge, H. AU - Liu, Z. AU - Church, G. M. AU - Vidal, M. PY - 2001 DA - 2001// TI - Correlation between transcriptome and interactome mapping data from Saccharomyces cerevisiae JO - Nat Genet VL - 29 UR - https://doi.org/10.1038/ng776 DO - 10.1038/ng776 ID - Ge2001 ER - TY - JOUR AU - Cahoy, J. D. AU - Emery, B. AU - Kaushal, A. AU - Foo, L. C. AU - Zamanian, J. L. AU - Christopherson, K. S. AU - Xing, Y. AU - Lubischer, J. L. AU - Krieg, P. A. AU - Krupenko, S. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - A transcriptome database for astrocytes, neurons, and oligodendrocytes: a new resource for understanding brain development and function JO - J Neurosci VL - 28 UR - https://doi.org/10.1523/JNEUROSCI.4178-07.2008 DO - 10.1523/JNEUROSCI.4178-07.2008 ID - Cahoy2008 ER - TY - JOUR AU - Lobo, M. K. AU - Karsten, S. L. AU - Gray, M. AU - Geschwind, D. H. AU - Yang, X. W. PY - 2006 DA - 2006// TI - FACS-array profiling of striatal projection neuron subtypes in juvenile and adult mouse brains JO - Nat Neurosci VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nn1654 DO - 10.1038/nn1654 ID - Lobo2006 ER - TY - JOUR AU - Horvath, S. AU - Dong, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Geometric interpretation of gene coexpression network analysis JO - PLoS Comput Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000117 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000117 ID - Horvath2008 ER - TY - JOUR AU - Lau, C. AU - Ng, L. AU - Thompson, C. AU - Pathak, S. AU - Kuan, L. AU - Jones, A. AU - Hawrylycz, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Exploration and visualization of gene expression with neuroanatomy in the adult mouse brain JO - BMC Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-153 DO - 10.1186/1471-2105-9-153 ID - Lau2008 ER - TY - JOUR AU - Lovell, M. A. AU - Xie, C. AU - Xiong, S. AU - Markesbery, W. R. PY - 2003 DA - 2003// TI - Wilms' tumor suppressor (WT1) is a mediator of neuronal degeneration associated with the pathogenesis of Alzheimer's disease JO - Brain Res VL - 983 UR - https://doi.org/10.1016/S0006-8993(03)03032-4 DO - 10.1016/S0006-8993(03)03032-4 ID - Lovell2003 ER - TY - JOUR AU - Hagiwara, H. AU - Iyo, M. AU - Hashimoto, K. PY - 2009 DA - 2009// TI - Mithramycin protects against dopaminergic neurotoxicity in the mouse brain after administration of methamphetamine JO - Brain Res VL - 1301 UR - https://doi.org/10.1016/j.brainres.2009.09.010 DO - 10.1016/j.brainres.2009.09.010 ID - Hagiwara2009 ER - TY - JOUR AU - de Jong, S. AU - Fuller, T. F. AU - Janson, E. AU - Strengman, E. AU - Horvath, S. AU - Kas, M. J. AU - Ophoff, R. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Gene expression profiling in C57BL/6J and A/J mouse inbred strains reveals gene networks specific for brain regions independent of genetic background JO - BMC Genomics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-11-20 DO - 10.1186/1471-2164-11-20 ID - de Jong2010 ER - TY - JOUR AU - Smouse, P. E. AU - Long, J. C. AU - Sokal, R. R. PY - 1986 DA - 1986// TI - Multiple regression and correlation extensions of the Mantel test of matrix correspondence JO - Syst Biol VL - 35 ID - Smouse1986 ER - TY - JOUR AU - Meredith, G. E. AU - Baldo, B. A. AU - Andrezjewski, M. E. AU - Kelley, A. E. PY - 2008 DA - 2008// TI - The structural basis for mapping behavior onto the ventral striatum and its subdivisions JO - Brain Struct Funct VL - 213 UR - https://doi.org/10.1007/s00429-008-0175-3 DO - 10.1007/s00429-008-0175-3 ID - Meredith2008 ER - TY - JOUR AU - Luo, L. AU - Salunga, R. C. AU - Guo, H. AU - Bittner, A. AU - Joy, K. C. AU - Galindo, J. E. AU - Xiao, H. AU - Rogers, K. E. AU - Wan, J. S. AU - Jackson, M. R. AU - Erlander, M. G. PY - 1999 DA - 1999// TI - Gene expression profiles of laser-captured adjacent neuronal subtypes JO - Nat Med VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/4806 DO - 10.1038/4806 ID - Luo1999 ER - TY - JOUR AU - Chatterjee, S. AU - Zaman, K. AU - Ryu, H. AU - Conforto, A. AU - Ratan, R. R. PY - 2001 DA - 2001// TI - Sequence-selective DNA binding drugs mithramycin A and chromomycin A3 are potent inhibitors of neuronal apoptosis induced by oxidative stress and DNA damage in cortical neurons JO - Ann Neurol VL - 49 UR - https://doi.org/10.1002/ana.71 DO - 10.1002/ana.71 ID - Chatterjee2001 ER - TY - JOUR AU - Citron, B. A. AU - Dennis, J. S. AU - Zeitlin, R. S. AU - Echeverria, V. PY - 2008 DA - 2008// TI - Transcription factor Sp1 dysregulation in Alzheimer's disease JO - J Neurosci Res VL - 86 UR - https://doi.org/10.1002/jnr.21695 DO - 10.1002/jnr.21695 ID - Citron2008 ER - TY - JOUR AU - Ray, R. AU - Snyder, R. C. AU - Thomas, S. AU - Koller, C. A. AU - Miller, D. M. PY - 1989 DA - 1989// TI - Mithramycin blocks protein binding and function of the SV40 early promoter JO - J Clin Invest VL - 83 UR - https://doi.org/10.1172/JCI114110 DO - 10.1172/JCI114110 ID - Ray1989 ER - TY - JOUR AU - Talbot, C. J. AU - Nicod, A. AU - Cherny, S. S. AU - Fulker, D. W. AU - Collins, A. C. AU - Flint, J. PY - 1999 DA - 1999// TI - High-resolution mapping of quantitative trait loci in outbred mice JO - Nat Genet VL - 21 UR - https://doi.org/10.1038/6825 DO - 10.1038/6825 ID - Talbot1999 ER - TY - JOUR AU - Mott, R. AU - Talbot, C. J. AU - Turri, M. G. AU - Collins, A. C. AU - Flint, J. PY - 2000 DA - 2000// TI - A method for fine mapping quantitative trait loci in outbred animal stocks JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 97 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.230304397 DO - 10.1073/pnas.230304397 ID - Mott2000 ER - TY - JOUR AU - Demarest, K. AU - Koyner, J. AU - McCaughran, J. AU - Cipp, L. AU - Hitzemann, R. PY - 2001 DA - 2001// TI - Further characterization and high-resolution mapping of quantitative trait loci for ethanol-induced locomotor activity JO - Behav Genet VL - 31 UR - https://doi.org/10.1023/A:1010261909853 DO - 10.1023/A:1010261909853 ID - Demarest2001 ER - TY - JOUR AU - Hitzemann, R. AU - Malmanger, B. AU - Reed, C. AU - Lawler, M. AU - Hitzemann, B. AU - Coulombe, S. AU - Buck, K. AU - Rademacher, B. AU - Walter, N. AU - Polyakov, Y. PY - 2003 DA - 2003// TI - A strategy for the integration of QTL, gene expression, and sequence analyses JO - Mamm Genome VL - 14 UR - https://doi.org/10.1007/s00335-003-2277-9 DO - 10.1007/s00335-003-2277-9 ID - Hitzemann2003 ER - TY - JOUR AU - Valdar, W. AU - Solberg, L. C. AU - Gauguier, D. AU - Burnett, S. AU - Klenerman, P. AU - Cookson, W. O. AU - Taylor, M. S. AU - Rawlins, J. N. AU - Mott, R. AU - Flint, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genome-wide genetic association of complex traits in heterogeneous stock mice JO - Nat Genet VL - 38 UR - https://doi.org/10.1038/ng1840 DO - 10.1038/ng1840 ID - Valdar2006 ER - TY - JOUR AU - Huang, G. J. AU - Shifman, S. AU - Valdar, W. AU - Johannesson, M. AU - Yalcin, B. AU - Taylor, M. S. AU - Taylor, J. M. AU - Mott, R. AU - Flint, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - High resolution mapping of expression QTLs in heterogeneous stock mice in multiple tissues JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.088120.108 DO - 10.1101/gr.088120.108 ID - Huang2009 ER - TY - JOUR AU - Shi, W. AU - Banerjee, A. AU - Ritchie, M. E. AU - Gerondakis, S. AU - Smyth, G. K. PY - 2009 DA - 2009// TI - Illumina WG-6 BeadChip strips should be normalized separately JO - BMC Bioinformatics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-372 DO - 10.1186/1471-2105-10-372 ID - Shi2009 ER - TY - JOUR AU - Zhang, B. AU - Horvath, S. PY - 2005 DA - 2005// TI - A general framework for weighted gene co-expression network analysis JO - Stat Appl Genet Mol Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.2202/1544-6115.1128 DO - 10.2202/1544-6115.1128 ID - Zhang2005 ER - TY - JOUR AU - Ravasz, E. AU - Somera, A. L. AU - Mongru, D. A. AU - Oltvai, Z. N. AU - Barabasi, A. L. PY - 2002 DA - 2002// TI - Hierarchical organization of modularity in metabolic networks JO - Science VL - 297 UR - https://doi.org/10.1126/science.1073374 DO - 10.1126/science.1073374 ID - Ravasz2002 ER - TY - JOUR AU - Falcon, S. AU - Gentleman, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Using GOstats to test gene lists for GO term association JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl567 DO - 10.1093/bioinformatics/btl567 ID - Falcon2007 ER - TY - JOUR AU - Vadigepalli, R. AU - Chakravarthula, P. AU - Zak, D. E. AU - Schwaber, J. S. AU - Gonye, G. E. PY - 2003 DA - 2003// TI - PAINT: a promoter analysis and interaction network generation tool for gene regulatory network identification JO - OMICS VL - 7 UR - https://doi.org/10.1089/153623103322452378 DO - 10.1089/153623103322452378 ID - Vadigepalli2003 ER - TY - JOUR AU - Matys, V. AU - Fricke, E. AU - Geffers, R. AU - Gossling, E. AU - Haubrock, M. AU - Hehl, R. AU - Hornischer, K. AU - Karas, D. AU - Kel, A. E. AU - Kel-Margoulis, O. V. PY - 2003 DA - 2003// TI - TRANSFAC: transcriptional regulation, from patterns to profiles JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg108 DO - 10.1093/nar/gkg108 ID - Matys2003 ER - TY - JOUR AU - Kel, A. E. AU - Gossling, E. AU - Reuter, I. AU - Cheremushkin, E. AU - Kel-Margoulis, O. V. AU - Wingender, E. PY - 2003 DA - 2003// TI - MATCH: A tool for searching transcription factor binding sites in DNA sequences JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg585 DO - 10.1093/nar/gkg585 ID - Kel2003 ER - TY - JOUR AU - Gonye, G. E. AU - Chakravarthula, P. AU - Schwaber, J. S. AU - Vadigepalli, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - From promoter analysis to transcriptional regulatory network prediction using PAINT JO - Methods Mol Biol VL - 408 UR - https://doi.org/10.1007/978-1-59745-547-3_4 DO - 10.1007/978-1-59745-547-3_4 ID - Gonye2007 ER - TY - JOUR AU - Benjamini, Y. AU - Hochberg, Y. PY - 1995 DA - 1995// TI - Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing JO - Journal of the Royal Statistical Society Series B (Methodological) VL - 57 UR - https://doi.org/10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x DO - 10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x ID - Benjamini1995 ER - TY - JOUR AU - Du, P. AU - Kibbe, W. A. AU - Lin, S. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - nuID: a universal naming scheme of oligonucleotides for illumina, affymetrix, and other microarrays JO - Biol Direct VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/1745-6150-2-16 DO - 10.1186/1745-6150-2-16 ID - Du2007 ER -