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Table 1 TE families analysed in this study

From: Transcriptional activity of transposable elements in maize

Class Family % genome Copy number Total Size LTR size ESTs
CACTA En/Spm n.a. n.a. 8270 - 46
  Misfit n.a. n.a. 10630 - 430
  Yote n.a. n.a. 12259 - 267
DNA Transposon Ac/Ds n.a. n.a. 4565 - 28
  Doppia n.a. n.a. 8463 - 218
  Jittery n.a. n.a. 3916 - 6
  Mutator n.a. n.a. 4998 - 30
  Mx n.a. n.a. 3731 - 3
  PIF n.a. n.a. 3712 - 71
  rDT n.a. n.a. 704 - 12
  Shooter n.a. n.a. 5060 - 54
LINE Cin4 n.a. n.a. 6822 - 34
  Colonist1 n.a. n.a. 1658 - 37
  Colonist2 n.a. n.a. 2575 - 42
MITE Frequent flyer n.a. n.a. 526 - 119
  Heart breaker n.a. n.a. 315 - 55
  Heart healer n.a. n.a. 185 - 122
  mPIF n.a. n.a. 343 - 55
  Pangrangja n.a. n.a. 607 - 18
  Stowaway n.a. n.a. 178 - 2
  Tourist n.a. n.a. 150 - 4
LTR retrotransposon (Copia) Bs1 n.a. n.a. 3.203 302 15
  Eninu n.a. n.a. 7.219 1.386 102
  Fourf 0.69 293 6.888 1.210 133
  Giepum 0.55 233 11.756 1.689 559
  Hopscotch n.a. n.a. 4.884 227 1
  Ji 18 7650 12085 1.481 209
  Machiavelli 0.48 204 6.153 857 81
  Milt 2 850 9.344 729 424
  Opie 16 6800 8880 1.256 1488
  Raider n.a. n.a. 5.865 465 34
  Rire1 0.48 204 7.815 1.270 176
  Ruda 1.64 697 6.431 1.415 507
  Stonor 0.07 29 4.542 560 42
  Victim 0.14 59 5.427 101 6
LTR retrotransposon (gypsy) CentA n.a. n.a. 4.634 1.303 147
  Cinful 5 2125 9.568 653 2181
  CRM n.a. n.a. 7.571 930 1078
  Dagaf 1.17 497 10.197 3.579 612
  Danelle 4 1700 15.397 4.602 2601
  Diguus 0.69 293 11.679 4.366 634
  Flip 0.62 263 13.555 5.928 704
  Grande 3 1275 13.769 631 365
  Gyma 3 1275 12.246 3.850 520
  Huck 15 6375 11312 1.800 322
  Jaws 0.14 59 6.074 384 1
  Kake 0.07 29 5.914 173 39
  Prem 5 2125 9.469 1.314 3806
  Prem1 1.37 582 10.397 3.383 2198
  Shadowspawn 2 850 11.526 469 399
  Tekay 1.17 497 12.786 3.396 395
  Xilon 4 1700 11.514 2.467 1865
  Zeon 8 3400 7.459 698 1930
TRIM Cassandra/TIM-1 1.10 467 734 260 18
  Magellan n.a. n.a. 1313 - 1
  ZmTRIM n.a. n.a. 809 - 36