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Table 1 TE families analysed in this study

From: Transcriptional activity of transposable elements in maize

Class

Family

% genome

Copy number

Total Size

LTR size

ESTs

CACTA

En/Spm

n.a.

n.a.

8270

-

46

 

Misfit

n.a.

n.a.

10630

-

430

 

Yote

n.a.

n.a.

12259

-

267

DNA Transposon

Ac/Ds

n.a.

n.a.

4565

-

28

 

Doppia

n.a.

n.a.

8463

-

218

 

Jittery

n.a.

n.a.

3916

-

6

 

Mutator

n.a.

n.a.

4998

-

30

 

Mx

n.a.

n.a.

3731

-

3

 

PIF

n.a.

n.a.

3712

-

71

 

rDT

n.a.

n.a.

704

-

12

 

Shooter

n.a.

n.a.

5060

-

54

LINE

Cin4

n.a.

n.a.

6822

-

34

 

Colonist1

n.a.

n.a.

1658

-

37

 

Colonist2

n.a.

n.a.

2575

-

42

MITE

Frequent flyer

n.a.

n.a.

526

-

119

 

Heart breaker

n.a.

n.a.

315

-

55

 

Heart healer

n.a.

n.a.

185

-

122

 

mPIF

n.a.

n.a.

343

-

55

 

Pangrangja

n.a.

n.a.

607

-

18

 

Stowaway

n.a.

n.a.

178

-

2

 

Tourist

n.a.

n.a.

150

-

4

LTR retrotransposon (Copia)

Bs1

n.a.

n.a.

3.203

302

15

 

Eninu

n.a.

n.a.

7.219

1.386

102

 

Fourf

0.69

293

6.888

1.210

133

 

Giepum

0.55

233

11.756

1.689

559

 

Hopscotch

n.a.

n.a.

4.884

227

1

 

Ji

18

7650

12085

1.481

209

 

Machiavelli

0.48

204

6.153

857

81

 

Milt

2

850

9.344

729

424

 

Opie

16

6800

8880

1.256

1488

 

Raider

n.a.

n.a.

5.865

465

34

 

Rire1

0.48

204

7.815

1.270

176

 

Ruda

1.64

697

6.431

1.415

507

 

Stonor

0.07

29

4.542

560

42

 

Victim

0.14

59

5.427

101

6

LTR retrotransposon (gypsy)

CentA

n.a.

n.a.

4.634

1.303

147

 

Cinful

5

2125

9.568

653

2181

 

CRM

n.a.

n.a.

7.571

930

1078

 

Dagaf

1.17

497

10.197

3.579

612

 

Danelle

4

1700

15.397

4.602

2601

 

Diguus

0.69

293

11.679

4.366

634

 

Flip

0.62

263

13.555

5.928

704

 

Grande

3

1275

13.769

631

365

 

Gyma

3

1275

12.246

3.850

520

 

Huck

15

6375

11312

1.800

322

 

Jaws

0.14

59

6.074

384

1

 

Kake

0.07

29

5.914

173

39

 

Prem

5

2125

9.469

1.314

3806

 

Prem1

1.37

582

10.397

3.383

2198

 

Shadowspawn

2

850

11.526

469

399

 

Tekay

1.17

497

12.786

3.396

395

 

Xilon

4

1700

11.514

2.467

1865

 

Zeon

8

3400

7.459

698

1930

TRIM

Cassandra/TIM-1

1.10

467

734

260

18

 

Magellan

n.a.

n.a.

1313

-

1

 

ZmTRIM

n.a.

n.a.

809

-

36