From: Transcriptional activity of transposable elements in maize
Class | Family | % genome | Copy number | Total Size | LTR size | ESTs |
---|---|---|---|---|---|---|
CACTA | En/Spm | n.a. | n.a. | 8270 | - | 46 |
 | Misfit | n.a. | n.a. | 10630 | - | 430 |
 | Yote | n.a. | n.a. | 12259 | - | 267 |
DNA Transposon | Ac/Ds | n.a. | n.a. | 4565 | - | 28 |
 | Doppia | n.a. | n.a. | 8463 | - | 218 |
 | Jittery | n.a. | n.a. | 3916 | - | 6 |
 | Mutator | n.a. | n.a. | 4998 | - | 30 |
 | Mx | n.a. | n.a. | 3731 | - | 3 |
 | PIF | n.a. | n.a. | 3712 | - | 71 |
 | rDT | n.a. | n.a. | 704 | - | 12 |
 | Shooter | n.a. | n.a. | 5060 | - | 54 |
LINE | Cin4 | n.a. | n.a. | 6822 | - | 34 |
 | Colonist1 | n.a. | n.a. | 1658 | - | 37 |
 | Colonist2 | n.a. | n.a. | 2575 | - | 42 |
MITE | Frequent flyer | n.a. | n.a. | 526 | - | 119 |
 | Heart breaker | n.a. | n.a. | 315 | - | 55 |
 | Heart healer | n.a. | n.a. | 185 | - | 122 |
 | mPIF | n.a. | n.a. | 343 | - | 55 |
 | Pangrangja | n.a. | n.a. | 607 | - | 18 |
 | Stowaway | n.a. | n.a. | 178 | - | 2 |
 | Tourist | n.a. | n.a. | 150 | - | 4 |
LTR retrotransposon (Copia) | Bs1 | n.a. | n.a. | 3.203 | 302 | 15 |
 | Eninu | n.a. | n.a. | 7.219 | 1.386 | 102 |
 | Fourf | 0.69 | 293 | 6.888 | 1.210 | 133 |
 | Giepum | 0.55 | 233 | 11.756 | 1.689 | 559 |
 | Hopscotch | n.a. | n.a. | 4.884 | 227 | 1 |
 | Ji | 18 | 7650 | 12085 | 1.481 | 209 |
 | Machiavelli | 0.48 | 204 | 6.153 | 857 | 81 |
 | Milt | 2 | 850 | 9.344 | 729 | 424 |
 | Opie | 16 | 6800 | 8880 | 1.256 | 1488 |
 | Raider | n.a. | n.a. | 5.865 | 465 | 34 |
 | Rire1 | 0.48 | 204 | 7.815 | 1.270 | 176 |
 | Ruda | 1.64 | 697 | 6.431 | 1.415 | 507 |
 | Stonor | 0.07 | 29 | 4.542 | 560 | 42 |
 | Victim | 0.14 | 59 | 5.427 | 101 | 6 |
LTR retrotransposon (gypsy) | CentA | n.a. | n.a. | 4.634 | 1.303 | 147 |
 | Cinful | 5 | 2125 | 9.568 | 653 | 2181 |
 | CRM | n.a. | n.a. | 7.571 | 930 | 1078 |
 | Dagaf | 1.17 | 497 | 10.197 | 3.579 | 612 |
 | Danelle | 4 | 1700 | 15.397 | 4.602 | 2601 |
 | Diguus | 0.69 | 293 | 11.679 | 4.366 | 634 |
 | Flip | 0.62 | 263 | 13.555 | 5.928 | 704 |
 | Grande | 3 | 1275 | 13.769 | 631 | 365 |
 | Gyma | 3 | 1275 | 12.246 | 3.850 | 520 |
 | Huck | 15 | 6375 | 11312 | 1.800 | 322 |
 | Jaws | 0.14 | 59 | 6.074 | 384 | 1 |
 | Kake | 0.07 | 29 | 5.914 | 173 | 39 |
 | Prem | 5 | 2125 | 9.469 | 1.314 | 3806 |
 | Prem1 | 1.37 | 582 | 10.397 | 3.383 | 2198 |
 | Shadowspawn | 2 | 850 | 11.526 | 469 | 399 |
 | Tekay | 1.17 | 497 | 12.786 | 3.396 | 395 |
 | Xilon | 4 | 1700 | 11.514 | 2.467 | 1865 |
 | Zeon | 8 | 3400 | 7.459 | 698 | 1930 |
TRIM | Cassandra/TIM-1 | 1.10 | 467 | 734 | 260 | 18 |
 | Magellan | n.a. | n.a. | 1313 | - | 1 |
 | ZmTRIM | n.a. | n.a. | 809 | - | 36 |