TY - JOUR AU - Dunham, M. J. AU - Badrane, H. AU - Ferea, T. AU - Adams, J. AU - Brown, P. O. AU - Rosenzweig, F. AU - Botstein, D. PY - 2002 DA - 2002// TI - Characteristic genome rearrangements in experimental evolution of Saccharomyces cerevisiae JO - Proc Natl Acad Sci VL - 99 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.242624799 DO - 10.1073/pnas.242624799 ID - Dunham2002 ER - TY - JOUR AU - Herring, C. AU - Raghunathan, A. AU - Honisch, C. AU - Patel, T. AU - Applebee, M. AU - Joyce, A. AU - Albert, T. AU - Blattner, F. AU - Boom, D. V. a. n. D. e. n. AU - Cantor, C. AU - Palsson, B. PY - 2006 DA - 2006// TI - Comparative genome sequencing of Escherichia coli allows observation of bacterial evolution on a laboratory timescale JO - Nat Genet VL - 38 UR - https://doi.org/10.1038/ng1906 DO - 10.1038/ng1906 ID - Herring2006 ER - TY - JOUR AU - Gresham, D. AU - Ruderfer, D. M. AU - Pratt, S. C. AU - Schacherer, J. AU - Dunham, M. J. AU - Botstein, D. AU - Kruglyak, L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genome-wide detection of polymorphisms at nucleotide resolution with a single DNA microarray JO - Science VL - 311 UR - https://doi.org/10.1126/science.1123726 DO - 10.1126/science.1123726 ID - Gresham2006 ER - TY - JOUR AU - Gresham, D. AU - Desai, M. AU - Tucker, C. AU - Jenq, H. AU - Pai, D. AU - Ward, A. AU - Desevo, C. AU - Botstein, D. AU - Dunham, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - The repertoire and dynamics of evolutionary adaptations to controlled nutrient-limited environments in yeast JO - PLoS Genet VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1000303 DO - 10.1371/journal.pgen.1000303 ID - Gresham2008 ER - TY - JOUR AU - Segre, A. V. AU - Murray, A. W. AU - Leu, J. Y. PY - 2006 DA - 2006// TI - High-resolution mutation mapping reveals parallel experimental evolution in yeast JO - PLoS Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0040256 DO - 10.1371/journal.pbio.0040256 ID - Segre2006 ER - TY - JOUR AU - Blount, Z. D. AU - Borland, C. Z. AU - Lenski, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Historical contingency and the evolution of a key innovation in an experimental population of Escherichia coli JO - Proc Natl Acad Sci VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0803151105 DO - 10.1073/pnas.0803151105 ID - Blount2008 ER - TY - JOUR AU - Kao, K. AU - Sherlock, G. PY - 2008 DA - 2008// TI - Molecular characterization of clonal interference during adaptive evolution in asexual populations of Saccharomyces cerevisiae JO - Nat Genet VL - 40 UR - https://doi.org/10.1038/ng.280 DO - 10.1038/ng.280 ID - Kao2008 ER - TY - JOUR AU - Srivatsan, A. AU - Han, Y. AU - Peng, J. AU - Tehranchi, A. AU - Gibbs, R. AU - Wang, J. D. AU - Chen, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - High-precision, whole-genome sequencing of laboratory strains facilitates genetic studies JO - PLoS Genet VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1000139 DO - 10.1371/journal.pgen.1000139 ID - Srivatsan2008 ER - TY - JOUR AU - Lind, P. A. AU - Andersson, D. I. PY - 2008 DA - 2008// TI - Whole-genome mutational biases in bacteria JO - Proc Natl Acad Sci VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0804445105 DO - 10.1073/pnas.0804445105 ID - Lind2008 ER - TY - JOUR AU - Palmenberg, A. C. AU - Spiro, D. AU - Kuzmickas, R. AU - Wang, S. AU - Djikeng, A. AU - Rathe, J. A. AU - Fraser-Liggett, C. M. AU - Liggett, S. B. PY - 2009 DA - 2009// TI - Sequencing and analyses of all known human rhinovirus genomes reveal structure and evolution JO - Science VL - 324 UR - https://doi.org/10.1126/science.1165557 DO - 10.1126/science.1165557 ID - Palmenberg2009 ER - TY - JOUR AU - Liti, G. AU - Carter, D. M. AU - Moses, A. M. AU - Warringer, J. AU - Parts, L. AU - James, S. A. AU - Davey, R. P. AU - Roberts, I. N. AU - Burt, A. AU - Koufopanou, V. PY - 2009 DA - 2009// TI - Population genomics of domestic and wild yeasts JO - Nature VL - 458 UR - https://doi.org/10.1038/nature07743 DO - 10.1038/nature07743 ID - Liti2009 ER - TY - JOUR AU - Lynch, M. AU - Sung, W. AU - Morris, K. AU - Coffey, N. AU - Landry, C. R. AU - Dopman, E. B. AU - Dickinson, W. J. AU - Okamoto, K. AU - Kulkarni, S. AU - Hartl, D. L. AU - Thomas, W. K. PY - 2008 DA - 2008// TI - A genome-wide view of the spectrum of spontaneous mutations in yeast JO - Proc Natl Acad Sci VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0803466105 DO - 10.1073/pnas.0803466105 ID - Lynch2008 ER - TY - JOUR AU - Smith, D. R. AU - Quinlan, A. R. AU - Peckham, H. E. AU - Makowsky, K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Rapid whole-genome mutational profiling using next-generation sequencing technologies JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.077776.108 DO - 10.1101/gr.077776.108 ID - Smith2008 ER - TY - JOUR AU - Barrick, J. AU - Yu, D. AU - Yoon, S. AU - Jeong, H. AU - Oh, T. AU - Schneider, D. AU - Lenski, R. AU - Kim, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Genome evolution and adaptation in a long-term experiment with Escherichia coli JO - Nature VL - 461 UR - https://doi.org/10.1038/nature08480 DO - 10.1038/nature08480 ID - Barrick2009 ER - TY - JOUR AU - Wheeler, D. A. AU - Srinivasan, M. AU - Egholm, M. AU - Shen AU - Chen AU - McGuire AU - He, W. AU - Chen, Y. J. AU - Makhijani AU - Roth PY - 2008 DA - 2008// TI - The complete genome of an individual by massively parallel DNA sequencing JO - Nature VL - 452 UR - https://doi.org/10.1038/nature06884 DO - 10.1038/nature06884 ID - Wheeler2008 ER - TY - JOUR AU - Bentley, D. R. AU - Balasubramanian, S. AU - Swerdlow, H. AU - Smith, G. AU - Milton, J. AU - Brown, C. AU - Hall, K. AU - Evers, D. AU - Barnes, C. AU - Bignell, H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Accurate whole human genome sequencing using reversible terminator chemistry JO - Nature VL - 456 UR - https://doi.org/10.1038/nature07517 DO - 10.1038/nature07517 ID - Bentley2008 ER - TY - JOUR AU - Wang, J. AU - Wang, W. AU - Li, R. AU - Li, Y. AU - Tian, G. AU - Goodman, L. AU - Fan, W. AU - Zhang, J. AU - Li, J. AU - Guo, Y. PY - 2008 DA - 2008// TI - The diploid genome sequence of an Asian individual JO - Nature VL - 456 UR - https://doi.org/10.1038/nature07484 DO - 10.1038/nature07484 ID - Wang2008 ER - TY - JOUR AU - Ahn, S. M. AU - Kim, T. AU - Lee, S. AU - Kim, D. AU - Ghang, H. AU - Kim, D. AU - Kim, B. AU - Kim, S. AU - Kim, W. AU - Kim, C. PY - 2009 DA - 2009// TI - The first Korean genome sequence and analysis: Full genome sequencing for a socio-ethnic group JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.092197.109 DO - 10.1101/gr.092197.109 ID - Ahn2009 ER - TY - JOUR AU - Tarpey, P. S. AU - Smith, R. AU - Pleasance, E. AU - Whibley, A. AU - Edkins, S. AU - Hardy, C. AU - O'Meara, S. AU - Latimer, C. AU - Dicks, E. AU - Menzies, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - A systematic, large-scale resequencing screen of X-chromosome coding exons in mental retardation JO - Nat Genet VL - 41 UR - https://doi.org/10.1038/ng.367 DO - 10.1038/ng.367 ID - Tarpey2009 ER - TY - JOUR AU - Turner, E. H. AU - Lee, C. AU - Ng, S. B. AU - Nickerson, D. A. AU - Shendure, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Massively parallel exon capture and library-free resequencing across 16 genomes JO - Nat Meth VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.f.248 DO - 10.1038/nmeth.f.248 ID - Turner2009 ER - TY - JOUR AU - Ng, S. B. AU - Turner, E. H. AU - Robertson, P. AU - Flygare, S. D. AU - Bigham, A. W. AU - Lee, C. AU - Shaffer, T. AU - Wong, M. AU - Bhattacharjee, A. AU - Eichler, E. PY - 2009 DA - 2009// TI - Targeted capture and massively parallel sequencing of 12 human exomes JO - Nature VL - 461 UR - https://doi.org/10.1038/nature08250 DO - 10.1038/nature08250 ID - Ng2009 ER - TY - JOUR AU - Ng, S. B. AU - Buckingham, K. J. AU - Lee, C. AU - Bigham, A. W. AU - Tabor, H. K. AU - Dent, K. M. AU - Huff, C. D. AU - Shannon, P. T. AU - Jabs, E. W. AU - Nickerson, D. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Exome sequencing identifies the cause of a mendelian disorder JO - Nat Genet VL - 42 UR - https://doi.org/10.1038/ng.499 DO - 10.1038/ng.499 ID - Ng2009 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Ruan, J. AU - Durbin, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Mapping short DNA sequencing reads and calling variants using mapping quality scores JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.078212.108 DO - 10.1101/gr.078212.108 ID - Li2008 ER - TY - JOUR AU - Bodem, J. AU - Dobreva, G. AU - Hoffmann-Rohrer, U. AU - Iben, S. AU - Zentgraf, H. AU - Delius, H. AU - Vingron, M. AU - Grummt, I. PY - 2000 DA - 2000// TI - TIF-IA, the factor mediating growth-dependent control of ribosomal RNA synthesis, is the mammalian homolog of yeast Rrn3p JO - EMBO Rep VL - 1 UR - https://doi.org/10.1093/embo-reports/kvd032 DO - 10.1093/embo-reports/kvd032 ID - Bodem2000 ER - TY - JOUR AU - Moorefield, B. AU - Greene, E. A. AU - Reeder, R. H. PY - 2000 DA - 2000// TI - RNA polymerase I transcription factor Rrn3 is functionally conserved between yeast and human JO - Proc Natl Acad Sci VL - 97 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.080063997 DO - 10.1073/pnas.080063997 ID - Moorefield2000 ER - TY - JOUR AU - Mayer, C. AU - Zhao, J. AU - Yuan, X. AU - Grummt, I. PY - 2004 DA - 2004// TI - mTOR-dependent activation of the transcription factor TIF-IA links rRNA synthesis to nutrient availability JO - Genes & Dev VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gad.285504 DO - 10.1101/gad.285504 ID - Mayer2004 ER - TY - JOUR AU - Venkatraman, E. S. AU - Olshen, A. B. PY - 2007 DA - 2007// TI - A faster circular binary segmentation algorithm for the analysis of array CGH data JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl646 DO - 10.1093/bioinformatics/btl646 ID - Venkatraman2007 ER - TY - JOUR AU - Zerbino, D. R. AU - Birney, E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Velvet: algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.074492.107 DO - 10.1101/gr.074492.107 ID - Zerbino2008 ER - TY - JOUR AU - Shendure, J. AU - Porreca, G. J. AU - Reppas, N. B. AU - Lin, X. AU - McCutcheon, J. P. AU - Rosenbaum, A. M. AU - Wang, M. D. AU - Zhang, K. AU - Mitra, R. D. AU - Church, G. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Accurate multiplex polony sequencing of an evolved bacterial genome JO - Science VL - 309 UR - https://doi.org/10.1126/science.1117389 DO - 10.1126/science.1117389 ID - Shendure2005 ER - TY - JOUR AU - Pepin, K. M. AU - Wichman, H. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Experimental evolution and genome sequencing reveal variation in levels of clonal interference in large populations of bacteriophage phiX174 JO - BMC Evol Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-8-85 DO - 10.1186/1471-2148-8-85 ID - Pepin2008 ER - TY - JOUR AU - Beaumont, H. AU - Gallie, J. AU - Kost, C. AU - Ferguson, G. PY - 2009 DA - 2009// TI - Experimental evolution of bet hedging JO - Nature VL - 462 UR - https://doi.org/10.1038/nature08504 DO - 10.1038/nature08504 ID - Beaumont2009 ER - TY - JOUR AU - Haber, J. E. AU - Debatisse, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Gene amplification: yeast takes a turn JO - Cell VL - 125 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2006.06.012 DO - 10.1016/j.cell.2006.06.012 ID - Haber2006 ER - TY - JOUR AU - Narayanan, V. AU - Mieczkowski, P. A. AU - Kim, H. M. AU - Petes, T. D. AU - Lobachev, K. S. PY - 2006 DA - 2006// TI - The pattern of gene amplification is determined by the chromosomal location of hairpin-capped breaks JO - Cell VL - 125 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2006.04.042 DO - 10.1016/j.cell.2006.04.042 ID - Narayanan2006 ER - TY - JOUR AU - Payen, C. AU - Koszul, R. AU - Dujon, B. AU - Fischer, G. AU - Haber, J. E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Segmental Duplications Arise from Pol32-Dependent Repair of Broken Forks through Two Alternative Replication-Based Mechanisms JO - PLoS Genet VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1000175 DO - 10.1371/journal.pgen.1000175 ID - Payen2008 ER - TY - JOUR AU - Hegreness, M. AU - Kishony, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Analysis of genetic systems using experimental evolution and whole-genome sequencing JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-9-r201 DO - 10.1186/gb-2007-8-9-r201 ID - Hegreness2007 ER - TY - JOUR AU - Quail, M. A. AU - Kozarewa, I. AU - Smith, F. AU - Scally, A. AU - Stephens, P. J. AU - Durbin, R. AU - Swerdlow, H. AU - Turner, D. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - A large genome center's improvements to the Illumina sequencing system JO - Nat Meth VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1270 DO - 10.1038/nmeth.1270 ID - Quail2008 ER -