TY - JOUR AU - Thorgaard, G. H. AU - Bailey, G. S. AU - Williams, D. AU - Buhler, D. R. AU - Kaattari, S. L. AU - Ristow, S. S. AU - Hansen, J. D. AU - Winton, J. R. AU - Bartholomew, J. L. AU - Nagler, J. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - Status and opportunities for genomics research with rainbow trout JO - Comp Biochem Physiol B Biochem Mol Biol VL - 133 ID - Thorgaard2002 ER - TY - CHAP PY - 2010 DA - 2010// BT - Cultured Aquatic Species Information Programme. Oncorhynchus mykiss. FAO Fisheries and Aquaculture Department ID - ref2 ER - TY - JOUR AU - Ng, S. H. AU - Artieri, C. G. AU - Bosdet, I. E. AU - Chiu, R. AU - Danzmann, R. G. AU - Davidson, W. S. AU - Ferguson, M. M. AU - Fjell, C. D. AU - Hoyheim, B. AU - Jones, S. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - A physical map of the genome of Atlantic salmon, Salmo salar JO - Genomics VL - 86 ID - Ng2005 ER - TY - JOUR AU - Young, W. P. AU - Wheeler, P. A. AU - Coryell, V. H. AU - Keim, P. AU - Thorgaard, G. H. PY - 1998 DA - 1998// TI - A detailed linkage map of rainbow trout produced using doubled haploids JO - Genetics VL - 148 ID - Young1998 ER - TY - CHAP AU - Allendorf, F. W. AU - Thorgaard, G. H. ED - Turner, B. J. PY - 1984 DA - 1984// TI - Tetraploidy and the evolution of salmonid fishes BT - Evolutionary Genetics of Fishes PB - Plenum Press CY - New York ID - Allendorf1984 ER - TY - JOUR AU - Palti, Y. AU - Gahr, S. A. AU - Hansen, J. D. AU - Rexroad, C. E. PY - 2004 DA - 2004// TI - Characterization of a new BAC library for rainbow trout: evidence for multi-locus duplication JO - Anim Genet VL - 35 ID - Palti2004 ER - TY - JOUR AU - Katagiri, T. AU - Asakawa, S. AU - Minagawa, S. AU - Shimizu, N. AU - Hirono, I. AU - Aoki, T. PY - 2001 DA - 2001// TI - Construction and characterization of BAC libraries for three fish species; rainbow trout, carp and tilapia JO - Anim Genet VL - 32 ID - Katagiri2001 ER - TY - JOUR AU - Palti, Y. AU - Luo, M. C. AU - Hu, Y. AU - Genet, C. AU - You, F. AU - Vallejo, R. AU - Thorgaard, G. AU - Wheeler, P. AU - Rexroad, C. PY - 2009 DA - 2009// TI - A first generation BAC-based physical map of the rainbow trout genome JO - BMC Genomics VL - 10 ID - Palti2009 ER - TY - JOUR AU - Robison, B. D. AU - Wheeler, P. A. AU - Sundin, K. AU - Sikka, P. AU - Thorgaard, G. H. PY - 2001 DA - 2001// TI - Composite interval mapping reveals a major locus influencing embryonic development rate in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) JO - J Hered VL - 92 ID - Robison2001 ER - TY - JOUR AU - Robison, B. D. AU - Wheeler, P. A. AU - Thorgaard, G. H. PY - 1999 DA - 1999// TI - Variation in development rate among clonal lines of rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) JO - Aquaculture VL - 173 ID - Robison1999 ER - TY - JOUR AU - Young, W. P. AU - Wheeler, P. A. AU - Fields, R. D. AU - Thorgaard, G. H. PY - 1996 DA - 1996// TI - DNA fingerprinting confirms isogenicity of androgenetically derived rainbow trout lines JO - J Hered VL - 87 ID - Young1996 ER - TY - JOUR AU - Quillet, E. AU - Dorson, M. AU - Le Guillou, S. AU - Benmansour, A. AU - Boudinot, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Wide range of susceptibility to rhabdoviruses in homozygous clones of rainbow trout JO - Fish & Shellfish Immunology VL - 22 ID - Quillet2007 ER - TY - JOUR AU - Guyomard, R. AU - Mauger, S. AU - Tabet-Canale, K. AU - Martineau, S. AU - Genet, C. AU - Krieg, F. AU - Quillet, E. PY - 2006 DA - 2006// TI - A type I and type II microsatellite linkage map of rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) with presumptive coverage of all chromosome arms JO - BMC Genomics VL - 7 ID - Guyomard2006 ER - TY - JOUR AU - Nichols, K. M. AU - Young, W. P. AU - Danzmann, R. G. AU - Robison, B. D. AU - Rexroad, C. AU - Noakes, M. AU - Phillips, R. B. AU - Bentzen, P. AU - Spies, I. AU - Knudsen, K. PY - 2003 DA - 2003// TI - A consolidated linkage map for rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) JO - Anim Genet VL - 34 ID - Nichols2003 ER - TY - JOUR AU - Sakamoto, T. AU - Danzmann, R. G. AU - Gharbi, K. AU - Howard, P. AU - Ozaki, A. AU - Khoo, S. K. AU - Woram, R. A. AU - Okamoto, N. AU - Ferguson, M. M. AU - Holm, L. -. E. PY - 2000 DA - 2000// TI - A Microsatellite Linkage Map of Rainbow Trout (Oncorhynchus mykiss) Characterized by Large Sex-Specific Differences in Recombination Rates JO - Genetics VL - 155 ID - Sakamoto2000 ER - TY - JOUR AU - Rexroad, C. E. AU - Palti, Y. AU - Gahr, S. A. AU - Vallejo, R. L. PY - 2008 DA - 2008// TI - A second generation genetic map for rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) JO - BMC Genet VL - 9 ID - Rexroad2008 ER - TY - JOUR AU - Rexroad, C. E. AU - Lee, Y. AU - Keele, J. W. AU - Karamycheva, S. AU - Brown, G. AU - Koop, B. AU - Gahr, S. A. AU - Palti, Y. AU - Quackenbush, J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Sequence analysis of a rainbow trout cDNA library and creation of a gene index JO - Cytogenet Genome Res VL - 102 ID - Rexroad2003 ER - TY - JOUR AU - Govoroun, M. AU - Le Gac, F. AU - Guiguen, Y. PY - 2006 DA - 2006// TI - Generation of a large scale repertoire of Expressed Sequence Tags (ESTs) from normalised rainbow trout cDNA libraries JO - BMC Genomics VL - 7 ID - Govoroun2006 ER - TY - JOUR AU - Salem, M. AU - Rexroad, C. AU - Wang, J. AU - Thorgaard, G. AU - Yao, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Characterization of the rainbow trout transcriptome using Sanger and 454-pyrosequencing approaches JO - BMC Genomics VL - 11 ID - Salem2010 ER - TY - JOUR AU - Salem, M. AU - Xiao, C. AU - Womack, J. AU - Rexroad, C. E. AU - Yao, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - MicroRNA repertoire for functional genome research in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) JO - Marine Biotech VL - 12 ID - Salem2009 ER - TY - JOUR AU - Rise, M. L. AU - von Schalburg, K. R. AU - Brown, G. D. AU - Mawer, M. A. AU - Devlin, R. H. AU - Kuipers, N. AU - Busby, M. AU - Beetz-Sargent, M. AU - Alberto, R. AU - Gibbs, A. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Development and Application of a Salmonid EST Database and cDNA Microarray: Data Mining and Interspecific Hybridization Characteristics JO - Genome Res VL - 14 ID - Rise2004 ER - TY - JOUR AU - Salem, M. AU - Kenney, B. AU - Rexroad, C. E. AU - Yao, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Development of a 37 k high-density oligonucleotide microarray: a new tool for functional genome research in rainbow trout JO - Journal of Fish Biology VL - 72 ID - Salem2008 ER - TY - JOUR AU - Phillips, R. AU - Keatley, K. AU - Morasch, M. AU - Ventura, A. AU - Lubieniecki, K. AU - Koop, B. AU - Danzmann, R. AU - Davidson, W. PY - 2009 DA - 2009// TI - Assignment of Atlantic salmon (Salmo salar) linkage groups to specific chromosomes: Conservation of large syntenic blocks corresponding to whole chromosome arms in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) JO - BMC Genetics VL - 10 ID - Phillips2009 ER - TY - JOUR AU - Phillips, R. B. AU - Nichols, K. M. AU - DeKoning, J. J. AU - Morasch, M. R. AU - Keatley, K. A. AU - Rexroad, C. AU - Gahr, S. A. AU - Danzmann, R. G. AU - Drew, R. E. AU - Thorgaard, G. H. PY - 2006 DA - 2006// TI - Assignment of rainbow trout linkage groups to specific chromosomes JO - Genetics VL - 174 ID - Phillips2006 ER - TY - JOUR AU - Nichols, K. M. AU - Bartholomew, J. AU - Thorgaard, G. H. PY - 2003 DA - 2003// TI - Mapping multiple genetic loci associated with Ceratomyxa shasta resistance in Oncorhynchus mykiss JO - Dis Aquat Organ VL - 56 ID - Nichols2003 ER - TY - JOUR AU - Barroso, R. M. AU - Wheeler, P. A. AU - LaPatra, S. E. AU - Drew, R. E. AU - Thorgaard, G. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - QTL for IHNV resistance and growth identified in a rainbow (Oncorhynchus mykiss)xYellowstone cutthroat (Oncorhynchus JO - Aquaculture VL - 277 ID - Barroso2008 ER - TY - JOUR AU - Rodriguez, M. F. AU - LaPatra, S. AU - Williams, S. AU - Famula, T. AU - May, B. PY - 2004 DA - 2004// TI - Genetic markers associated with resistance to infectious hematopoietic necrosis in rainbow and steelhead trout JO - Aquaculture VL - 241 ID - Rodriguez2004 ER - TY - JOUR AU - Ozaki, A. AU - Sakamoto, T. AU - Khoo, S. AU - Nakamura, K. AU - Coimbra, M. R. AU - Akutsu, T. AU - Okamoto, N. PY - 2001 DA - 2001// TI - Quantitative trait loci (QTLs) associated with resistance/susceptibility to infectious pancreatic necrosis virus (IPNV) in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) JO - Mol Genet Genomics VL - 265 ID - Ozaki2001 ER - TY - CHAP AU - Baerwald, M. R. AU - Petersen, J. L. AU - Hedrick, R. P. AU - Schisler, G. J. AU - May, B. PY - 2010 DA - 2010// TI - A major effect quantitative trait locus for whirling disease resistance identified in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) BT - Heredity ID - Baerwald2010 ER - TY - JOUR AU - Zimmerman, A. AU - Evenhuis, J. AU - Thorgaard, G. AU - Ristow, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - A single major chromosomal region controls natural killer cell-like activity in rainbow trout JO - Immunogenetics VL - 55 ID - Zimmerman2004 ER - TY - JOUR AU - Perry, G. M. AU - Danzmann, R. G. AU - Ferguson, M. M. AU - Gibson, J. P. PY - 2001 DA - 2001// TI - Quantitative trait loci for upper thermal tolerance in outbred strains of rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) JO - Heredity VL - 86 ID - Perry2001 ER - TY - JOUR AU - Perry, G. M. AU - Ferguson, M. M. AU - Sakamoto, T. AU - Danzmann, R. G. PY - 2005 DA - 2005// TI - Sex-linked quantitative trait loci for thermotolerance and length in the rainbow trout JO - J Hered VL - 96 ID - Perry2005 ER - TY - JOUR AU - Nichols, K. M. AU - Broman, K. W. AU - Sundin, K. AU - Young, J. M. AU - Wheeler, P. A. AU - Thorgaard, G. H. PY - 2007 DA - 2007// TI - Quantitative trait loci × maternal cytoplasmic environment interaction for development rate in Oncorhynchus mykiss JO - Genetics VL - 175 ID - Nichols2007 ER - TY - JOUR AU - Sundin, K. AU - Brown, K. H. AU - Drew, R. E. AU - Nichols, K. M. AU - Wheeler, P. A. AU - Thorgaard, G. H. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genetic analysis of a development rate QTL in backcrosses of clonal rainbow trout, Oncorhynchus mykiss JO - Aquaculture VL - 247 ID - Sundin2005 ER - TY - JOUR AU - O'Malley, K. G. AU - Sakamoto, T. AU - Danzmann, R. G. AU - Ferguson, M. M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Quantitative trait Loci for spawning date and body weight in rainbow trout: testing for conserved effects across ancestrally duplicated chromosomes JO - J Hered VL - 94 ID - O'Malley2003 ER - TY - JOUR AU - Sakamoto, T. AU - Danzmann, R. G. AU - Okamoto, N. AU - Ferguson, M. M. AU - Ihssen, P. E. PY - 1999 DA - 1999// TI - Linkage analysis of quantitative trait loci associated with spawning time in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) JO - Aquaculture VL - 173 ID - Sakamoto1999 ER - TY - JOUR AU - Drew, R. E. AU - Schwabl, H. AU - Wheeler, P. A. AU - Thorgaard, G. H. PY - 2007 DA - 2007// TI - Detection of QTL influencing cortisol levels in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) JO - Aquaculture VL - 272 ID - Drew2007 ER - TY - JOUR AU - Haidle, L. AU - Janssen, J. AU - Gharbi, K. AU - Moghadam, H. AU - Ferguson, M. AU - Danzmann, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Determination of Quantitative Trait Loci (QTL) for Early Maturation in Rainbow Trout (Oncorhynchus mykiss) JO - Marine Biotechnology VL - 10 ID - Haidle2008 ER - TY - JOUR AU - Nichols, K. M. AU - Edo, A. F. AU - Wheeler, P. A. AU - Thorgaard, G. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - The Genetic Basis of Smoltification-Related Traits in Oncorhynchus mykiss JO - Genetics VL - 179 ID - Nichols2008 ER - TY - JOUR AU - Johnson, N. A. AU - Vallejo, R. L. AU - Silverstein, J. T. AU - Welch, T. J. AU - Wiens, G. D. AU - Hallerman, E. M. AU - Palti, Y. PY - 2008 DA - 2008// TI - Suggestive Association of Major Histocompatibility IB Genetic Markers with Resistance to Bacterial Cold Water Disease in Rainbow Trout (Oncorhynchus mykiss) JO - Mar Biotechnol VL - 10 ID - Johnson2008 ER - TY - JOUR AU - Rexroad, C. AU - Vallejo, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Estimates of linkage disequilibrium and effective population size in rainbow trout JO - BMC Genetics VL - 10 ID - Rexroad2009 ER - TY - JOUR AU - Castano-Sanchez, C. AU - Smith, T. AU - Wiedmann, R. AU - Vallejo, R. AU - Salem, M. AU - Yao, J. AU - Rexroad, C. PY - 2009 DA - 2009// TI - Single nucleotide polymorphism discovery in rainbow trout by deep sequencing of a reduced representation library JO - BMC Genomics VL - 10 ID - Castano-Sanchez2009 ER - TY - JOUR AU - Ning, Z. AU - Cox, A. J. AU - Mullikin, J. C. PY - 2001 DA - 2001// TI - SSAHA: A Fast Search Method for Large DNA Databases JO - Genome Research VL - 11 ID - Ning2001 ER - TY - JOUR AU - Voorrips, R. E. PY - 2002 DA - 2002// TI - MapChart: software for the graphical presentation of linkage maps and QTLs JO - J Hered VL - 93 ID - Voorrips2002 ER - TY - JOUR AU - Quiniou, S. AU - Waldbieser, G. AU - Duke, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - A first generation BAC-based physical map of the channel catfish genome JO - BMC Genomics VL - 8 ID - Quiniou2007 ER - TY - JOUR AU - Nelson, W. M. AU - Bharti, A. K. AU - Butler, E. AU - Wei, F. AU - Fuks, G. AU - Kim, H. AU - Wing, R. A. AU - Messing, J. AU - Soderlund, C. PY - 2005 DA - 2005// TI - Whole-Genome Validation of High-Information-Content Fingerprinting JO - Plant Physiol VL - 139 ID - Nelson2005 ER - TY - JOUR AU - Nievergelt, C. M. AU - Smith, D. W. AU - Kohlenberg, J. B. AU - Schork, N. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Large-Scale Integration of Human Genetic and Physical Maps JO - Genome Research VL - 14 ID - Nievergelt2004 ER - TY - JOUR AU - Danzmann, R. G. AU - Cairney, M. AU - Davidson, W. S. AU - Ferguson, M. M. AU - Gharbi, K. AU - Guyomard, R. AU - Holm, L. E. AU - Leder, E. AU - Okamoto, N. AU - Ozaki, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - A comparative analysis of the rainbow trout genome with 2 other species of fish (Arctic charr and Atlantic salmon) within the tetraploid derivative Salmonidae family (subfamily: Salmoninae) JO - Genome VL - 48 ID - Danzmann2006 ER - TY - JOUR AU - Ewing, B. AU - Green, P. PY - 1998 DA - 1998// TI - Base-calling of automated sequencer traces using phred. II. Error probabilities JO - Genome Res VL - 8 ID - Ewing1998 ER - TY - JOUR AU - Kim, U. J. AU - Birren, B. W. AU - Slepak, T. AU - Mancino, V. AU - Boysen, C. AU - Kang, H. L. AU - Simon, M. I. AU - Shizuya, H. PY - 1996 DA - 1996// TI - Construction and characterization of a human bacterial artificial chromosome library JO - Genomics VL - 34 ID - Kim1996 ER - TY - JOUR AU - Benson, G. PY - 1999 DA - 1999// TI - Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences JO - Nucleic Acids Res VL - 27 ID - Benson1999 ER - TY - JOUR AU - Rozen, S. AU - Skaletsky, H. PY - 2000 DA - 2000// TI - Primer3 on the www for general users and for biologist programmers JO - Methods Mol Biol VL - 132 ID - Rozen2000 ER - TY - JOUR AU - Boutin-Ganache, I. AU - Raposo, M. AU - Raymond, M. AU - Deschepper, C. F. PY - 2001 DA - 2001// TI - M13-tailed primers improve the readability and usability of microsatellite analyses performed with two different allele-sizing methods JO - Biotechniques VL - 31 ID - Boutin-Ganache2001 ER - TY - JOUR AU - Coulibaly, I. AU - Gahr, S. A. AU - Palti, Y. AU - Yao, J. AU - Rexroad, C. E. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genomic structure and expression of uncoupling protein 2 genes in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) JO - BMC Genomics VL - 7 ID - Coulibaly2006 ER - TY - JOUR AU - Palti, Y. AU - Gahr, S. A. AU - Purcell, M. K. AU - Hadidi, S. AU - Rexroad Iii, C. E. AU - Wiens, G. D. PY - 2010 DA - 2010// TI - Identification, characterization and genetic mapping of TLR7, TLR8a1 and TLR8a2 genes in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) JO - Developmental & Comparative Immunology VL - 34 ID - Palti2010 ER - TY - JOUR AU - Van Tassell, C. P. AU - Smith, T. P. AU - Matukumalli, L. K. AU - Taylor, J. F. AU - Schnabel, R. D. AU - Lawley, C. T. AU - Haudenschild, C. D. AU - Moore, S. S. AU - Warren, W. C. AU - Sonstegard, T. S. PY - 2008 DA - 2008// TI - SNP discovery and allele frequency estimation by deep sequencing of reduced representation libraries JO - Nat Methods VL - 5 ID - Van Tassell2008 ER - TY - JOUR AU - Wiedmann, R. T. AU - Smith, T. P. AU - Nonneman, D. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - SNP discovery in swine by reduced representation and high throughput pyrosequencing JO - BMC Genet VL - 9 ID - Wiedmann2008 ER - TY - JOUR AU - Ramos, A. M. AU - Crooijmans, R. P. M. A. AU - Affara, N. A. AU - Amaral, A. J. AU - Archibald, A. L. AU - Beever, J. E. AU - Bendixen, C. AU - Churcher, C. AU - Clark, R. AU - Dehais, P. PY - 2009 DA - 2009// TI - Design of a High Density SNP Genotyping Assay in the Pig Using SNPs Identified and Characterized by Next Generation Sequencing Technology JO - PLoS ONE VL - 4 ID - Ramos2009 ER - TY - JOUR AU - Matise, T. C. AU - Perlin, M. AU - Chakravarti, A. PY - 1994 DA - 1994// TI - Automated construction of genetic linkage maps using an expert system (MultiMap): a human genome linkage map JO - Nat Genet VL - 6 ID - Matise1994 ER - TY - JOUR AU - Lander, E. S. AU - Green, P. PY - 1987 DA - 1987// TI - Construction of multilocus genetic linkage maps in humans JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 84 ID - Lander1987 ER - TY - JOUR AU - Lathrop, G. M. AU - Lalouel, J. M. AU - Julier, C. AU - Ott, J. PY - 1984 DA - 1984// TI - Strategies for multilocus linkage analysis in humans JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 81 ID - Lathrop1984 ER - TY - JOUR AU - O'Connell, J. R. AU - Weeks, D. E. PY - 1998 DA - 1998// TI - PedCheck: a program for identification of genotype incompatibilities in linkage analysis JO - Am J Hum Genet VL - 63 ID - O'Connell1998 ER - TY - JOUR AU - O'Connell, J. R. AU - Weeks, D. E. PY - 1995 DA - 1995// TI - The VITESSE algorithm for rapid exact multilocus linkage analysis via genotype set-recoding and fuzzy inheritance JO - Nat Genet VL - 11 ID - O'Connell1995 ER -