TY - JOUR AU - Charlesworth, B. AU - Sniegowski, P. AU - Stephan, W. PY - 1994 DA - 1994// TI - The evolutionary dynamics of repetitive DNA in eukaryotes JO - Nature VL - 371 UR - https://doi.org/10.1038/371215a0 DO - 10.1038/371215a0 ID - Charlesworth1994 ER - TY - JOUR AU - Smit, A. F. PY - 1996 DA - 1996// TI - The origin of interspersed repeats in the human genome JO - Curr Opin Genet Dev VL - 6 UR - https://doi.org/10.1016/S0959-437X(96)80030-X DO - 10.1016/S0959-437X(96)80030-X ID - Smit1996 ER - TY - JOUR AU - Singer, M. F. PY - 1982 DA - 1982// TI - SINEs LINEs: highly repeated short long interspersed sequences in mammalian genomes JO - Cell VL - 28 UR - https://doi.org/10.1016/0092-8674(82)90194-5 DO - 10.1016/0092-8674(82)90194-5 ID - Singer1982 ER - TY - JOUR AU - Rogers, J. PY - 1985 DA - 1985// TI - Origins of repeated DNA JO - Nature VL - 317 UR - https://doi.org/10.1038/317765a0 DO - 10.1038/317765a0 ID - Rogers1985 ER - TY - JOUR AU - Nikaido, M. AU - Okada, N. PY - 2000 DA - 2000// TI - CetSINEs AREs are not SINEs but are parts of cetartiodactyl L1 JO - Mamm Genome VL - 11 UR - https://doi.org/10.1007/s003350010221 DO - 10.1007/s003350010221 ID - Nikaido2000 ER - TY - JOUR AU - Kramerov, D. A. AU - Vassetzky, N. S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Short retroposons in eukaryotic genomes JO - Int Rev Cytol VL - 247 UR - https://doi.org/10.1016/S0074-7696(05)47004-7 DO - 10.1016/S0074-7696(05)47004-7 ID - Kramerov2005 ER - TY - JOUR AU - Lindblad-Toh, K. AU - Wade, C. M. AU - Mikkelsen, T. S. AU - Karlsson, E. K. AU - Jaffe, D. B. AU - Kamal, M. AU - Clamp, M. AU - Chang, J. L. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genome sequence comparative analysis haplotype structure of the domestic dog JO - Nature VL - 438 UR - https://doi.org/10.1038/nature04338 DO - 10.1038/nature04338 ID - Lindblad-Toh2005 ER - TY - JOUR AU - Malik, H. S. AU - Eickbush, T. H. PY - 1998 DA - 1998// TI - The RTE class of non-LTR retrotransposons is widely distributed in animals is the origin of many SINEs JO - Mol Biol Evol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a026020 DO - 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026020 ID - Malik1998 ER - TY - JOUR AU - Ray, D. A. AU - Xing, J. AU - Salem, A. H. AU - Batzer, M. A. PY - 2006 DA - 2006// TI - SINEs of a nearly perfect character JO - Syst boil VL - 55 UR - https://doi.org/10.1080/10635150600865419 DO - 10.1080/10635150600865419 ID - Ray2006 ER - TY - JOUR AU - Shedlock, A. M. AU - Okada, N. PY - 2000 DA - 2000// TI - SINE insertions: powerful tools for molecular systematic JO - Bioessays VL - 22 UR - https://doi.org/3.0.CO;2-Z DO - 3.0.CO;2-Z ID - Shedlock2000 ER - TY - JOUR AU - Sayah, D. M. AU - Sokolskaja, E. AU - Berthoux, L. AU - Luban, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Cyclophilin A retrotransposition into TRIM5 explains owl monkey resistance to HIV-1 JO - Nature VL - 430 UR - https://doi.org/10.1038/nature02777 DO - 10.1038/nature02777 ID - Sayah2004 ER - TY - JOUR AU - Clark, L. A. AU - Wahl, J. M. AU - Rees, C. A. AU - Murphy, K. E. PY - 2006 DA - 2006// TI - Retrotransposon insertion in SILV is responsible for merle patterning of the domestic dog JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0506940103 DO - 10.1073/pnas.0506940103 ID - Clark2006 ER - TY - JOUR AU - Kobayashi, S. AU - Goto-Yamamoto, N. AU - Hirochika, H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Retrotransposon-induced mutations in grape skin color JO - Science VL - 304 UR - https://doi.org/10.1126/science.1095011 DO - 10.1126/science.1095011 ID - Kobayashi2004 ER - TY - JOUR AU - Bejerano, G. AU - Lowe, C. B. AU - Ahituv, N. AU - King, B. AU - Siepel, A. AU - Salama, S. R. AU - Rubin, E. M. AU - Kent, W. J. AU - Haussler, D. PY - 2006 DA - 2006// TI - A distal enhancer an ultraconserved exon are derived from a novel retroposon JO - Nature VL - 441 UR - https://doi.org/10.1038/nature04696 DO - 10.1038/nature04696 ID - Bejerano2006 ER - TY - JOUR AU - Wang, T. AU - Zeng, J. AU - Lowe, C. B. AU - Sellers, R. G. AU - Salama, S. R. AU - Yang, M. AU - Burgess, S. M. AU - Brachmann, R. K. AU - Haussler, D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Species-specific endogenous retroviruses shape the transcriptional network of the human tumor suppressor protein p53 JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0703637104 DO - 10.1073/pnas.0703637104 ID - Wang2007 ER - TY - JOUR AU - Feschotte, C. PY - 2008 DA - 2008// TI - Transposable elements the evolution of regulatory networks JO - Nat Rev Genet VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2337 DO - 10.1038/nrg2337 ID - Feschotte2008 ER - TY - JOUR AU - Adelson, D. L. AU - Raison, J. M. AU - Edgar, R. C. PY - 2009 DA - 2009// TI - Characterization Distribution of Retro-transposons Simple Sequence Repeats in the Bovine Genome JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 106 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0901282106 DO - 10.1073/pnas.0901282106 ID - Adelson2009 ER - TY - JOUR AU - Lev-Maor, G. AU - Sorek, R. AU - Shomron, N. AU - Ast, G. PY - 2003 DA - 2003// TI - The birth of an alternatively spliced exon: 3' splice-site selection in Alu exons JO - Science VL - 300 UR - https://doi.org/10.1126/science.1082588 DO - 10.1126/science.1082588 ID - Lev-Maor2003 ER - TY - JOUR AU - Sorek, R. AU - Ast, G. AU - Graur, D. PY - 2002 DA - 2002// TI - Alu-containing exons are alternatively spliced JO - Genome Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gr.229302 DO - 10.1101/gr.229302 ID - Sorek2002 ER - TY - JOUR AU - Sorek, R. AU - Lev-Maor, G. AU - Reznik, M. AU - Dagan, T. AU - Belinky, F. AU - Graur, D. AU - Ast, G. PY - 2004 DA - 2004// TI - Minimal conditions for exonization of intronic sequences: 5' splice site formation in Alu exons JO - Mol Cell VL - 14 UR - https://doi.org/10.1016/S1097-2765(04)00181-9 DO - 10.1016/S1097-2765(04)00181-9 ID - Sorek2004 ER - TY - JOUR AU - Wang, W. AU - Kirkness, E. F. PY - 2005 DA - 2005// TI - Short interspersed elements (SINEs) are a major source of canine genomic diversity JO - Genome Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1101/gr.3765505 DO - 10.1101/gr.3765505 ID - Wang2005 ER - TY - JOUR AU - Cordaux, R. AU - Batzer, M. A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Teaching old dog new tricks: SINEs of canine genomic diversity JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0510714103 DO - 10.1073/pnas.0510714103 ID - Cordaux2006 ER - TY - JOUR AU - Almeida, L. M. AU - Amaral, M. E. AU - Silva, I. T. AU - Silva, W. A. AU - Riggs, P. K. AU - Carareto, C. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Report of a chimeric origin of transposable elements in a bovine-coding gene JO - Genet Mol Res VL - 7 UR - https://doi.org/10.4238/vol7-1gmr371 DO - 10.4238/vol7-1gmr371 ID - Almeida2008 ER - TY - JOUR AU - Sela, N. AU - Mersch, B. AU - Gal-Mark, N. AU - Lev-Maor, G. AU - Hotz-Wagenblatt, A. AU - Ast, G. PY - 2007 DA - 2007// TI - Comparative analysis of transposed element insertion within human mouse genomes reveals Alu's unique role in shaping the human transcriptome JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-6-r127 DO - 10.1186/gb-2007-8-6-r127 ID - Sela2007 ER - TY - JOUR AU - Gentles, A. J. AU - Wakefield, M. J. AU - Kohany, O. AU - Gu, W. AU - Batzer, M. A. AU - Pollock, D. D. AU - Jurka, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Evolutionary dynamics of transposable elements in the short-tailed opossum Monodelphis domestica JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.6070707 DO - 10.1101/gr.6070707 ID - Gentles2007 ER - TY - JOUR AU - Gu, W. AU - Ray, D. A. AU - Walker, J. A. AU - Barnes, E. W. AU - Gentles, A. J. AU - Samollow, P. B. AU - Jurka, J. AU - Batzer, M. A. AU - Pollock, D. D. PY - 2007 DA - 2007// TI - SINEs evolution genome structure in the opossum JO - Gene VL - 396 UR - https://doi.org/10.1016/j.gene.2007.02.028 DO - 10.1016/j.gene.2007.02.028 ID - Gu2007 ER - TY - JOUR AU - Han, J. S. AU - Szak, S. T. AU - Boeke, J. D. PY - 2004 DA - 2004// TI - Transcriptional disruption by the L1 retrotransposon implications for mammalian transcriptomes JO - Nature VL - 429 UR - https://doi.org/10.1038/nature02536 DO - 10.1038/nature02536 ID - Han2004 ER - TY - JOUR AU - Mills, R. E. AU - Bennett, E. A. AU - Iskow, R. C. AU - Luttig, C. T. AU - Tsui, C. AU - Pittard, W. S. AU - Devine, S. E. PY - 2006 DA - 2006// TI - Recently mobilized transposons in the human chimpanzee genomes JO - Am J Hum Genet VL - 78 UR - https://doi.org/10.1086/501028 DO - 10.1086/501028 ID - Mills2006 ER - TY - JOUR AU - Cordaux, R. AU - Batzer, M. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - The impact of retrotransposons on human genome evolution JO - Nat Rev Genet VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2640 DO - 10.1038/nrg2640 ID - Cordaux2009 ER - TY - JOUR AU - Qi, L. AU - Friebe, B. AU - Gill, B. S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Complex genome rearrangements reveal evolutionary dynamics of pericentromeric regions in the Triticeae JO - Genome VL - 49 UR - https://doi.org/10.1139/g06-123 DO - 10.1139/g06-123 ID - Qi2006 ER - TY - JOUR AU - Hyrien, O. AU - Debatisse, M. AU - Buttin, G. AU - de Saint Vincent, B. R. PY - 1988 DA - 1988// TI - The multicopy appearance of a large inverted duplication the sequence at the inversion joint suggest a new model for gene amplification JO - EMBO J VL - 7 ID - Hyrien1988 ER - TY - JOUR AU - Sheikh, F. G. AU - Mukhopadhyay, S. S. AU - Gupta, P. PY - 2002 DA - 2002// TI - PstI repeat: a family of short interspersednucleotide element (SINE)-like sequences in the genomes of cattle goat buffalo JO - Genome VL - 45 UR - https://doi.org/10.1139/g01-122 DO - 10.1139/g01-122 ID - Sheikh2002 ER - TY - JOUR AU - Britten, R. J. PY - 1997 DA - 1997// TI - Mobile elements inserted in the distant past have taken on important functions JO - Gene VL - 205 UR - https://doi.org/10.1016/S0378-1119(97)00399-5 DO - 10.1016/S0378-1119(97)00399-5 ID - Britten1997 ER - TY - JOUR AU - Brosius, J. PY - 1999 DA - 1999// TI - Genomes were forged by massive bombardments with retroelements retrosequences JO - Genetica VL - 107 UR - https://doi.org/10.1023/A:1004018519722 DO - 10.1023/A:1004018519722 ID - Brosius1999 ER - TY - JOUR AU - Faulkner, G. J. AU - Carninci, P. PY - 2009 DA - 2009// TI - Altruistic functions for selfish DNA JO - Cell Cycle VL - 8 UR - https://doi.org/10.4161/cc.8.18.9536 DO - 10.4161/cc.8.18.9536 ID - Faulkner2009 ER - TY - JOUR AU - Faulkner, G. J. AU - Kimura, Y. AU - Daub, C. O. AU - Wani, S. AU - Plessy, C. AU - Irvine, K. M. AU - Schroder, K. AU - Cloonan, N. AU - Steptoe, A. L. AU - Lassmann, T. AU - Waki, K. AU - Hornig, N. AU - Arakawa, T. AU - Takahashi, H. AU - Kawai, J. AU - Forrest, A. R. AU - Suzuki, H. AU - Hayashizaki, Y. AU - Hume, D. A. AU - Orlando, V. AU - Grimmond, S. M. AU - Carninci, P. PY - 2009 DA - 2009// TI - The regulated retrotransposon transcriptome of mammalian cells JO - Nat Genet VL - 41 UR - https://doi.org/10.1038/ng.368 DO - 10.1038/ng.368 ID - Faulkner2009 ER - TY - JOUR AU - Sciamanna, I. AU - Vitullo, P. AU - Curatolo, A. AU - Spadafora, C. PY - 2009 DA - 2009// TI - Retrotransposons reverse transcriptase the genesis of new genetic information JO - Gene VL - 448 UR - https://doi.org/10.1016/j.gene.2009.07.011 DO - 10.1016/j.gene.2009.07.011 ID - Sciamanna2009 ER - TY - JOUR AU - Sela, N. AU - Mersch, B. AU - Gal-Mark, N. AU - Lev-Maor, G. AU - Hotz-Wagenblatt, A. AU - Ast, G. PY - 2007 DA - 2007// TI - Comparative analysis of transposed element insertion within human mouse genomes reveals Alu's unique role in shaping the human transcriptome JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-6-r127 DO - 10.1186/gb-2007-8-6-r127 ID - Sela2007 ER - TY - JOUR AU - Gal-Mark, N. AU - Schwartz, S. AU - Ram, O. AU - Eyras, E. AU - Ast, G. PY - 2009 DA - 2009// TI - The pivotal roles of TIA proteins in 5' splice-site selection of alu exons across evolution JO - PLoS Genet VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1000717 DO - 10.1371/journal.pgen.1000717 ID - Gal-Mark2009 ER - TY - JOUR AU - Lee, J. Y. AU - Ji, Z. AU - Tian, B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Phylogenetic analysis of mRNA polyadenylation sites reveals a role of transposable elements in evolution of the 3'-end of genes JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn540 DO - 10.1093/nar/gkn540 ID - Lee2008 ER - TY - JOUR AU - John, M. V. AU - Ali, S. PY - 1997 DA - 1997// TI - Synthetic DNA-based genetic markers reveal intra-inter-species DNA sequence variability in the Bubalus bubalis related genomes JO - DNA Cell Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1089/dna.1997.16.369 DO - 10.1089/dna.1997.16.369 ID - John1997 ER - TY - CHAP AU - Sambrook, J. AU - Fritschi, E. F. AU - Maniatis, T. PY - 1989 DA - 1989// TI - Molecular cloning BT - Cold Spring Harbor Laboratory Press New York ID - Sambrook1989 ER - TY - JOUR AU - Srivastava, J. AU - Premi, S. AU - Kumar, S. AU - Ali, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Organization differential expression of the GACA/GATA tagged somatic spermatozoal transcriptomes in Buffalo Bubalus bubalis JO - BMC Genomics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-9-132 DO - 10.1186/1471-2164-9-132 ID - Srivastava2008 ER - TY - JOUR AU - Srivastava, J. AU - Premi, S. AU - Kumar, S. AU - Ali, S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Expressional dynamics of minisatellite 33.15 tagged spermatozoal transcriptome in Bubalus bubalis JO - BMC Genomics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-10-303 DO - 10.1186/1471-2164-10-303 ID - Srivastava2009 ER - TY - JOUR AU - Pathak, D. AU - Srivastava, J. AU - Samad, R. AU - Parwez, I. AU - Kumar, S. AU - Ali, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genome-wide search of the genes tagged with the consensus of 33.6 repeat loci in buffalo Bubalusbubalis employing minisatellite-associated sequence amplification JO - Chromosome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1007/s10577-010-9132-0 DO - 10.1007/s10577-010-9132-0 ID - Pathak2010 ER - TY - JOUR AU - Pathak, D. AU - Srivastava, J. AU - Premi, S. AU - Tiwari, M. AU - Garg, L. C. AU - Kumar, S. AU - Ali, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Chromosomal localization copy number assessment transcriptional status of BamHI repeat fractions in water buffalo Bubalus bubalis JO - DNA Cell Biol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1089/dna.2006.25.206 DO - 10.1089/dna.2006.25.206 ID - Pathak2006 ER - TY - JOUR AU - Cribiu, E. P. AU - Di Berardino, D. AU - Di Meo, G. P. AU - Eggen, A. AU - Gallagher, D. S. AU - Gustavsson, I. AU - Hayes, H. AU - Iannuzzi, L. AU - Popescu, C. P. AU - Rubes, J. AU - Schmutz, S. AU - Stranzinger, G. AU - Vaiman, A. AU - Womack, J. PY - 2001 DA - 2001// TI - International System for Chromosome Nomenclature of Domestic Bovids (ISCNDB 2000) JO - Cytogenet Cell Genet VL - 92 UR - https://doi.org/10.1159/000056917 DO - 10.1159/000056917 ID - Cribiu2001 ER -