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Table 5 Codon usage in male and female Musculista senhousia mitochondrial genomes.

From: Mitochondrial genomes and Doubly Uniparental Inheritance: new insights from Musculista senhousia sex-linked mitochondrial DNAs (Bivalvia Mytilidae)

FEMALE

aa

Codon

Count

%

aa

Codon

Count

%

aa

Codon

Count

%

aa

Codon

Count

%

Codon

Count

%

Phe (F)

UUU

303

8,0

Ser (S)

UCU

107

2,8

Tyr (Y)

UAU

125

3,3

Cys (C)

UGU

80

2,1

UNU

615

16,2

 

UUC

36

0,9

 

UCC

8

0,2

 

UAC

39

1,0

 

UGC

14

0,4

UNC

97

2,6

Leu (L)

UUA

254

6,7

 

UCA

36

0,9

s.c. (*)

UAA

14

0,4

Trp (W)

UGA

53

1,4

UNA

357

9,4

 

UUG

105

2,8

 

UCG

14

0,4

 

UAG

7

0,2

 

UGG

50

1,3

UNG

176

4,6

 

CUU

89

2,3

Pro (P)

CCU

95

2,5

His (H)

CAU

58

1,5

Arg (R)

CGU

35

0,9

CNU

277

7,3

 

CUC

20

0,5

 

CCC

13

0,3

 

CAC

15

0,4

 

CGC

7

0,2

CNC

55

1,5

 

CUA

62

1,6

 

CCA

11

0,3

Gln (Q)

CAA

32

0,8

 

CGA

14

0,4

CNA

119

3,1

 

CUG

41

1,1

 

CCG

4

0,1

 

CAG

26

0,7

 

CGG

13

0,3

CNG

84

2,2

Ile (I)

AUU

147

3,9

Thr (T)

ACU

54

1,4

Asn (N)

AAU

82

2,2

Ser (S)

AGU

71

1,9

ANU

354

9,3

 

AUC

41

1,1

 

ACC

9

0,2

 

AAC

27

0,7

 

AGC

30

0,8

ANC

107

2,8

Met (M)

AUA

139

3,7

 

ACA

29

0,8

Lys (K)

AAA

81

2,1

 

AGA

90

2,4

ANA

339

8,9

 

AUG

62

1,6

 

ACG

17

0,4

 

AAG

33

0,9

 

AGG

68

1,8

ANG

180

4,7

Val (V)

GUU

200

5,3

Ala (A)

GCU

88

2,3

Asp (D)

GAU

59

1,6

Gly (G)

GGU

102

2,7

GNU

449

11,8

 

GUC

24

0,6

 

GCC

17

0,4

 

GAC

15

0,4

 

GGC

39

1,0

GNC

95

2,5

 

GUA

113

3,0

 

GCA

44

1,2

Glu (E)

GAA

44

1,2

 

GGA

43

1,1

GNA

244

6,4

 

GUG

84

2,2

 

GCG

22

0,6

 

GAG

49

1,3

 

GGG

89

2,3

GNG

244

6,4

 

NUN

1720

45,4

 

NCN

568

15,0

 

NAN

706

18,6

 

NGN

798

21,0

Total

3792

 

MALE

aa

Codon

Count

%

aa

Codon

Count

%

aa

Codon

Count

%

aa

Codon

Count

%

Codon

Count

%

Phe (F)

UUU

333

8,1

Ser (S)

UCU

131

3,2

Tyr (Y)

UAU

133

3,2

Cys (C)

UGU

90

2,2

UNU

687

16,8

 

UUC

57

1,4

 

UCC

22

0,5

 

UAC

36

0,9

 

UGC

15

0,4

UNC

130

3,2

Leu (L)

UUA

274

6,7

 

UCA

36

0,9

s.c. (*)

UAA

18

0,4

Trp (W)

UGA

69

1,7

UNA

397

9,7

 

UUG

104

2,5

 

UCG

6

0,1

 

UAG

10

0,2

 

UGG

46

1,1

UNG

166

4,1

 

CUU

86

2,1

Pro (P)

CCU

91

2,2

His (H)

CAU

51

1,2

Arg (R)

CGU

42

1,0

CNU

270

6,6

 

CUC

16

0,4

 

CCC

14

0,3

 

CAC

30

0,7

 

CGC

11

0,3

CNC

71

1,7

 

CUA

55

1,3

 

CCA

20

0,5

Gln (Q)

CAA

40

1,0

 

CGA

12

0,3

CNA

127

3,1

 

CUG

28

0,7

 

CCG

8

0,2

 

CAG

22

0,5

 

CGG

8

0,2

CNG

66

1,6

Ile (I)

AUU

178

4,3

Thr (T)

ACU

61

1,5

Asn (N)

AAU

81

2,0

Ser (S)

AGU

78

1,9

ANU

398

9,7

 

AUC

43

1,0

 

ACC

22

0,5

 

AAC

52

1,3

 

AGC

43

1,0

ANC

160

3,9

Met (M)

AUA

148

3,6

 

ACA

35

0,9

Lys (K)

AAA

104

2,5

 

AGA

97

2,4

ANA

384

9,4

 

AUG

79

1,9

 

ACG

12

0,3

 

AAG

38

0,9

 

AGG

75

1,8

ANG

204

5,0

Val (V)

GUU

193

4,7

Ala (A)

GCU

81

2,0

Asp (D)

GAU

65

1,6

Gly (G)

GGU

103

2,5

GNU

442

10,8

 

GUC

30

0,7

 

GCC

22

0,5

 

GAC

22

0,5

 

GGC

28

0,7

GNC

102

2,5

 

GUA

106

2,6

 

GCA

44

1,1

Glu (E)

GAA

59

1,4

 

GGA

53

1,3

GNA

262

6,4

 

GUG

83

2,0

 

GCG

19

0,5

 

GAG

42

1,0

 

GGG

88

2,1

GNG

232

5,7

 

NUN

1813

44,2

 

NCN

624

15,2

 

NAN

803

19,6

 

NGN

858

20,9

Total

4098

 
  1. Codons that match the corresponding tRNA anticodon are bold and underlined.
  2. aa: coded amminoacid.
  3. s.c.: stop codon.