TY - JOUR AU - Shook, G. E. PY - 2006 DA - 2006// TI - Major advances in determining appropriate selection goals JO - J Dairy Sci VL - 89 UR - https://doi.org/10.3168/jds.S0022-0302(06)72202-0 DO - 10.3168/jds.S0022-0302(06)72202-0 ID - Shook2006 ER - TY - JOUR AU - Golden, B. L. AU - Garrick, D. J. AU - Benyshek, L. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Milestones in beef cattle genetic evaluation JO - J Anim Sci VL - 87 UR - https://doi.org/10.2527/jas.2008-1430 DO - 10.2527/jas.2008-1430 ID - Golden2009 ER - TY - JOUR AU - Hayes, B. AU - Goddard, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genome-wide association and genomic selection in animal breeding JO - Genome VL - 53 UR - https://doi.org/10.1139/G10-076 DO - 10.1139/G10-076 ID - Hayes2010 ER - TY - JOUR AU - Goddard, M. E. AU - Hayes, B. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Mapping genes for complex traits in domestic animals and their use in breeding programmes JO - Nat Rev Genet VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2575 DO - 10.1038/nrg2575 ID - Goddard2009 ER - TY - JOUR AU - Gibbs, R. A. AU - Taylor, J. F. AU - Van Tassell, C. P. AU - Barendse, W. AU - Eversole, K. A. AU - Gill, C. A. AU - Green, R. D. AU - Hamernik, D. L. AU - Kappes, S. M. AU - Lien, S. AU - Matukumalli, L. K. AU - McEwan, J. C. AU - Nazareth, L. V. AU - Schnabel, R. D. AU - Weinstock, G. M. AU - Wheeler, D. A. AU - Ajmone-Marsan, P. AU - Boettcher, P. J. AU - Caetano, A. R. AU - Garcia, J. F. AU - Hanotte, O. AU - Mariani, P. AU - Skow, L. C. AU - Sonstegard, T. S. AU - Williams, J. L. AU - Diallo, B. AU - Hailemariam, L. AU - Martinez, M. L. AU - Morris, C. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Genome-wide survey of SNP variation uncovers the genetic structure of cattle breeds JO - Science VL - 324 UR - https://doi.org/10.1126/science.1167936 DO - 10.1126/science.1167936 ID - Gibbs2009 ER - TY - JOUR AU - Elsik, C. G. AU - Tellam, R. L. AU - Worley, K. C. AU - Gibbs, R. A. AU - Muzny, D. M. AU - Weinstock, G. M. AU - Adelson, D. L. AU - Eichler, E. E. AU - Elnitski, L. AU - Guigó, R. AU - Hamernik, D. L. AU - Kappes, S. M. AU - Lewin, H. A. AU - Lynn, D. J. AU - Nicholas, F. W. AU - Reymond, A. AU - Rijnkels, M. AU - Skow, L. C. AU - Zdobnov, E. M. AU - Schook, L. AU - Womack, J. AU - Alioto, T. AU - Antonarakis, S. E. AU - Astashyn, A. AU - Chapple, C. E. AU - Chen, H. C. AU - Chrast, J. AU - Câmara, F. AU - Ermolaeva, O. PY - 2009 DA - 2009// TI - The genome sequence of taurine cattle: a window to ruminant biology and evolution JO - Science VL - 324 UR - https://doi.org/10.1126/science.1169588 DO - 10.1126/science.1169588 ID - Elsik2009 ER - TY - JOUR AU - Van Tassell, C. P. AU - Smith, T. P. AU - Matukumalli, L. K. AU - Taylor, J. F. AU - Schnabel, R. D. AU - Lawley, C. T. AU - Haudenschild, C. D. AU - Moore, S. S. AU - Warren, W. C. AU - Sonstegard, T. S. PY - 2008 DA - 2008// TI - SNP discovery and allele frequency estimation by deep sequencing of reduced representation libraries JO - Nat Methods VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1185 DO - 10.1038/nmeth.1185 ID - Van Tassell2008 ER - TY - JOUR AU - Eck, S. H. AU - Benet-Pages, A. AU - Flisikowski, K. AU - Meitinger, T. AU - Fries, R. AU - Strom, T. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Whole genome sequencing of a single Bos taurus animal for single nucleotide polymorphism discovery JO - Genome Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2009-10-8-r82 DO - 10.1186/gb-2009-10-8-r82 ID - Eck2009 ER - TY - JOUR AU - Liu, G. E. AU - Hou, Y. AU - Zhu, B. AU - Cardone, M. F. AU - Jiang, L. AU - Cellamare, A. AU - Mitra, A. AU - Alexander, L. J. AU - Coutinho, L. L. AU - Dell'Aquila, M. E. AU - Gasbarre, L. C. AU - Lacalandra, G. AU - Li, R. W. AU - Matukumalli, L. K. AU - Nonneman, D. AU - Regitano, L. C. AU - Smith, T. P. AU - Song, J. AU - Sonstegard, T. S. AU - Van Tassell, C. P. AU - Ventura, M. AU - Eichler, E. E. AU - McDaneld, T. G. AU - Keele, J. W. PY - 2010 DA - 2010// TI - Analysis of copy number variations among diverse cattle breeds JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.105403.110 DO - 10.1101/gr.105403.110 ID - Liu2010 ER - TY - CHAP AU - Houghton, F. L. PY - 1897 DA - 1897// TI - Ancestry of the breed--system of dairying--as a race stock--earliest american importations BT - Holstein-Friesian cattle: A history of the breed and its development in America PB - Press of the Holstein-Friesan Register CY - Brattleboro ID - Houghton1897 ER - TY - JOUR AU - Liu, Y. AU - Qin, X. AU - Song, X. Z. AU - Jiang, H. AU - Shen, Y. AU - Durbin, K. J. AU - Lien, S. AU - Kent, M. P. AU - Sodeland, M. AU - Ren, Y. AU - Zhang, L. AU - Sodergren, E. AU - Havlak, P. AU - Worley, K. C. AU - Weinstock, G. M. AU - Gibbs, R. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Bos taurus genome assembly JO - BMC Genomics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-10-180 DO - 10.1186/1471-2164-10-180 ID - Liu2009 ER - TY - JOUR AU - Grant, J. R. AU - Arantes, A. S. AU - Liao, X. AU - Stothard, P. PY - 2011 DA - 2011// TI - In-depth annotation of SNPs arising from resequencing projects using NGS-SNP JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr372 DO - 10.1093/bioinformatics/btr372 ID - Grant2011 ER - TY - JOUR AU - Sayers, E. W. AU - Barrett, T. AU - Benson, D. A. AU - Bolton, E. AU - Bryant, S. H. AU - Canese, K. AU - Chetvernin, V. AU - Church, D. M. AU - DiCuccio, M. AU - Federhen, S. AU - Feolo, M. AU - Fingerman, I. M. AU - Geer, L. Y. AU - Helmberg, W. AU - Kapustin, Y. AU - Landsman, D. AU - Lipman, D. J. AU - Lu, Z. AU - Madden, T. L. AU - Madej, T. AU - Maglott, D. R. AU - Marchler-Bauer, A. AU - Miller, V. AU - Mizrachi, I. AU - Ostell, J. AU - Panchenko, A. AU - Phan, L. AU - Pruitt, K. D. AU - Schuler, G. D. AU - Sequeira, E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Database resources of the National Center for Biotechnology Information JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq1172 DO - 10.1093/nar/gkq1172 ID - Sayers2011 ER - TY - JOUR AU - Stenson, P. D. AU - Ball, E. V. AU - Mort, M. AU - Phillips, A. D. AU - Shiel, J. A. AU - Thomas, N. S. AU - Abeysinghe, S. AU - Krawczak, M. AU - Cooper, D. N. PY - 2003 DA - 2003// TI - Human Gene Mutation Database (HGMD): 2003 update JO - Hum Mutat VL - 21 UR - https://doi.org/10.1002/humu.10212 DO - 10.1002/humu.10212 ID - Stenson2003 ER - TY - JOUR AU - Yuan, H. Y. AU - Chiou, J. J. AU - Tseng, W. H. AU - Liu, C. H. AU - Liu, C. K. AU - Lin, Y. J. AU - Wang, H. H. AU - Yao, A. AU - Chen, Y. T. AU - Hsu, C. N. PY - 2006 DA - 2006// TI - FASTSNP: an always up-to-date and extendable service for SNP function analysis and prioritization JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl236 DO - 10.1093/nar/gkl236 ID - Yuan2006 ER - TY - JOUR AU - Kowarsch, A. AU - Fuchs, A. AU - Frishman, D. AU - Pagel, P. PY - 2010 DA - 2010// TI - Correlated mutations: a hallmark of phenotypic amino acid substitutions JO - PLoS Comput Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000923 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000923 ID - Kowarsch2010 ER - TY - JOUR AU - Flicek, P. AU - Amode, M. R. AU - Barrell, D. AU - Beal, K. AU - Brent, S. AU - Chen, Y. AU - Clapham, P. AU - Coates, G. AU - Fairley, S. AU - Fitzgerald, S. AU - Gordon, L. AU - Hendrix, M. AU - Hourlier, T. AU - Johnson, N. AU - Kähäri, A. AU - Keefe, D. AU - Keenan, S. AU - Kinsella, R. AU - Kokocinski, F. AU - Kulesha, E. AU - Larsson, P. AU - Longden, I. AU - McLaren, W. AU - Overduin, B. AU - Pritchard, B. AU - Riat, H. S. AU - Rios, D. AU - Ritchie, G. R. AU - Ruffier, M. AU - Schuster, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Ensembl 2011 JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq1064 DO - 10.1093/nar/gkq1064 ID - Flicek2011 ER - TY - JOUR AU - Xie, C. AU - Tammi, M. T. PY - 2009 DA - 2009// TI - CNV-seq, a new method to detect copy number variation using high-throughput sequencing JO - BMC Bioinformatics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-80 DO - 10.1186/1471-2105-10-80 ID - Xie2009 ER - TY - JOUR AU - Ashburner, M. AU - Ball, C. A. AU - Blake, J. A. AU - Botstein, D. AU - Butler, H. AU - Cherry, J. M. AU - Davis, A. P. AU - Dolinski, K. AU - Dwight, S. S. AU - Eppig, J. T. AU - Harris, M. A. AU - Hill, D. P. AU - Issel-Tarver, L. AU - Kasarskis, A. AU - Lewis, S. AU - Matese, J. C. AU - Richardson, J. E. AU - Ringwald, M. AU - Rubin, G. M. AU - Sherlock, G. PY - 2000 DA - 2000// TI - Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium JO - Nat Genet VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/75556 DO - 10.1038/75556 ID - Ashburner2000 ER - TY - JOUR AU - Fadista, J. AU - Thomsen, B. AU - Holm, L. E. AU - Bendixen, C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Copy number variation in the bovine genome JO - BMC Genomics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-11-284 DO - 10.1186/1471-2164-11-284 ID - Fadista2010 ER - TY - JOUR AU - Bae, J. S. AU - Cheong, H. S. AU - Kim, L. H. AU - NamGung, S. AU - Park, T. J. AU - Chun, J. Y. AU - Kim, J. Y. AU - Pasaje, C. F. AU - Lee, J. S. AU - Shin, H. D. PY - 2010 DA - 2010// TI - Identification of copy number variations and common deletion polymorphisms in cattle JO - BMC Genomics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-11-232 DO - 10.1186/1471-2164-11-232 ID - Bae2010 ER - TY - JOUR AU - Alkan, C. AU - Coe, B. P. AU - Eichler, E. E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Genome structural variation discovery and genotyping JO - Nat Rev Genet VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2958 DO - 10.1038/nrg2958 ID - Alkan2011 ER - TY - JOUR AU - Alkan, C. AU - Kidd, J. M. AU - Marques-Bonet, T. AU - Aksay, G. AU - Antonacci, F. AU - Hormozdiari, F. AU - Kitzman, J. O. AU - Baker, C. AU - Malig, M. AU - Mutlu, O. AU - Sahinalp, S. C. AU - Gibbs, R. A. AU - Eichler, E. E. PY - 2009 DA - 2009// TI - Personalized copy number and segmental duplication maps using next-generation sequencing JO - Nat Genet VL - 41 UR - https://doi.org/10.1038/ng.437 DO - 10.1038/ng.437 ID - Alkan2009 ER - TY - JOUR AU - McKernan, K. J. AU - Peckham, H. E. AU - Costa, G. L. AU - McLaughlin, S. F. AU - Fu, Y. AU - Tsung, E. F. AU - Clouser, C. R. AU - Duncan, C. AU - Ichikawa, J. K. AU - Lee, C. C. AU - Zhang, Z. AU - Ranade, S. S. AU - Dimalanta, E. T. AU - Hyland, F. C. AU - Sokolsky, T. D. AU - Zhang, L. AU - Sheridan, A. AU - Fu, H. AU - Hendrickson, C. L. AU - Li, B. AU - Kotler, L. AU - Stuart, J. R. AU - Malek, J. A. AU - Manning, J. M. AU - Antipova, A. A. AU - Perez, D. S. AU - Moore, M. P. AU - Hayashibara, K. C. AU - Lyons, M. R. AU - Beaudoin, R. E. PY - 2009 DA - 2009// TI - Sequence and structural variation in a human genome uncovered by short-read, massively parallel ligation sequencing using two-base encoding JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.091868.109 DO - 10.1101/gr.091868.109 ID - McKernan2009 ER - TY - JOUR AU - Kidd, J. M. AU - Sampas, N. AU - Antonacci, F. AU - Graves, T. AU - Fulton, R. AU - Hayden, H. S. AU - Alkan, C. AU - Malig, M. AU - Ventura, M. AU - Giannuzzi, G. AU - Kallicki, J. AU - Anderson, P. AU - Tsalenko, A. AU - Yamada, N. A. AU - Tsang, P. AU - Kaul, R. AU - Wilson, R. K. AU - Bruhn, L. AU - Eichler, E. E. PY - 2010 DA - 2010// TI - Characterization of missing human genome sequences and copy-number polymorphic insertions JO - Nat Methods VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1451 DO - 10.1038/nmeth.1451 ID - Kidd2010 ER - TY - JOUR AU - Nguyen, D. Q. AU - Webber, C. AU - Ponting, C. P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Bias of selection on human copy-number variants JO - PLoS Genet VL - 2 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.0020020 DO - 10.1371/journal.pgen.0020020 ID - Nguyen2006 ER - TY - JOUR AU - Nguyen, D. Q. AU - Webber, C. AU - Hehir-Kwa, J. AU - Pfundt, R. AU - Veltman, J. AU - Ponting, C. P. PY - 2008 DA - 2008// TI - Reduced purifying selection prevails over positive selection in human copy number variant evolution JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.077289.108 DO - 10.1101/gr.077289.108 ID - Nguyen2008 ER - TY - JOUR AU - Golik, M. AU - Cohen-Zinder, M. AU - Loor, J. J. AU - Drackley, J. K. AU - Band, M. R. AU - Lewin, H. A. AU - Weller, J. I. AU - Ron, M. AU - Seroussi, E. PY - 2006 DA - 2006// TI - Accelerated expansion of group IID-like phospholipase A2 genes in Bos taurus JO - Genomics VL - 87 UR - https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2005.12.015 DO - 10.1016/j.ygeno.2005.12.015 ID - Golik2006 ER - TY - JOUR AU - Hu, Z. L. AU - Reecy, J. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Animal QTLdb: beyond a repository. A public platform for QTL comparisons and integration with diverse types of structural genomic information JO - Mamm Genome VL - 18 UR - https://doi.org/10.1007/s00335-006-0105-8 DO - 10.1007/s00335-006-0105-8 ID - Hu2007 ER - TY - JOUR AU - Zimin, A. V. AU - Delcher, A. L. AU - Florea, L. AU - Kelley, D. R. AU - Schatz, M. C. AU - Puiu, D. AU - Hanrahan, F. AU - Pertea, G. AU - Van Tassell, C. P. AU - Sonstegard, T. S. AU - Marçais, G. AU - Roberts, M. AU - Subramanian, P. AU - Yorke, J. A. AU - Salzberg, S. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - A whole-genome assembly of the domestic cow, Bos taurus JO - Genome Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2009-10-4-r42 DO - 10.1186/gb-2009-10-4-r42 ID - Zimin2009 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Z. AU - Schwartz, S. AU - Wagner, L. AU - Miller, W. PY - 2000 DA - 2000// TI - A greedy algorithm for aligning DNA sequences JO - J Comput Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1089/10665270050081478 DO - 10.1089/10665270050081478 ID - Zhang2000 ER - TY - JOUR AU - Camacho, C. AU - Coulouris, G. AU - Avagyan, V. AU - Ma, N. AU - Papadopoulos, J. AU - Bealer, K. AU - Madden, T. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - BLAST+: architecture and applications JO - BMC Bioinformatics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-421 DO - 10.1186/1471-2105-10-421 ID - Camacho2009 ER - TY - JOUR PY - 2011 DA - 2011// TI - Ongoing and future developments at the Universal Protein Resource JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq1020 DO - 10.1093/nar/gkq1020 ID - ref33 ER - TY - JOUR AU - Du, Z. AU - Zhou, X. AU - Ling, Y. AU - Zhang, Z. AU - Su, Z. PY - 2010 DA - 2010// TI - agriGO: a GO analysis toolkit for the agricultural community JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq310 DO - 10.1093/nar/gkq310 ID - Du2010 ER -