TY - JOUR AU - López-Otín, C. AU - Overall, C. M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Protease degradomics: a new challenge for proteomics JO - Nat Rev Mol Cell Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/nrm858 DO - 10.1038/nrm858 ID - López-Otín2002 ER - TY - JOUR AU - Chowdhury, D. AU - Lieberman, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Death by a thousand cuts: granzyme pathways of programmed cell death JO - Annu Rev Immunol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.immunol.26.021607.090404 DO - 10.1146/annurev.immunol.26.021607.090404 ID - Chowdhury2008 ER - TY - JOUR AU - Los, M. AU - Stroh, C. AU - Janicke, R. U. AU - Engels, I. H. AU - Schulze-Osthoff, K. PY - 2001 DA - 2001// TI - Caspases: more than just killers? JO - Trends Immunol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1016/S1471-4906(00)01814-7 DO - 10.1016/S1471-4906(00)01814-7 ID - Los2001 ER - TY - JOUR AU - Thornberry, N. A. AU - Rano, T. A. AU - Peterson, E. P. AU - Rasper, D. M. AU - Timkey, T. AU - Garcia-Calvo, M. AU - Houtzager, V. M. AU - Nordstrom, P. A. AU - Roy, S. AU - Vaillancourt, J. P. AU - Chapman, K. T. AU - Nicholson, D. W. PY - 1997 DA - 1997// TI - A combinatorial approach defines specificities of members of the caspase family and granzyme B. Functional relationships established for key mediators of apoptosis JO - J Biol Chem VL - 272 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.272.29.17907 DO - 10.1074/jbc.272.29.17907 ID - Thornberry1997 ER - TY - JOUR AU - Van Damme, P. AU - Maurer-Stroh, S. AU - Plasman, K. AU - Van Durme, J. AU - Colaert, N. AU - Timmerman, E. AU - De Bock, P. J. AU - Goethals, M. AU - Rousseau, F. AU - Schymkowitz, J. AU - Vandekerckhove, J. AU - Gevaert, K. PY - 2009 DA - 2009// TI - Analysis of protein processing by N-terminal proteomics reveals novel species specific substrate determinants of granzyme B orthologs JO - Mol Cell Proteomics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1074/mcp.M800060-MCP200 DO - 10.1074/mcp.M800060-MCP200 ID - Van Damme2009 ER - TY - JOUR AU - Wee, L. J. AU - Tan, T. W. AU - Ranganathan, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - SVM-based prediction of caspase substrate cleavage sites JO - BMC Bioinformatics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-S5-S14 DO - 10.1186/1471-2105-7-S5-S14 ID - Wee2006 ER - TY - JOUR AU - Piippo, M. AU - Lietzén, N. AU - Nevalainen, O. S. AU - Salmi, J. AU - Nyman, T. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Pripper: prediction of caspase cleavage sites from whole proteomes JO - BMC Bioinformatics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-320 DO - 10.1186/1471-2105-11-320 ID - Piippo2010 ER - TY - CHAP AU - Gasteiger, E. AU - Hoogland, C. AU - Gattiker, A. AU - Duvaud, S. AU - Wilkins, M. R. AU - Appel, R. D. AU - Bairoch, A. ED - Walker, J. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Protein Identification and Analysis Tools on the ExPASy Server BT - The Proteomics Protocols Handbook UR - https://doi.org/10.1385/1-59259-890-0:571 DO - 10.1385/1-59259-890-0:571 ID - Gasteiger2005 ER - TY - JOUR AU - Backes, C. AU - Kuentzer, J. AU - Lenhof, H. P. AU - Comtesse, N. AU - Meese, E. PY - 2005 DA - 2005// TI - GraBCas: a bioinformatics tool for score-based prediction of Caspase- and Granzyme B-cleavage sites in protein sequences JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki433 DO - 10.1093/nar/gki433 ID - Backes2005 ER - TY - JOUR AU - Barkan, D. T. AU - Hostetter, D. R. AU - Mahrus, S. AU - Pieper, U. AU - Wells, J. A. AU - Craik, C. S. AU - Sali, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Prediction of protease substrates using sequence and structure features JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq267 DO - 10.1093/bioinformatics/btq267 ID - Barkan2010 ER - TY - JOUR AU - Shao, J. AU - Xu, D. AU - Tsai, S. N. AU - Wang, Y. AU - Ngai, S. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Computational identification of protein methylation sites through bi-profile Bayes feature extraction JO - PLoS One VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0004920 DO - 10.1371/journal.pone.0004920 ID - Shao2009 ER - TY - JOUR AU - Song, J. AU - Tan, H. AU - Shen, H. AU - Mahmood, K. AU - Boyd, S. E. AU - Webb, G. I. AU - Akutsu, T. AU - Whisstock, J. C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Cascleave: towards more accurate prediction of caspase substrate cleavage sites JO - Bioinformatics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq043 DO - 10.1093/bioinformatics/btq043 ID - Song2010 ER - TY - JOUR AU - Wee, L. J. AU - Simarmata, D. AU - Kam, Y. W. AU - Ng, L. F. AU - Tong, J. C. PY - 2010 DA - 2010// TI - SVM-based prediction of linear B-cell epitopes using Bayes feature extraction JO - BMC Genomics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-11-S4-S21 DO - 10.1186/1471-2164-11-S4-S21 ID - Wee2010 ER - TY - JOUR AU - Pialoux, G. AU - Gauzère, B. A. AU - Jauréguiberry, S. AU - Storbel, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Chikungunya, an epidemic arbovirosis JO - Lancet VL - 7 UR - https://doi.org/10.1016/S1473-3099(07)70107-X DO - 10.1016/S1473-3099(07)70107-X ID - Pialoux2007 ER - TY - JOUR AU - Romero, V. AU - Andrade, F. PY - 2008 DA - 2008// TI - Non-apoptotic functions of granzymes JO - Tissue Antigens VL - 71 UR - https://doi.org/10.1111/j.1399-0039.2008.01013.x DO - 10.1111/j.1399-0039.2008.01013.x ID - Romero2008 ER - TY - JOUR AU - Kam, Y. W. AU - Ong, E. K. AU - Rénia, L. AU - Tong, J. C. AU - Ng, L. F. P. PY - 2009 DA - 2009// TI - Immuno-biology of Chikungunya and implications for disease intervention JO - Microbes Infect VL - 11 UR - https://doi.org/10.1016/j.micinf.2009.09.003 DO - 10.1016/j.micinf.2009.09.003 ID - Kam2009 ER - TY - JOUR AU - Huang, Y. AU - Niu, B. AU - Gao, Y. AU - Fu, L. AU - Li, W. PY - 2010 DA - 2010// TI - CD-HIT Suite: a web server for clustering and comparing biological sequences JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq003 DO - 10.1093/bioinformatics/btq003 ID - Huang2010 ER - TY - JOUR AU - Crooks, G. E. AU - Hon, G. AU - Chandonia, J. M. AU - Brenner, S. E. PY - 2004 DA - 2004// TI - WebLogo: a sequence logo generator JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.849004 DO - 10.1101/gr.849004 ID - Crooks2004 ER - TY - STD TI - Chang CC, Lin CJ: LIBSVM: a library for support vector machines. [http://www.csie.ntu.edu.tw/~cjlin/libsvm] UR - http://www.csie.ntu.edu.tw/~cjlin/libsvm ID - ref19 ER - TY - JOUR AU - Burges, C. J. C. PY - 1998 DA - 1998// TI - A tutorial on support vector machines for pattern recognition JO - Data Mining and Knowledge Discovery VL - 2 UR - https://doi.org/10.1023/A:1009715923555 DO - 10.1023/A:1009715923555 ID - Burges1998 ER -