TY - JOUR AU - Lynd, L. R. AU - Laser, M. S. AU - Bransby, D. AU - Dale, B. E. AU - Davison, B. AU - Hamilton, R. AU - Himmel, M. AU - Keller, M. AU - McMillan, J. D. AU - Sheehan, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - How biotech can transform biofuels JO - Nature Biotechnol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1038/nbt0208-169 DO - 10.1038/nbt0208-169 ID - Lynd2008 ER - TY - JOUR AU - Himmel, M. E. AU - Xu, Q. AU - Luo, Y. AU - Ding, S. -. Y. AU - Lamed, R. AU - Bayer, E. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Microbial enzyme systems for biomass conversion: Emerging paradigms JO - Biofuels VL - 1 UR - https://doi.org/10.4155/bfs.09.25 DO - 10.4155/bfs.09.25 ID - Himmel2010 ER - TY - JOUR AU - Bayer, E. A. AU - Chanzy, H. AU - Lamed, R. AU - Shoham, Y. PY - 1998 DA - 1998// TI - Cellulose, cellulases and cellulosomes JO - Curr Opin Struct Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1016/S0959-440X(98)80143-7 DO - 10.1016/S0959-440X(98)80143-7 ID - Bayer1998 ER - TY - JOUR AU - Bayer, E. A. AU - Belaich, J. -. P. AU - Shoham, Y. AU - Lamed, R. PY - 2004 DA - 2004// TI - The cellulosomes: Multi-enzyme machines for degradation of plant cell wall polysaccharides JO - Annu Rev Microbiol VL - 58 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.micro.57.030502.091022 DO - 10.1146/annurev.micro.57.030502.091022 ID - Bayer2004 ER - TY - JOUR AU - Bayer, E. A. AU - Lamed, R. AU - White, B. A. AU - Flint, H. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - From cellulosomes to cellulosomics JO - Chem Rec VL - 8 UR - https://doi.org/10.1002/tcr.20160 DO - 10.1002/tcr.20160 ID - Bayer2008 ER - TY - JOUR AU - Demain, A. L. AU - Newcomb, M. AU - Wu, J. H. PY - 2005 DA - 2005// TI - Cellulase, clostridia, and ethanol JO - Microbiol Mol Biol Rev VL - 69 UR - https://doi.org/10.1128/MMBR.69.1.124-154.2005 DO - 10.1128/MMBR.69.1.124-154.2005 ID - Demain2005 ER - TY - JOUR AU - Doi, R. H. AU - Kosugi, A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Cellulosomes: plant-cell-wall-degrading enzyme complexes JO - Nat Rev Microbiol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro925 DO - 10.1038/nrmicro925 ID - Doi2004 ER - TY - JOUR AU - Bayer, E. A. AU - Shimon, L. J. W. AU - Lamed, R. AU - Shoham, Y. PY - 1998 DA - 1998// TI - Cellulosomes: structure and ultrastructure JO - J Struct Biol VL - 124 UR - https://doi.org/10.1006/jsbi.1998.4065 DO - 10.1006/jsbi.1998.4065 ID - Bayer1998 ER - TY - CHAP AU - Bayer, E. A. AU - Shoham, Y. AU - Lamed, R. ED - Dworkin, M. ED - Falkow, S. ED - Rosenberg, E. ED - Schleifer, K. -. H. ED - Stackebrandt, E. PY - 2006 DA - 2006// TI - Cellulose-decomposing prokaryotes and their enzyme systems BT - In: The Prokaryotes, Third Edition PB - Springer CY - New York UR - https://doi.org/10.1007/0-387-30742-7_19 DO - 10.1007/0-387-30742-7_19 ID - Bayer2006 ER - TY - JOUR AU - Raman, B. AU - Pan, C. AU - Hurst, G. B. AU - Rodriguez, M. AU - McKeown, C. K. AU - Lankford, P. K. AU - Samatova, N. F. AU - Mielenz, J. R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Impact of pretreated switchgrass and biomass carbohydrates on Clostridium thermocellum ATCC 27405 cellulosome composition: a quantitative proteomic analysis JO - PLoS One VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0005271 DO - 10.1371/journal.pone.0005271 ID - Raman2009 ER - TY - JOUR AU - Schwarz, W. H. AU - Zverlov, V. V. AU - Bahl, H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Extracellular glycosyl hydrolases from Clostridia JO - Advan Appl Microbiol VL - 56 UR - https://doi.org/10.1016/S0065-2164(04)56007-0 DO - 10.1016/S0065-2164(04)56007-0 ID - Schwarz2004 ER - TY - JOUR AU - Khan, A. W. PY - 1980 DA - 1980// TI - Cellulolytic enzyme system of Acetivibrio cellulolyticus, a newly isolated anaerobe JO - J Gen Microbiol VL - 121 ID - Khan1980 ER - TY - JOUR AU - Patel, G. B. AU - Khan, A. W. AU - Agnew, B. J. AU - Colvin, J. R. PY - 1980 DA - 1980// TI - Isolation and characterization of an anaerobic cellulolytic microorganism, Acetivibrio cellulolyticus, gen. nov., sp. nov JO - Int J Syst Bacteriol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1099/00207713-30-1-179 DO - 10.1099/00207713-30-1-179 ID - Patel1980 ER - TY - JOUR AU - Saddler, J. N. AU - Khan, A. W. PY - 1980 DA - 1980// TI - Cellulase production by Acetivibrio cellulolyticus JO - Can J Microbiol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1139/m80-132 DO - 10.1139/m80-132 ID - Saddler1980 ER - TY - JOUR AU - Saddler, J. N. AU - Khan, A. W. PY - 1981 DA - 1981// TI - Cellulolytic enzyme system of Acetivibrio cellulolyticus JO - Can J Microbiol VL - 27 UR - https://doi.org/10.1139/m81-045 DO - 10.1139/m81-045 ID - Saddler1981 ER - TY - JOUR AU - Lamed, R. AU - Naimark, J. AU - Morgenstern, E. AU - Bayer, E. A. PY - 1987 DA - 1987// TI - Specialized cell surface structures in cellulolytic bacteria JO - J Bacteriol VL - 169 ID - Lamed1987 ER - TY - JOUR AU - Ding, S. -. Y. AU - Bayer, E. A. AU - Steiner, D. AU - Shoham, Y. AU - Lamed, R. PY - 1999 DA - 1999// TI - A novel cellulosomal scaffoldin from Acetivibrio cellulolyticus that contains a family-9 glycosyl hydrolase JO - J Bacteriol VL - 181 ID - Ding1999 ER - TY - JOUR AU - Xu, Q. AU - Gao, W. AU - Ding, S. -. Y. AU - Kenig, R. AU - Shoham, Y. AU - Bayer, E. A. AU - Lamed, R. PY - 2003 DA - 2003// TI - The cellulosome system of Acetivibrio cellulolyticus includes a novel type of adaptor protein and a cell-surface anchoring protein JO - J Bacteriol VL - 185 UR - https://doi.org/10.1128/JB.185.15.4548-4557.2003 DO - 10.1128/JB.185.15.4548-4557.2003 ID - Xu2003 ER - TY - JOUR AU - Xu, Q. AU - Barak, Y. AU - Kenig, R. AU - Shoham, Y. AU - Bayer, E. A. AU - Lamed, R. PY - 2004 DA - 2004// TI - A novel Acetivibrio cellulolyticus anchoring scaffoldin that bears divergent cohesins JO - J Bacteriol VL - 186 UR - https://doi.org/10.1128/JB.186.17.5782-5789.2004 DO - 10.1128/JB.186.17.5782-5789.2004 ID - Xu2004 ER - TY - JOUR AU - Noach, I. AU - Alber, O. AU - Bayer, E. A. AU - Lamed, R. AU - Levy-Assaraf, M. AU - Shimon, L. J. W. AU - Frolow, F. PY - 2008 DA - 2008// TI - Crystallization and preliminary X-ray analysis of Acetivibrio cellulolyticus cellulosomal type II cohesin module: Two versions having different linker lengths JO - Acta Cryst VL - F64 ID - Noach2008 ER - TY - JOUR AU - Noach, I. AU - Frolow, F. AU - Alber, O. AU - Lamed, R. AU - Shimon, L. J. W. AU - Bayer, E. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Inter-modular linker flexibility revealed from crystal structures of adjacent cellulosomal cohesins of Acetivibrio cellulolyticus JO - J Mol Biol VL - 391 UR - https://doi.org/10.1016/j.jmb.2009.06.006 DO - 10.1016/j.jmb.2009.06.006 ID - Noach2009 ER - TY - JOUR AU - Hemme, C. L. AU - Mouttaki, H. AU - Lee, Y. J. AU - Zhang, G. AU - Goodwin, L. AU - Lucas, S. AU - Copeland, A. AU - Lapidus, A. AU - Glavina del Rio, T. AU - Tice, H. PY - 2010 DA - 2010// TI - Sequencing of multiple clostridial genomes related to biomass conversion and biofuel production JO - J Bacteriol VL - 192 UR - https://doi.org/10.1128/JB.01064-10 DO - 10.1128/JB.01064-10 ID - Hemme2010 ER - TY - JOUR AU - Blouzard, J. C. AU - Coutinho, P. M. AU - Fierobe, H. P. AU - Henrissat, B. AU - Lignon, S. AU - Tardif, C. AU - Pagès, S. AU - de Philip, P. PY - 2010 DA - 2010// TI - Modulation of cellulosome composition in Clostridium cellulolyticum: adaptation to the polysaccharide environment revealed by proteomic and carbohydrate-active enzyme analyses JO - Proteomics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1002/pmic.200900311 DO - 10.1002/pmic.200900311 ID - Blouzard2010 ER - TY - JOUR AU - Brown, S. D. AU - Raman, B. AU - McKeown, C. K. AU - Kale, S. P. AU - He, Z. L. AU - Mielenz, J. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Construction and evaluation of a Clostridium thermocellum ATCC 27405 whole-genome oligonucleotide microarray JO - Appl Biochem Biotechnol VL - 137 ID - Brown2007 ER - TY - JOUR AU - Tamaru, Y. AU - Miyake, H. AU - Kuroda, K. AU - Nakanishi, A. AU - Kawade, Y. AU - Yamamoto, K. AU - Uemura, M. AU - Fujita, Y. AU - Doi, R. H. AU - Ueda, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genome sequence of the cellulosome-producing mesophilic organism Clostridium cellulovorans 743B JO - J Bacteriol VL - 192 UR - https://doi.org/10.1128/JB.01450-09 DO - 10.1128/JB.01450-09 ID - Tamaru2010 ER - TY - JOUR AU - Berg Miller, M. E. AU - Antonopoulos, D. A. AU - Rincon, M. T. AU - Band, M. AU - Bari, A. AU - Akaikol, T. AU - Hernandez, A. AU - Kim, R. AU - Liu, L. AU - Thimmapuram, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Diversity and strain specificity of plant cell wall degrading enzymes revealed by the draft genome of Ruminococcus flavefaciens FD-1 JO - PLoS One VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0006650 DO - 10.1371/journal.pone.0006650 ID - Berg Miller2009 ER - TY - JOUR AU - Chauvaux, S. AU - Matuschek, M. AU - Béguin, P. PY - 1999 DA - 1999// TI - Distinct affinity of binding sites for S- layer homologous domains in Clostridium thermocellum and Bacillus anthracis cell envelopes JO - J Bacteriol VL - 181 ID - Chauvaux1999 ER - TY - JOUR AU - Lemaire, M. AU - Ohayon, H. AU - Gounon, P. AU - Fujino, T. AU - Béguin, P. PY - 1995 DA - 1995// TI - OlpB, a new outer layer protein of Clostridium thermocellum, and binding of its S-layer-like domains to components of the cell envelope JO - J Bacteriol VL - 177 ID - Lemaire1995 ER - TY - JOUR AU - Lin, C. AU - Urbance, J. W. AU - Stahl, D. A. PY - 1994 DA - 1994// TI - Acetivibrio cellulolyticus and Bacteroides cellulosolvens are members of the greater clostridial assemblage JO - FEMS Microbiol Lett VL - 124 UR - https://doi.org/10.1111/j.1574-6968.1994.tb07277.x DO - 10.1111/j.1574-6968.1994.tb07277.x ID - Lin1994 ER - TY - JOUR AU - Pinheiro, B. A. AU - Gilbert, H. J. AU - Sakka, K. AU - Fernandes, V. O. AU - Prates, J. A. AU - Alves, V. D. AU - Bolam, D. N. AU - Ferreira, L. M. AU - Fontes, C. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Functional insights into the role of novel type I cohesin and dockerin domains from Clostridium thermocellum JO - Biochem J VL - 424 UR - https://doi.org/10.1042/BJ20091152 DO - 10.1042/BJ20091152 ID - Pinheiro2009 ER - TY - JOUR AU - Fendri, I. AU - Tardif, C. AU - Fierobe, H. P. AU - Lignon, S. AU - Valette, O. AU - Pagès, S. AU - Perret, S. PY - 2009 DA - 2009// TI - The cellulosomes from Clostridium cellulolyticum: identification of new components and synergies between complexes. FEBS Journal 2009, 276:3076–3086.: The cellulosomes from Clostridium cellulolyticum: identification of new components and synergies between complexes JO - FEBS J VL - 276 UR - https://doi.org/10.1111/j.1742-4658.2009.07025.x DO - 10.1111/j.1742-4658.2009.07025.x ID - Fendri2009 ER - TY - CHAP AU - Bayer, E. A. AU - Henrissat, B. AU - Lamed, R. ED - Himmel, M. E. PY - 2008 DA - 2008// TI - The cellulosome: A natural bacterial strategy to combat biomass recalcitrance BT - In: Biomass Recalcitrance PB - Blackwell CY - London UR - https://doi.org/10.1002/9781444305418.ch13 DO - 10.1002/9781444305418.ch13 ID - Bayer2008 ER - TY - JOUR AU - Rincon, M. T. AU - Dassa, B. AU - Flint, H. J. AU - Travis, A. R. AU - Jindou, S. AU - Borovok, I. AU - Lamed, R. AU - Bayer, E. A. AU - Henrissat, B. AU - Coutinho, P. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Abundance and diversity of dockerin- containing proteins in the fiber-degrading rumen bacterium, Ruminococcus flavefaciens FD1 JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0012476 DO - 10.1371/journal.pone.0012476 ID - Rincon2010 ER - TY - JOUR AU - Adams, J. J. AU - Jang, C. J. AU - Spencer, H. L. AU - Elliott, M. AU - Smith, S. P. PY - 2004 DA - 2004// TI - Expression, purification and structural characterization of the scaffoldin hydrophilic X-module from the cellulosome of Clostridium thermocellum JO - Protein Expr Purif VL - 38 UR - https://doi.org/10.1016/j.pep.2004.08.018 DO - 10.1016/j.pep.2004.08.018 ID - Adams2004 ER - TY - JOUR AU - Pagès, S. AU - Belaich, A. AU - Belaich, J. -. P. AU - Morag, E. AU - Lamed, R. AU - Shoham, Y. AU - Bayer, E. A. PY - 1997 DA - 1997// TI - Species-specificity of the cohesin-dockerin interaction between Clostridium thermocellum and Clostridium cellulolyticum: Prediction of specificity determinants of the dockerin domain JO - Proteins VL - 29 UR - https://doi.org/3.0.CO;2-P DO - 3.0.CO;2-P ID - Pagès1997 ER - TY - JOUR AU - Mechaly, A. AU - Yaron, S. AU - Lamed, R. AU - Fierobe, H. -. P. AU - Belaich, A. AU - Belaich, J. -. P. AU - Shoham, Y. AU - Bayer, E. A. PY - 2000 DA - 2000// TI - Cohesin-dockerin recognition in cellulosome assembly: Experiment versus hypothesis JO - Proteins VL - 39 UR - https://doi.org/3.0.CO;2-H DO - 3.0.CO;2-H ID - Mechaly2000 ER - TY - JOUR AU - Mechaly, A. AU - Fierobe, H. -. P. AU - Belaich, A. AU - Belaich, J. -. P. AU - Lamed, R. AU - Shoham, Y. AU - Bayer, E. A. PY - 2001 DA - 2001// TI - Cohesin-dockerin interaction in cellulosome assembly: A single hydroxyl group of a dockerin domain distinguishes between non-recognition and high- affinity recognition JO - J Biol Chem VL - 276 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M009237200 DO - 10.1074/jbc.M009237200 ID - Mechaly2001 ER - TY - JOUR AU - Khan, A. W. AU - Meek, E. AU - Sowden, L. C. AU - Colvin, J. R. PY - 1984 DA - 1984// TI - Emendation of the genus Acetivibrio and description of Acetivibrio cellulosolvens sp. nov., a nonmotile cellulolytic mesophile JO - Int J Syst Bacteriol VL - 34 UR - https://doi.org/10.1099/00207713-34-4-419 DO - 10.1099/00207713-34-4-419 ID - Khan1984 ER - TY - JOUR AU - Sanchez, C. R. AU - Peres, C. S. AU - Barbosa, H. R. PY - 1999 DA - 1999// TI - Growth and endoglucanase activity of Acetivibrio cellulolyticus grown in three different cellulosic substrates JO - Rev Microbiol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1590/S0001-37141999000400004 DO - 10.1590/S0001-37141999000400004 ID - Sanchez1999 ER - TY - JOUR AU - Murray, W. D. PY - 1986 DA - 1986// TI - Acetivibrio cellulosolvens Is a synonym for Acetivibrio cellulolyticus: Emendation of the genus Acetivibrio JO - Int J Syst Bacteriol VL - 36 UR - https://doi.org/10.1099/00207713-36-2-314 DO - 10.1099/00207713-36-2-314 ID - Murray1986 ER - TY - JOUR AU - Cantarel, B. L. AU - Coutinho, P. M. AU - Rancurel, C. AU - Bernard, T. AU - Lombard, V. AU - Henrissat, B. PY - 2009 DA - 2009// TI - The Carbohydrate-Active Enzymes database (CAZy): an expert resource for glycogenomics JO - Nucl Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn663 DO - 10.1093/nar/gkn663 ID - Cantarel2009 ER - TY - JOUR AU - Gal, L. AU - Gaudin, C. AU - Belaich, A. AU - Pagès, S. AU - Tardif, C. AU - Belaich, J. -. P. PY - 1997 DA - 1997// TI - CelG from Clostridium cellulolyticum: a multidomain endoglucanase acting efficiently on crystalline cellulose JO - J Bacteriol VL - 179 ID - Gal1997 ER - TY - JOUR AU - Irwin, D. AU - Shin, D. -. H. AU - Zhang, S. AU - Barr, B. K. AU - Sakon, J. AU - Karplus, P. A. AU - Wilson, D. B. PY - 1998 DA - 1998// TI - Roles of the catalytic domain and two cellulose binding domains of Thermomonospora fusca E4 in cellulose hydrolysis JO - J Bacteriol VL - 180 ID - Irwin1998 ER - TY - JOUR AU - Sakon, J. AU - Irwin, D. AU - Wilson, D. B. AU - Karplus, P. A. PY - 1997 DA - 1997// TI - Structure and mechanism of endo/exocellulase E4 from Thermomonospora fusca JO - Nature Struct Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nsb1097-810 DO - 10.1038/nsb1097-810 ID - Sakon1997 ER - TY - JOUR AU - Gilad, R. AU - Rabinovich, L. AU - Yaron, S. AU - Bayer, E. A. AU - Lamed, R. AU - Gilbert, H. J. AU - Shoham, Y. PY - 2003 DA - 2003// TI - CelI, a non-cellulosomal family-9 enzyme from Clostridium thermocellum, is a processive endoglucanase that degrades crystalline cellulose JO - J Bacteriol VL - 185 UR - https://doi.org/10.1128/JB.185.2.391-398.2003 DO - 10.1128/JB.185.2.391-398.2003 ID - Gilad2003 ER - TY - JOUR AU - Jindou, S. AU - Xu, Q. AU - Kenig, R. AU - Shoham, Y. AU - Bayer, E. A. AU - Lamed, R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Novel architectural theme of family-9 glycoside hydrolases identified in cellulosomal enzymes of Acetivibrio cellulolyticus and Clostridium thermocellum JO - FEMS Microbiol Lett VL - 254 UR - https://doi.org/10.1111/j.1574-6968.2005.00040.x DO - 10.1111/j.1574-6968.2005.00040.x ID - Jindou2006 ER - TY - JOUR AU - Brás, J. L. AU - Cartmell, A. AU - Carvalho, A. L. AU - Verzé, G. AU - Bayer, E. A. AU - Vazana, Y. AU - Correia, M. A. AU - Prates, J. A. AU - Ratnaparkhe, S. AU - Boraston, A. B. PY - 2011 DA - 2011// TI - Structural insights into a unique cellulase fold and mechanism of cellulose hydrolysis JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1015006108 DO - 10.1073/pnas.1015006108 ID - Brás2011 ER - TY - JOUR AU - Kahel-Raifer, H. AU - Jindou, S. AU - Bahari, L. AU - Nataf, Y. AU - Shoham, Y. AU - Bayer, E. A. AU - Borovok, I. AU - Lamed, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - The unique set of putative membrane-associated anti-σ factors in Clostridium thermocellum suggests a novel extracellular carbohydrate- sensing mechanism involved in gene regulation JO - FEMS Microbiol Lett VL - 308 UR - https://doi.org/10.1111/j.1574-6968.2010.01997.x DO - 10.1111/j.1574-6968.2010.01997.x ID - Kahel-Raifer2010 ER - TY - JOUR AU - Nataf, Y. AU - Bahari, L. AU - Kahel-Raifer, H. AU - Borovok, I. AU - Lamed, R. AU - Bayer, E. A. AU - Sonenshein, A. L. AU - Shoham, Y. PY - 2010 DA - 2010// TI - Clostridium thermocellum cellulosomal genes are regulated by extracytoplasmic polysaccharides via alternate sigma factors JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 10718646–51 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1012175107 DO - 10.1073/pnas.1012175107 ID - Nataf2010 ER - TY - JOUR AU - Bahari, L. AU - Gilad, Y. AU - Borovok, I. AU - Dassa, B. AU - Kahel-Raifer, H. AU - Jindou, S. AU - Nataf, Y. AU - Shoham, Y. AU - Lamed, R. AU - Bayer, E. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Glycoside hydrolases as components of putative carbohydrate biosensor proteins in Clostridium thermocellum JO - J Ind Microbiol Biotechnol VL - 38 UR - https://doi.org/10.1007/s10295-010-0848-9 DO - 10.1007/s10295-010-0848-9 ID - Bahari2011 ER - TY - JOUR AU - Lamed, R. AU - Naimark, J. AU - Morgenstern, E. AU - Bayer, E. A. PY - 1987 DA - 1987// TI - Scanning electron microscopic delineation of bacterial surface topology using cationized ferritin JO - J Microbiol Methods VL - 7 UR - https://doi.org/10.1016/0167-7012(87)90045-5 DO - 10.1016/0167-7012(87)90045-5 ID - Lamed1987 ER - TY - JOUR AU - Land, M. AU - Pukall, R. AU - Abt, B. AU - Goker, M. AU - Rohde, M. AU - Glavina Del Rio, T. AU - Tice, H. AU - Copeland, A. AU - Cheng, J. F. AU - Lucas, S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Complete genome sequence of Beutenbergia cavernae type strain (HKI 0122) JO - Stand Genomic Sci VL - 1 UR - https://doi.org/10.4056/sigs.1162 DO - 10.4056/sigs.1162 ID - Land2009 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Madden, T. L. AU - Schäffer, A. A. AU - Zhang, J. AU - Zhang, Z. AU - Miller, W. AU - Lipman, D. J. PY - 1997 DA - 1997// TI - Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs JO - Nucl Acids Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/nar/25.17.3389 DO - 10.1093/nar/25.17.3389 ID - Altschul1997 ER - TY - JOUR AU - Crooks, G. E. AU - Hon, G. AU - Chandonia, J. M. AU - Brenner, S. E. PY - 2004 DA - 2004// TI - WebLogo: A sequence logo generator JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.849004 DO - 10.1101/gr.849004 ID - Crooks2004 ER - TY - JOUR AU - Higgins, D. AU - Thompson, J. AU - Gibson, T. AU - Thompson, J. D. AU - Higgins, D. G. AU - Gibson, T. J. PY - 1994 DA - 1994// TI - CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice JO - Nucleic Acids Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/nar/22.22.4673 DO - 10.1093/nar/22.22.4673 ID - Higgins1994 ER - TY - JOUR AU - Guindon, S. AU - Dufayard, J. F. AU - Lefort, V. AU - Anisimova, M. AU - Hordijk, W. AU - Gascuel, O. PY - 2010 DA - 2010// TI - New algorithms and methods to estimate maximum-likelihood phylogenies: Assessing the performance of PhyML 3.0 JO - Syst Biol VL - 59 UR - https://doi.org/10.1093/sysbio/syq010 DO - 10.1093/sysbio/syq010 ID - Guindon2010 ER - TY - JOUR AU - Page, R. D. PY - 1996 DA - 1996// TI - TreeView: an application to display phylogenetic trees on personal computers JO - Comput Appl Biosci VL - 12 ID - Page1996 ER -