Table 3 Survey of Verticillium dahliae and V. albo-atrum isolates for the presence of Class I and II transposons identified in VdLs.17 genome
Isolate | Geographic Origin | Host | VCGb | Retrotransposons | “Cut and Paste” DNA transposons |
|---|---|---|---|---|---|
V.dahliae | |||||
VdLs.17a | CA | Lettuce | 2B | Copia (VdLTRE 1 and 5), Gypsy (VdLTRE2/3/4) | Tc1/mariner (DAHLIAE 1 to 3), Activator (VdHAT 1 to 7), Mutator (VdMULE 1 to 8) |
VdT9 | CA | Cotton | 1 | Copia (VdLTRE 1 and 5), Gypsy (VdLTRE2/3/4) | - |
VdV44 | TX | Cotton | 1 | Copia (VdLTRE 1 and 5), Gypsy (VdLTRE2/3/4) | - |
VdPCW | CA | Pepper | 3 | Copia (VdLTRE 1 and 5), Gypsy (VdLTRE2/3/4) | Tc1/mariner (DAHLIAE1d) |
Vd70.21 | unknown | unknown | 3 | Copia (VdLTRE 1 and 5), Gypsy (VdLTRE2/3/4) | nd |
VdDvd-T5 | ON | Tomato | 2A | Copia (VdLTRE1), Gypsy (VdLTRE2/3/4) | Tc1/mariner (DAHLIAE1d), Activator (VdHAT1) |
VdBB | ID | Potato | 4A | Gypsy (VdLTRE2/3/4) | Tc1/mariner (DAHLIAE2), Activator (VdHAT2) |
VdWM | TX | Cotton | 2A | Gypsy (VdLTRE2/3/4) | nd |
VdPH | CA | Pistachio | 2A | Copia (VdLTRE1), Gypsy (VdLTRE2/3/4) | - |
Vd115 | Syria | Cotton | 2B | Copia (VdLTRE1), Gypsy (VdLTRE2/3/4) | nd |
VdS39 | OH | Soil | 4B | Copia (VdLTRE1), Gypsy (VdLTRE2/3/4) | Tc1/mariner (DAHLIAE2) |
VdCW | WA | Cherry | 4A/B | Copia (VdLTRE1), Gypsy (VdLTRE2/3/4) | Tc1/mariner (DAHLIAE2) |
V. albo-atrum | |||||
VaMs.102a | PA | Alfalfa | nd | Copia (VdLTRE1) | - |
Va383-2 | ON | Potato | nd | Copia (VdLTRE1) | Tc1/mariner (DAHLIAE2) |
Va4ATC | ON | Potato | nd | Copia (VdLTRE1) | Tc1/mariner (DAHLIAE2) |
VaV5591 | CA | Cauliflower | nd | Copia (VdLTRE1), Gypsy (VdLTRE2/3/4) | - |
Va462 | MN | Potato | nd | nd | Tc1/mariner (DAHLIAE2) |
VaChile1 | Chile | Kiwi | nd | - | Tc1/mariner (DAHLIAE2) |
VaPSU140 | PA | Ailanthus altissima | nd | - | Tc1/mariner (DAHLIAE2) |
Va48557 | UK | Tomato | nd | - | Tc1/mariner (DAHLIAE2) |
VaV481 | UK | Hops | nd | - | Tc1/mariner (DAHLIAE2) |
VaV104b | PEI | Potato | nd | - | nd |
VaV4901 | PEI | Potato | nd | - | nd |