TY - JOUR AU - Farnham, P. PY - 2009 DA - 2009// TI - Insights from genomic profiling of transcription factors JO - Nat Rev Genet VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2636 DO - 10.1038/nrg2636 ID - Farnham2009 ER - TY - JOUR AU - D’haeseleer, P. PY - 2006 DA - 2006// TI - What are DNA sequence motifs? JO - Nat Biotech VL - 24 UR - https://doi.org/10.1038/nbt0406-423 DO - 10.1038/nbt0406-423 ID - D’haeseleer2006 ER - TY - JOUR AU - Li, X. AU - Thomas, S. AU - Sabo, P. AU - Eisen, M. AU - Stamatoyannopoulos, J. AU - Biggin, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - The role of chromatin accessibility in directing the widespread, overlapping patterns of Drosophila transcription factor binding JO - Genome Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2011-12-4-r34 DO - 10.1186/gb-2011-12-4-r34 ID - Li2011 ER - TY - JOUR AU - Liu, X. AU - Lee, C. AU - Granek, J. AU - Clarke, N. AU - Lieb, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Whole-genome comparison of Leu3 binding in vitro and in vivo reveals the importance of nucleosome occupancy in target site selection JO - Genome Res VL - 16 UR - https://doi.org/10.1101/gr.5655606 DO - 10.1101/gr.5655606 ID - Liu2006 ER - TY - JOUR AU - Daenen, F. AU - Van Roy, F. AU - De Bleser, P. PY - 2008 DA - 2008// TI - Low nucleosome occupancy is encoded around functional human transcription factor binding sites JO - BMC Genomics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-9-332 DO - 10.1186/1471-2164-9-332 ID - Daenen2008 ER - TY - JOUR AU - Segal, E. AU - Fondufe-Mittendorf, Y. AU - Chen, L. PY - 2006 DA - 2006// TI - A genomic code for nucleosome positioning JO - Nat VL - 442 UR - https://doi.org/10.1038/nature04979 DO - 10.1038/nature04979 ID - Segal2006 ER - TY - JOUR AU - Li, B. AU - Carey, M. AU - Workman, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - The role of chromatin during transcription JO - Cell VL - 128 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2007.01.015 DO - 10.1016/j.cell.2007.01.015 ID - Li2007 ER - TY - JOUR AU - Guccione, E. AU - Martinato, F. AU - Finocchiaro, G. AU - Luzi, L. AU - Tizzoni, L. AU - Dall’Olio, V. AU - Zardo, G. AU - Nervi, C. AU - Bernard, L. AU - Amati, B. PY - 2006 DA - 2006// TI - Myc-binding-site recognition in the human genome is determined by chromatin context JO - Nat Cell Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/ncb1434 DO - 10.1038/ncb1434 ID - Guccione2006 ER - TY - JOUR AU - Heintzman, N. D. AU - Hon, G. C. AU - Hawkins, R. D. AU - Kheradpour, P. AU - Stark, A. AU - Harp, L. F. AU - Ye, Z. AU - Lee, L. K. AU - Stuart, R. K. AU - Ching, C. W. AU - Ching, K. A. AU - Antosiewicz-Bourget, J. E. AU - Liu, H. AU - Zhang, X. AU - Green, R. D. AU - Lobanenkov, V. V. AU - Stewart, R. AU - Thomson, J. A. AU - Crawford, G. E. AU - Kellis, M. AU - Ren, B. PY - 2009 DA - 2009// TI - Histone modifications at human enhancers reflect global cell-type-specific gene expression JO - Nat VL - 459 UR - https://doi.org/10.1038/nature07829 DO - 10.1038/nature07829 ID - Heintzman2009 ER - TY - JOUR AU - Cedar, H. AU - Bergman, Y. PY - 2009 DA - 2009// TI - Linking DNA methylation and histone modification: patterns and paradigms JO - Nat Rev Genet VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2540 DO - 10.1038/nrg2540 ID - Cedar2009 ER - TY - JOUR AU - Ravasi, T. AU - Suzuki, H. AU - Cannistraci, C. V. AU - Katayama, S. AU - Bajic, V. B. AU - Tan, K. AU - Akalin, A. AU - Schmeier, S. AU - Kanamori-Katayama, M. AU - Bertin, N. AU - Carninci, P. AU - Daub, C. O. AU - Forrest, A. R. AU - Gough, J. AU - Grimmond, S. AU - Han, J. AU - Hashimoto, T. AU - Hide, W. AU - Hofmann, O. AU - Kamburov, A. AU - Kaur, M. AU - Kawaji, H. AU - Kubosaki, A. AU - Lassmann, T. AU - van Nimwegen, E. AU - MacPherson, C. R. AU - Ogawa, C. AU - Radovanovic, A. AU - Schwartz, A. AU - Teasdale, R. D. AU - Tegnr, J. AU - Lenhard, B. AU - Teichmann, S. A. AU - Arakawa, T. AU - Ninomiya, N. AU - Murakami, K. AU - Tagami, M. AU - Fukuda, S. AU - Imamura, K. AU - Kai, C. AU - Ishihara, R. AU - Kitazume, Y. AU - Kawai, J. AU - Hume, D. A. AU - Ideker, T. AU - Hayashizaki, Y. PY - 2010 DA - 2010// TI - An Atlas of Combinatorial Transcriptional Regulation in Mouse and Man JO - Cell VL - 140 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2010.01.044 DO - 10.1016/j.cell.2010.01.044 ID - Ravasi2010 ER - TY - JOUR AU - Park, P. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - ChIP-seq: advantages and challenges of a maturing technology JO - Nat Rev Genet VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2641 DO - 10.1038/nrg2641 ID - Park2009 ER - TY - JOUR AU - Margolin, A. AU - Nemenman, I. AU - Basso, K. AU - Wiggins, C. AU - Stolovitzky, G. AU - Favera, R. AU - Califano, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - ARACNE: an algorithm for the reconstruction of gene regulatory networks in a mammalian cellular context JO - BMC Bioinf VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-S1-S7 DO - 10.1186/1471-2105-7-S1-S7 ID - Margolin2006 ER - TY - JOUR AU - Faith, J. AU - Hayete, B. AU - Thaden, J. AU - Mogno, I. AU - Wierzbowski, J. AU - Cottarel, G. AU - Kasif, S. AU - Collins, J. AU - Gardner, T. PY - 2007 DA - 2007// TI - Large-scale mapping and validation of Escherichia coli transcriptional regulation from a compendium of expression profiles JO - PLoS Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0050008 DO - 10.1371/journal.pbio.0050008 ID - Faith2007 ER - TY - JOUR AU - Bar-Joseph, Z. AU - Gerber, G. AU - Lee, T. AU - Rinaldi, N. AU - Yoo, J. AU - Robert, F. AU - Gordon, D. AU - Fraenkel, E. AU - Jaakkola, T. AU - Young, R. PY - 2003 DA - 2003// TI - Computational discovery of gene modules and regulatory networks JO - Nat Biotechnol VL - 21 UR - https://doi.org/10.1038/nbt890 DO - 10.1038/nbt890 ID - Bar-Joseph2003 ER - TY - JOUR AU - Lemmens, K. AU - Dhollander, T. AU - De, B. i. e. AU - Monsieurs, P. AU - Engelen, K. AU - Smets, B. AU - Winderickx, J. AU - De, M. o. o. r. AU - Marchal, K. PY - 2006 DA - 2006// TI - Inferring transcriptional modules from ChIP-chip, motif and microarray data JO - Genome Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2006-7-5-r37 DO - 10.1186/gb-2006-7-5-r37 ID - Lemmens2006 ER - TY - JOUR AU - Youn, A. AU - Reiss, D. AU - Stuetzle, W. PY - 2010 DA - 2010// TI - Learning transcriptional networks from the integration of ChIP–chip and expression data in a non-parametric model JO - Bioinf VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq289 DO - 10.1093/bioinformatics/btq289 ID - Youn2010 ER - TY - JOUR AU - Mordelet, F. AU - Vert, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - SIRENE: supervised inference of regulatory networks JO - Bioinf VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn273 DO - 10.1093/bioinformatics/btn273 ID - Mordelet2008 ER - TY - JOUR AU - Xie, X. AU - Rigor, P. AU - Baldi, P. PY - 2009 DA - 2009// TI - MotifMap: a human genome-wide map of candidate regulatory motif sites JO - Bioinf VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn605 DO - 10.1093/bioinformatics/btn605 ID - Xie2009 ER - TY - JOUR AU - Moses, A. AU - Chiang, D. AU - Pollard, D. AU - Iyer, V. AU - Eisen, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - MONKEY: identifying conserved transcription-factor binding sites in multiple alignments using a binding site-specific evolutionary model JO - Genome Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-12-r98 DO - 10.1186/gb-2004-5-12-r98 ID - Moses2004 ER - TY - JOUR AU - Hallikas, O. AU - Palin, K. AU - Sinjushina, N. AU - Rautiainen, R. AU - Partanen, J. AU - Ukkonen, E. AU - Taipale, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genome-wide prediction of mammalian enhancers based on analysis of transcription-factor binding affinity JO - Cell VL - 124 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2005.10.042 DO - 10.1016/j.cell.2005.10.042 ID - Hallikas2006 ER - TY - JOUR AU - Klepper, K. AU - Sandve, G. AU - Abul, O. AU - Johansen, J. AU - Drablos, F. PY - 2008 DA - 2008// TI - Assessment of composite motif discovery methods JO - BMC Bioinf VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-123 DO - 10.1186/1471-2105-9-123 ID - Klepper2008 ER - TY - JOUR AU - He, X. AU - Ling, X. PY - 2009 DA - 2009// TI - Alignment and prediction of cis-regulatory modules based on a probabilistic model of evolution JO - PLoS Comput Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000299 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000299 ID - He2009 ER - TY - JOUR AU - Sinha, S. AU - Liang, Y. AU - Siggia, E. PY - 2006 DA - 2006// TI - Stubb: a program for discovery and analysis of cis-regulatory modules JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl224 DO - 10.1093/nar/gkl224 ID - Sinha2006 ER - TY - JOUR AU - Wasserman, W. W. AU - Sandelin, A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Applied bioinformatics for the identification of regulatory elements JO - Nat Rev Genet VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nrg1315 DO - 10.1038/nrg1315 ID - Wasserman2004 ER - TY - JOUR AU - Whitington, T. AU - Perkins, A. AU - Bailey, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - High-throughput chromatin information enables accurate tissue-specific prediction of transcription factor binding sites JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn866 DO - 10.1093/nar/gkn866 ID - Whitington2009 ER - TY - JOUR AU - Narlikar, L. AU - Gordn, R. AU - Hartemink, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - A nucleosome-guided map of transcription factor binding sites in yeast JO - PLoS Comput Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0030215 DO - 10.1371/journal.pcbi.0030215 ID - Narlikar2007 ER - TY - JOUR AU - Song, L. AU - Zhang, Z. AU - Grasfeder, L. AU - Boyle, A. AU - Giresi, P. AU - Lee, B. AU - Sheffield, N. AU - Gräf, S. AU - Huss, M. AU - Keefe, D. PY - 2011 DA - 2011// TI - Open chromatin defined by DNaseI and FAIRE identifies regulatory elements that shape cell-type identity JO - Genome Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gr.121541.111 DO - 10.1101/gr.121541.111 ID - Song2011 ER - TY - JOUR AU - Cao, Y. AU - Yao, Z. AU - Sarkar, D. AU - Lawrence, M. AU - Sanchez, G. AU - Parker, M. AU - MacQuarrie, K. AU - Davison, J. AU - Morgan, M. AU - Ruzzo, W. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genome-wide MyoD binding in skeletal muscle cells: a potential for broad cellular reprogramming JO - Dev Cell VL - 18 UR - https://doi.org/10.1016/j.devcel.2010.02.014 DO - 10.1016/j.devcel.2010.02.014 ID - Cao2010 ER - TY - JOUR AU - Conboy, C. AU - Spyrou, C. AU - Thorne, N. AU - Wade, E. AU - Barbosa-Morais, N. AU - Wilson, M. AU - Bhattacharjee, A. AU - Young, R. AU - Tavaré, S. AU - Lees, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Cell cycle genes are the evolutionarily conserved targets of the E2F4 transcription factor JO - PLoS One VL - 2 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0001061 DO - 10.1371/journal.pone.0001061 ID - Conboy2007 ER - TY - JOUR AU - Cooper, S. AU - Trinklein, N. AU - Nguyen, L. AU - Myers, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Serum response factor binding sites differ in three human cell types JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.5875007 DO - 10.1101/gr.5875007 ID - Cooper2007 ER - TY - JOUR AU - Odom, D. T. AU - Dowell, R. D. AU - Jacobsen, E. S. AU - Gordon, W. AU - Danford, T. W. AU - MacIsaac, K. D. AU - Rolfe, P. A. AU - Conboy, C. M. AU - Gifford, D. K. AU - Fraenkel, E. PY - 2007 DA - 2007// TI - Tissue-specific transcriptional regulation has diverged significantly between human and mouse JO - Nat Genet VL - 39 UR - https://doi.org/10.1038/ng2047 DO - 10.1038/ng2047 ID - Odom2007 ER - TY - JOUR AU - Schmidt, D. AU - Wilson, M. D. AU - Ballester, B. AU - Schwalie, P. C. AU - Brown, G. D. AU - Marshall, A. AU - Kutter, C. AU - Watt, S. AU - Martinez-Jimenez, C. P. AU - Mackay, S. AU - Talianidis, I. AU - Flicek, P. AU - Odom, D. T. PY - 2010 DA - 2010// TI - Five-Vertebrate ChIP-seq Reveals the Evolutionary Dynamics of Transcription Factor Binding JO - Sci VL - 328 UR - https://doi.org/10.1126/science.1186176 DO - 10.1126/science.1186176 ID - Schmidt2010 ER - TY - JOUR AU - Birney, E. AU - Stamatoyannopoulos, J. AU - Dutta, A. AU - Guigó, R. AU - Gingeras, T. AU - Margulies, E. AU - Weng, Z. AU - Snyder, M. AU - Dermitzakis, E. AU - Thurman, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project JO - Nat VL - 447 UR - https://doi.org/10.1038/nature05874 DO - 10.1038/nature05874 ID - Birney2007 ER - TY - JOUR AU - Moqtaderi, Z. AU - Wang, J. AU - Raha, D. AU - White, R. J. AU - Snyder, M. AU - Weng, Z. AU - Struhl, K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genomic binding profiles of functionally distinct RNA polymerase III transcription complexes in human cells JO - Nat Struct Mol Biol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb.1794 DO - 10.1038/nsmb.1794 ID - Moqtaderi2010 ER - TY - JOUR AU - Rye, M. AU - Sætrom, P. AU - Drabløs, F. PY - 2011 DA - 2011// TI - A manually curated ChIP-seq benchmark demonstrates room for improvement in current peak-finder programs JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq1187 DO - 10.1093/nar/gkq1187 ID - Rye2011 ER - TY - JOUR AU - He, A. AU - Kong, S. W. AU - Ma, Q. AU - Pu, W. T. PY - 2011 DA - 2011// TI - Co-occupancy by multiple cardiac transcription factors identifies transcriptional enhancers active in heart JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1016959108 DO - 10.1073/pnas.1016959108 ID - He2011 ER - TY - JOUR AU - Ott, C. AU - Suszko, M. AU - Blackledge, N. P. AU - Wright, J. E. AU - Crawford, G. E. AU - Harris, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - A complex intronic enhancer regulates expression of the CFTR gene by direct interaction with the promoter JO - J Cell Mol Med VL - 13 UR - https://doi.org/10.1111/j.1582-4934.2008.00621.x DO - 10.1111/j.1582-4934.2008.00621.x ID - Ott2009 ER - TY - JOUR AU - Eisenberg, E. AU - Levanon, E. Y. PY - 2003 DA - 2003// TI - Human housekeeping genes are compact JO - Trends Genet VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-9525(03)00140-9 DO - 10.1016/S0168-9525(03)00140-9 ID - Eisenberg2003 ER - TY - JOUR AU - Saxonov, S. AU - Berg, P. AU - Brutlag, D. PY - 2006 DA - 2006// TI - A genome-wide analysis of CpG dinucleotides in the human genome distinguishes two distinct classes of promoters JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0510310103 DO - 10.1073/pnas.0510310103 ID - Saxonov2006 ER - TY - JOUR AU - Weber, M. AU - Hellmann, I. AU - Stadler, M. B. AU - Ramos, L. AU - Pääbo, S. AU - Rebhan, M. AU - Schübeler, D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Distribution, silencing potential and evolutionary impact of promoter DNA methylation in the human genome JO - Nat Genet VL - 39 UR - https://doi.org/10.1038/ng1990 DO - 10.1038/ng1990 ID - Weber2007 ER - TY - JOUR AU - Greenbaum, D. AU - Colangelo, C. AU - Williams, K. AU - Gerstein, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Comparing protein abundance and mRNA expression levels on a genomic scale JO - Genome Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2003-4-9-117 DO - 10.1186/gb-2003-4-9-117 ID - Greenbaum2003 ER - TY - JOUR AU - Phillips, J. AU - Corces, V. PY - 2009 DA - 2009// TI - CTCF: master weaver of the genome JO - Cell VL - 137 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2009.06.001 DO - 10.1016/j.cell.2009.06.001 ID - Phillips2009 ER - TY - JOUR AU - Ramirez-Carrozzi, V. AU - Kerppola, T. PY - 2003 DA - 2003// TI - Asymmetric recognition of nonconsensus AP-1 sites by Fos-Jun and Jun-Jun influences transcriptional cooperativity with NFAT1 JO - Mol Cell Biol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.23.5.1737-1749.2003 DO - 10.1128/MCB.23.5.1737-1749.2003 ID - Ramirez-Carrozzi2003 ER - TY - JOUR AU - Rye, M. AU - Sætrom, P. AU - Håndstad, T. AU - Drabløs, F. PY - 2011 DA - 2011// TI - Clustered ChIP-Seq-defined transcription factor binding sites and histone modifications map distinct classes of regulatory elements JO - BMC Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1741-7007-9-80 DO - 10.1186/1741-7007-9-80 ID - Rye2011 ER - TY - JOUR AU - Ben-Hur, A. AU - Ong, C. AU - Sonnenburg, S. AU - Schölkopf, B. AU - Rätsch, G. PY - 2008 DA - 2008// TI - Support vector machines and kernels for computational biology JO - PLoS Comput Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000173 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000173 ID - Ben-Hur2008 ER - TY - JOUR AU - Ruppert, S. AU - Wang, E. AU - Tjian, R. PY - 1993 DA - 1993// TI - Cloning and expression of human TAFII250: a TBP-associated factor implicated in cell-cycle regulation JO - Nat VL - 362 UR - https://doi.org/10.1038/362175a0 DO - 10.1038/362175a0 ID - Ruppert1993 ER - TY - JOUR AU - Håndstad, T. AU - Rye, M. AU - Drabløs, F. AU - Sætrom, P. PY - 2011 DA - 2011// TI - A ChIP-Seq Benchmark Shows That Sequence Conservation Mainly Improves Detection of Strong Transcription Factor Binding Sites JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0018430 DO - 10.1371/journal.pone.0018430 ID - Håndstad2011 ER - TY - JOUR AU - Tanay, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Extensive low-affinity transcriptional interactions in the yeast genome JO - Genome Res VL - 16 UR - https://doi.org/10.1101/gr.5113606 DO - 10.1101/gr.5113606 ID - Tanay2006 ER - TY - JOUR AU - Ganapathi, M. AU - Palumbo, M. AU - Ansari, S. AU - He, Q. AU - Tsui, K. AU - Nislow, C. AU - Morse, R. PY - 2032 DA - 2032// TI - Extensive role of the general regulatory factors, Abf1 and Rap1, in determining genome-wide chromatin structure in budding yeast JO - Nucleic Acids Res VL - 39 ID - Ganapathi2032 ER - TY - JOUR AU - Xu, H. AU - Handoko, L. AU - Wei, X. AU - Ye, C. AU - Sheng, J. AU - Wei, C. AU - Lin, F. AU - Sung, W. PY - 2010 DA - 2010// TI - A signal–noise model for significance analysis of ChIP-seq with negative control JO - Bioinf VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq128 DO - 10.1093/bioinformatics/btq128 ID - Xu2010 ER - TY - JOUR AU - Whitfield, M. L. AU - Sherlock, G. AU - Saldanha, A. J. AU - Murray, J. I. AU - Ball, C. A. AU - Alexander, K. E. AU - Matese, J. C. AU - Perou, C. M. AU - Hurt, M. M. AU - Brown, P. O. AU - Botstein, D. PY - 2002 DA - 2002// TI - Identification of Genes Periodically Expressed in the Human Cell Cycle and Their Expression in Tumors JO - Mol Biol Cell VL - 13 UR - https://doi.org/10.1091/mbc.02-02-0030. DO - 10.1091/mbc.02-02-0030. ID - Whitfield2002 ER - TY - JOUR AU - Karolchik, D. AU - Baertsch, R. AU - Diekhans, M. AU - Furey, T. AU - Hinrichs, A. AU - Lu, Y. AU - Roskin, K. AU - Schwartz, M. AU - Sugnet, C. AU - Thomas, D. PY - 2003 DA - 2003// TI - The UCSC genome browser database JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg129 DO - 10.1093/nar/gkg129 ID - Karolchik2003 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Y. AU - Liu, T. AU - Meyer, C. AU - Eeckhoute, J. AU - Johnson, D. AU - Bernstein, B. AU - Nussbaum, C. AU - Myers, R. AU - Brown, M. AU - Li, W. PY - 2008 DA - 2008// TI - Model-based analysis of ChIP-Seq (MACS) JO - Genome Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2008-9-9-r137 DO - 10.1186/gb-2008-9-9-r137 ID - Zhang2008 ER - TY - JOUR AU - Jothi, R. AU - Cuddapah, S. AU - Barski, A. AU - Cui, K. AU - Zhao, K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genome-wide identification of in vivo protein–DNA binding sites from ChIP-Seq data JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn488 DO - 10.1093/nar/gkn488 ID - Jothi2008 ER - TY - JOUR AU - Chan, P. AU - Lowe, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - GtRNAdb: a database of transfer RNA genes detected in genomic sequence JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn787 DO - 10.1093/nar/gkn787 ID - Chan2009 ER - TY - JOUR AU - Matys, V. AU - Fricke, E. AU - Geffers, R. AU - Gossling, E. AU - Haubrock, M. AU - Hehl, R. AU - Hornischer, K. AU - Karas, D. AU - Kel, A. AU - Kel-Margoulis, O. PY - 2003 DA - 2003// TI - TRANSFAC: Transcriptional regulation, from patterns to profiles JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg108 DO - 10.1093/nar/gkg108 ID - Matys2003 ER - TY - JOUR AU - Bryne, J. AU - Valen, E. AU - Tang, M. AU - Marstrand, T. AU - Winther, O. AU - Da, P. i. e. d. a. d. e. AU - Krogh, A. AU - Lenhard, B. AU - Sandelin, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - JASPAR, the open access database of transcription factor-binding profiles: new content and tools in the 2008 update JO - Nucleic Acids Res VL - 36 ID - Bryne2008 ER - TY - JOUR AU - Lander, E. AU - Linton, L. AU - Birren, B. AU - Nusbaum, C. AU - Zody, M. AU - Baldwin, J. AU - Devon, K. AU - Dewar, K. AU - Doyle, M. AU - FitzHugh, W. PY - 2001 DA - 2001// TI - Initial sequencing and analysis of the human genome JO - Nat VL - 409 UR - https://doi.org/10.1038/35057062 DO - 10.1038/35057062 ID - Lander2001 ER - TY - STD TI - Novoalign. [http://www.novocraft.com/], UR - http://www.novocraft.com/ ID - ref60 ER - TY - STD TI - Database of Single Nucleotide Polymorphisms (dbSNP). Bethesda (MD): National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine. (dbSNP Build ID: 130). [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/], UR - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/ ID - ref61 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Handsaker, B. AU - Wysoker, A. AU - Fennell, T. AU - Ruan, J. AU - Homer, N. AU - Marth, G. AU - Abecasis, G. AU - Durbin, R. PY - 2078 DA - 2078// TI - The sequence alignment/map format and SAMtools JO - Bioinf VL - 25 ID - Li2078 ER - TY - JOUR AU - Gibbs, R. AU - Belmont, J. AU - Hardenbol, P. AU - Willis, T. AU - Yu, F. AU - Yang, H. AU - Ch’ang, L. AU - Huang, W. AU - Liu, B. AU - Shen, Y. PY - 2003 DA - 2003// TI - The international HapMap project JO - Nat VL - 426 UR - https://doi.org/10.1038/nature02168 DO - 10.1038/nature02168 ID - Gibbs2003 ER - TY - JOUR AU - Bailey, T. PY - 2011 DA - 2011// TI - DREME: Motif discovery in transcription factor ChIP-seq data JO - Bioinf VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr261 DO - 10.1093/bioinformatics/btr261 ID - Bailey2011 ER - TY - JOUR AU - Gupta, S. AU - Stamatoyannopoulos, J. AU - Bailey, T. AU - Noble, W. PY - 2007 DA - 2007// TI - Quantifying similarity between motifs JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-2-r24 DO - 10.1186/gb-2007-8-2-r24 ID - Gupta2007 ER - TY - JOUR AU - Seal, R. AU - Gordon, S. AU - Lush, M. AU - Wright, M. AU - Bruford, E. PY - 2011 DA - 2011// TI - genenames. org: the HGNC resources in 2011 JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq892 DO - 10.1093/nar/gkq892 ID - Seal2011 ER - TY - CHAP AU - Ben-Hur, A. PY - 2011 DA - 2011// BT - PyML - machine learning in Python ID - Ben-Hur2011 ER - TY - JOUR AU - Crooks, G. AU - Hon, G. AU - Chandonia, J. AU - Brenner, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - WebLogo: a sequence logo generator JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.849004 DO - 10.1101/gr.849004 ID - Crooks2004 ER -