Table 3 Potential novel genes involved in mineral nutrient and trace element homeostasis in yeast with ionomic phenotypes expressed as moderated Z-scores

Ca

YNL323W

LEM3

B

7.15

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Ca

YOL052C

SPE2

B

6.32

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Ca

YGR162W

TIF4631

B

4.34

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Ca

YBL047C

EDE1

B

4.29

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Ca

YBL094C

B

4.06

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Na

YNR051C

BRE5

B

-

-

-

-

-

-

-

-

-

5.87

-

-

-

-

Na

YOR039W

CKB2

B

-

-

-

-

-

-

-

-

-

4.33

-

-

-

-

K

YJL179W

PFD1

B

-

-

-

-

-

4.99

-

-

-

-

-

-

-

-

K

YLR242C

ARV1

B

-

-

-

-

-

4.31

-

-

-

-

-

-

-

-

Mg & P [Ni trend]

YPL179W

PPQ1

B

-

-

-

-

-

-

19.50

-

-

-

-

5.70

-

-

Mg & P [Ni trend]

YGR129W

SYF2

B

-

-

-

-

-

-

9.28

-

-

-

-

8.61

-

-

S

YBR279W

PAF1

B

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

8.15

-

S

YPL178W

CBC2

B

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

7.94

-

S

YIL097W

FYV10

B

-

-

-

-

-

-

-

-

-

4.79

-

-

7.88

-

S

YIL165C

B

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

7.00

-

S

YIL155C

GUT2

B

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

6.71

-

Mo [surrogate Fe]

YBR081C

SPT7

C

-

-

-

-

-

-

-

-

8.47

-

-

-

-

-

Mo [surrogate Fe]

YCR084C

TUP1

C

-

-

-

-

-

-

-

-

7.97

-

-

-

-

-

Mo [surrogate Fe]

YGR257C

MTM1

C

-

-

-

-

-

-

-

-

6.97

-

-

-

-

-

Mo [surrogate Fe]

YGL066W

SGF73

C

-

-

-

-

-

-

-

-

6.86

-

-

-

-

-

Mo [surrogate Fe]

YBR112C

CYC8

C

-

-

-

-

-

-

-

-

6.73

-

-

-

-

-

Mn & Cd

YLR034C

SMF3

B

-

4.50

-

-

-

-

-

8.48

-

-

-

-

-

-

Mn & Cd

YDR322W

MRPL35

B

-

7.15

-

-

-

-

-

5.27

-

-

-

-

-

-

Mn & Cd

YNR006W

VPS27

B

-

6.34

-

-

-

-

-

4.98

-

-

-

-

-

-

Mn & Cd

YGL124C

MON1

B

-

7.36

-

-

-

-

-

4.18

-

-

-

-

-

-

Mn & Cd

YGR089W

NNF2

B

-

3.78

-

-

-

-

-

3.95

-

-

-

-

-

-

Mn

YEL050C

RML2

B

-

-

-

-

-

-

-

−6.95

-

-

-

-

-

-

Mn

YCR024C

SLM5

B

-

-

-

-

-

-

-

−4.74

-

-

-

-

-

-

Mn

YDR477W

SNF1

B

-

-

-

-

-

-

-

−4.39

-

-

-

-

-

-

Cd

YGL095C

VPS45

B

-

10.49

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Cd

YKL041W

VPS24

B

-

8.61

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Cd

YBL024W

NCL1

B

-

8.61

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Cd

YOR036W

PEP12

B

-

7.80

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Cd

YML097C

VPS9

B

-

7.27

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Significant ionomic changes in yeast with single copy gene knockouts in diploid background

Element being regulated

Line

Name

Group

Ca

Cd

Co

Cu

Fe

K

Mg

Mn

Mo

Na

Ni

P

S

Zn

Ca

YJL111W

CCT7

B

3.96

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Ca

YER125W

RSP5

B

4.05

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Na

YGL097W

SRM1

B

-

-

-

-

-

-

-

-

-

−7.22

-

-

-

-

Na

YLR197W

NOP56

B

-

-

-

-

-

-

-

-

-

−3.67

-

-

-

-

Mg

YIL033C

BCY1

B

-

-

-

-

-

-

−5.09

-

-

-

-

-

-

-

Mg

YDL145C

COP1

A

-

-

-

-

-

-

4.41

-

-

-

-

-

-

-

Mg

YDR188W

CCT6

A

-

-

-

-

-

-

5.20

-

-

-

-

-

-

-

Mo

YKL059C

MPE1

B

-

-

-

-

-

-

-

-

4.11

-

-

-

-

-

Mo

YGL150C

INO80

B

-

-

-

-

-

-

-

-

4.59

-

-

-

-

-

Mo

YJR057W

CDC8

B

-

-

-

-

-

-

-

-

4.61

-

-

-

-

-

Mo

YDL003W

MCD1

B

-

-

-

-

-

-

-

-

5.01

-

-

-

-

-

Cd

YGL112C

TAF6

B

-

3.92

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Cd

YLR293C

GSP1

A

-

4.13

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Cd

YML093W

UTP14

B

-

4.35

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Mn

YNL112W

DBP2

B

-

-

-

-

-

-

-

4.49

-

-

-

-

-

-

Mn

YNL062C

GCD10

B

-

-

-

-

-

-

-

7.29

-

-

-

-

-

-

Significant ionomic changes in yeast with single open reading frame over expressed

Element being regulated

Line

Name

Group

As

Ca

Cd

Cl

Co

Cu

Fe

K

Mg

Mn

Mo

Na

Ni

P

S

Se

Zn

Na

YOR071C

NRT1

C

-

5.41

-

-

-

-

-

-

-

-

-

23.54

-

-

-

-

-

Na

YOR106W

VAM3

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

7.96

-

-

-

-

-

Na

YDR281C

PHM6

B

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

7.06

-

-

-

-

-

Ca

YER068W

MOT2

B

-

7.87

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Ca

YGR027C

RPS25A

B

-

6.11

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Ca

YGL163C

RAD54

B

-

5.86

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Ca

YLR196W

PWP1

B

-

5.26

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

K

YPR138C

MEP3

A

-

-

-

-

-

-

-

−4.67

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Mg & Ni

YPL031C

PHO85

B

-

-

-

-

-

-

-

-

5.85

-

4.93

-

4.52

-

-

-

-

Mo [Fe]

YLR013W

GAT3

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

15.8

-

-

-

-

-

-

Mo [Fe]

YDR222W

B

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

5.26

-

-

-

-

-

-

Mo [Fe]

YPL089C

RLM1

B

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

5.20

-

-

-

-

-

-

Mo [Fe]

YIL079C

AIR1

B

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

4.69

-

-

-

-

-

-

Mo [Fe]

YMR235C

RNA1

B

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

3.94

-

-

-

-

-

-

Cu

YDR441C

APT2

B

-

-

-

-

-

9.42

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Cu

YIL118W

RHO3

B

-

-

-

-

-

4.80

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Cu

YNL201C

PSY2

B

-

-

-

-

-

4.77

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Cu

YPR009W

SUT2

B

-

-

-

-

-

4.76

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Mn

YCL022C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

−4.25

-

-

-

-

-

-

-

Cd

YJL031C

BET4

B

-

-

5.06

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Cd

YDR452W

PPN1

B

-

-

4.46

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Cd

YDL055C

PSA1

B

-

-

4.43

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-