TY - JOUR AU - Ruby, J. G. AU - Jan, C. H. AU - Bartel, D. P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Intronic microRNA precursors that bypass Drosha processing JO - Nature VL - 448 UR - https://doi.org/10.1038/nature05983 DO - 10.1038/nature05983 ID - Ruby2007 ER - TY - JOUR AU - Berezikov, E. AU - Chung, W. -. J. AU - Willis, J. AU - Cuppen, E. AU - Lai, E. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - Mammalian mirtron genes JO - Mol Cell VL - 28 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2007.09.028 DO - 10.1016/j.molcel.2007.09.028 ID - Berezikov2007 ER - TY - JOUR AU - Axtell, M. J. AU - Westholm, J. O. AU - Lai, E. C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Vive la différence: biogenesis and evolution of microRNAs in plants and animals JO - Genome Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2011-12-4-221 DO - 10.1186/gb-2011-12-4-221 ID - Axtell2011 ER - TY - JOUR AU - Schickel, R. AU - Boyerinas, B. AU - Park, S. -. M. AU - Peter, M. E. PY - 2008 DA - 2008// TI - MicroRNAs: key players in the immune system, differentiation, tumorigenesis and cell death JO - Oncogene VL - 27 UR - https://doi.org/10.1038/onc.2008.274 DO - 10.1038/onc.2008.274 ID - Schickel2008 ER - TY - JOUR AU - Liu, N. AU - Okamura, K. AU - Tyler, D. M. AU - Phillips, M. D. AU - Chung, W. -. J. AU - Lai, E. C. PY - 2008 DA - 2008// TI - The evolution and functional diversification of animal microRNA genes JO - Cell Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1038/cr.2008.278 DO - 10.1038/cr.2008.278 ID - Liu2008 ER - TY - JOUR AU - Berezikov, E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Evolution of microRNA diversity and regulation in animals JO - Nat Rev Genet VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3079 DO - 10.1038/nrg3079 ID - Berezikov2011 ER - TY - JOUR AU - Shabalina, S. A. AU - Koonin, E. V. PY - 2008 DA - 2008// TI - Origins and evolution of eukaryotic RNA interference JO - Trends Ecol Evol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1016/j.tree.2008.06.005 DO - 10.1016/j.tree.2008.06.005 ID - Shabalina2008 ER - TY - JOUR AU - Kosik, K. S. PY - 2009 DA - 2009// TI - MicroRNAs tell an evo-devo story JO - Nat Rev Neurosci VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nrn2713 DO - 10.1038/nrn2713 ID - Kosik2009 ER - TY - JOUR AU - Grimson, A. AU - Srivastava, M. AU - Fahey, B. AU - Woodcroft, B. J. AU - Chiang, H. R. AU - King, N. AU - Degnan, B. M. AU - Rokhsar, D. S. AU - Bartel, D. P. PY - 2008 DA - 2008// TI - Early origins and evolution of microRNAs and piwi-interacting RNAs in animals JO - Nature VL - 455 UR - https://doi.org/10.1038/nature07415 DO - 10.1038/nature07415 ID - Grimson2008 ER - TY - JOUR AU - Cerutti, H. AU - Casas-Mollano, J. A. PY - 2006 DA - 2006// TI - On the origin and functions of RNA-mediated silencing: from protists to man JO - Curr Genet VL - 50 UR - https://doi.org/10.1007/s00294-006-0078-x DO - 10.1007/s00294-006-0078-x ID - Cerutti2006 ER - TY - JOUR AU - Kim, V. N. AU - Han, J. AU - Siomi, M. C. PY - 2009 DA - 2009// TI - Biogenesis of small RNAs in animals JO - Nat Rev Mol Cell Bio VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nrm2632 DO - 10.1038/nrm2632 ID - Kim2009 ER - TY - JOUR AU - Peterson, K. J. AU - Dietrich, M. R. AU - McPeek, M. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - MicroRNAs and metazoan macroevolution: insights into canalization, complexity, and the Cambrian explosion JO - BioEssays VL - 31 UR - https://doi.org/10.1002/bies.200900033 DO - 10.1002/bies.200900033 ID - Peterson2009 ER - TY - JOUR AU - Wheeler, B. M. AU - Heimberg, A. M. AU - Moy, V. N. AU - Sperling, E. A. AU - Holstein, T. W. AU - Heber, S. AU - Peterson, K. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - The deep evolution of metazoan microRNAs JO - EvoDevo VL - 11 ID - Wheeler2009 ER - TY - JOUR AU - Niwa, R. AU - Slack, F. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - The evolution of animal microRNA function JO - Curr Opin Genet Dev VL - 17 UR - https://doi.org/10.1016/j.gde.2007.02.004 DO - 10.1016/j.gde.2007.02.004 ID - Niwa2007 ER - TY - JOUR AU - Bartel, D. P. PY - 2004 DA - 2004// TI - MicroRNAs: genomics, biogenesis, mechanism, and function JO - Cell VL - 116 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(04)00045-5 DO - 10.1016/S0092-8674(04)00045-5 ID - Bartel2004 ER - TY - JOUR AU - Jones-Rhoades, M. W. AU - Bartel, D. P. AU - Bartel, B. PY - 2006 DA - 2006// TI - MicroRNAs and their regulatory roles in plants JO - Annu Rev Plant Biol VL - 57 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.arplant.57.032905.105218 DO - 10.1146/annurev.arplant.57.032905.105218 ID - Jones-Rhoades2006 ER - TY - JOUR AU - Hinas, A. AU - Reimegard, J. AU - Wagner, E. G. H. AU - Nellen, W. AU - Ambros, V. R. AU - Soderbom, F. PY - 2007 DA - 2007// TI - The small RNA repertoire of Dictyostelium discoideum and its regulation by components of the RNAi pathway JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm707 DO - 10.1093/nar/gkm707 ID - Hinas2007 ER - TY - JOUR AU - Cock, J. M. AU - Sterck, L. AU - Rouzé, P. AU - Scornet, D. AU - Allen, A. E. AU - Amoutzias, G. AU - Anthouard, V. AU - Artiguenave, F. AU - Aury, J. -. M. AU - Badger, J. H. PY - 2010 DA - 2010// TI - The Ectocarpus genome and the independent evolution of multicellularity in brown algae JO - Nature VL - 465 UR - https://doi.org/10.1038/nature09016 DO - 10.1038/nature09016 ID - Cock2010 ER - TY - JOUR AU - Huang, A. AU - He, L. AU - Wang, G. PY - 2011 DA - 2011// TI - Identification and characterization of microRNAs from Phaeodactylum tricornutum by high-throughput sequencing and bioinformatics analysis JO - BMC Genomics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-12-337 DO - 10.1186/1471-2164-12-337 ID - Huang2011 ER - TY - JOUR AU - Lin, W. -. C. AU - Li, S. -. C. AU - Lin, W. -. C. AU - Shin, J. -. W. AU - Hu, S. -. N. AU - Yu, X. -. M. AU - Huang, T. -. Y. AU - Chen, S. -. C. AU - Chen, H. -. C. AU - Chen, S. -. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Identification of microRNA in the protist Trichomonas vaginalis JO - Genomics VL - 93 UR - https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2009.01.004 DO - 10.1016/j.ygeno.2009.01.004 ID - Lin2009 ER - TY - JOUR AU - Chen, X. S. AU - Collins, L. J. AU - Biggs, P. J. AU - Penny, D. PY - 2009 DA - 2009// TI - High throughput genome-wide survey of small RNAs from the parasitic protists Giardia intestinalis and Trichomonas vaginalis JO - Genome Biol Evol VL - 1 UR - https://doi.org/10.1093/gbe/evp017 DO - 10.1093/gbe/evp017 ID - Chen2009 ER - TY - JOUR AU - Huang, P. -. J. AU - Lin, W. -. C. AU - Chen, S. -. C. AU - Lin, Y. -. H. AU - Sun, C. -. H. AU - Lyu, P. -. C. AU - Tang, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Identification of putative miRNAs from the deep-branching unicellular flagellates JO - Genomics VL - 99 UR - https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2011.11.002 DO - 10.1016/j.ygeno.2011.11.002 ID - Huang2012 ER - TY - JOUR AU - Lin, W. -. C. AU - Huang, K. -. Y. AU - Chen, S. -. C. AU - Huang, T. -. Y. AU - Chen, S. -. J. AU - Huang, P. -. J. AU - Tang, P. PY - 2009 DA - 2009// TI - Malate dehydrogenase is negatively regulated by miR-1 in Trichomonas vaginalis JO - Parasitol Res VL - 105 UR - https://doi.org/10.1007/s00436-009-1616-5 DO - 10.1007/s00436-009-1616-5 ID - Lin2009 ER - TY - JOUR AU - Li, W. AU - Saraiya, A. A. AU - Wang, C. C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Gene regulation in Giardia lamblia involves a putative microRNA derived from a small nucleolar RNA JO - PLoS Negl Trop Dis VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0001338 DO - 10.1371/journal.pntd.0001338 ID - Li2011 ER - TY - JOUR AU - Saraiya, A. A. AU - Li, W. AU - Wang, C. C. PY - 2011 DA - 2011// TI - A microRNA derived from an apparent canonical biogenesis pathway regulates variant surface protein gene expression in Giardia lamblia JO - RNA VL - 17 UR - https://doi.org/10.1261/rna.028118.111 DO - 10.1261/rna.028118.111 ID - Saraiya2011 ER - TY - JOUR AU - Saraiya, A. A. AU - Wang, C. C. PY - 2008 DA - 2008// TI - SnoRNA, a novel precursor of microRNA in Giardia lamblia JO - PLoS Pathog VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1000224 DO - 10.1371/journal.ppat.1000224 ID - Saraiya2008 ER - TY - JOUR AU - Braun, L. AU - Cannella, D. AU - Ortet, P. AU - Barakat, M. AU - Sautel, C. F. AU - Kieffer, S. AU - Garin, J. AU - Bastien, O. AU - Voinnet, O. AU - Hakimi, M. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - A complex small RNA repertoire is generated by a plant/fungal-like machinery and effected by a metazoan-like Argonaute in the single-cell human parasite Toxoplasma gondii JO - PLoS Pathog VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1000920 DO - 10.1371/journal.ppat.1000920 ID - Braun2010 ER - TY - JOUR AU - Molnár, A. AU - Schwach, F. AU - Studholme, D. J. AU - Thuenemann, E. C. AU - Baulcombe, D. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - MiRNAs control gene expression in the single-cell alga Chlamydomonas reinhardtii JO - Nature VL - 447 UR - https://doi.org/10.1038/nature05903 DO - 10.1038/nature05903 ID - Molnár2007 ER - TY - JOUR AU - Zhao, T. AU - Li, G. AU - Mi, S. AU - Li, S. AU - Hannon, G. J. AU - Wang, X. J. AU - Qi, Y. PY - 2007 DA - 2007// TI - A complex system of small RNAs in the unicellular green alga Chlamydomonas reinhardtii JO - Genes Dev VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gad.1543507 DO - 10.1101/gad.1543507 ID - Zhao2007 ER - TY - JOUR AU - Tarver, J. E. AU - Donoghue, P. C. J. AU - Peterson, K. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Do miRNAs have a deep evolutionary history? JO - BioEssays VL - 34 UR - https://doi.org/10.1002/bies.201200055 DO - 10.1002/bies.201200055 ID - Tarver2012 ER - TY - JOUR AU - Dunn, C. W. AU - Hejnol, A. AU - Matus, D. Q. AU - Pang, K. AU - Browne, W. E. AU - Smith, S. A. AU - Seaver, E. AU - Rouse, G. W. AU - Obst, M. AU - Edgecombe, G. D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Broad phylogenomic sampling improves resolution of the animal tree of life JO - Nature VL - 452 UR - https://doi.org/10.1038/nature06614 DO - 10.1038/nature06614 ID - Dunn2008 ER - TY - JOUR AU - Hejnol, A. AU - Obst, M. AU - Stamatakis, A. AU - Ott, M. AU - Rouse, G. W. AU - Edgecombe, G. D. AU - Martinez, P. AU - Baguñà, J. AU - Bailly, X. AU - Jondelius, U. PY - 2009 DA - 2009// TI - Assessing the root of bilaterian animals with scalable phylogenomic methods JO - Proc Biol Sci VL - 276 UR - https://doi.org/10.1098/rspb.2009.0896 DO - 10.1098/rspb.2009.0896 ID - Hejnol2009 ER - TY - JOUR AU - Ryan, J. F. AU - Pang, K. AU - Comparative Sequencing Program, N. AU - Mullikin, J. C. AU - Martindale, M. Q. AU - Baxevanis, A. D. PY - 2010 DA - 2010// TI - The homeodomain complement of the ctenophore Mnemiopsis leidyi suggests that Ctenophora and Porifera diverged prior to the ParaHoxozoa JO - EvoDevo VL - 1 UR - https://doi.org/10.1186/2041-9139-1-9 DO - 10.1186/2041-9139-1-9 ID - Ryan2010 ER - TY - JOUR AU - Reitzel, A. M. AU - Pang, K. AU - Ryan, J. F. AU - Mullikin, J. C. AU - Martindale, M. Q. AU - Baxevanis, A. D. AU - Tarrant, A. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Nuclear receptors from the ctenophore Mnemiopsis leidyi lack a zinc-finger DNA-binding domain: lineage-specific loss or ancestral condition in the emergence of the nuclear receptor superfamily? JO - EvoDevo VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/2041-9139-2-3 DO - 10.1186/2041-9139-2-3 ID - Reitzel2011 ER - TY - JOUR AU - Pang, K. AU - Ryan, J. F. AU - Baxevanis, A. D. AU - Martindale, M. Q. PY - 2011 DA - 2011// TI - Evolution of the TGF-β signaling pathway and its potential role in the ctenophore, Mnemiopsis leidyi JO - PLoS ONE VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0024152 DO - 10.1371/journal.pone.0024152 ID - Pang2011 ER - TY - JOUR AU - Pick, K. S. AU - Philippe, H. AU - Schreiber, F. AU - Erpenbeck, D. AU - Jackson, D. J. AU - Wrede, P. AU - Wiens, M. AU - Alie, A. AU - Morgenstern, B. AU - Manuel, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Improved phylogenomic taxon sampling noticeably affects nonbilaterian relationships JO - Mol Biol Evol VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msq089 DO - 10.1093/molbev/msq089 ID - Pick2010 ER - TY - JOUR AU - Chapman, J. A. AU - Kirkness, E. F. AU - Simakov, O. AU - Hampson, S. E. AU - Mitros, T. AU - Weinmaier, T. AU - Rattei, T. AU - Balasubramanian, P. G. AU - Borman, J. AU - Busam, D. PY - 2010 DA - 2010// TI - The dynamic genome of Hydra JO - Nature VL - 464 UR - https://doi.org/10.1038/nature08830 DO - 10.1038/nature08830 ID - Chapman2010 ER - TY - JOUR AU - Hertel, J. AU - de Jong, D. AU - Marz, M. AU - Rose, D. AU - Tafer, H. AU - Tanzer, A. AU - Schierwater, B. AU - Stadler, P. F. PY - 2009 DA - 2009// TI - Non-coding RNA annotation of the genome of Trichoplax adhaerens JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn1084 DO - 10.1093/nar/gkn1084 ID - Hertel2009 ER - TY - JOUR AU - MacRae, I. J. AU - Doudna, J. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Ribonuclease revisited: structural insights into ribonuclease III family enzymes JO - Cur Opin Struct Biol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1016/j.sbi.2006.12.002 DO - 10.1016/j.sbi.2006.12.002 ID - MacRae2007 ER - TY - JOUR AU - Mochizuki, K. PY - 2005 DA - 2005// TI - A Dicer-like protein in Tetrahymena has distinct functions in genome rearrangement, chromosome segregation, and meiotic prophase JO - Genes Dev VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gad.1265105 DO - 10.1101/gad.1265105 ID - Mochizuki2005 ER - TY - JOUR AU - MacRae, I. J. AU - Zhou, K. AU - Doudna, J. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Structural determinants of RNA recognition and cleavage by Dicer JO - Nat Struct Mol Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb1293 DO - 10.1038/nsmb1293 ID - MacRae2007 ER - TY - JOUR AU - Finn, R. D. AU - Clements, J. AU - Eddy, S. R. PY - 2011 DA - 2011// TI - HMMER web server: interactive sequence similarity searching JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr367 DO - 10.1093/nar/gkr367 ID - Finn2011 ER - TY - JOUR AU - de Jong, D. AU - Eitel, M. AU - Jakob, W. AU - Osigus, H. -. J. AU - Hadrys, H. AU - Desalle, R. AU - Schierwater, B. PY - 2009 DA - 2009// TI - Multiple Dicer genes in the early-diverging metazoa JO - Mol Biol Evol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msp042 DO - 10.1093/molbev/msp042 ID - de Jong2009 ER - TY - CHAP AU - Zhang, L. AU - Hou, D. AU - Chen, X. AU - Li, D. AU - Zhu, L. AU - Zhang, Y. AU - Li, J. AU - Bian, Z. AU - Liang, X. AU - Cai, X. PY - 2011 DA - 2011// TI - Exogenous plant MIR168a specifically targets mammalian LDLRAP1: evidence of cross-kingdom regulation by microRNA BT - Cell Res ID - Zhang2011 ER - TY - JOUR AU - Flynt, A. S. AU - Greimann, J. C. AU - Chung, W. -. J. AU - Lima, C. D. AU - Lai, E. C. PY - 2010 DA - 2010// TI - MicroRNA biogenesis via splicing and exosome-mediated trimming in Drosophila JO - Molecular Cell VL - 38 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2010.06.014 DO - 10.1016/j.molcel.2010.06.014 ID - Flynt2010 ER - TY - JOUR AU - Philippe, H. AU - Brinkmann, H. AU - Copley, R. R. AU - Moroz, L. L. AU - Nakano, H. AU - Poustka, A. J. AU - Wallberg, A. AU - Peterson, K. J. AU - Telford, M. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Acoelomorph flatworms are deuterostomes related to Xenoturbella JO - Nature VL - 470 UR - https://doi.org/10.1038/nature09676 DO - 10.1038/nature09676 ID - Philippe2011 ER - TY - JOUR AU - Langmead, B. AU - Trapnell, C. AU - Pop, M. AU - Salzberg, S. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome JO - Genome Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2009-10-3-r25 DO - 10.1186/gb-2009-10-3-r25 ID - Langmead2009 ER - TY - JOUR AU - Friedländer, M. R. AU - Mackowiak, S. D. AU - Li, N. AU - Chen, W. AU - Rajewsky, N. PY - 2012 DA - 2012// TI - miRDeep2 accurately identifies known and hundreds of novel microRNA genes in seven animal clades JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr688 DO - 10.1093/nar/gkr688 ID - Friedländer2012 ER - TY - JOUR AU - Hackenberg, M. AU - Sturm, M. AU - Langenberger, D. AU - Falcon-Perez, J. M. AU - Aransay, A. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - miRanalyzer: a microRNA detection and analysis tool for next-generation sequencing experiments JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp347 DO - 10.1093/nar/gkp347 ID - Hackenberg2009 ER - TY - JOUR AU - Markham, N. R. AU - Zuker, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - UNAFold: software for nucleic acid folding and hybridization JO - Methods Mol Biol VL - 453 UR - https://doi.org/10.1007/978-1-60327-429-6_1 DO - 10.1007/978-1-60327-429-6_1 ID - Markham2008 ER - TY - JOUR AU - Chung, W. J. AU - Agius, P. AU - Westholm, J. O. AU - Chen, M. AU - Okamura, K. AU - Robine, N. AU - Leslie, C. S. AU - Lai, E. C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Computational and experimental identification of mirtrons in Drosophila melanogaster and Caenorhabditis elegans JO - Genome Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gr.113050.110 DO - 10.1101/gr.113050.110 ID - Chung2011 ER - TY - JOUR AU - Abascal, F. AU - Zardoya, R. AU - Posada, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - ProtTest: selection of best-fit models of protein evolution JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti263 DO - 10.1093/bioinformatics/bti263 ID - Abascal2005 ER - TY - JOUR AU - Stamatakis, A. AU - Hoover, P. AU - Rougemont, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - A rapid bootstrap algorithm for the RAxML Web servers JO - Syst Biol VL - 57 UR - https://doi.org/10.1080/10635150802429642 DO - 10.1080/10635150802429642 ID - Stamatakis2008 ER - TY - JOUR AU - Ronquist, F. AU - Huelsenbeck, J. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - MrBayes 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg180 DO - 10.1093/bioinformatics/btg180 ID - Ronquist2003 ER -