TY - JOUR AU - Tettelin, H. AU - Masignani, V. AU - Cieslewicz, M. J. AU - Donati, C. AU - Medini, D. AU - Ward, N. L. AU - Angiuoli, S. V. AU - Crabtree, J. AU - Jones, A. L. AU - Durkin, A. S. AU - Deboy, R. T. AU - Davidsen, T. M. AU - Mora, M. AU - Scarselli, M. AU - Margarit, Y. AU - Ros, I. AU - Peterson, J. D. AU - Hauser, C. R. AU - Sundaram, J. P. AU - Nelson, W. C. AU - Madupu, R. AU - Brinkac, L. M. AU - Dodson, R. J. AU - Rosovitz, M. J. AU - Sullivan, S. A. AU - Daugherty, S. C. AU - Haft, D. H. AU - Selengut, J. AU - Gwinn, M. L. AU - Zhou, L. AU - Zafar, N. AU - Khouri, H. AU - Radune, D. AU - Dimitrov, G. AU - Watkins, K. AU - O'Connor, K. J. AU - Smith, S. AU - Utterback, T. R. AU - White, O. AU - Rubens, C. E. AU - Grandi, G. AU - Madoff, L. C. AU - Kasper, D. L. AU - Telford, J. L. AU - Wessels, M. R. AU - Rappuoli, R. AU - Fraser, C. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genome analysis of multiple pathogenic isolates of Streptococcus agalactia: Implications for the microbial "pan-genome" JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0506758102 DO - 10.1073/pnas.0506758102 ID - Tettelin2005 ER - TY - JOUR AU - Binnewies, T. T. AU - Motro, Y. AU - Hallin, P. F. AU - Lund, O. AU - Dunn, D. AU - La, T. AU - Hampson, D. J. AU - Bellgard, M. AU - Wassenaar, T. M. AU - Ussery, D. W. PY - 2006 DA - 2006// TI - Ten years of bacterial genome sequencing: comparative-genomics- based discoveries JO - Funct Integr Genomics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1007/s10142-006-0027-2 DO - 10.1007/s10142-006-0027-2 ID - Binnewies2006 ER - TY - CHAP AU - Malorny, B. ED - Porwollik, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - New Approaches in Subspecies-level Salmonella Classification BT - Salmonella From Genome to Function PB - Caister Academic Press CY - Norwich United Kingdom ID - Malorny2011 ER - TY - JOUR AU - Lukjancenko, O. AU - Wassenaar, T. M. AU - Ussery, D. W. PY - 2010 DA - 2010// TI - Comparison of 61 Sequenced Escherichia coli Genomes JO - Microb Ecol VL - 60 UR - https://doi.org/10.1007/s00248-010-9717-3 DO - 10.1007/s00248-010-9717-3 ID - Lukjancenko2010 ER - TY - JOUR AU - Harris, S. R. AU - Feil, E. J. AU - Holden, M. T. AU - Quail, M. A. AU - Nickerson, E. K. AU - Chantratita, N. AU - Gardete, S. AU - Tavares, A. AU - Day, N. AU - Lindsay, J. A. AU - Edgeworth, J. D. AU - de Lencastre, H. AU - Parkhill, J. AU - Peacock, S. J. AU - Bentley, S. D. PY - 2010 DA - 2010// TI - Evolution of MRSA During Hospital Transmission and Intercontinental Spread JO - Science VL - 327 UR - https://doi.org/10.1126/science.1182395 DO - 10.1126/science.1182395 ID - Harris2010 ER - TY - JOUR AU - Medini, D. AU - Donati, C. AU - Tettelin, H. AU - Masignani, V. AU - Rappuoli, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - The microbial pan-genome JO - Curr Opin Genet Dev VL - 15 UR - https://doi.org/10.1016/j.gde.2005.09.006 DO - 10.1016/j.gde.2005.09.006 ID - Medini2005 ER - TY - JOUR AU - Gardy, J. L. AU - Johnston, J. C. AU - Ho Sui, S. J. AU - Cook, V. J. AU - Shah, L. AU - Brodkin, E. AU - Rempel, S. AU - Moore, R. AU - Zhao, Y. AU - Holt, R. AU - Varhol, R. AU - Birol, I. AU - Lem, M. AU - Sharma, M. K. AU - Elwood, K. AU - Jones, S. J. AU - Brinkman, F. S. AU - Brunham, R. C. AU - Tang, P. PY - 2011 DA - 2011// TI - Whole-genome sequencing and social-network analysis of a tuberculosis outbreak JO - N Engl J Med VL - 364 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa1003176 DO - 10.1056/NEJMoa1003176 ID - Gardy2011 ER - TY - JOUR AU - Rasko, D. A. AU - Worsham, P. L. AU - Abshire, T. G. AU - Stanley, S. T. AU - Bannan, J. D. AU - Wilson, M. R. AU - Langham, R. J. AU - Decker, R. S. AU - Jiang, L. AU - Read, T. D. AU - Phillippy, A. M. AU - Salzberg, S. L. AU - Pop, M. AU - Van Ert, M. N. AU - Kenefic, L. J. AU - Keim, P. S. AU - Fraser-Liggett, C. M. AU - Ravel, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Bacillus anthracis comparative genome analysis in support of the Amerithrax investigation JO - Proc Natl Acad Sci VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1016657108 DO - 10.1073/pnas.1016657108 ID - Rasko2011 ER - TY - JOUR AU - Pallen, M. J. AU - Loman, N. J. AU - Penn, C. W. PY - 2010 DA - 2010// TI - High-throughput sequencing and clinical microbiology: progress, opportunities and challenges JO - Curr Opin Microbiol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/j.mib.2010.08.003 DO - 10.1016/j.mib.2010.08.003 ID - Pallen2010 ER - TY - JOUR AU - Mellmann, A. AU - Harmsen, D. AU - Cummings, C. A. AU - Zentz, E. B. AU - Leopold, S. R. AU - Rico, A. AU - Prior, K. AU - Szczepanowski, R. AU - Ji, Y. AU - Zhang, W. AU - McLaughlin, S. F. AU - Henkhaus, J. K. AU - Leopold, B. AU - Bielaszewska, M. AU - Prager, R. AU - Brzoska, P. M. AU - Moore, R. L. AU - Guenther, S. AU - Rothberg, J. M. AU - Karch, H. PY - 2011 DA - 2011// TI - Prospective Genomic Characterization of the German Enterohemorrhagic Escherichia col O104:H4 Outbreak by Rapid Next Generation Sequencing Technology JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0022751 DO - 10.1371/journal.pone.0022751 ID - Mellmann2011 ER - TY - JOUR AU - Chin, C. S. AU - Sorenson, J. AU - Harris, J. B. AU - Robins, W. P. AU - Charles, R. C. AU - Jean-Charles, R. R. AU - Bullard, J. AU - Webster, D. R. AU - Kasarskis, A. AU - Peluso, P. AU - Paxinos, E. E. AU - Yamaichi, Y. AU - Calderwood, S. B. AU - Mekalanos, J. J. AU - Schadt, E. E. AU - Waldor, M. K. PY - 2011 DA - 2011// TI - The origin of the Haitian cholera outbreak strain JO - N Engl J Med VL - 364 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa1012928 DO - 10.1056/NEJMoa1012928 ID - Chin2011 ER - TY - JOUR AU - Adékambi, T. AU - Butler, R. W. AU - Hanrahan, F. AU - Delcher, A. L. AU - Drancourt, M. AU - Shinnick, T. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Core gene set as the basis of multilocus sequence analysis of the subclass Actinobacteridae JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0014792 DO - 10.1371/journal.pone.0014792 ID - Adékambi2011 ER - TY - JOUR AU - Urwin, R. AU - Maiden, M. C. PY - 2003 DA - 2003// TI - Multi-locus sequence typing: a tool for global epidemiology JO - Trends Microbiol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1016/j.tim.2003.08.006 DO - 10.1016/j.tim.2003.08.006 ID - Urwin2003 ER - TY - JOUR AU - Kyrpides, N. C. PY - 2009 DA - 2009// TI - Fifteen years of microbial genomics: meeting the challenges and fulfilling the dream JO - Nat Biotechnol VL - 27 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1552 DO - 10.1038/nbt.1552 ID - Kyrpides2009 ER - TY - JOUR AU - Jacobsen, A. AU - Hendriksen, R. S. AU - Aaresturp, F. M. AU - Ussery, D. W. AU - Friis, C. PY - 2011 DA - 2011// TI - The Salmonella enteric Pan-genome JO - Microb Ecol VL - 62 UR - https://doi.org/10.1007/s00248-011-9880-1 DO - 10.1007/s00248-011-9880-1 ID - Jacobsen2011 ER - TY - JOUR AU - Foley, S. L. AU - Zhao, S. AU - Walker, R. D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Comparison of molecular typing methods for the differentiation of salmonella foodborne pathogens JO - Foodborne Pathog Dis VL - 4 UR - https://doi.org/10.1089/fpd.2007.0085 DO - 10.1089/fpd.2007.0085 ID - Foley2007 ER - TY - JOUR AU - Boxrud, D. AU - Monson, T. AU - Stiles, T. AU - Besser, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - The role, challenges, and support of pulsenet laboratories in detecting foodborne disease outbreaks JO - Public Health Rep VL - 125 ID - Boxrud2010 ER - TY - CHAP AU - Popoff, M. Y. AU - Le Minor, L. ED - Popoff, M. Y. ED - Le Minor, L. PY - 1997 DA - 1997// TI - Taxonomy of the genus Salmonella. Changes in serovars nomenclature BT - Antigenic formulas of the Salmonella serovars, 7th revision PB - WHO Collaborating Centre for Reference and Research on Salmonella. Institut Pasteur CY - Paris, France ID - Popoff1997 ER - TY - JOUR AU - Lapierre, P. AU - Gogarten, J. P. PY - 2009 DA - 2009// TI - Estimating the size of the bacterial pan-genomes JO - Trends Genet VL - 25 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2008.12.004 DO - 10.1016/j.tig.2008.12.004 ID - Lapierre2009 ER - TY - JOUR AU - Snipen, L. AU - Ussery, D. W. PY - 2009 DA - 2009// TI - Standard operation procedure for computing pangenome trees JO - Stand Genomics Sci VL - 2 UR - https://doi.org/10.4056/sigs.38923 DO - 10.4056/sigs.38923 ID - Snipen2009 ER - TY - JOUR AU - Lienau, E. K. AU - Strain, E. AU - Wang, C. AU - Zheng, J. AU - Ottesen, A. R. AU - Keys, C. E. AU - Hammack, T. S. AU - Musser, S. M. AU - Brown, E. W. AU - Allard, M. W. AU - Cao, G. AU - Meng, J. AU - Stones, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Identification of a Salmonellosis outbreak by means of molecular sequencing JO - N Engl J Med VL - 364 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMc1100443 DO - 10.1056/NEJMc1100443 ID - Lienau2011 ER - TY - JOUR AU - Benson, D. A. AU - Karsch-Mizrachi, I. AU - Lipman, D. J. AU - Ostell, J. AU - Sayers, E. W. PY - 2011 DA - 2011// TI - GenBank JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq1079 DO - 10.1093/nar/gkq1079 ID - Benson2011 ER - TY - JOUR AU - Woose, C. R. PY - 1987 DA - 1987// TI - Bacterial evolution JO - Microbiol Rev VL - 51 ID - Woose1987 ER - TY - JOUR AU - Sacchi, C. T. AU - Whitney, A. M. AU - Reeves, M. W. AU - Mayer, L. W. AU - Popovic, T. PY - 2002 DA - 2002// TI - Sequence diversity of Neisseria meningitidi 16S rRNA genes and use of 16S rRNA gene sequencing as a molecular subtyping tool JO - J Clin Microbiol VL - 40 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.40.12.4520-4527.2002 DO - 10.1128/JCM.40.12.4520-4527.2002 ID - Sacchi2002 ER - TY - JOUR AU - Königsson, M. H. AU - Bölske, G. AU - Johansson, K. E. PY - 2002 DA - 2002// TI - Intraspecific variation in the 16S rRNA gene sequences of Mycoplasma agalactia and Mycoplasma bovi strains JO - Vet Microbiol VL - 85 UR - https://doi.org/10.1016/S0378-1135(01)00517-X DO - 10.1016/S0378-1135(01)00517-X ID - Königsson2002 ER - TY - JOUR AU - Lagesen, K. AU - Hallin, P. AU - Rødland, E. A. AU - Staerfeldt, H. H. AU - Rognes, T. AU - Ussery, D. W. PY - 2007 DA - 2007// TI - RNAmmer: consistent and rapid annotation of ribosomal RNA genes JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm160 DO - 10.1093/nar/gkm160 ID - Lagesen2007 ER - TY - JOUR AU - De Clerck, E. AU - De Vos, P. PY - 2004 DA - 2004// TI - Genotypic diversity among Bacillus licheniformi strains from various sources JO - FEMS Microbiol Lett VL - 231 UR - https://doi.org/10.1016/S0378-1097(03)00935-2 DO - 10.1016/S0378-1097(03)00935-2 ID - De Clerck2004 ER - TY - JOUR AU - Li, W. AU - Raoult, D. AU - Fournier, P. E. PY - 2009 DA - 2009// TI - Bacterial strain typing in the genomic era JO - FEMS Microbiol Rev VL - 33 UR - https://doi.org/10.1111/j.1574-6976.2009.00182.x DO - 10.1111/j.1574-6976.2009.00182.x ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Liu, F. AU - Kariyawasam, S. AU - Jayarao, B. M. AU - Barrangou, R. AU - Gerner-Smidt, P. AU - Ribot, E. M. AU - Knabel, S. J. AU - Dudley, E. G. PY - 2011 DA - 2011// TI - Subtyping Salmonella enterica Serovar Enteritidis Isolates from Different Sources by Using Sequence Typing Based on Virulence Genes and Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPRs) JO - Appl Environ Microbiol VL - 77 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.00468-11 DO - 10.1128/AEM.00468-11 ID - Liu2011 ER - TY - JOUR AU - Friis, C. AU - Wassenaar, T. M. AU - Javed, M. A. AU - Snipen, L. AU - Lagesen, K. AU - Hallin, P. F. AU - Newell, D. G. AU - Toszeghy, M. AU - Ridley, A. AU - Manning, G. AU - Ussery, D. W. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genomic characterization of Camphylobacter jejun M1 JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0012253 DO - 10.1371/journal.pone.0012253 ID - Friis2010 ER - TY - BOOK AU - Ussery, D. W. AU - Wassenaar, T. M. AU - Borini, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Computing for Comparative Genomics: Bioinformatics for Microbiologists (Computational Series) PB - Springer Verlag CY - London ID - Ussery2008 ER - TY - JOUR AU - Holt, K. E. AU - Thomson, N. R. AU - Wain, J. AU - Langridge, G. C. AU - Hasan, R. AU - Bhutta, Z. A. AU - Quail, M. A. AU - Norbertczak, H. AU - Walker, D. AU - Simmonds, M. AU - White, B. AU - Bason, N. AU - Mungall, K. AU - Dougan, G. AU - Parkhill, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Pseudogene accumulation in the evolutionary histories of Salmonella enterica serovars Paratyphi A and Typhi JO - BMC Genomics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-10-36 DO - 10.1186/1471-2164-10-36 ID - Holt2009 ER - TY - CHAP AU - Ussery, D. W. AU - Kill, K. AU - Lagesen, K. AU - Sicheritz-Ponten, T. AU - Bohlin, J. AU - Wassenaar, T. M. ED - Reuse, H. d. ED - Bereswill, S. PY - 2009 DA - 2009// TI - The Genus Burkholderia: Analysis of 56 Genomic Sequences. Microbial Pathogenomics BT - Microbial Pathogenomics PB - Basel CY - Karger UR - https://doi.org/10.1159/000235768 DO - 10.1159/000235768 ID - Ussery2009 ER - TY - JOUR AU - Vesth, T. AU - Wassenaar, T. M. AU - Hallin, P. F. AU - Snipen, L. AU - Lagesen, K. AU - Ussery, D. W. PY - 2010 DA - 2010// TI - On the Origins of a Vibrio Species JO - Microb Ecol VL - 59 UR - https://doi.org/10.1007/s00248-009-9596-7 DO - 10.1007/s00248-009-9596-7 ID - Vesth2010 ER - TY - JOUR AU - Karlsson, F. H. AU - Ussery, D. W. AU - Nielsen, J. AU - Nookaew, I. PY - 2011 DA - 2011// TI - A closer look at bacteroides: phylogenetic relationship and genomic implications of a life in the human gut JO - Microb Ecol VL - 61 UR - https://doi.org/10.1007/s00248-010-9796-1 DO - 10.1007/s00248-010-9796-1 ID - Karlsson2011 ER - TY - CHAP AU - Lukjancenko, O. AU - Ussery, D. W. AU - Wassenaar, T. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Comparative genomics of Bifidobacterium, Lactobacillus and related probiotic genera BT - Microb Ecol ID - Lukjancenko2011 ER - TY - CHAP AU - Yi, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Synonymous and Nonsynonymous Rates BT - eLS ID - Yi2007 ER - TY - JOUR AU - Julenius, K. AU - Pedersen, A. G. PY - 2006 DA - 2006// TI - Protein evolution is faster outside the cell JO - Mol Biol Evol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msl081 DO - 10.1093/molbev/msl081 ID - Julenius2006 ER - TY - JOUR AU - Lukjancenko, O. AU - Ussery, D. W. PY - 2010 DA - 2010// TI - Design of an Enterobacteriaceae Pan-Genome Microarray Chip JO - Proceeding of CSBio 2010: Thailand VL - 115 ID - Lukjancenko2010 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - MUSCLE: a multiple sequence alignment method with reduced time and space complexity JO - BMC Bioinformatics VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-5-113 DO - 10.1186/1471-2105-5-113 ID - Edgar2004 ER - TY - JOUR AU - Tamura, K. AU - Peterson, D. AU - Peterson, N. AU - Stecher, G. AU - Nei, M. AU - Kumar, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods JO - Mol Biol Evol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msr121 DO - 10.1093/molbev/msr121 ID - Tamura2011 ER - TY - JOUR AU - Wróbel, B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Statistical measures of uncertainty for branches in phylogenetic trees inferred from molecular sequences by using model-based methods JO - J Appl Genet VL - 49 UR - https://doi.org/10.1007/BF03195249 DO - 10.1007/BF03195249 ID - Wróbel2008 ER - TY - BOOK AU - Swofford, D. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - PAUP*. Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods). Version 4 PB - Sinauer Associates CY - Sunderland ID - Swofford2004 ER - TY - BOOK AU - Felsenstein, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - PHYLIP (Phylogeny Inference Package) version 3.6. Distributed by the author. Department of Genome Sciences PB - University of Washington CY - Seattle ID - Felsenstein2005 ER - TY - JOUR AU - Ashburner, M. AU - Ball, C. A. AU - Blake, J. A. AU - Botstein, D. AU - Butler, H. AU - Cherry, J. M. AU - Davis, A. P. AU - Dolinski, K. AU - Dwight, S. S. AU - Eppig, J. T. AU - Harris, M. A. AU - Hill, D. P. AU - Issel-Tarver, L. AU - Kasarskis, A. AU - Lewis, S. AU - Matese, J. C. AU - Richardson, J. E. AU - Ringwald, M. AU - Rubin, G. M. AU - Sherlock, G. PY - 2000 DA - 2000// TI - Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium JO - Nat Genet VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/75556 DO - 10.1038/75556 ID - Ashburner2000 ER - TY - JOUR AU - Leekitcharoenphon, P. AU - Taweemuang, U. AU - Palittapongarnpim, P. AU - Kotewong, R. AU - Supasiri, T. AU - Sonthayanon, B. PY - 2010 DA - 2010// TI - Predicted sub-populations in a marine shrimp proteome as revealed by combined EST and cDNA data from multiple Penaeu species JO - BMC Res Notes VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/1756-0500-3-295 DO - 10.1186/1756-0500-3-295 ID - Leekitcharoenphon2010 ER -