TY - JOUR AU - Marioni, J. C. AU - Mason, C. E. AU - Mane, S. M. AU - Stephens, M. AU - Gilad, Y. PY - 2008 DA - 2008// TI - RNA-seq: an assessment of technical reproducibility and comparison with gene expression arrays JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.079558.108 DO - 10.1101/gr.079558.108 ID - Marioni2008 ER - TY - JOUR AU - Hawkins, R. D. AU - Hon, G. C. AU - Ren, B. PY - 2010 DA - 2010// TI - Next-generation genomics: an integrative approach JO - Nature Reviews Genetics VL - 11 ID - Hawkins2010 ER - TY - JOUR AU - Robinson, M. D. AU - Oshlack, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - A scaling normalization method for differential expression analysis of RNA-seq data JO - Genome Biology VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2010-11-3-r25 DO - 10.1186/gb-2010-11-3-r25 ID - Robinson2010 ER - TY - JOUR AU - Garber, M. AU - Grabherr, M. G. AU - Guttman, M. AU - Trapnell, C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Computational methods for transcriptome annotation and quantification using RNA-seq JO - Nature Methods VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1613 DO - 10.1038/nmeth.1613 ID - Garber2011 ER - TY - JOUR AU - Bullard, J. H. AU - Purdom, E. AU - Hansen, K. D. AU - Dudoit, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Evaluation of statistical methods for normalization and differential expression in mRNA-Seq experiments JO - BMC Bioinformatics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-94 DO - 10.1186/1471-2105-11-94 ID - Bullard2010 ER - TY - JOUR AU - Oshlack, A. AU - Wakeffeld, M. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Transcript length bias in RNA-seq dataconfounds systems biology JO - Biology Direct VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1745-6150-4-14 DO - 10.1186/1745-6150-4-14 ID - Oshlack2009 ER - TY - JOUR AU - Mortazavi, A. AU - Williams, B. A. AU - McCue, K. AU - Schaeffer, L. AU - Wold, B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by rna-seq JO - Nature Methods VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1226 DO - 10.1038/nmeth.1226 ID - Mortazavi2008 ER - TY - JOUR AU - Lee, S. AU - Seo, C. H. AU - Lim, B. AU - Yang, J. O. AU - Oh, J. AU - Kim, M. AU - Lee, S. AU - Lee, B. AU - Kang, C. AU - Lee, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Accurate quantification of transcriptome from RNA-Seq data by effective length normalization JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq1015 DO - 10.1093/nar/gkq1015 ID - Lee2010 ER - TY - JOUR AU - Robinson, M. D. AU - McCarthy, D. J. AU - Smyth, G. K. PY - 2010 DA - 2010// TI - edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp616 DO - 10.1093/bioinformatics/btp616 ID - Robinson2010 ER - TY - JOUR AU - Anders, S. AU - Huber, W. PY - 2010 DA - 2010// TI - Differential expression analysis for sequence count data JO - Genome Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2010-11-10-r106 DO - 10.1186/gb-2010-11-10-r106 ID - Anders2010 ER - TY - JOUR AU - Tarazona, S. AU - Garcia-Alcalde, F. AU - Dopazo, J. AU - Ferrer, A. AU - Conesa, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Differential expression in RNA-seq: a matter of depth JO - Genome Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gr.124321.111 DO - 10.1101/gr.124321.111 ID - Tarazona2011 ER - TY - JOUR AU - Trapnell, C. AU - Williams, B. A. AU - Pertea, G. AU - Mortazavi, A. AU - Kwan, G. AU - van Baren, M. J. AU - Salzberg, S. L. AU - Wold, B. J. AU - Pachter, L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Transcript assembly and quantification by RNA-Seq reveals unannotated transcripts and isoform switching during cell differentiation JO - Nat Biotechnol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1621 DO - 10.1038/nbt.1621 ID - Trapnell2010 ER - TY - JOUR AU - Canales, R. D. AU - Luo, Y. AU - Willey, J. C. AU - Austermiller, B. AU - Barbacioru, C. C. AU - Boysen, C. AU - Hunkapiller, K. AU - Jensen, R. V. AU - Knight, C. R. AU - Lee, K. Y. AU - Ma, Y. AU - Maqsodi, B. AU - Papallo, A. AU - Peters, E. H. AU - Poulter, K. AU - Ruppel, P. L. AU - Samaha, R. R. AU - Shi, L. AU - Yang, W. AU - Zhang, L. AU - Goodsaid, F. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Evaluation of DNA microarray results with quantitative gene expression platforms JO - Nature Biotechnology VL - 24 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1236 DO - 10.1038/nbt1236 ID - Canales2006 ER - TY - JOUR AU - Vandesompele, J. AU - De Preter, K. AU - Pattyn, F. AU - Poppe, B. AU - Van Roy, N. AU - De Paepe, A. AU - Speleman, F. PY - 2002 DA - 2002// TI - Accurate normalization of real-time quantitative RT-PCR data by geometric averaging of multiple internal control genes JO - Genome Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2002-3-7-research0034 DO - 10.1186/gb-2002-3-7-research0034 ID - Vandesompele2002 ER - TY - JOUR AU - Ozer, H. G. AU - Huang, Y. -. W. AU - Wu, J. AU - Parvin, J. D. AU - Huang, T. H. -. M. AU - Huang, K. PY - 2011 DA - 2011// TI - Comparing multiple ChIP-sequencing experiments JO - J Bioinform Comput Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1142/S0219720011005483 DO - 10.1142/S0219720011005483 ID - Ozer2011 ER - TY - JOUR AU - Blekhman, R. AU - Marioni, J. C. AU - Zumbo, P. AU - Stephens, M. AU - Gilad, Y. PY - 2010 DA - 2010// TI - Sex-specific and lineage-specific alternative splicing in primates JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.099226.109 DO - 10.1101/gr.099226.109 ID - Blekhman2010 ER - TY - JOUR PY - 2007 DA - 2007// TI - Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project JO - Nature VL - 447 UR - https://doi.org/10.1038/nature05874 DO - 10.1038/nature05874 ID - ref17 ER - TY - JOUR AU - Pan, Q. AU - Shai, O. AU - Lee, L. J. AU - Frey, B. J. AU - Blencowe, B. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Deep surveying of alternative splicing complexity in the human transcriptome by high-throughput sequencing JO - Nature Genetics VL - 40 UR - https://doi.org/10.1038/ng.259 DO - 10.1038/ng.259 ID - Pan2008 ER - TY - JOUR AU - Trapnell, C. AU - Pachter, L. AU - Salzberg, S. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - TopHat: discovering splice junctions with RNA-Seq JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp120 DO - 10.1093/bioinformatics/btp120 ID - Trapnell2009 ER -