Skip to main content

Table 4 Polymorphism Information Content (PIC) estimated for the whole collection, on the fodder, the spring (SOSR) and winter (WOSR) oilseed rape types and on the three seed quality subgroups within WOSR

From: High-density SNP-based genetic map development and linkage disequilibrium assessment in Brassica napusL

    

Full set

   

1536 set

LG

Fodder rape

  

“++”

“+”

“00”

Whole Collection

Whole Collection

SOSR

WOSR

WOSR

WOSR

WOSR

 

(24)

(68)

(221)

(33)

(33)

(154)

(313)

(313)

A1

0.220

0.313

0.188

0.208

0.189

0.175

0.259

0.307

A2

0.236

0.293

0.190

0.175

0.173

0.187

0.254

0.287

A3

0.260

0.309

0.229

0.243

0.225

0.216

0.286

0.322

A4

0.253

0.297

0.215

0.213

0.199

0.207

0.272

0.307

A5

0.261

0.297

0.233

0.218

0.231

0.221

0.277

0.312

A6

0.260

0.303

0.232

0.233

0.230

0.218

0.272

0.307

A7

0.258

0.301

0.241

0.248

0.227

0.232

0.285

0.313

A8

0.256

0.296

0.265

0.225

0.248

0.253

0.296

0.325

A9

0.219

0.316

0.183

0.162

0.160

0.165

0.247

0.305

A10

0.243

0.310

0.177

0.203

0.166

0.164

0.259

0.292

Mean A genome

0.247

0.304

0.214

0.214

0.204

0.202

0.270

0.308

C1

0.282

0.220

0.296

0.263

0.247

0.299

0.319

0.322

C2

0.225

0.304

0.209

0.233

0.159

0.184

0.283

0.304

C3

0.247

0.314

0.268

0.210

0.216

0.270

0.300

0.308

C4

0.294

0.301

0.243

0.273

0.234

0.226

0.297

0.310

C5

0.288

0.275

0.257

0.284

0.258

0.243

0.305

0.330

C6

0.312

0.298

0.271

0.282

0.298

0.244

0.309

0.315

C7

0.270

0.287

0.272

0.238

0.230

0.270

0.298

0.323

C8

0.270

0.302

0.215

0.232

0.225

0.202

0.279

0.313

C9

0.223

0.270

0.234

0.245

0.225

0.208

0.290

0.301

Mean C genome

0.265

0.290

0.253

0.246

0.229

0.241

0.298

0.313

Whole genome

0.253

0.299

0.227

0.225

0.213

0.216

0.280

0.310

  1. Mean PIC values estimated on the A, C and whole genomes are given for each subgroup of the collection and on the whole collection with the full set of SNPs or the 1536 SNP subset. The number of accessions in each subgroup is indicated in parentheses.