TY - JOUR AU - Ferenc, S. A. AU - Stopinski, V. AU - Courtney, C. H. PY - 1990 DA - 1990// TI - The development of an enzyme-linked immunosorbent assay for Trypanosoma vivax and its use in a seroepidemiological survey of the Eastern Caribbean Basin JO - Int J Parasitol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1016/0020-7519(90)90172-J DO - 10.1016/0020-7519(90)90172-J ID - Ferenc1990 ER - TY - JOUR AU - Desquesnes, M. AU - Dia, M. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - Mechanical transmission of Trypanosoma vivax in cattle by the African tabanid Atylotus fuscipes JO - Vet Parasitol VL - 119 UR - https://doi.org/10.1016/j.vetpar.2003.10.015 DO - 10.1016/j.vetpar.2003.10.015 ID - Desquesnes2004 ER - TY - BOOK AU - Desquesnes, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Livestock trypanosomoses and their vectors in Latin America PB - CIRAD CY - Paris ID - Desquesnes2004 ER - TY - BOOK AU - Hoare, C. A. PY - 1972 DA - 1972// TI - The trypanosomes of mammals: a Zoological Monograph PB - Blackwell Scientific Publications CY - London ID - Hoare1972 ER - TY - JOUR AU - Berriman, M. AU - Ghedin, E. AU - Hertz-Fowler, C. AU - Blandin, G. AU - Renauld, H. AU - Bartholomeu, D. C. AU - Lennard, N. J. AU - Caler, E. AU - Hamlin, N. E. AU - Haas, B. PY - 2005 DA - 2005// TI - The genome of the African trypanosome Trypanosoma brucei JO - Science VL - 309 UR - https://doi.org/10.1126/science.1112642 DO - 10.1126/science.1112642 ID - Berriman2005 ER - TY - JOUR AU - Stevens, J. R. AU - Teixeira, M. M. AU - Bingle, L. E. AU - Gibson, W. C. PY - 1999 DA - 1999// TI - The taxonomic position and evolutionary relationships of Trypanosoma rangeli JO - Int J Parasitol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1016/S0020-7519(99)00016-8 DO - 10.1016/S0020-7519(99)00016-8 ID - Stevens1999 ER - TY - JOUR AU - Adams, E. R. AU - Hamilton, P. B. AU - Rodrigues, A. C. AU - Malele, I. I. AU - Delespaux, V. AU - Teixeira, M. M. AU - Gibson, W. PY - 2010 DA - 2010// TI - New Trypanosoma (Duttonella) vivax genotypes from tsetse flies in East Africa JO - Parasitology VL - 137 UR - https://doi.org/10.1017/S0031182009991508 DO - 10.1017/S0031182009991508 ID - Adams2010 ER - TY - JOUR AU - Rodrigues, A. C. AU - Neves, L. AU - Garcia, H. A. AU - Viola, L. B. AU - Marcili, A. AU - Da Silva, F. M. AU - Sigauque, I. AU - Batista, J. S. AU - Paiva, F. AU - Teixeira, M. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Phylogenetic analysis of Trypanosoma vivax supports the separation of South American/West African from East African isolates and a new T. vivax-like genotype infecting a nyala antelope from Mozambique JO - Parasitology VL - 135 UR - https://doi.org/10.1017/S0031182008004848 DO - 10.1017/S0031182008004848 ID - Rodrigues2008 ER - TY - JOUR AU - Jackson, A. P. AU - Berry, A. AU - Aslett, M. AU - Allison, H. C. AU - Burton, P. AU - Vavrova-Anderson, J. AU - Brown, R. AU - Browne, H. AU - Corton, N. AU - Hauser, H. PY - 2012 DA - 2012// TI - Antigenic diversity is generated by distinct evolutionary mechanisms in African trypanosome species JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 109 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1117313109 DO - 10.1073/pnas.1117313109 ID - Jackson2012 ER - TY - JOUR AU - van Luenen, H. G. AU - Farris, C. AU - Jan, S. AU - Genest, P. A. AU - Tripathi, P. AU - Velds, A. AU - Kerkhoven, R. M. AU - Nieuwland, M. AU - Haydock, A. AU - Ramasamy, G. PY - 2012 DA - 2012// TI - Glucosylated hydroxymethyluracil, DNA base J, prevents transcriptional readthrough in Leishmania JO - Cell VL - 150 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2012.07.030 DO - 10.1016/j.cell.2012.07.030 ID - van Luenen2012 ER - TY - JOUR AU - Gonzalez, L. E. AU - Garcia, J. A. AU - Nunez, C. AU - Perrone, T. M. AU - Gonzalez-Baradat, B. AU - Gonzatti, M. I. AU - Reyna-Bello, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Trypanosoma vivax: a novel method for purification from experimentally infected sheep blood JO - Exp Parasitol VL - 111 UR - https://doi.org/10.1016/j.exppara.2005.05.008 DO - 10.1016/j.exppara.2005.05.008 ID - Gonzalez2005 ER - TY - JOUR AU - Chamond, N. AU - Cosson, A. AU - Blom-Potar, M. C. AU - Jouvion, G. AU - D'Archivio, S. AU - Medina, M. AU - Droin-Bergere, S. AU - Huerre, M. AU - Goyard, S. AU - Minoprio, P. PY - 2010 DA - 2010// TI - Trypanosoma vivax infections: pushing ahead with mouse models for the study of Nagana. I. Parasitological, hematological and pathological parameters JO - PLoS Negl Trop Dis VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0000792 DO - 10.1371/journal.pntd.0000792 ID - Chamond2010 ER - TY - JOUR AU - Langmead, B. AU - Trapnell, C. AU - Pop, M. AU - Salzberg, S. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome JO - Genome Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2009-10-3-r25 DO - 10.1186/gb-2009-10-3-r25 ID - Langmead2009 ER - TY - JOUR AU - DeLuca, D. S. AU - Levin, J. Z. AU - Sivachenko, A. AU - Fennell, T. AU - Nazaire, M. D. AU - Williams, C. AU - Reich, M. AU - Winckler, W. AU - Getz, G. PY - 2012 DA - 2012// TI - RNA-SeQC: RNA-seq metrics for quality control and process optimization JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts196 DO - 10.1093/bioinformatics/bts196 ID - DeLuca2012 ER - TY - JOUR AU - Chevreux, B. AU - Pfisterer, T. AU - Drescher, B. AU - Driesel, A. J. AU - Muller, W. E. AU - Wetter, T. AU - Suhai, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Using the miraEST assembler for reliable and automated mRNA transcript assembly and SNP detection in sequenced ESTs JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1917404 DO - 10.1101/gr.1917404 ID - Chevreux2004 ER - TY - CHAP AU - Iseli, C. AU - Jongeneel, C. V. AU - Bucher, P. PY - 1999 DA - 1999// TI - ESTScan: a program for detecting, evaluating, and reconstructing potential coding regions in EST sequences BT - Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol ID - Iseli1999 ER - TY - JOUR AU - Conesa, A. AU - Gotz, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Blast2GO: A comprehensive suite for functional analysis in plant genomics JO - Int J Plant Genomics VL - 2008 UR - https://doi.org/10.1155/2008/619832 DO - 10.1155/2008/619832 ID - Conesa2008 ER - TY - JOUR AU - Kelly, R. J. AU - Vincent, D. E. AU - Friedberg, I. PY - 2010 DA - 2010// TI - IPRStats: visualization of the functional potential of an InterProScan run JO - BMC Bioinformatics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-S12-S13 DO - 10.1186/1471-2105-11-S12-S13 ID - Kelly2010 ER - TY - JOUR AU - Otto, T. D. AU - Guimaraes, A. C. AU - Degrave, W. M. AU - de Miranda, A. B. PY - 2008 DA - 2008// TI - AnEnPi: identification and annotation of analogous enzymes JO - BMC Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-544 DO - 10.1186/1471-2105-9-544 ID - Otto2008 ER - TY - JOUR AU - Mortazavi, A. AU - Williams, B. A. AU - McCue, K. AU - Schaeffer, L. AU - Wold, B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq JO - Nat Methods VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1226 DO - 10.1038/nmeth.1226 ID - Mortazavi2008 ER - TY - JOUR AU - Siegel, T. N. AU - Hekstra, D. R. AU - Wang, X. AU - Dewell, S. AU - Cross, G. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genome-wide analysis of mRNA abundance in two life-cycle stages of Trypanosoma brucei and identification of splicing and polyadenylation sites JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq237 DO - 10.1093/nar/gkq237 ID - Siegel2010 ER - TY - JOUR AU - Langenberger, D. AU - Bermudez-Santana, C. AU - Hertel, J. AU - Hoffmann, S. AU - Khaitovich, P. AU - Stadler, P. F. PY - 2009 DA - 2009// TI - Evidence for human microRNA-offset RNAs in small RNA sequencing data JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp419 DO - 10.1093/bioinformatics/btp419 ID - Langenberger2009 ER - TY - JOUR AU - Carbon, S. AU - Ireland, A. AU - Mungall, C. J. AU - Shu, S. AU - Marshall, B. AU - Lewis, S. PY - 2009 DA - 2009// TI - AmiGO: online access to ontology and annotation data JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn615 DO - 10.1093/bioinformatics/btn615 ID - Carbon2009 ER - TY - JOUR AU - Gardiner, P. R. AU - Nene, V. AU - Barry, M. M. AU - Thatthi, R. AU - Burleigh, B. AU - Clarke, M. W. PY - 1996 DA - 1996// TI - Characterization of a small variable surface glycoprotein from Trypanosoma vivax JO - Mol Biochem Parasitol VL - 82 UR - https://doi.org/10.1016/0166-6851(96)02687-4 DO - 10.1016/0166-6851(96)02687-4 ID - Gardiner1996 ER - TY - JOUR AU - Cortez, A. P. AU - Ventura, R. M. AU - Rodrigues, A. C. AU - Batista, J. S. AU - Paiva, F. AU - Anez, N. AU - Machado, R. Z. AU - Gibson, W. C. AU - Teixeira, M. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - The taxonomic and phylogenetic relationships of Trypanosoma vivax from South America and Africa JO - Parasitology VL - 133 UR - https://doi.org/10.1017/S0031182006000254 DO - 10.1017/S0031182006000254 ID - Cortez2006 ER - TY - JOUR AU - Fabre, H. AU - Bernard, M. PY - 1926 DA - 1926// TI - Sur un nouveau foyer de Trypanosomiase Bovine observé a la Guadaloupe JO - Bull Soc Path Exot VL - 19 ID - Fabre1926 ER - TY - JOUR AU - Carougeau, M. PY - 1929 DA - 1929// TI - Trypanosomiase bovine à Ia Guadeloupe JO - Bull Soc Path Exot VL - 22 ID - Carougeau1929 ER - TY - JOUR AU - Leger, M. AU - Vienne, M. PY - 1919 DA - 1919// TI - Epizootic á Trypanosomes chez les bovides de la Guyane Francaise JO - Bull Soc Path Exot VL - 12 ID - Leger1919 ER - TY - BOOK AU - Curasson, G. PY - 1943 DA - 1943// TI - Trypanosoma vivax et variétés PB - Vigot Frères CY - Paris ID - Curasson1943 ER - TY - BOOK AU - Levine, N. PY - 1973 DA - 1973// TI - The hemoflagellates PB - Burgess Publishing CY - Minneapolis ID - Levine1973 ER - TY - JOUR AU - Hutchinson, O. C. AU - Picozzi, K. AU - Jones, N. G. AU - Mott, H. AU - Sharma, R. AU - Welburn, S. C. AU - Carrington, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Variant Surface Glycoprotein gene repertoires in Trypanosoma brucei have diverged to become strain-specific JO - BMC Genomics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-8-234 DO - 10.1186/1471-2164-8-234 ID - Hutchinson2007 ER - TY - JOUR AU - Kolev, N. G. AU - Franklin, J. B. AU - Carmi, S. AU - Shi, H. AU - Michaeli, S. AU - Tschudi, C. PY - 2010 DA - 2010// TI - The transcriptome of the human pathogen Trypanosoma brucei at single-nucleotide resolution JO - PLoS Pathog VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1001090 DO - 10.1371/journal.ppat.1001090 ID - Kolev2010 ER - TY - JOUR AU - Nilsson, D. AU - Gunasekera, K. AU - Mani, J. AU - Osteras, M. AU - Farinelli, L. AU - Baerlocher, L. AU - Roditi, I. AU - Ochsenreiter, T. PY - 2010 DA - 2010// TI - Spliced leader trapping reveals widespread alternative splicing patterns in the highly dynamic transcriptome of Trypanosoma brucei JO - PLoS Pathog VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1001037 DO - 10.1371/journal.ppat.1001037 ID - Nilsson2010 ER - TY - BOOK AU - Vickerman KP, T. M. PY - 1976 DA - 1976// TI - Biology of the kinteplastida PB - Academic CY - London ID - Vickerman KP1976 ER - TY - JOUR AU - Kramer, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Developmental regulation of gene expression in the absence of transcriptional control: the case of kinetoplastids JO - Mol Biochem Parasitol VL - 181 UR - https://doi.org/10.1016/j.molbiopara.2011.10.002 DO - 10.1016/j.molbiopara.2011.10.002 ID - Kramer2012 ER - TY - JOUR AU - Grantham, R. AU - Gautier, C. AU - Gouy, M. AU - Mercier, R. AU - Pave, A. PY - 1980 DA - 1980// TI - Codon catalog usage and the genome hypothesis JO - Nucleic Acids Res VL - 8 UR - https://doi.org/10.1093/nar/8.1.197-c DO - 10.1093/nar/8.1.197-c ID - Grantham1980 ER - TY - JOUR AU - Sharp, P. M. AU - Emery, L. R. AU - Zeng, K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Forces that influence the evolution of codon bias JO - Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci VL - 365 UR - https://doi.org/10.1098/rstb.2009.0305 DO - 10.1098/rstb.2009.0305 ID - Sharp2010 ER - TY - JOUR AU - Alvarez, F. AU - Robello, C. AU - Vignali, M. PY - 1994 DA - 1994// TI - Evolution of codon usage and base contents in kinetoplastid protozoans JO - Mol Biol Evol VL - 11 ID - Alvarez1994 ER - TY - JOUR AU - Horn, D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Codon usage suggests that translational selection has a major impact on protein expression in trypanosomatids JO - BMC Genomics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-9-2 DO - 10.1186/1471-2164-9-2 ID - Horn2008 ER - TY - JOUR AU - Michels, P. A. PY - 1986 DA - 1986// TI - Evolutionary aspects of trypanosomes: analysis of genes JO - J Mol Evol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1007/BF02099950 DO - 10.1007/BF02099950 ID - Michels1986 ER - TY - JOUR AU - Li, S. W. AU - Feng, L. AU - Niu, D. K. PY - 2007 DA - 2007// TI - Selection for the miniaturization of highly expressed genes JO - Biochem Biophys Res Commun VL - 360 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2007.06.085 DO - 10.1016/j.bbrc.2007.06.085 ID - Li2007 ER - TY - JOUR AU - Zeiner, G. M. AU - Sturm, N. R. AU - Campbell, D. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - The Leishmania tarentolae spliced leader contains determinants for association with polysomes JO - J Biol Chem VL - 278 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M304295200 DO - 10.1074/jbc.M304295200 ID - Zeiner2003 ER -