TY - JOUR AU - Calduch-Giner, J. A. AU - Davey, G. AU - Saera-Vila, A. AU - Houeix, B. AU - Talbot, A. AU - Prunet, P. AU - Cairns, M. T. AU - Pérez-Sánchez, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Use of microarray technology to assess the time course of liver stress response after confinement exposure in gilthead sea bream (Sparus aurata L.) JO - BMC Genomics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-11-193 DO - 10.1186/1471-2164-11-193 ID - Calduch-Giner2010 ER - TY - JOUR AU - Davey, G. C. AU - Calduch-Giner, J. A. AU - Houeix, B. AU - Talbot, A. AU - Sitjà-Bobadilla, A. AU - Prunet, P. AU - Pérez-Sánchez, J. AU - Cairns, M. T. PY - 2011 DA - 2011// TI - Molecular profiling of the gilthead sea bream (Sparus aurata L.) response to chronic exposure to the myxosporean parasite Enteromyxum leei JO - Mol Immunol VL - 48 UR - https://doi.org/10.1016/j.molimm.2011.07.003 DO - 10.1016/j.molimm.2011.07.003 ID - Davey2011 ER - TY - JOUR AU - Calduch-Giner, J. A. AU - Sitjà-Bobadilla, A. AU - Davey, G. C. AU - Cairns, M. T. AU - Kaushik, S. AU - Pérez-Sánchez, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Dietary vegetable oils do not alter the intestine transcriptome of gilthead sea bream (Sparus aurata), but modulate the transcriptomic response to infection with Enteromyxum leei JO - BMC Genomics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-470 DO - 10.1186/1471-2164-13-470 ID - Calduch-Giner2012 ER - TY - JOUR AU - Ferraresso, S. AU - Vitulo, N. AU - Mininni, A. N. AU - Romualdi, C. AU - Cardazzo, B. AU - Negrisolo, E. AU - Reinhardt, R. AU - Canario, A. V. M. AU - Patarnello, T. AU - Bargelloni, L. PY - 2008 DA - 2008// TI - Development and validation of a gene expression oligo microarray for the gilthead sea bream (Sparus aurata) JO - BMC Genomics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-9-580 DO - 10.1186/1471-2164-9-580 ID - Ferraresso2008 ER - TY - JOUR AU - Sarropoulou, E. AU - Kotoulas, G. AU - Power, D. M. AU - Geisler, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Gene expression profiling of gilthead sea bream during early development and detection of stress-related genes by the application of cDNA microarray technology JO - Physiol Genomics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1152/physiolgenomics.00139.2005 DO - 10.1152/physiolgenomics.00139.2005 ID - Sarropoulou2005 ER - TY - JOUR AU - Teles, M. AU - Boltaña, S. AU - Reyes-López, F. AU - Santos, M. A. AU - Mackenzie, S. AU - Tort, L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Effects of chronic cortisol administration of GR and the liver transcriptome in Sparus aurata JO - Mar Biotechnol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1007/s10126-012-9467-y DO - 10.1007/s10126-012-9467-y ID - Teles2013 ER - TY - JOUR AU - Vieira, F. A. AU - Gregório, S. F. AU - Ferraresso, S. AU - Thorne, M. A. S. AU - Costa, R. AU - Milan, M. AU - Bargelloni, L. AU - Clark, M. S. AU - Canario, A. V. M. AU - Power, D. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Skin healing and scale regeneration in fed and unfed sea bream Sparus auratus JO - BMC Genomics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-12-490 DO - 10.1186/1471-2164-12-490 ID - Vieira2011 ER - TY - JOUR AU - Adzhubei, A. A. AU - Vlasova, A. V. AU - Hagen-Larsen, H. AU - Ruden, T. A. AU - Laerdahl, J. K. AU - Hoyheim, B. PY - 2007 DA - 2007// TI - Annotated expressed sequence tags (ESTs) from pre-smolt Atlantic salmon (Salmo salar) in a searchable data resource JO - BMC Genomics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-8-209 DO - 10.1186/1471-2164-8-209 ID - Adzhubei2007 ER - TY - JOUR AU - Gonzalez, S. AU - Chatziandreou, N. AU - Nielsen, M. AU - Li, W. AU - Rogers, J. AU - Taylor, R. AU - Santos, Y. AU - Cossins, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Cutaneous immune responses in the common carp detected using transcript analysis JO - Mol Immunol VL - 44 UR - https://doi.org/10.1016/j.molimm.2006.08.016 DO - 10.1016/j.molimm.2006.08.016 ID - Gonzalez2007 ER - TY - JOUR AU - Lee, B. Y. AU - Howe, A. E. AU - Conte, M. A. AU - D’Cotta, H. AU - Pepey, E. AU - Baroiller, J. F. AU - di Palma, F. AU - Carleton, K. L. AU - Kocher, T. D. PY - 2010 DA - 2010// TI - An EST resource for tilapia based on 17 normalized libraries and assembly of 116,899 sequence tags JO - BMC Genomics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-11-278 DO - 10.1186/1471-2164-11-278 ID - Lee2010 ER - TY - JOUR AU - Pardo, B. G. AU - Fernández, C. AU - Millán, A. AU - Bouza, C. AU - Vázquez-López, A. AU - Vera, M. AU - Alvarez-Dios, J. A. AU - Calaza, M. AU - Gómez-Tato, A. AU - Vázquez, M. AU - Cabaleiros, S. AU - Magariños, B. AU - Lemos, M. L. AU - Leiro, J. M. AU - Martínez, P. PY - 2008 DA - 2008// TI - Expressed sequence tags (ESTs) from immune tissues of turbot (Scophthalmus maximus) challenged by pathogens JO - BMC Vet Res VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1746-6148-4-37 DO - 10.1186/1746-6148-4-37 ID - Pardo2008 ER - TY - JOUR AU - Ansorge, W. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Next-generation DNA sequencing techniques JO - New Biotechnology VL - 25 UR - https://doi.org/10.1016/j.nbt.2008.12.009 DO - 10.1016/j.nbt.2008.12.009 ID - Ansorge2009 ER - TY - JOUR AU - Salem, M. AU - Rexroad, C. E. AU - Wang, J. AU - Thorgaard, G. H. AU - Yao, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Characterization of the rainbow trout transcriptome using Sanger and 454-pyrosequencing approaches JO - BMC Genomics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-11-564 DO - 10.1186/1471-2164-11-564 ID - Salem2010 ER - TY - JOUR AU - Le Cam, A. AU - Bobe, J. AU - Bouchez, O. AU - Cabau, C. AU - Kah, O. AU - Klopp, C. AU - Lareyre, J. J. AU - Le Guen, I. AU - Lluch, J. AU - Montfort, J. AU - Moreews, F. AU - Nicol, B. AU - Prunet, P. AU - Rescan, P. Y. AU - Servili, A. AU - Guiguen, Y. PY - 2012 DA - 2012// TI - Characterization of rainbow trout gonad, brain and gill deep cDNA repertoires using a Roche 454-Titanium sequencing approach JO - Gene VL - 500 UR - https://doi.org/10.1016/j.gene.2012.03.053 DO - 10.1016/j.gene.2012.03.053 ID - Le Cam2012 ER - TY - JOUR AU - Johansen, S. D. AU - Karlsen, B. O. AU - Furmanek, T. AU - Andreassen, M. AU - Jɵ rgensen, T. E. AU - Bizuayehu, T. T. AU - Breines, R. AU - Emblem, Å. AU - Kettunen, P. AU - Luukko, K. AU - Edvardsen, R. B. AU - Nordeide, J. T. AU - Coucheron, D. H. AU - Moum, T. PY - 2011 DA - 2011// TI - RNA deep sequencing of the Atlantic cod transcriptome JO - Comp Biochem Physiol part D VL - 6 ID - Johansen2011 ER - TY - JOUR AU - Pereiro, P. AU - Balseiro, P. AU - Romero, A. AU - Dios, S. AU - Forn-Cuni, G. AU - Fuste, B. AU - Planas, J. V. AU - Beltran, S. AU - Novoa, B. AU - Figueras, A. PY - 2012 DA - 2012// TI - High-throughput sequence analysis of turbot (Scophthalmus maximus) transcriptome using 454-pyrosequencing for the discovery of antiviral immune genes JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0035369 DO - 10.1371/journal.pone.0035369 ID - Pereiro2012 ER - TY - JOUR AU - Yúfera, M. AU - Halm, S. AU - Beltran, S. AU - Fusté, B. AU - Planas, J. V. AU - Martínez-Rodríguez, G. PY - 2012 DA - 2012// TI - Transcriptomic characterization of the larval stage in gilthead seabream (Sparus aurata) by 454 pyrosequencing JO - Mar Biotechnol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1007/s10126-011-9422-3 DO - 10.1007/s10126-011-9422-3 ID - Yúfera2012 ER - TY - JOUR AU - Garcia de la Serrana Castillo, D. AU - Estevez, A. AU - Andree, K. AU - Johnston, I. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Fast skeletal muscle transcriptome of the gilthead sea bream (Sparus aurata) determined by next generation sequencing JO - BMC Genomics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-181 DO - 10.1186/1471-2164-13-181 ID - Garcia de la Serrana Castillo2012 ER - TY - JOUR AU - Meyer, E. AU - Aglyamova, G. A. AU - Wang, S. AU - Buchanan-Carter, J. AU - Abrego, D. AU - Colbourne, J. K. AU - Willis, B. L. AU - Matz, M. V. PY - 2009 DA - 2009// TI - Sequencing and de novo analysis of a coral larval transcriptome using 454 GSFlx JO - BMC Genomics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-10-219 DO - 10.1186/1471-2164-10-219 ID - Meyer2009 ER - TY - JOUR AU - Gao, Z. AU - Luo, W. AU - Liu, H. AU - Zeng, C. AU - Liu, X. AU - Yi, S. AU - Wang, W. PY - 2012 DA - 2012// TI - Transcriptome analysis and SSR/SNP markers information of the blunt snout bream (Megalobrama amblycephala) JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0042637 DO - 10.1371/journal.pone.0042637 ID - Gao2012 ER - TY - JOUR AU - Fu, B. AU - He, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Transcriptome analysis of silver carp (Hypophthalmichthys molitrix) by paired-end DNA sequencing JO - DNA Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/dnares/dsr046 DO - 10.1093/dnares/dsr046 ID - Fu2012 ER - TY - JOUR AU - Roest Crollius, H. AU - Weissenbach, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Fish genomics and biology JO - Genome Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1101/gr.3735805 DO - 10.1101/gr.3735805 ID - Roest Crollius2005 ER - TY - JOUR AU - Sato, Y. AU - Hashiguchi, Y. AU - Nishida, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Temporal pattern of loss/persistence of duplicate genes involved in signal transduction and metabolic pathways after teleost-specific genome duplication JO - BMC Evol Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-9-127 DO - 10.1186/1471-2148-9-127 ID - Sato2009 ER - TY - JOUR AU - Mattick, J. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - The central role of RNA in human development and cognition JO - FEBS Lett VL - 585 UR - https://doi.org/10.1016/j.febslet.2011.05.001 DO - 10.1016/j.febslet.2011.05.001 ID - Mattick2011 ER - TY - JOUR AU - Kapranov, P. AU - St Laurent, G. PY - 2012 DA - 2012// TI - Dark matter RNA: existence, function, and controversy JO - Front Genet VL - 3 ID - Kapranov2012 ER - TY - JOUR AU - Huse, S. M. AU - Huber, J. A. AU - Morrison, H. G. AU - Sogin, M. L. AU - Welch, D. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Accuracy and quality of massively parallel DNA pyrosequencing JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-7-r143 DO - 10.1186/gb-2007-8-7-r143 ID - Huse2007 ER - TY - JOUR AU - Balzer, S. AU - Malde, K. AU - Lanzén, A. AU - Sharma, A. AU - Jonassen, I. PY - 2010 DA - 2010// TI - Characteristics of 454 pyrosequencing data – enabling realistic simulation with flowsim JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq365 DO - 10.1093/bioinformatics/btq365 ID - Balzer2010 ER - TY - JOUR AU - Loman, N. AU - Misra, R. V. AU - Dallman, T. J. AU - Constantinidou, C. AU - Gharbia, S. E. AU - Wain, J. AU - Pallen, M. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Performance comparison of benchtop high-throughput sequencing platforms JO - Nat Biotechnol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2198 DO - 10.1038/nbt.2198 ID - Loman2012 ER - TY - JOUR AU - Van Herwaarden, A. E. AU - Van Waterschoot, R. A. B. AU - Schinkel, A. H. PY - 2009 DA - 2009// TI - How important is intestinal cytochrome P450 3A metabolism? JO - Trends Pharmacol Sci VL - 30 UR - https://doi.org/10.1016/j.tips.2009.02.003 DO - 10.1016/j.tips.2009.02.003 ID - Van Herwaarden2009 ER - TY - JOUR AU - Khatri, P. AU - Sirota, M. AU - Butte, A. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Ten years of pathway analysis: current approaches and outstanding challenges JO - PLoS Comput Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002375 DO - 10.1371/journal.pcbi.1002375 ID - Khatri2012 ER - TY - JOUR AU - Li, S. AU - Pozhitkov, A. AU - Ryan, R. A. AU - Manning, C. S. AU - Brown-Peterson, N. AU - Brouwer, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Constructing a fish metabolic network model JO - Genome Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2010-11-11-r115 DO - 10.1186/gb-2010-11-11-r115 ID - Li2010 ER - TY - JOUR AU - Sitjà-Bobadilla, A. AU - Diamant, A. AU - Palenzuela, O. AU - Alvarez-Pellitero, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Effect of host factors and experimental conditions on the horizontal transmission of Enteromyxum leei (Myxozoa) to gilthead sea bream (Sparus aurata L.) and European sea bass (Dicentrarchus labrax L.) JO - J Fish Dis VL - 30 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2761.2007.00804.x DO - 10.1111/j.1365-2761.2007.00804.x ID - Sitjà-Bobadilla2007 ER - TY - JOUR AU - Zhulidov, P. A. AU - Bogdanova, E. A. AU - Shcheglov, A. S. AU - Vagner, L. L. AU - Khaspekov, G. L. AU - Kozhemyako, V. B. AU - Matz, M. V. AU - Meleshkevitch, E. AU - Moroz, L. L. AU - Lukyanov, S. A. AU - Shagin, D. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Simple cDNA normalization using kamchatka crab duplex-specific nuclease JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gnh031 DO - 10.1093/nar/gnh031 ID - Zhulidov2004 ER - TY - JOUR AU - Louro, B. AU - Passos, A. L. S. AU - Souche, E. L. AU - Tsigenopoulos, C. AU - Beck, A. AU - Lagnel, J. AU - Bonhomme, F. AU - Cancela, L. AU - Cerdà, J. AU - Clark, M. AU - Lubzens, E. AU - Magoulas, A. AU - Planas, J. V. AU - Volckaert, F. A. M. AU - Reinhardt, R. AU - Canario, A. V. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Gilthead sea bream (Sparus auratus) and European sea bass (Dicentrarchus labrax) expressed sequence tags: Characterization, tissue-specific expression and gene markers JO - Marine Genomics VL - 3 UR - https://doi.org/10.1016/j.margen.2010.09.005 DO - 10.1016/j.margen.2010.09.005 ID - Louro2010 ER - TY - CHAP AU - Chevreux, B. AU - Wetter, T. AU - Suhai, S. PY - 1999 DA - 1999// TI - Genome sequence assembly using trace signals and additional sequence information computer science and biology BT - Proceedings of the German Conference on Bioinformatics ID - Chevreux1999 ER - TY - JOUR AU - Chevreux, B. AU - Pfisterer, T. AU - Drescher, B. AU - Driesel, A. J. AU - Müller, W. E. AU - Wetter, T. AU - Suhai, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Using the miraEST Assembler for Reliable and Automated mRNA Transcript Assembly and SNP Detection in Sequenced ESTs JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1917404 DO - 10.1101/gr.1917404 ID - Chevreux2004 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Madden, T. L. AU - Schaffer, A. A. AU - Zhang, J. AU - Zhang, Z. AU - Miller, W. AU - Lipman, D. J. PY - 1997 DA - 1997// TI - Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs JO - Nucleic Acids Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/nar/25.17.3389 DO - 10.1093/nar/25.17.3389 ID - Altschul1997 ER - TY - JOUR AU - Thompson, J. D. AU - Gibson, T. J. AU - Higgins, D. G. PY - 2002 DA - 2002// TI - Multiple sequence alignment using ClustalW and ClustalX JO - Curr Protoc Bioinformatics VL - 23 ID - Thompson2002 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Y. AU - Sun, Y. PY - 2011 DA - 2011// TI - HMM-FRAME: accurate protein domain classification for metagenomic sequences containing frameshift errors JO - BMC Bioinformatics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-198 DO - 10.1186/1471-2105-12-198 ID - Zhang2011 ER - TY - JOUR AU - Punta, M. AU - Coggill, P. C. AU - Eberhardt, R. Y. AU - Mistry, J. AU - Tate, J. AU - Boursnell, C. AU - Pang, N. AU - Forslund, K. AU - Ceric, G. AU - Clements, J. AU - Heger, A. AU - Holm, L. AU - Sonnhammer, E. L. L. AU - Eddy, S. R. AU - Bateman, A. AU - Finn, R. D. PY - 2012 DA - 2012// TI - The Pfam protein families database JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr1065 DO - 10.1093/nar/gkr1065 ID - Punta2012 ER - TY - JOUR AU - Llorens, C. AU - Futami, R. AU - Covelli, L. AU - Dominguez-Escriba, L. AU - Viu, J. M. AU - Tamarit, D. AU - Aguilar-Rodríguez, J. AU - Vicente-Ripolles, M. AU - Fuster, G. AU - Bernet, G. P. AU - Maumus, F. AU - Munoz-Pomer, A. AU - Sempere, J. M. AU - Latorre, A. AU - Moya, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - The Gypsy Database (GyDB) of mobile genetic elements: release 2.0 JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq1061 DO - 10.1093/nar/gkq1061 ID - Llorens2011 ER - TY - CHAP AU - Futami, R. AU - Muñoz-Pomer, L. AU - Viu, J. M. AU - Dominguez-Escriba, L. AU - Covelli, L. AU - Bernet, G. P. AU - Sempere, J. M. AU - Moya, A. AU - Llorens, C. PY - 2011 DA - 2011// TI - GPRO The professional tool for annotation, management and functional analysis of omic databases BT - Biotechvana Bioinformatics ID - Futami2011 ER - TY - JOUR AU - Conesa, A. AU - Götz, S. AU - García-Gómez, J. M. AU - Perol, J. AU - Talón, M. AU - Robles, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Blast2GO: a universal tool for annotation, visualization and analysis in functional genomics research JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti610 DO - 10.1093/bioinformatics/bti610 ID - Conesa2005 ER -