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Table 2 Top ten chromatin motifs and TF annotation

From: Discovering chromatin motifs using FAIRE sequencing and the human diploid genome

Region Motif Antisense motif P value Annotation Ref
TFe hDPI logo hDPI motif
Genome-wide regions CACGTG CACGTG 7.61E-08   USF1 USF2 MAX USF1 USF2 CREB1 TSNAX ZBTB7A TFEB IRF3 MLX [21, 22, 29]
  CTCCTGAC GTCAGGAG 2.36E-06 RXR/RAR    [24, 25]
  CTGCAG CTGCAG 3.34E-06    MAX IRF3 ZBTB25 [21]
  TTTAGTAGAG CTCTACTAAA 3.42E-06     
  AGTAGAGA TCTCTACT 5.71E-06     
  GTGAAACCC GGGTTTCAC 7.98E-06   HCFC2 ZNF193 RAB18   [28]
  GGTGAAACCC GGGTTTCACC 1.23E-05   HCFC2 ZNF193 RAB18   [28]
  CTCCTGACCT AGGTCAGGAG 1.33E-05 RXR/RAR RXRA CREB1 ZNF313 ZNF655 MAX USF2 RCOR3 RBM9 GLRX2 ZNF606 CBFA2T3 YBX1 HTATIP IRF3 ESRRA [24, 25]
  AGGTCAGGA TCCTGACCT 1.41E-05 RXR/RAR RXRA CREB1 ZNF313 ZNF655 MAX USF2 RCOR3 RBM9 GLRX2 ZNF606 CBFA2T3 YBX1 HTATIP IRF3 ESRRA [24, 25]
  TCAGGA TCCTGA 1.85E-05     
Intergenic regions CACGTG CACGTG 1.53E-07   USF1 USF2 MAX USF1 USF2 CREB1 TSNAX ZBTB7A TFEB IRF3 MLX [21, 22, 29]
  TGTATACA TGTATACA 1.59E-05     
  ATCACAA TTGTGAT 2.45E-05 SOX9    [25]
  ATGTATACA TGTATACAT 3.20E-05     
  GGGTTTCAC GTGAAACCC 3.63E-05   HCFC2 ZNF193 RAB18   [28]
  GGTGAAACCC GGGTTTCACC 5.67E-05   HCFC2 ZNF193 RAB18   [28]
  ATGTATACAT ATGTATACAT 5.87E-05     
  GGTGAAAC GTTTCACC 8.17E-05   ZNF193 RAB18   
  CCCGGG CCCGGG 1.24E-04     
  GGTGAAACC GGTTTCACC 1.37E-04   ZNF193 RAB18   
Genic regions CAGGCTGGA TCCAGCCTG 1.58E-06     
  ACTCCAGCCT AGGCTGGAGT 2.46E-06     
  CTCCAGCCTG CAGGCTGGAG 2.66E-06     
  TCCAGCCTGG CCAGGCTGGA 6.96E-06   PIR MAX SIRT2 ZNF34 RFXANK ZBTB7A SCAND2 TSNAX KHDRBS1 ZNF655 TP73 IRF3 NFATC1 [21]
  AGGCTGGA TCCAGCCT 6.96E-06     
  GGAGGA TCCTCC 1.16E-05     
  CTCCAGCCT AGGCTGGAG 1.17E-05     
  TCAGAT ATCTGA 1.57E-05     
  GGAGTG CACTCC 1.57E-05     
  CACTCCA TGGAGTG 2.17E-05 MEF2A    [27]