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Table 1 Comparative synteny between threespine stickleback and sablefish showing the number of sablefish marker loci with significant BLAT hits to the stickleback genome and the predicted orthologous chromosomes for each linkage group

From: Genomics of sablefish (Anoplopoma fimbria): expressed genes, mitochondrial phylogeny, linkage map and identification of a putative sex gene

         

Sablefish linkage groups

            
  

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

11

12

13

14

15

16

17

18

19

20

21

22

23

24

 

I

6

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

3

1

-

 

II

-

10

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

 

III

-

-

16

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

 

IV

-

-

-

14

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

5

-

 

V

-

-

-

-

14

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

 

VI

-

-

-

-

-

8

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

 

VII

-

-

-

-

-

-

13

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

3

 

VIII

-

-

-

-

-

-

-

13

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

2

-

-

-

-

 

IX

-

-

-

-

-

-

-

-

14

-

-

-

-

1

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

 

X

-

-

-

-

-

-

-

-

-

12

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Stickleback chromosomes

XI

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

20

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

 

XII

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

19

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

 

XIII

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

8

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

 

XIV

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

15

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

 

XV

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

9

-

-

-

-

-

-

-

-

-

 

XVI

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

14

-

-

-

-

-

-

-

-

 

XVII

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

11

-

-

-

-

-

-

1

 

XVIII

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

14

-

-

-

-

-

-

 

XIX

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

7

-

-

-

-

-

 

XX

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

14

-

-

-

-

 

XXI

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

1

-

-

-

-

-

-

-

-

-

8

-

-

-

 

Un

-

-

-

-

-

1

-

1

-

2

1

2

3

1

1

-

7

-

-

-

2

-

1

2

Markers with no significant hits

0

1

2

0

2

2

0

6

4

1

3

5

1

1

2

3

2

4

7

2

2

2

2

2

Total number of markers

 

6

11

18

14

16

11

13

20

18

15

26

26

12

18

12

17

21

18

14

20

12

5

9

8

Orthologous to stickleback chr:

 

I

II

III

IV

V

VI

VII

VIII

IX

X

XI

XII

XIII

XIV

XV

XVI

XVII

XVIII

XIX

XX

XXI

I

IV

VII

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BMC Genomics

ISSN: 1471-2164

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