Contrasted evolutionary constraints on secreted and non-secreted proteomes of selected Actinobacteria

Thakur, Subarna; Normand, Philippe; Daubin, Vincent; Tisa, Louis S; Sen, Arnab

doi:10.1186/1471-2164-14-474

BMC Genomics

Table 4 Average Ka/Ks value of all the orthologous genes belonging to the core genome

From: Contrasted evolutionary constraints on secreted and non-secreted proteomes of selected Actinobacteria

Strain	*vs.*Strain		Ka/Ks	Ka	Ks
Frankia ACN
	Frankia CcI		0.047	0.092	6.458
	Frankia EAN		0.037	0.15	24.059
	Frankia FD		0.034	0.187	31.731
	Frankia Eul		0.034	0.18	33.03
		Average	0.038	0.152	23.82
Frankia CcI
	Frankia ACN		0.047	0.092	6.458
	Frankia EAN		0.033	0.153	24.232
	Frankia FD		0.034	0.191	28
	Frankia Eul		0.029	0.186	33.82
		Average	0.036	0.156	23.128
Frankia FD
	Frankia CcI		0.034	0.191	28
	Frankia ACN		0.034	0.187	31.731
	Frankia Eul		0.028	0.205	39.126
	Frankia EAN		0.029	0.191	36.336
		Average	0.031	0.194	33.798
Frankia EAN
	Frankia CcI		0.033	0.153	24.232
	Frankia ACN		0.037	0.15	24.059
	Frankia Eul		0.031	0.184	39.412
	Frankia FD		0.029	0.191	36.336
		Average	0.033	0.169	31.01
Frankia Eul
	Frankia CcI		0.029	0.186	33.82
	Frankia ACN		0.034	0.18	33.03
	Frankia EAN		0.031	0.184	39.412
	Frankia FD		0.028	0.205	39.126
		Average	0.031	0.189	36.347
M. tuberculosis
	M. leprae		0.089	0.123	2.155
	M. ulcerans		0.066	0.097	2.582
	M. smegmatis		0.03	0.165	28.61
	M. vanbaalenii		0.032	0.166	26.201
		Average	0.054	0.138	14.887
M. leprae
	M. tuberculosis		0.089	0.123	2.155
	M. ulcerans		0.071	0.134	2.962
	M. smegmatis		0.026	0.191	28.417
	M. vanbaalenii		0.03	0.196	25.624
		Average	0.054	0.161	14.789
M. ulcerans
	M. leprae		0.071	0.134	2.962
	M. tuberculosis		0.066	0.097	2.582
	M. smegmatis		0.03	0.167	28.253
	M. vanbaalenii		0.031	0.169	27.778
		Average	0.05	0.142	15.394
M. smegmatis
	M. tuberculosis		0.03	0.165	28.61
	M. leprae		0.026	0.191	28.417
	M. ulcerans		0.03	0.167	28.253
	M. vanbaalenii		0.042	0.128	16.365
		Average	0.032	0.163	25.411
M. vanbaalenii
	M. tuberculosis		0.032	0.166	26.201
	M. leprae		0.03	0.196	25.624
	M. ulcerans		0.031	0.169	27.778
	M. smegmatis		0.042	0.128	16.365
		Average	0.034	0.165	23.992
S. coelicolor
	S. avermitilis		0.054	0.101	8.594
	S. griseus		0.044	0.152	24.613
	S. somaliensis		0.041	0.156	27.083
	S. scabiei		0.051	0.106	10.949
		Average	0.047	0.135	19.053
S. avermitilis
	S. coelicolor		0.054	0.101	8.594
	S. somaliensis		0.036	0.152	28.933
	S. scabiei		0.057	0.098	7.197
	S. griseus		0.041	0.147	25
		Average	0.046	0.132	18.875
S. griseus
	S. coelicolor		0.044	0.152	24.613
	S. avermitilis		0.041	0.147	25
	S. somaliensis		0.041	0.143	21.745
	S. scabiei		0.041	0.152	24.843
		Average	0.042	0.149	24.050
S. somaliensis
	S. coelicolor		0.041	0.156	27.083
	S. avermitilis		0.036	0.152	28.933
	S. griseus		0.041	0.143	21.745
	S. scabiei		0.035	0.155	28.346
		Average	0.039	0.153	25.597
S. scabiei
	S. coelicolor		0.051	0.106	10.949
	S. avermitilis		0.057	0.098	7.197
	S. griseus		0.041	0.152	24.843
	S. somaliensis		0.035	0.155	28.346
		Average	0.045	0.136	19.266

Back to article page

ISSN: 1471-2164

Contact us

Submission enquiries: bmcgenomics@biomedcentral.com
General enquiries: ORSupport@springernature.com