TY - JOUR AU - Shah, S. H. AU - Pallas, J. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Identifying differential exon splicing using linear models and correlation coefficients JO - BMC Bioinformatics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-26 DO - 10.1186/1471-2105-10-26 ID - Shah2009 ER - TY - JOUR AU - Lin, L. AU - Shen, S. AU - Tye, A. AU - Cai, J. J. AU - Jiang, P. AU - Davidson, B. L. AU - Xing, Y. PY - 2008 DA - 2008// TI - Diverse splicing patterns of exonized Alu elements in human tissues JO - PLoS Genet VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1000225 DO - 10.1371/journal.pgen.1000225 ID - Lin2008 ER - TY - JOUR AU - Sugnet, C. W. AU - Srinivasan, K. AU - Clark, T. A. AU - O’Brien, G. AU - Cline, M. S. AU - Wang, H. AU - Williams, A. AU - Kulp, D. AU - Blume, J. E. AU - Haussler, D. PY - 2006 DA - 2006// TI - Unusual intron conservation near tissue-regulated exons found by splicing microarrays JO - PLoS Comput Biol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0020004 DO - 10.1371/journal.pcbi.0020004 ID - Sugnet2006 ER - TY - JOUR AU - Shen, S. AU - Lin, L. AU - Cai, J. J. AU - Jiang, P. AU - Kenkel, E. J. AU - Stroik, M. R. AU - Sato, S. AU - Davidson, B. L. AU - Xing, Y. PY - 2011 DA - 2011// TI - Widespread establishment and regulatory impact of Alu exons in human genes JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1012834108 DO - 10.1073/pnas.1012834108 ID - Shen2011 ER - TY - STD TI - Affymetrix website.http://www.affymetrix.com/estore/browse/products.jsp?productId=131452#1_1, UR - http://www.affymetrix.com/estore/browse/products.jsp?productId=131452#1_1 ID - ref5 ER - TY - JOUR AU - Wang, E. T. AU - Sandberg, R. AU - Luo, S. AU - Khrebtukova, I. AU - Zhang, L. AU - Mayr, C. AU - Kingsmore, S. F. AU - Schroth, G. P. AU - Burge, C. B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Alternative isoform regulation in human tissue transcriptomes JO - Nat VL - 456 UR - https://doi.org/10.1038/nature07509 DO - 10.1038/nature07509 ID - Wang2008 ER - TY - JOUR AU - Griffith, M. AU - Griffith, O. L. AU - Mwenifumbo, J. AU - Goya, R. AU - Morrissy, A. S. AU - Morin, R. D. AU - Corbett, R. AU - Tang, M. J. AU - Hou, Y. C. AU - Pugh, T. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Alternative expression analysis by RNA sequencing JO - Nat Methods VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1503 DO - 10.1038/nmeth.1503 ID - Griffith2010 ER - TY - JOUR AU - Edgren, H. AU - Murumagi, A. AU - Kangaspeska, S. AU - Nicorici, D. AU - Hongisto, V. AU - Kleivi, K. AU - Rye, I. H. AU - Nyberg, S. AU - Wolf, M. AU - Borresen-Dale, A. L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Identification of fusion genes in breast cancer by paired-end RNA-sequencing JO - Genome Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2011-12-1-r6 DO - 10.1186/gb-2011-12-1-r6 ID - Edgren2011 ER - TY - JOUR AU - Nacu, S. AU - Yuan, W. AU - Kan, Z. AU - Bhatt, D. AU - Rivers, C. S. AU - Stinson, J. AU - Peters, B. A. AU - Modrusan, Z. AU - Jung, K. AU - Seshagiri, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Deep RNA sequencing analysis of readthrough gene fusions in human prostate adenocarcinoma and reference samples JO - BMC Med Genomics VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1755-8794-4-11 DO - 10.1186/1755-8794-4-11 ID - Nacu2011 ER - TY - JOUR AU - Pickrell, J. K. AU - Marioni, J. C. AU - Pai, A. A. AU - Degner, J. F. AU - Engelhardt, B. E. AU - Nkadori, E. AU - Veyrieras, J. B. AU - Stephens, M. AU - Gilad, Y. AU - Pritchard, J. K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Understanding mechanisms underlying human gene expression variation with RNA sequencing JO - Nat VL - 464 UR - https://doi.org/10.1038/nature08872 DO - 10.1038/nature08872 ID - Pickrell2010 ER - TY - JOUR AU - Richard, H. AU - Schulz, M. H. AU - Sultan, M. AU - Nurnberger, A. AU - Schrinner, S. AU - Balzereit, D. AU - Dagand, E. AU - Rasche, A. AU - Lehrach, H. AU - Vingron, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Prediction of alternative isoforms from exon expression levels in RNA-Seq experiments JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq041 DO - 10.1093/nar/gkq041 ID - Richard2010 ER - TY - JOUR AU - Deininger, P. L. AU - Batzer, M. A. PY - 1999 DA - 1999// TI - Alu repeats and human disease JO - Mol Genet Metab VL - 67 UR - https://doi.org/10.1006/mgme.1999.2864 DO - 10.1006/mgme.1999.2864 ID - Deininger1999 ER - TY - JOUR AU - Hsieh, S. Y. AU - Chen, W. Y. AU - Yeh, T. S. AU - Sheen, I. S. AU - Huang, S. F. PY - 2005 DA - 2005// TI - High-frequency Alu-mediated genomic recombination/deletion within the caspase-activated DNase gene in human hepatoma JO - Oncogene VL - 24 ID - Hsieh2005 ER - TY - JOUR AU - Belancio, V. P. AU - Roy-Engel, A. M. AU - Deininger, P. L. PY - 2010 DA - 2010// TI - All y’all need to know ’bout retroelements in cancer JO - Semin Cancer Biol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1016/j.semcancer.2010.06.001 DO - 10.1016/j.semcancer.2010.06.001 ID - Belancio2010 ER - TY - JOUR AU - Zhang, W. AU - Edwards, A. AU - Fan, W. AU - Deininger, P. AU - Zhang, K. PY - 2011 DA - 2011// TI - Alu distribution and mutation types of cancer genes JO - BMC Genomics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-12-157 DO - 10.1186/1471-2164-12-157 ID - Zhang2011 ER - TY - JOUR AU - Testori, A. AU - Caizzi, L. AU - Cutrupi, S. AU - Friard, O. AU - De Bortoli, M. AU - Cora, D. AU - Caselle, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - The role of Transposable Elements in shaping the combinatorial interaction of Transcription Factors JO - BMC Genomics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-400 DO - 10.1186/1471-2164-13-400 ID - Testori2012 ER - TY - JOUR AU - Singer, S. S. AU - Mannel, D. N. AU - Hehlgans, T. AU - Brosius, J. AU - Schmitz, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - From “junk” to gene: curriculum vitae of a primate receptor isoform gene JO - J Mol Biol VL - 341 UR - https://doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.070 DO - 10.1016/j.jmb.2004.06.070 ID - Singer2004 ER - TY - JOUR AU - Krull, M. AU - Brosius, J. AU - Schmitz, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Alu-SINE exonization: en route to protein-coding function JO - Mol Biol Evol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msi164 DO - 10.1093/molbev/msi164 ID - Krull2005 ER - TY - JOUR AU - Sorek, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - The birth of new exons: mechanisms and evolutionary consequences JO - RNA VL - 13 UR - https://doi.org/10.1261/rna.682507 DO - 10.1261/rna.682507 ID - Sorek2007 ER - TY - JOUR AU - Sela, N. AU - Mersch, B. AU - Hotz-Wagenblatt, A. AU - Ast, G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Characteristics of transposable element exonization within human and mouse JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0010907 DO - 10.1371/journal.pone.0010907 ID - Sela2010 ER - TY - JOUR AU - Levy, A. AU - Sela, N. AU - Ast, G. PY - 2008 DA - 2008// TI - TranspoGene and microTranspoGene: transposed elements influence on the transcriptome of seven vertebrates and invertebrates JO - Nucleic Acids Res VL - 36 ID - Levy2008 ER - TY - JOUR AU - Sorek, R. AU - Ast, G. AU - Graur, D. PY - 2002 DA - 2002// TI - Alu-containing exons are alternatively spliced JO - Genome Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gr.229302 DO - 10.1101/gr.229302 ID - Sorek2002 ER - TY - JOUR AU - Sela, N. AU - Mersch, B. AU - Gal-Mark, N. AU - Lev-Maor, G. AU - Hotz-Wagenblatt, A. AU - Ast, G. PY - 2007 DA - 2007// TI - Comparative analysis of transposed element insertion within human and mouse genomes reveals Alu’s unique role in shaping the human transcriptome JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-6-r127 DO - 10.1186/gb-2007-8-6-r127 ID - Sela2007 ER - TY - JOUR AU - Hasler, J. AU - Strub, K. PY - 2006 DA - 2006// TI - Alu elements as regulators of gene expression JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl706 DO - 10.1093/nar/gkl706 ID - Hasler2006 ER - TY - JOUR AU - Hasler, J. AU - Strub, K. PY - 2006 DA - 2006// TI - Alu RNP and Alu RNA regulate translation initiation in vitro JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl246 DO - 10.1093/nar/gkl246 ID - Hasler2006 ER - TY - JOUR AU - Gu, T. J. AU - Yi, X. AU - Zhao, X. W. AU - Zhao, Y. AU - Yin, J. Q. PY - 2009 DA - 2009// TI - Alu-directed transcriptional regulation of some novel miRNAs JO - BMC Genomics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-10-563 DO - 10.1186/1471-2164-10-563 ID - Gu2009 ER - TY - JOUR AU - Ponicsan, S. L. AU - Kugel, J. F. AU - Goodrich, J. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genomic gems: SINE RNAs regulate mRNA production JO - Curr Opin Genet Dev VL - 20 UR - https://doi.org/10.1016/j.gde.2010.01.004 DO - 10.1016/j.gde.2010.01.004 ID - Ponicsan2010 ER - TY - JOUR AU - Vorechovsky, I. PY - 2010 DA - 2010// TI - Transposable elements in disease-associated cryptic exons JO - Hum Genet VL - 127 UR - https://doi.org/10.1007/s00439-009-0752-4 DO - 10.1007/s00439-009-0752-4 ID - Vorechovsky2010 ER - TY - JOUR AU - Mitchell, G. A. AU - Labuda, D. AU - Fontaine, G. AU - Saudubray, J. M. AU - Bonnefont, J. P. AU - Lyonnet, S. AU - Brody, L. C. AU - Steel, G. AU - Obie, C. AU - Valle, D. PY - 1991 DA - 1991// TI - Splice-mediated insertion of an Alu sequence inactivates ornithine delta-aminotransferase: a role for Alu elements in human mutation JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 88 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.88.3.815 DO - 10.1073/pnas.88.3.815 ID - Mitchell1991 ER - TY - JOUR AU - Amit, M. AU - Sela, N. AU - Keren, H. AU - Melamed, Z. AU - Muler, I. AU - Shomron, N. AU - Izraeli, S. AU - Ast, G. PY - 2007 DA - 2007// TI - Biased exonization of transposed elements in duplicated genes: A lesson from the TIF-IA gene JO - BMC Mol Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2199-8-109 DO - 10.1186/1471-2199-8-109 ID - Amit2007 ER - TY - JOUR AU - Schwartz, S. AU - Gal-Mark, N. AU - Kfir, N. AU - Oren, R. AU - Kim, E. AU - Ast, G. PY - 2009 DA - 2009// TI - Alu exonization events reveal features required for precise recognition of exons by the splicing machinery JO - PLoS Comput Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000300 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000300 ID - Schwartz2009 ER - TY - JOUR AU - Blekhman, R. AU - Marioni, J. C. AU - Zumbo, P. AU - Stephens, M. AU - Gilad, Y. PY - 2010 DA - 2010// TI - Sex-specific and lineage-specific alternative splicing in primates JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.099226.109 DO - 10.1101/gr.099226.109 ID - Blekhman2010 ER - TY - JOUR AU - Kim, J. H. AU - Dhanasekaran, S. M. AU - Prensner, J. R. AU - Cao, X. AU - Robinson, D. AU - Kalyana-Sundaram, S. AU - Huang, C. AU - Shankar, S. AU - Jing, X. AU - Iyer, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Deep sequencing reveals distinct patterns of DNA methylation in prostate cancer JO - Genome Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gr.119347.110 DO - 10.1101/gr.119347.110 ID - Kim2011 ER - TY - JOUR AU - Montgomery, S. B. AU - Sammeth, M. AU - Gutierrez-Arcelus, M. AU - Lach, R. P. AU - Ingle, C. AU - Nisbett, J. AU - Guigo, R. AU - Dermitzakis, E. T. PY - 2010 DA - 2010// TI - Transcriptome genetics using second generation sequencing in a Caucasian population JO - Nat VL - 464 UR - https://doi.org/10.1038/nature08903 DO - 10.1038/nature08903 ID - Montgomery2010 ER - TY - JOUR AU - Sun, Z. AU - Asmann, Y. W. AU - Kalari, K. R. AU - Bot, B. AU - Eckel-Passow, J. E. AU - Baker, T. R. AU - Carr, J. M. AU - Khrebtukova, I. AU - Luo, S. AU - Zhang, L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Integrated analysis of gene expression, CpG island methylation, and gene copy number in breast cancer cells by deep sequencing JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0017490 DO - 10.1371/journal.pone.0017490 ID - Sun2011 ER - TY - STD TI - SRA website.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra, UR - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra ID - ref36 ER - TY - STD TI - UCSC Genome Brower website.http://genome.ucsc.edu/, UR - http://genome.ucsc.edu/ ID - ref37 ER - TY - JOUR AU - Huang, W. AU - Sherman, B. T. AU - Lempicki, R. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID bioinformatics resources JO - Nat Protoc VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2008.211 DO - 10.1038/nprot.2008.211 ID - Huang2009 ER - TY - JOUR AU - Emerson, R. O. AU - Thomas, J. H. PY - 2009 DA - 2009// TI - Adaptive evolution in zinc finger transcription factors JO - PLoS Genet VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1000325 DO - 10.1371/journal.pgen.1000325 ID - Emerson2009 ER - TY - JOUR AU - Giordano, J. AU - Ge, Y. AU - Gelfand, Y. AU - Abrusan, G. AU - Benson, G. AU - Warburton, P. E. PY - 2007 DA - 2007// TI - Evolutionary history of mammalian transposons determined by genome-wide defragmentation JO - PLoS Comput Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0030137 DO - 10.1371/journal.pcbi.0030137 ID - Giordano2007 ER - TY - JOUR AU - Kim, P. M. AU - Lam, H. Y. AU - Urban, A. E. AU - Korbel, J. O. AU - Affourtit, J. AU - Grubert, F. AU - Chen, X. AU - Weissman, S. AU - Snyder, M. AU - Gerstein, M. B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Analysis of copy number variants and segmental duplications in the human genome: Evidence for a change in the process of formation in recent evolutionary history JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.081422.108 DO - 10.1101/gr.081422.108 ID - Kim2008 ER - TY - JOUR AU - Jurka, J. PY - 1997 DA - 1997// TI - Sequence patterns indicate an enzymatic involvement in integration of mammalian retroposons JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 94 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.94.5.1872 DO - 10.1073/pnas.94.5.1872 ID - Jurka1997 ER - TY - JOUR AU - Zhang, K. AU - Fan, W. AU - Deininger, P. AU - Edwards, A. AU - Xu, Z. AU - Zhu, D. PY - 2009 DA - 2009// TI - Breaking the computational barrier: a divide-conquer and aggregate based approach for Alu insertion site characterisation JO - Int J Comput Biol Drug Des VL - 2 UR - https://doi.org/10.1504/IJCBDD.2009.030763 DO - 10.1504/IJCBDD.2009.030763 ID - Zhang2009 ER - TY - JOUR AU - Dogan, R. I. AU - Getoor, L. AU - Wilbur, W. J. AU - Mount, S. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - SplicePort--an interactive splice-site analysis tool JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm407 DO - 10.1093/nar/gkm407 ID - Dogan2007 ER - TY - JOUR AU - Fullwood, M. J. AU - Wei, C. L. AU - Liu, E. T. AU - Ruan, Y. PY - 2009 DA - 2009// TI - Next-generation DNA sequencing of paired-end tags (PET) for transcriptome and genome analyses JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.074906.107 DO - 10.1101/gr.074906.107 ID - Fullwood2009 ER - TY - JOUR AU - Trapnell, C. AU - Pachter, L. AU - Salzberg, S. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - TopHat: discovering splice junctions with RNA-Seq JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp120 DO - 10.1093/bioinformatics/btp120 ID - Trapnell2009 ER - TY - JOUR AU - Pertea, M. AU - Lin, X. AU - Salzberg, S. L. PY - 2001 DA - 2001// TI - GeneSplicer: a new computational method for splice site prediction JO - Nucleic Acids Res VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/nar/29.5.1185 DO - 10.1093/nar/29.5.1185 ID - Pertea2001 ER - TY - STD TI - DAVID website.http://david.abcc.ncifcrf.gov/, UR - http://david.abcc.ncifcrf.gov/ ID - ref48 ER - TY - STD TI - Tophat website.http://tophat.cbcb.umd.edu/, UR - http://tophat.cbcb.umd.edu/ ID - ref49 ER - TY - JOUR AU - Mortazavi, A. AU - Williams, B. A. AU - McCue, K. AU - Schaeffer, L. AU - Wold, B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq JO - Nat Methods VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1226 DO - 10.1038/nmeth.1226 ID - Mortazavi2008 ER - TY - JOUR AU - Letunic, I. AU - Copley, R. R. AU - Schmidt, S. AU - Ciccarelli, F. D. AU - Doerks, T. AU - Schultz, J. AU - Ponting, C. P. AU - Bork, P. PY - 2004 DA - 2004// TI - SMART 4.0: towards genomic data integration JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh088 DO - 10.1093/nar/gkh088 ID - Letunic2004 ER -