TY - JOUR AU - Maston, G. A. AU - Evans, S. K. AU - Green, M. R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Transcriptional regulatory elements in the human genome JO - Annu Rev Genomics Hum Genet VL - 7 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.genom.7.080505.115623 DO - 10.1146/annurev.genom.7.080505.115623 ID - Maston2006 ER - TY - JOUR AU - Boyle, A. P. AU - Davis, S. AU - Shulha, H. P. AU - Meltzer, P. AU - Margulies, E. H. AU - Weng, Z. AU - Furey, T. S. AU - Crawford, G. E. PY - 2008 DA - 2008// TI - High-resolution mapping and characterization of open chromatin across the genome JO - Cell VL - 132 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2007.12.014 DO - 10.1016/j.cell.2007.12.014 ID - Boyle2008 ER - TY - JOUR AU - Xi, H. AU - Shulha, H. P. AU - Lin, J. M. AU - Vales, T. R. AU - Fu, Y. AU - Bodine, D. M. AU - McKay, R. D. AU - Chenoweth, J. G. AU - Tesar, P. J. AU - Furey, T. S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Identification and characterization of cell type-specific and ubiquitous chromatin regulatory structures in the human genome JO - PLoS Genet VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.0030136 DO - 10.1371/journal.pgen.0030136 ID - Xi2007 ER - TY - JOUR AU - Birney, E. AU - Stamatoyannopoulos, J. A. AU - Dutta, A. AU - Guigo, R. AU - Gingeras, T. R. AU - Margulies, E. H. AU - Weng, Z. AU - Snyder, M. AU - Dermitzakis, E. T. AU - Thurman, R. E. PY - 2007 DA - 2007// TI - Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project JO - Nature VL - 447 UR - https://doi.org/10.1038/nature05874 DO - 10.1038/nature05874 ID - Birney2007 ER - TY - JOUR AU - Gross, D. S. AU - Garrard, W. T. PY - 1988 DA - 1988// TI - Nuclease hypersensitive sites in chromatin JO - Annu Rev Biochem VL - 57 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.bi.57.070188.001111 DO - 10.1146/annurev.bi.57.070188.001111 ID - Gross1988 ER - TY - JOUR AU - Wu, C. PY - 1980 DA - 1980// TI - The 5′ ends of Drosophila heat shock genes in chromatin are hypersensitive to DNase I JO - Nature VL - 286 UR - https://doi.org/10.1038/286854a0 DO - 10.1038/286854a0 ID - Wu1980 ER - TY - JOUR AU - Crawford, G. E. AU - Davis, S. AU - Scacheri, P. C. AU - Renaud, G. AU - Halawi, M. J. AU - Erdos, M. R. AU - Green, R. AU - Meltzer, P. S. AU - Wolfsberg, T. G. AU - Collins, F. S. PY - 2006 DA - 2006// TI - DNase-chip: a high-resolution method to identify DNase I hypersensitive sites using tiled microarrays JO - Nat Methods VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth888 DO - 10.1038/nmeth888 ID - Crawford2006 ER - TY - JOUR AU - Song, L. AU - Zhang, Z. AU - Grasfeder, L. L. AU - Boyle, A. P. AU - Giresi, P. G. AU - Lee, B. K. AU - Sheffield, N. C. AU - Graf, S. AU - Huss, M. AU - Keefe, D. PY - 2011 DA - 2011// TI - Open chromatin defined by DNaseI and FAIRE identifies regulatory elements that shape cell-type identity JO - Genome Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gr.121541.111 DO - 10.1101/gr.121541.111 ID - Song2011 ER - TY - JOUR AU - Shu, W. AU - Chen, H. AU - Bo, X. AU - Wang, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Genome-wide analysis of the relationships between DNaseI HS, histone modifications and gene expression reveals distinct modes of chromatin domains JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr443 DO - 10.1093/nar/gkr443 ID - Shu2011 ER - TY - JOUR AU - Visel, A. AU - Prabhakar, S. AU - Akiyama, J. A. AU - Shoukry, M. AU - Lewis, K. D. AU - Holt, A. AU - Plajzer-Frick, I. AU - Afzal, V. AU - Rubin, E. M. AU - Pennacchio, L. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Ultraconservation identifies a small subset of extremely constrained developmental enhancers JO - Nat Genet VL - 40 UR - https://doi.org/10.1038/ng.2007.55 DO - 10.1038/ng.2007.55 ID - Visel2008 ER - TY - JOUR AU - Banerji, J. AU - Rusconi, S. AU - Schaffner, W. PY - 1981 DA - 1981// TI - Expression of a beta-globin gene is enhanced by remote SV40 DNA sequences JO - Cell VL - 27 UR - https://doi.org/10.1016/0092-8674(81)90413-X DO - 10.1016/0092-8674(81)90413-X ID - Banerji1981 ER - TY - JOUR AU - Jin, F. AU - Li, Y. AU - Ren, B. AU - Natarajan, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Enhancers: multi-dimensional signal integrators JO - Transcription VL - 2 UR - https://doi.org/10.4161/trns.2.5.17712 DO - 10.4161/trns.2.5.17712 ID - Jin2011 ER - TY - JOUR AU - Visel, A. AU - Blow, M. J. AU - Li, Z. AU - Zhang, T. AU - Akiyama, J. A. AU - Holt, A. AU - Plajzer-Frick, I. AU - Shoukry, M. AU - Wright, C. AU - Chen, F. PY - 2009 DA - 2009// TI - ChIP-seq accurately predicts tissue-specific activity of enhancers JO - Nature VL - 457 UR - https://doi.org/10.1038/nature07730 DO - 10.1038/nature07730 ID - Visel2009 ER - TY - JOUR AU - Heintzman, N. D. AU - Hon, G. C. AU - Hawkins, R. D. AU - Kheradpour, P. AU - Stark, A. AU - Harp, L. F. AU - Ye, Z. AU - Lee, L. K. AU - Stuart, R. K. AU - Ching, C. W. PY - 2009 DA - 2009// TI - Histone modifications at human enhancers reflect global cell-type-specific gene expression JO - Nature VL - 459 UR - https://doi.org/10.1038/nature07829 DO - 10.1038/nature07829 ID - Heintzman2009 ER - TY - JOUR AU - Li, Q. AU - Peterson, K. R. AU - Fang, X. AU - Stamatoyannopoulos, G. PY - 2002 DA - 2002// TI - Locus control regions JO - Blood VL - 100 UR - https://doi.org/10.1182/blood-2002-04-1104 DO - 10.1182/blood-2002-04-1104 ID - Li2002 ER - TY - JOUR AU - Tuan, D. Y. AU - Solomon, W. B. AU - London, I. M. AU - Lee, D. P. PY - 1989 DA - 1989// TI - An erythroid-specific, developmental-stage-independent enhancer far upstream of the human "beta-like globin" genes JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 86 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.86.8.2554 DO - 10.1073/pnas.86.8.2554 ID - Tuan1989 ER - TY - JOUR AU - Suzuki, M. AU - Moriguchi, T. AU - Ohneda, K. AU - Yamamoto, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Differential contribution of the Gata1 gene hematopoietic enhancer to erythroid differentiation JO - Mol Cell Biol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.01572-08 DO - 10.1128/MCB.01572-08 ID - Suzuki2009 ER - TY - JOUR AU - Delabesse, E. AU - Ogilvy, S. AU - Chapman, M. A. AU - Piltz, S. G. AU - Gottgens, B. AU - Green, A. R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Transcriptional regulation of the SCL locus: identification of an enhancer that targets the primitive erythroid lineage in vivo JO - Mol Cell Biol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.25.12.5215-5225.2005 DO - 10.1128/MCB.25.12.5215-5225.2005 ID - Delabesse2005 ER - TY - JOUR AU - Lacronique, V. AU - Lopez, S. AU - Miquerol, L. AU - Porteu, A. AU - Kahn, A. AU - Raymondjean, M. PY - 1995 DA - 1995// TI - Identification and functional characterization of an erythroid-specific enhancer in the L-type pyruvate kinase gene JO - J Biol Chem VL - 270 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.270.25.14989 DO - 10.1074/jbc.270.25.14989 ID - Lacronique1995 ER - TY - JOUR AU - Surinya, K. H. AU - Cox, T. C. AU - May, B. K. PY - 1998 DA - 1998// TI - Identification and characterization of a conserved erythroid-specific enhancer located in intron 8 of the human 5-aminolevulinate synthase 2 gene JO - J Biol Chem VL - 273 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.273.27.16798 DO - 10.1074/jbc.273.27.16798 ID - Surinya1998 ER - TY - JOUR AU - Pearson, R. AU - Fleetwood, J. AU - Eaton, S. AU - Crossley, M. AU - Bao, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Krüppel-like transcription factors: a functional family JO - Int J Biochem Cell Biol VL - 40 UR - https://doi.org/10.1016/j.biocel.2007.07.018 DO - 10.1016/j.biocel.2007.07.018 ID - Pearson2008 ER - TY - JOUR AU - Schechter, A. N. PY - 2008 DA - 2008// TI - Hemoglobin research and the origins of molecular medicine JO - Blood VL - 112 UR - https://doi.org/10.1182/blood-2008-04-078188 DO - 10.1182/blood-2008-04-078188 ID - Schechter2008 ER - TY - JOUR AU - Miller, I. J. AU - Bieker, J. J. PY - 1993 DA - 1993// TI - A novel, erythroid cell-specific murine transcription factor that binds to the CACCC element and is related to the Krüppel family of nuclear proteins JO - Mol Cell Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.13.5.2776 DO - 10.1128/MCB.13.5.2776 ID - Miller1993 ER - TY - JOUR AU - Zhou, D. AU - Liu, K. AU - Sun, C. W. AU - Pawlik, K. M. AU - Townes, T. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - KLF1 Regulates BCL11A expression and gamma- to beta-globin gene switching JO - Nat Genet VL - 42 UR - https://doi.org/10.1038/ng.637 DO - 10.1038/ng.637 ID - Zhou2010 ER - TY - JOUR AU - Marini, M. G. AU - Porcu, L. AU - Asunis, I. AU - Loi, M. G. AU - Ristaldi, M. S. AU - Porcu, S. AU - Ikuta, T. AU - Cao, A. AU - Moi, P. PY - 2010 DA - 2010// TI - Regulation of the human HBA genes by KLF4 in erythroid cell lines JO - Br J Haematol VL - 149 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2141.2010.08130.x DO - 10.1111/j.1365-2141.2010.08130.x ID - Marini2010 ER - TY - JOUR AU - Kalra, I. S. AU - Alam, M. M. AU - Choudhary, P. K. AU - Pace, B. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Krüppel-like factor 4 activates HBG gene expression in primary erythroid cells JO - Br J Haematol VL - 154 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2141.2011.08710.x DO - 10.1111/j.1365-2141.2011.08710.x ID - Kalra2011 ER - TY - JOUR AU - Basu, P. AU - Morris, P. E. AU - Haar, J. L. AU - Wani, M. A. AU - Lingrel, J. B. AU - Gaensler, K. M. AU - Lloyd, J. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - KLF2 Is essential for primitive erythropoiesis and regulates the human and murine embryonic beta-like globin genes in vivo JO - Blood VL - 106 UR - https://doi.org/10.1182/blood-2005-02-0674 DO - 10.1182/blood-2005-02-0674 ID - Basu2005 ER - TY - JOUR AU - Asano, H. AU - Li, X. S. AU - Stamatoyannopoulos, G. PY - 1999 DA - 1999// TI - FKLF, a novel Krüppel-like factor that activates human embryonic and fetal beta-like globin genes JO - Mol Cell Biol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.19.5.3571 DO - 10.1128/MCB.19.5.3571 ID - Asano1999 ER - TY - JOUR AU - Emery, D. W. AU - Gavriilidis, G. AU - Asano, H. AU - Stamatoyannopoulos, G. PY - 2007 DA - 2007// TI - The transcription factor KLF11 can induce gamma-globin gene expression in the setting of in vivo adult erythropoiesis JO - J Cell Biochem VL - 100 UR - https://doi.org/10.1002/jcb.21093 DO - 10.1002/jcb.21093 ID - Emery2007 ER - TY - JOUR AU - Asano, H. AU - Li, X. S. AU - Stamatoyannopoulos, G. PY - 2000 DA - 2000// TI - FKLF-2: a novel Krüppel-like transcriptional factor that activates globin and other erythroid lineage genes JO - Blood VL - 95 ID - Asano2000 ER - TY - JOUR AU - Ma, X. Y. AU - Wang, M. J. AU - Qu, X. H. AU - Xing, G. C. AU - Zhu, Y. P. AU - He, F. C. PY - 2003 DA - 2003// TI - Transcriptional regulation of gamma- and epsilon-globin genes by basic Krüppel-like factor JO - Sheng Wu Hua Xue Yu Sheng Wu Wu Li Xue Bao (Shanghai) VL - 35 ID - Ma2003 ER - TY - JOUR AU - Zhang, P. AU - Basu, P. AU - Redmond, L. C. AU - Morris, P. E. AU - Rupon, J. W. AU - Ginder, G. D. AU - Lloyd, J. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - A functional screen for Krüppel-like factors that regulate the human gamma-globin gene through the CACCC promoter element JO - Blood Cells Mol Dis VL - 35 UR - https://doi.org/10.1016/j.bcmd.2005.04.009 DO - 10.1016/j.bcmd.2005.04.009 ID - Zhang2005 ER - TY - JOUR AU - Matsumoto, N. AU - Kubo, A. AU - Liu, H. AU - Akita, K. AU - Laub, F. AU - Ramirez, F. AU - Keller, G. AU - Friedman, S. L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Developmental regulation of yolk sac hematopoiesis by Kruppel-like factor 6 JO - Blood VL - 107 UR - https://doi.org/10.1182/blood-2005-05-1916 DO - 10.1182/blood-2005-05-1916 ID - Matsumoto2006 ER - TY - JOUR AU - Huber, T. L. AU - Perkins, A. C. AU - Deconinck, A. E. AU - Chan, F. Y. AU - Mead, P. E. AU - Zon, L. I. PY - 2001 DA - 2001// TI - Neptune, a Krüppel-like transcription factor that participates in primitive erythropoiesis in Xenopus JO - Curr Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1016/S0960-9822(01)00427-4 DO - 10.1016/S0960-9822(01)00427-4 ID - Huber2001 ER - TY - JOUR AU - Perkins, A. C. AU - Sharpe, A. H. AU - Orkin, S. H. PY - 1995 DA - 1995// TI - Lethal beta-thalassaemia in mice lacking the erythroid CACCC-transcription factor EKLF JO - Nature VL - 375 UR - https://doi.org/10.1038/375318a0 DO - 10.1038/375318a0 ID - Perkins1995 ER - TY - JOUR AU - Funnell, A. P. AU - Norton, L. J. AU - Mak, K. S. AU - Burdach, J. AU - Artuz, C. M. AU - Twine, N. A. AU - Wilkins, M. R. AU - Power, C. A. AU - Hung, T. T. AU - Perdomo, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - The CACCC-binding protein KLF3/BKLF represses a subset of KLF1/EKLF target genes and is required for proper erythroid maturation in vivo JO - Mol Cell Biol VL - 32 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.00173-12 DO - 10.1128/MCB.00173-12 ID - Funnell2012 ER - TY - JOUR AU - Gordon, A. R. AU - Outram, S. V. AU - Keramatipour, M. AU - Goddard, C. A. AU - Colledge, W. H. AU - Metcalfe, J. C. AU - Hager-Theodorides, A. L. AU - Crompton, T. AU - Kemp, P. R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Splenomegaly and modified erythropoiesis in KLF13−/− mice JO - J Biol Chem VL - 283 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M709569200 DO - 10.1074/jbc.M709569200 ID - Gordon2008 ER - TY - JOUR AU - Basu, P. AU - Lung, T. K. AU - Lemsaddek, W. AU - Sargent, T. G. AU - Williams, D. C. AU - Basu, M. AU - Redmond, L. C. AU - Lingrel, J. B. AU - Haar, J. L. AU - Lloyd, J. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - EKLF and KLF2 have compensatory roles in embryonic beta-globin gene expression and primitive erythropoiesis JO - Blood VL - 110 UR - https://doi.org/10.1182/blood-2006-11-057307 DO - 10.1182/blood-2006-11-057307 ID - Basu2007 ER - TY - JOUR AU - Funnell, A. P. AU - Maloney, C. A. AU - Thompson, L. J. AU - Keys, J. AU - Tallack, M. AU - Perkins, A. C. AU - Crossley, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Erythroid Krüppel-like factor directly activates the basic Krüppel-like factor gene in erythroid cells JO - Mol Cell Biol VL - 27 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.01658-06 DO - 10.1128/MCB.01658-06 ID - Funnell2007 ER - TY - JOUR AU - Chen, X. AU - Reitman, M. AU - Bieker, J. J. PY - 1998 DA - 1998// TI - Chromatin structure and transcriptional control elements of the erythroid Krüppel-like factor (EKLF) gene JO - J Biol Chem VL - 273 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.273.39.25031 DO - 10.1074/jbc.273.39.25031 ID - Chen1998 ER - TY - JOUR AU - Thurman, R. E. AU - Rynes, E. AU - Humbert, R. AU - Vierstra, J. AU - Maurano, M. T. AU - Haugen, E. AU - Sheffield, N. C. AU - Stergachis, A. B. AU - Wang, H. AU - Vernot, B. PY - 2012 DA - 2012// TI - The accessible chromatin landscape of the human genome JO - Nature VL - 489 UR - https://doi.org/10.1038/nature11232 DO - 10.1038/nature11232 ID - Thurman2012 ER - TY - JOUR AU - Phillips, J. E. AU - Corces, V. G. PY - 2009 DA - 2009// TI - CTCF: master weaver of the genome JO - Cell VL - 137 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2009.06.001 DO - 10.1016/j.cell.2009.06.001 ID - Phillips2009 ER - TY - JOUR AU - Takahashi, K. AU - Yamanaka, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Induction of pluripotent stem cells from mouse embryonic and adult fibroblast cultures by defined factors JO - Cell VL - 126 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2006.07.024 DO - 10.1016/j.cell.2006.07.024 ID - Takahashi2006 ER - TY - JOUR AU - Segre, J. A. AU - Bauer, C. AU - Fuchs, E. PY - 1999 DA - 1999// TI - Klf4 is a transcription factor required for establishing the barrier function of the skin JO - Nat Genet VL - 22 UR - https://doi.org/10.1038/11926 DO - 10.1038/11926 ID - Segre1999 ER - TY - JOUR AU - Jiang, J. AU - Chan, Y. S. AU - Loh, Y. H. AU - Cai, J. AU - Tong, G. Q. AU - Lim, C. A. AU - Robson, P. AU - Zhong, S. AU - Ng, H. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - A core Klf circuitry regulates self-renewal of embryonic stem cells JO - Nat Cell Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/ncb1698 DO - 10.1038/ncb1698 ID - Jiang2008 ER - TY - JOUR AU - Lee, E. Y. AU - Ji, H. AU - Ouyang, Z. AU - Zhou, B. AU - Ma, W. AU - Vokes, S. A. AU - McMahon, A. P. AU - Wong, W. H. AU - Scott, M. P. PY - 2010 DA - 2010// TI - Hedgehog pathway-regulated gene networks in cerebellum development and tumorigenesis JO - Proc Natl Acad Sci VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1004602107 DO - 10.1073/pnas.1004602107 ID - Lee2010 ER - TY - JOUR AU - Petrykowska, H. M. AU - Vockley, C. M. AU - Elnitski, L. PY - 2008 DA - 2008// TI - Detection and characterization of silencers and enhancer-blockers in the greater CFTR locus JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.073817.107 DO - 10.1101/gr.073817.107 ID - Petrykowska2008 ER - TY - JOUR AU - Hallikas, O. AU - Palin, K. AU - Sinjushina, N. AU - Rautiainen, R. AU - Partanen, J. AU - Ukkonen, E. AU - Taipale, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genome-wide prediction of mammalian enhancers based on analysis of transcription-factor binding affinity JO - Cell VL - 124 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2005.10.042 DO - 10.1016/j.cell.2005.10.042 ID - Hallikas2006 ER - TY - JOUR AU - Gehrau, R. C. AU - D’Astolfo, D. S. AU - Prieto, C. AU - Bocco, J. L. AU - Koritschoner, N. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genomic organization and functional analysis of the gene encoding the Krüppel-like transcription factor KLF6 JO - Biochim Biophys Acta VL - 1730 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbaexp.2005.06.006 DO - 10.1016/j.bbaexp.2005.06.006 ID - Gehrau2005 ER - TY - JOUR AU - Giresi, P. G. AU - Kim, J. AU - McDaniell, R. M. AU - Iyer, V. R. AU - Lieb, J. D. PY - 2007 DA - 2007// TI - FAIRE (formaldehyde-assisted isolation of regulatory elements) isolates active regulatory elements from human chromatin JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.5533506 DO - 10.1101/gr.5533506 ID - Giresi2007 ER - TY - JOUR AU - Siepel, A. AU - Bejerano, G. AU - Pedersen, J. S. AU - Hinrichs, A. S. AU - Hou, M. AU - Rosenbloom, K. AU - Clawson, H. AU - Spieth, J. AU - Hillier, L. W. AU - Richards, S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Evolutionarily conserved elements in vertebrate, insect, worm, and yeast genomes JO - Genome Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1101/gr.3715005 DO - 10.1101/gr.3715005 ID - Siepel2005 ER - TY - JOUR AU - Mikkelsen, T. S. AU - Ku, M. AU - Jaffe, D. B. AU - Issac, B. AU - Lieberman, E. AU - Giannoukos, G. AU - Alvarez, P. AU - Brockman, W. AU - Kim, T. K. AU - Koche, R. P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome-wide maps of chromatin state in pluripotent and lineage-committed cells JO - Nature VL - 448 UR - https://doi.org/10.1038/nature06008 DO - 10.1038/nature06008 ID - Mikkelsen2007 ER - TY - JOUR AU - Euskirchen, G. M. AU - Rozowsky, J. S. AU - Wei, C. L. AU - Lee, W. H. AU - Zhang, Z. D. AU - Hartman, S. AU - Emanuelsson, O. AU - Stolc, V. AU - Weissman, S. AU - Gerstein, M. B. PY - 2007 DA - 2007// TI - Mapping of transcription factor binding regions in mammalian cells by ChIP: comparison of array- and sequencing-based technologies JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.5583007 DO - 10.1101/gr.5583007 ID - Euskirchen2007 ER - TY - JOUR AU - Bailey, T. L. AU - Boden, M. AU - Buske, F. A. AU - Frith, M. AU - Grant, C. E. AU - Clementi, L. AU - Ren, J. AU - Li, W. W. AU - Noble, W. S. PY - 2009 DA - 2009// TI - MEME SUITE: tools for motif discovery and searching JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp335 DO - 10.1093/nar/gkp335 ID - Bailey2009 ER - TY - JOUR AU - Lupien, M. AU - Eeckhoute, J. AU - Meyer, C. A. AU - Wang, Q. AU - Zhang, Y. AU - Li, W. AU - Carroll, J. S. AU - Liu, X. S. AU - Brown, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - FoxA1 Translates epigenetic signatures into enhancer-driven lineage-specific transcription JO - Cell VL - 132 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2008.01.018 DO - 10.1016/j.cell.2008.01.018 ID - Lupien2008 ER - TY - JOUR AU - Kadonaga, J. T. PY - 2004 DA - 2004// TI - Regulation of RNA polymerase II transcription by sequence-specific DNA binding factors JO - Cell VL - 116 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(03)01078-X DO - 10.1016/S0092-8674(03)01078-X ID - Kadonaga2004 ER - TY - JOUR AU - Blackwood, E. M. AU - Kadonaga, J. T. PY - 1998 DA - 1998// TI - Going the distance: a current view of enhancer action JO - Science VL - 281 UR - https://doi.org/10.1126/science.281.5373.60 DO - 10.1126/science.281.5373.60 ID - Blackwood1998 ER - TY - JOUR AU - Carter, D. AU - Chakalova, L. AU - Osborne, C. S. AU - Dai, Y. F. AU - Fraser, P. PY - 2002 DA - 2002// TI - Long-range chromatin regulatory interactions in vivo JO - Nat Genet VL - 32 UR - https://doi.org/10.1038/ng1051 DO - 10.1038/ng1051 ID - Carter2002 ER - TY - JOUR AU - Heintzman, N. D. AU - Stuart, R. K. AU - Hon, G. AU - Fu, Y. AU - Ching, C. W. AU - Hawkins, R. D. AU - Barrera, L. O. AU - Van Calcar, S. AU - Qu, C. AU - Ching, K. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Distinct and predictive chromatin signatures of transcriptional promoters and enhancers in the human genome JO - Nat Genet VL - 39 UR - https://doi.org/10.1038/ng1966 DO - 10.1038/ng1966 ID - Heintzman2007 ER - TY - JOUR AU - Hesselberth, J. R. AU - Chen, X. AU - Zhang, Z. AU - Sabo, P. J. AU - Sandstrom, R. AU - Reynolds, A. P. AU - Thurman, R. E. AU - Neph, S. AU - Kuehn, M. S. AU - Noble, W. S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Global mapping of protein-DNA interactions in vivo by digital genomic footprinting JO - Nat Methods VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1313 DO - 10.1038/nmeth.1313 ID - Hesselberth2009 ER - TY - JOUR AU - Martin, K. M. AU - Metcalfe, J. C. AU - Kemp, P. R. PY - 2001 DA - 2001// TI - Expression of Klf9 and Klf13 in mouse development JO - Mech Dev VL - 103 UR - https://doi.org/10.1016/S0925-4773(01)00343-4 DO - 10.1016/S0925-4773(01)00343-4 ID - Martin2001 ER - TY - JOUR AU - Morita, M. AU - Kobayashi, A. AU - Yamashita, T. AU - Shimanuki, T. AU - Nakajima, O. AU - Takahashi, S. AU - Ikegami, S. AU - Inokuchi, K. AU - Yamashita, K. AU - Yamamoto, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Functional analysis of basic transcription element binding protein by gene targeting technology JO - Mol Cell Biol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.23.7.2489-2500.2003 DO - 10.1128/MCB.23.7.2489-2500.2003 ID - Morita2003 ER - TY - JOUR AU - Simmen, F. A. AU - Xiao, R. AU - Velarde, M. C. AU - Nicholson, R. D. AU - Bowman, M. T. AU - Fujii-Kuriyama, Y. AU - Oh, S. P. AU - Simmen, R. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - Dysregulation of intestinal crypt cell proliferation and villus cell migration in mice lacking Kruppel-like factor 9 JO - Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol VL - 292 UR - https://doi.org/10.1152/ajpgi.00013.2007 DO - 10.1152/ajpgi.00013.2007 ID - Simmen2007 ER - TY - JOUR AU - Simmen, R. C. AU - Eason, R. R. AU - McQuown, J. R. AU - Linz, A. L. AU - Kang, T. J. AU - Chatman, L. AU - Till, S. R. AU - Fujii-Kuriyama, Y. AU - Simmen, F. A. AU - Oh, S. P. PY - 2004 DA - 2004// TI - Subfertility, uterine hypoplasia, and partial progesterone resistance in mice lacking the Kruppel-like factor 9/basic transcription element-binding protein-1 (Bteb1) gene JO - J Biol Chem VL - 279 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M403139200 DO - 10.1074/jbc.M403139200 ID - Simmen2004 ER - TY - JOUR AU - John, S. AU - Sabo, P. J. AU - Thurman, R. E. AU - Sung, M. H. AU - Biddie, S. C. AU - Johnson, T. A. AU - Hager, G. L. AU - Stamatoyannopoulos, J. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Chromatin accessibility pre-determines glucocorticoid receptor binding patterns JO - Nat Genet VL - 43 UR - https://doi.org/10.1038/ng.759 DO - 10.1038/ng.759 ID - John2011 ER - TY - JOUR AU - Andrews, N. C. AU - Faller, D. V. PY - 1991 DA - 1991// TI - A rapid micropreparation technique for extraction of DNA-binding proteins from limiting numbers of mammalian cells JO - Nucleic Acids Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/nar/19.9.2499 DO - 10.1093/nar/19.9.2499 ID - Andrews1991 ER -