Skip to main content

Advertisement

Table 1 Characteristics of erythroid-specific or putative erythroid-specific DHSs of ten human KLF genes

From: Comprehensive characterization of erythroid-specific enhancers in the genomic regions of human Krüppel-like factors

KLF DHS Cs FAIRE H3K4me1 H3K27ac GATA-1 NF-E2 minP KLF-P
    K562 K562 K562 HeLa HEK293
KLF1 I Y Y Y        
II Y Y Y* Y* Y   Y Y   
III Y   Y* Y* Y   Y Y   
IV Y Y   Y* Y   Y Y   
V   Y Y* Y*   Y Y Y   
KLF2 I Y Y Y Y Y   Y Y   Y
KLF3 I Y Y Y Y*     Y Y Y
II Y Y Y Y*       Y
III Y Y Y Y    Y Y   Y
KLF6 I Y Y Y Y    Y    
II    Y Y     Y   
III Y   Y Y*     Y   
IV Y   Y Y*    Y Y   
KLF9 I   Y Y* Y* Y   Y Y   
II   Y Y   Y   Y Y   
KLF10 I    Y*     Y    
KLF11 I Y Y Y Y*    Y Y Y  
KLF13 I    Y*        
II    Y*     Y    
III    Y      Y   
KLF16 I   Y Y* Y*    Y    
II Y Y Y Y       
KLF17 I Y Y Y* Y*    Y Y Y  
  1. DHS conservation (Cs) was observed across 32 placental mammals, including humans, chimps, mice, and rabbits. The chromatin accessibility using FAIRE, enhancer-associated histone modifications (H3K4me1 and H3K27ac), and TFBSs for erythroid GATA-1 and NF-E2 on DHSs in erythroid K562 cells were extracted from UCSC Genome Browser. The enhancers characterized from the erythroid-specific or putative erythroid-specific DHSs were summarized in the last four columns. Y: yes. *: this histone modification is K562 specific or putative K562 specific.