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Table 1 Characteristics of erythroid-specific or putative erythroid-specific DHSs of ten human KLF genes

From: Comprehensive characterization of erythroid-specific enhancers in the genomic regions of human Krüppel-like factors

KLF

DHS

Cs

FAIRE

H3K4me1

H3K27ac

GATA-1

NF-E2

minP

KLF-P

   

K562

K562

K562

HeLa

HEK293

KLF1

I

Y

Y

Y

       

II

Y

Y

Y*

Y*

Y

 

Y

Y

  

III

Y

 

Y*

Y*

Y

 

Y

Y

  

IV

Y

Y

 

Y*

Y

 

Y

Y

  

V

 

Y

Y*

Y*

 

Y

Y

Y

  

KLF2

I

Y

Y

Y

Y

Y

 

Y

Y

 

Y

KLF3

I

Y

Y

Y

Y*

   

Y

Y

Y

II

Y

Y

Y

Y*

     

Y

III

Y

Y

Y

Y

  

Y

Y

 

Y

KLF6

I

Y

Y

Y

Y

  

Y

   

II

  

Y

Y

   

Y

  

III

Y

 

Y

Y*

   

Y

  

IV

Y

 

Y

Y*

  

Y

Y

  

KLF9

I

 

Y

Y*

Y*

Y

 

Y

Y

  

II

 

Y

Y

 

Y

 

Y

Y

  

KLF10

I

  

Y*

   

Y

   

KLF11

I

Y

Y

Y

Y*

  

Y

Y

Y

 

KLF13

I

  

Y*

       

II

  

Y*

   

Y

   

III

  

Y

    

Y

  

KLF16

I

 

Y

Y*

Y*

  

Y

   

II

Y

Y

Y

Y

      

KLF17

I

Y

Y

Y*

Y*

  

Y

Y

Y

 
  1. DHS conservation (Cs) was observed across 32 placental mammals, including humans, chimps, mice, and rabbits. The chromatin accessibility using FAIRE, enhancer-associated histone modifications (H3K4me1 and H3K27ac), and TFBSs for erythroid GATA-1 and NF-E2 on DHSs in erythroid K562 cells were extracted from UCSC Genome Browser. The enhancers characterized from the erythroid-specific or putative erythroid-specific DHSs were summarized in the last four columns. Y: yes. *: this histone modification is K562 specific or putative K562 specific.
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BMC Genomics

ISSN: 1471-2164

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